이자소득인지 사업소득인지 여부와 투자원금의 변제액인지 여부

(1) ○○세무서장이 2006.5.10. 청구인에게 한 2004년 귀속분 이자소득세 208,262,500원 및 2005년 귀속분 이자소득세 598,675,000원의 부과처분은 2004년 귀속분은 8,000백만원을, 2005년 귀속분은 1,770백만원을 각각 과세표준에서 제외하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.

(2) 나머지의 청구는 이를 기각한다.

청구인은 ○○○○시 ○○구 ○○동 ○○○ ○○빌딩 401호에서 “○○○○○”라는 상호로 주택신축판매업 등을 영위하는 사업자로서 2002.2.8. 주식회사 △△으로부터 ○○○○시 ○○○구 ○○동 ○가 ○○ 및 ○○-○○ 토지 17,110㎡(이하 “○○○토지”라 한다)를 취득하고, 위 지상에 오피스텔 및 상업시설 복합건물을 신축․분양 중에 있다.

○○지방국세청장은 2005.6.29.~10.18. 청구인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구인이 위 오피스텔 등의 신축․분양사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)과 관련하여 2003.3.12.～2003.9.2. 주식회사 □□□ (이하 “□□□”이라 한다)에게 지급한 25억원(이하 “쟁점1금액”이라 한다), 2004.2.5.～2005.6.28. 주식회사 ○○건설(이하 “○○건설”이라 한다)에게 지급한 98억 2백만원(2004년 80억원, 2005년 18억 2백만원, 이하 “쟁점2금액”이라 한다), 기타 이○○ 등에 대한 지급액 등이 이자소득에 해당함에도 청구인이 원천징수를 이행하지 아니한 것으로 조사하여 관련 과세자료를 처분청에게 통보하였다. 처분청은 통보받은 자료에 의하여, 2006.5.10. 청구인에게 원천징수분 이자소득세 3건 873,675,000원(2003년 귀속 66,737,500원, 2004년 귀속 208,262,500원, 2005년 귀속 598,675,000원)을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.6.30. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 먼저, □□□에 지급한 쟁점1금액의 경우, 청구인과 □□□은 2002.1.31. 쟁점사업을 공동으로 영위할 목적에서 동업계약을 체결하였고, 이에 따라 □□□은 30억원을 출자하였으며 동 출자금 중 20억원은 □□□이 △△상호신용금고로부터 대출받으면서 채무보증인으로 청구인의 남편인 박△△ 및 시어머니인 고○○을 연대보증인으로 하여 조달된 자금인 바, 만일 청구인이 □□□으로부터 단순히 30억원을 차입하는 거래라면 청구인 가족이 보증한 자금을 다시 차입할 이유가 없었을 것이다. 이러한 투자재원의 조달 배경, □□□이 공동사업자로서 쟁점사업에 필요한 인․허가 활동, 사업계획의 수립 및 분양을 위한 시장 조사 등의 용역을 제공한 점, 그리고 또한 투자수익금의 산출근거를 공동사업에서 발생되는 예상이익 20%로 약정 하고, 실제 청산시 예상이익금 125억원의 20%인 25억원을 투자수익금으로 하여 공동사업 중도청산금을 지급한 것 등을 비추어 볼 때 청구인이 2003년도 중 □□□에게 지급한 쟁점1금액은 투자수익금으로서 사업소득금액의 지급에 해당한다. 다음, ○○건설에 지급한 쟁점2금액의 경우는, ○○건설은 2003.5.30.자 동업계약에 의한 공동사업자로서 쟁점사업에 217억원을 직접 출자하였고, 이에 따라 2003.6.17. 청구인과 공동사업자등록을 한 후, 사업설계비 등 공동사업에서 발생한 비용 12억원을 청구인을 대신하여 지출하거나 청구인에게 10억원의 자금을 대여하는 등 공동사업자로서 사업활동을 적극 수행하였고, 2004.2.5. 동업계약을 청산하게 됨에 따라 청구인이 ○○건설에게 지급할 금액을 360억원(투자원금 262.3억원, 투자수익금 97.7억원)으로 합의하고, 금전소비대차거래가 아니기 때문에 투자원금부터 우선 변제하는 것으로 약정한 후 쟁점2금액을 지급하였다. 따라서, 쟁점2금액은 ○○건설이 쟁점사업을 공동으로 영위하다가 동업관계를 청산하면서 동업계약상의 수익분배비율과 기여도 및 예상수익금을 고려하여 지급한 동업계약 해지에 따른 청산금으로서 사업소득으로 보아야 한다.

(2) 보충적 청구로서, 처분청이 쟁점2금액에 대하여 과세근거로 적용한 민법 제479조 는 채무자가 1개 또는 수개의 채무의 비용 및 이자를 지급할 경우에 변제자가 그 전부를 소멸하게 하지 못한 급여를 한 때에는 비용, 이자, 원본의 순서로 변제에 충당하여야 한다고 규정하고 있지만 이는 임의규정으로서 당사자사이에 합의 등이 있는 경우에는 보충적으로 적용되어야 하는 규정이다. 이와 관련하여, 대법원 판결(2002.5.10.선고, 2002다 12871. 12888)에서도 비용, 이자, 원본에 대한 변제충당에 있어서는 민법 제479조 에 그 충당 순서가 법정되어 있고 지정변제충당에 관한 같은 법 제476조는 준용되지 않으므로 당사자 사이에 특별한 합의가 없는 한 비용, 이자, 원본의 순서로 충당하여야 할 것이고, 채무자는 물론 채권자라고 할지라도 위 법정 순서와 다르게 일방적으로 충당의 순서를 지정할 수는 없다고 할 것이지만, 당사자의 일방적인 지정에 대하여 상대방이 지체없이 이의를 제기하지 아니함으로써 묵시적인 합의가 되었다고 보여지는 경우에는 그 법정충당의 순서와는 달리 충당의 순서를 인정할 수 있는 것이다(대법원 97다48562, 1998.4.24. 외 다수)라고 판결하고 있다. 이 건 쟁점2금액의 경우, 청구인과 ○○건설 사이에 2004.2.5. 체결된 동업청산에 대한 약정서에는 변제충당순서에 대하여 명시하지 않았지만, 그 당시 동업계약을 청산하게 됨에 따라 당사자간 합의금 360억원(투자원금 262.3억원, 투자수익금 97.7억원)에 대하여 통상적인 금전소비대차거래가 아니기 때문에 투자원금부터 우선 변제하는 것으로 묵시적인 합의를 한 후, 합의금 360억원 중 70억원은 2004.2.5. 현금 20억원, 2004.3.3.～2004.6.7. 만기의 약속어음 50억원으로, 200억원은 △△토건 발행의 약속어음(2006.2.28. 만기)으로, 나머지 90억원은 ○○동 복합상가 분양대금 중 중도금을 받아 2005.9.30.까지 지급하기로 약정하였고, 이에 따라 청구인은 2004년부터 2005년 중 ○○건설 에게 합의금 중 110억원을 현금 및 어음 등으로 변제하였으며, 그 후 ○○건설은 2004사업연도 회계감사 과정에서 회계감사인으로부터 원금부터 변제하기로 한 변제충당순서에 대한 묵시적 합의를 명확히 할 필요가 있다는 의견이 제기되어 2005.8.1. 청구인에게 위의 △△토건 발행의 2006.2.28. 만기어음 200억원 부분 중 9,770백만원은 투자수익금의 지급액으로, 나머지는 투자원금에 충당하는 내용의 추가 합의서(작성일자가 2004.2.5.로 소급됨)를 제시하면서 서면약정을 요청함에 따라 당초 묵시적 합의내용과 일치하므로 이에 서명한 바가 있다. 따라서, 청구인이 ○○건설에게 지급할 합의금 중 먼저 지급한 이 건 쟁점2금액(110억원에 포함된 금액)은 당사자간 약정에 따라 지급한 투자원금에 해당하며, 이러한 사실은 청구인과 ○○건설이 쟁점2금액 등에 대하여 지급이자로 처리하지 않고 투자원금의 반환으로 처리하였고, 수익금의 지급액이 이미 특정되어 있어 이를 투자원금과 구분할 경제적 실익이 없었으며 투자원금보다 투자수익금의 지급을 우선할 필요가 없는 상태에서 굳이 사회통념에 반하여 투자원금보다 투자수익금을 먼저 지급할 특별한 사정이 없었던 점 등에 의하여도 알 수 있다. 더욱이, 만약 당사자 사이에 변제충당에 관한 묵시적인 약정이 없는 경우에도 변제가 이루어진 이후에 새로이 변제충당의 합의를 하였다면 그러한 합의는 민법상 당연히 존중되어야 할 것이고, 청구인과 ○○건설은 먼저 지급되는 쟁점2금액 등을 투자원금의 변제로 인정하는 묵시적인 변제충당의 약정이 이미 존재하였고, 그 묵시적 약정내용을 명확하기 하기 위하여 사후 시점인 2005.8.1. 이자와 원금의 지급에 대한 추가 합의를 하였고, 이러한 추가 합의서의 의미는 2005.8.1까지 청구인이 지급한 금액은 투자원금을 우선적으로 충당하는 내용의 새로운 사후약정에 해당한다고 할 것이다. 따라서, 청구인과 ○○건설 사이에 변제충당 순서에 관한 묵시적인 약정이 있었을 뿐만 아니라 이를 명확히 하기 위한 사후 약정이 있었고, 그 추가 사후약정에 대하여 당사자간 이의를 제기한 사실도 없으므로 이는 묵시적으로 약정한 것을 추가 약정에 의하여 구체적으로 합의를 하였다고 봄이 합당할 것이어서 변제충당순서에 관한 민법의 규정이 적용될 여지가 없음에도 불구하고 처분청이 통상적인 내용인 민법 제479조 를 적용하여 청구인이 ○○건설에 지급한 쟁점2금액에 대하여 원금보다 이자를 먼저 변제한 것으로 보아 과세하는 것은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 □□□에 지급한 쟁점1금액과 ○○건설에 지급한 쟁점2금액에 대하여 공동사업 청산에 따른 투자이익금 등으로 사업 소득금액의 지급에 해당한다고 주장하나, 거래당사자간 투자계약이 유효하고 공동사업 익명조합으로 보더라도 사업완료후 투자지분에 따라 배분하는 이익금도 지급자의 이자비용에 해당(국세청 서이46012-12001, 2003.11.20)할 뿐만 아니라 사업이 완료되지 않은 상태에서 사업이익의 정산없이 지급한 금액으로 투자원금에 대한 이자성격이므로 이자소득으로 보아야 한다. 먼저, □□□에 지급한 쟁점1금액은 투자약정서상 투자이익금의 지급이나 실제로는 사업개시전에 □□□의 자금사정으로 인한 투자계약의 해지에 따른 지급액으로 사업이익이 실현되지 않은 상태에서 사업이익의 정산없이 지급한 금액이므로 이자소득에 해당하고, ○○건설에 지급한 쟁점2금액 역시 동업계약해지 합의서(제1조)에 “이자상당액”으로 명시하고 있고, 청구법인이 사업전반에 관한 행위를 위임받고 있었으며, ○○건설의 자금사정에 의하여 건축허가 전에 공동사업을 해지함으로써 사업이익이 실현되지 않은 상태에서 당사자간 자유의사에 의하여 이자상당액으로 약정한 동 금액은 이자소득으로 보아야 할 것이다.

(2) 청구인은 쟁점2금액이 약정에 의한 투자원금 변제액이라는 주장이나, 청구인과 ○○건설간에 2004.2.5. 체결된 동업계약 해지합의서에는 원금 및 이자의 변제충당순서에 대하여 명시적인 약정이 존재하지 않았고, 청구인이 적법․유효하다고 주장하는 2005.8.1. 작성된 추가 약정서는 세무조사착수(2005.6.29) 이후 조세면탈 목적으로 마치 2004.2.5.자의 합의서 작성시점으로 소급하여 작성한 것을 조사과정에 제시하였음이 확인되므로 이를 근거로 당초 동업해지시 묵시적으로 존재한 합의사항을 명시한 것이라는 주장은 터무니없다고 하겠다. 또한, 청구인은 거래 쌍방간 투자원금의 우선변제에 관한 묵시적인 약정의 증거로 청구인이 ○○건설에 수익금을 지급하면서 지급이자가 아닌 투자금의 반환으로 처리하였고, ○○건설도 이를 이자수익으로 처리하지 않고 투자금의 회수로 처리한 점을 내세우고 있으나, ○○ 건설이 쟁점2금액을 투자금의 회수로 회계처리를 하였다고 하더라도 2004.2.5. 합의당시 원금과 이자상당액의 합계 360억원을 확정하여 지급시기별 지급금액을 약정하여 현금 및 약속어음을 교부받고 영수증을 발행하였음에도 청구인은 이를 전액 부외거래 하였음에도 마치 정상적으로 회계처리한 것으로 주장하고 있고, ○○건설 또한 단순히 선급금계정에서 자금의 입출금만을 표시하여 거래의 성격을 모호하게 나타내어 성실한 회계처리로 볼 수 없음에도 이를 투자원금 우선변제의 묵시적 합의의 증거로 주장하는 것은 받아들이기 어렵다. 따라서, 이 건은 청구인이 ○○건설에게 투자원금과 이자상당액의 변제에 대한 특별한 약정없이 투자원금과 이자상당액의 일부만을 지급(100억원)한 것이므로 법인세법시행규칙 제56조 및 민법 제479조 등의 규정에 따라 이자상당액을 먼저 변제한 것으로 봄이 타당하다.

• 가. 쟁 점

(1) 청구인이 2003년 중 □□□에게 지급한 쟁점1금액(25억원), 2004～2005년 중 ○○건설에게 지급한 쟁점2금액(98억원)이 이자소득인지, 사업소득인지 여부

(2) 이자소득에 해당한다고 하더라도, 쟁점2금액은 이자가 아닌 투자원금의 변제액이라는 청구주장의 당부

• 나. 쟁점(1)에 대하여 본다.

(1) 관련 법령

○ 소득세법 제16조 【이자소득】

① 이자소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

○ 소득세법 제19조 【사업소득】

① 사업소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

12. 대통령령이 정하는 부동산매매업에서 발생하는 소득

○ 소득세법시행령 제34조 【부동산매매업의 범위】 법 제19조 제1항 제12호에서 󰡒대통령령이 정하는 부동산매매업󰡓이라 함은 한국표준산업분류상의 건물건설업(건물을 자영건설하여 판매하는 경우에 한한다) 및 부동산공급업을 말한다. 다만, 제32조의 규정에 의한 주택신축판매업을 제외한다.

(2) 사실관계 및 판단 (가) 청구인은 2002.2.8. ○○동토지를 취득하고 그 지상에 쟁점사업인 “○○○○○○”를 신축 중으로, ○○건설을 시공사로 하여 2004.3.24. 건축허가(△△△구청 제2004-5호)를 받았으며, 2004.4.9.부터 분양 중에 있고, 2004.4.28. 착공하여 2007년 8월 입주예정에 있는 것으로 조사되었는 바, 세무조사일 현재 쟁점사업은 완료되지 아니하였음이 확인된다. (나) 처분청은 청구인이 2003년 중 □□□에게 지급한 쟁점1금액과 2004～2005년 중 ○○건설에게 지급한 쟁점2금액을 이자소득의 지급액으로 보아 이 건을 과세하였고, 청구인은 쟁점1․2금액에 대하여 □□□ 및 ○○건설과 쟁점사업과 관련하여 공동사업을 추진하다가 자금사정 등으로 동업관계를 해지하면서 지급한 사업소득의 청산분배금에 해당한다는 주장이다. (다) 먼저, 쟁점1금액과 관련된 사실관계에 대하여 본다.

1. 청구인은 □□□과 2002.1.31. 및 2003.3.10. 2차에 걸쳐 쟁점사업에 관한 투자약정서를 체결하고 있다. 그 중 2002.1.31.자 약정서에는 □□□이 청구인에게 투자금액으로 30억원을 지급하고, 청구인은 투자이익금으로 쟁점사업의 정산완료 후에 세전이익금의 20%를 지급하는 것으로 기재되어 있고, 2003.3.10.자 추가 약정서에는 청구인이 □□□에게 투자원금에 대한 투자이익금 25억원(쟁점1금액)을 지급하되, 투자원금 및 이익금 합계 55억원의 지급시기에 대하여 기지급된 20억원을 제외한 나머지 35억원에 대하여 30억원은 2003.3.12. 5억원은 약속어음(만기일 2003.6.10)으로 각각 지급하는 것으로 약정하고 있다.

2. 청구인이 입증자료로 제출한 □□□(대표 곽○○)의 사실확인서(2005.10.13)에는 쟁점사업을 공동으로 영위할 목적으로 사업수익금의 20%의 지분을 보장받는 조건으로 30억원을 투자하였으나, 동 사업이 지구단위심의에서 계획대로 진행되지 않았고, 당사의 자금사정상 장기투자가 어렵게 됨에 따라 투자원금 및 투자수익금 25억원 전액을 회수한 것으로 기재되어 있다.

3. 청구인은 위 약정서 및 확인서 이외에 청구인이 주장하는 것과 같이 □□□이 쟁점사업에 필요한 인․허가 활동, 사업계획 수립 등 실제 쟁점사업에 대한 공동사업용역을 제공한 사실을 입증할 수 있는 객관적인 자료의 제시는 없다.

4. ○○지방국세청장의 조사서 및 원천세결정결의서 등의 과세자료에 의하면, 위 투자원금 및 투자이익금은 2003.2.28.～2003.5.29. 현금 또는 수표․어음 등으로 지급되었거나 교부되었는데, 이 건 투자이익금 상당의 쟁점1금액은 2003.3.12.～2003.9.2. 기간동안 전액이 실제 변제된 것으로 조사하고 있다. (라) 다음은, 쟁점2금액과 관련된 사실관계에 대하여 본다.

1. 청구인은 당초 2003.3.7. ○○건설과 쟁점사업부지인 ○○동토지를 490억원에 양도하는 매매계약을 하였다가, 2003.5.30. 동업계약, 2004.2.5. 동업해지에 관한 합의서를 체결하고 있다.

2. 위의 동업계약서(2003.5.30. △△법무법인 인증 2003년 제897호)에 의하면, ○○건설이 ○○동토지 대금으로 217억원을 지급한 상태에서 2003.5.30. 잔금을 지급하지 못함에 따라 2003.3.7자 토지매매계약을 무효로 하고, 쟁점사업을 영위하기 위한 동업계약을 체결 하였고, ○○건설이 기지급한 217억원과 설계비 등의 10억원 총 227억 원 을 ○○ 건설의 투자금으로 하고, 청구인은 63억원을 투자하되 이익 및 추가경비는 각각 1/2씩 배분(이익금은 사업종료 후 배분)하며, 부동산 매각에 관한 행위는 양자 협의하여 결정하고, 나머지 모든 사업전반에 관한 행위에 대하여는 청구인에게 전권을 위임하는 것으로 약정하고 있다.

3. 2004.2.5.자 동업계약해지에 관한 합의서(△△법무법인 인증 2004년 제143호)에는 청구인이 ○○건설에게 지급할 동업해지 합의금을 총 360억원(투자원금 262.3억원, 이자상당액 97.7억원)으로 약정하고 있고, 이에 대하여는 후술하는 쟁점(2)의 사실관계에서 적시한 내용과 같다.

4. 청구인이 입증자료로 제시한 청구인 명의의 예금계좌(○○○○○ ○○○-○○-○○○○○○)의 사본자료에 의하면, ○○건설이 ○○동토지상의 모델하우스부지 사용료, 종합토지세 및 기타 대출금 이자 등으로 1,219백만원을 입금한 것으로 나타나고, 이에 대하여 청구인은 동 입금액(1,219백만원)이 ○○건설의 공동사업비용의 부담액이고, 이로써 공동사업 사실을 확인할 수 있다는 주장이나, 이 건 해지합의서에는 이를 ○○건설의 대여금으로 합의하고 있어서 청구주장과 상반되고 있음을 알 수 있다.

5. 청구인은 쟁점사업의 동업계약에 따라 2003.6.17. 사업장은 쟁점사업토지의 소재지, 개업일은 2003.5.30., 상호는 □□□(○○○-○○-○○○○○), 업종은 주택신축판매업 등으로 하여 ○○건설과 함께 공동사업자등록을 하였다가 2004.2.5. 폐업한 것으로 확인되고 있고, 공동사업장에서 기장한 장부 및 증빙, 공동경비와 수익의 분배내역, ○○건설의 구체적인 공동사업 수행자료 등을 제시하지 못하고 있다.

6. 한편, 거래상대방인 ○○건설은 2007.4.13. 제기한 심판청구(국심 2007서○○○○)에서 청구인으로부터 2004～2005년 중 지급받은 쟁점2금액 등 110억원에 대하여 동업계약 해지시 합의금 중 투자원금부터 변제하기로 한 합의에 따라 지급받은 원금의 일부 회수액이라고 주장하고 있다. (마) 살피건대, 거주자가 법인에 자금을 투자하고 일정기간 경과후 원금과 투자수익명목으로 사전에 확정된 금액 또는 사업이익금 의 일부를 지급받기로 한 경우 당해 확정된 금액 또는 사업이익금은 소득세법 제16조 규정에 의한 이자소득에 해당하는 것인 바(국세청 서면1팀-864, 2005.7.15. 같은 뜻), 이 건 쟁점1금액의 경우는 □□□은 2002.1.31. 청구인에게 30억원을 투자한 후, 쟁점사업 완료후 세전이익의 20%를 투자이익금으로 지급받기로 약정하였을 뿐 실제 공동사업을 영위한 사실이 없고, 청구인은 □□□의 투자일 이후 1년 1개월 경과시점에서 □□□에게 쟁점1금액을 투자이익금으로 산정하여 지급한 것으로 확인되고 있는 점, 쟁점2금액의 경우는 청구인과 ○○건설은 2003.5.30. 동업계약을 체결하고 공동사업장에 관한 사업자등록을 하였고, ○○건설은 동업계약 체결일 이후 2003년 말까지 12억원 상당의 경비를 지급한 사실이 나타나고 있으나, 청구인은 공동사업장 명의로 작성, 비치하여야 할 장부 및 증빙 등을 제시하지 못하고 있을 뿐만 아니라 공동경비내역 등 공동사업 사실을 입증하지 못하고 있고, 2004.2.5.자 동업계약 해지합의서에 의하면 위 경비 상당액을 공동경비가 아닌 대여금으로, 쟁점2금액의 상당액은 이자상당액으로 각각 합의하고 있는 점 등에 비추어 볼 때 청구인이 쟁점1․2금액을 쟁점사업의 동업해지에 따른 사업소득의 분배금이라는 청구주장은 신빙성이 없어서 받아들이기 어렵다.

• 다. 쟁점(2)에 대하여 본다.

(1) 관련 법령 (가) 법인세법 제73조 【원천징수】

① 소득세법 제127조 제1항 제1호 의 이자소득금액(대통령령이 정하는 금융보험업의 수입금액을 포함한다)과 동법 제17조 제1항 제5호의 투자신탁수익의 분배금을 내국법인에게 지급하는 자(이하 󰡒원천징수의무자󰡓라 한다)가 그 금액을 지급하는 때에는 그 지급하는 금액에 다음 각호의 세율을 적용 하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 징수(이하 󰡒원천징수󰡓라 한다)하여 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 이를 납세지 관할세무서등에 납부하여야 한다.

1. 이자소득금액의 경우에는 100분의 14(소득세법 제16조 제1항 제12호 의 비영업대금의 이익의 경우에는 100분의 25)

2. 투자신탁수익의 분배금의 경우에는 100분의 14

○ 법인세법시행규칙 제56조 【원천징수대상 이자소득금액의 계산】 법 제73조의 규정을 적용함에 있어서 차입금과 이자의 변제에 관한 특별한 약정이 없이 차입금과 그 차입금에 대한 이자에 해당하는 금액의 일부만을 변제한 경우에는 이자를 먼저 변제한 것으로 본다. 다만, 비영업대금의 이익의 경우에는 소득세법시행령 제51조 제7항 의 규정을 준용한다.

○ 소득세법시행령 제51조 【총수입금액의 계산】

⑦ 법 제16조 제1항 제12호의 규정에 의한 비영업대금의 이익의 총수입금액을 계산함에 있어서 법 제70조의 규정에 의한 과세표준확정신고 또는 법 제80조의 규정에 의한 과세표준과 세액의 결정경정 전에 당해 비영업대금이 제55조 제2항 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 채권에 해당하여 채무자 또는 제3자로부터 원금 및 이자의 전부 또는 일부를 회수할 수 없는 경우에는 회수한 금액에서 원금을 먼저 차감하여 계산 한다. 이 경우 회수한 금액이 원금에 미달하는 때에는 총수입금액은 이를 없는 것으로 한다. (나) 민법 제476조 【지정변제충당】

① 채무자가 동일한 채권자에 대하여 같은 종류를 목적으로 한 수개의 채무를 부담한 경우에 변제의 제공이 그 채무전부를 소멸하게 하지 못하는 때에는 변제자는 그 당시 어느 채무를 지정하여 그 변제에 충당할 수 있다.

② 변제자가 전항의 지정을 하지 아니할 때에는 변제받는 자는 그 당시 어느 채무를 지정하여 변제에 충당할 수 있다. 그러나 변제자가 그 충당에 대하여 즉시 이의를 한 때에는 그러하지 아니하다.

③ 전2항의 변제충당은 상대방에 대한 의사표시로써 한다.

○ 민법 제477조 【법정변제충당】 당사자가 변제에 충당할 채무를 지정하지 아니한 때에는 다음 각호의 규정에 의한다.

1. 채무중에 이행기가 도래한 것과 도래하지 아니한 것이 있으면 이행기가 도래한 채무의 변제에 충당한다.

2. 채무전부의 이행기가 도래하였거나 도래하지 아니한 때에는 채무자에게 변제이익이 많은 채무의 변제에 충당한다.

3. 채무자에게 변제이익이 같으면 이행기가 먼저 도래한 채무나 먼저 도래할 채무의 변제에 충당한다.

4. 전2호의 사항이 같은 때에는 그 채무액에 비례하여 각 채무의 변제에 충당한다.

○ 민법 제479조 【비용, 이자, 원본에 대한 변제충당의 순서】

① 채무자가 1개 또는 수개의 채무의 비용 및 이자를 지급할 경우에 변제자가 그 전부를 소멸하게 하지 못한 급여를 한 때에는 비용, 이자, 원본의 순서로 변제에 충당하여야 한다.

(2) 사실관계 및 판단 (가) 처분청의 과세근거 및 경위 등에 대하여 보면,

1. 먼저, ○○지방국세청장의 세무조사서 등의 과세자료에 의하면, 청구인은 아래 <변제금액 내역>과 같이 2004～2005년 중 ○○건설에게 현금 및 어음 등으로 동업해지 합의금 중 11,032백만원을 변제한 것으로 조사되고 있고, 이에 대하여는 당사자간 다툼이 없다. <변제금액 내역> (단위: 백만원) 해지합의서상 합의금 지급․교부(2004.2.5) 2004～2005년 중 실제 변제금액 내역 구분 지급수단 금액 지급일 (결제일) 지급수단 금액

① 투자금 (7,000) 현금 2,000 2004.2.5. 현금 2,000 약속어음 5,000 2004.3.3 약속어음 4,000 2004.5.7 〃 500 2004.6.7 〃 500

② 투자금 (20,000) 약속어음 (2006.2.28. 만기) 20,000

③ 잔액 (9,000) 약속어음 (담보) 9,000 2004.11.30 수표 500 2004.12.27 〃 500 2005.2.4. (2005.5.10) 약속어음 1,032 2005.6.10 (2005.6.28) 〃 1,000 2005.6.10 (2005.10.10) 〃 1,000 계 36,000 11,032

2. ○○지방국세청장은 위의 변제금액 중 세무조사 착수일 이전인 2005.6.28. 이전까지 변제된 10,032백만원에 대하여 청구인이 ○○건설에게 지급할 동업해지 합의서상 투자원금(26,230백만원) 및 이자 상당액(9,770백만원) 중 이자부터 먼저 변제한 것으로 판단하고 있고, 위 10,032백만원 중 9,802백만원을 이 건 과세대상으로 하고 있는 바, 그 2004년 귀속분은 2004.2.5.～2004.12.27. 변제액 8,000백만원이고, 2005년 귀속분은 2005.5.10. 변제액 1,032백만원(1,000백만원을 제외한 32백만원은 지연이자)과 2006.6.28. 변제액 1,000백만원 중 770백만원의 합계 1,802백만원인 것으로 조사하고 있다.

3. 처분청은 ○○지방국세청장으로부터 통보받은 자료에 의하여 이 건을 과세하였는 바, 2004년분 8,000백만원에 대하여는 신고기한이 경과함에 따라 청구인에게 원천징수불성실가산세만을 과세하고 실소득자인 ○○건설에게 직접 과세할 수 있도록 과세자료를 통보하였으며, 2005년분 1,802백만원에 대하여는 신고기한이 경과하지 아니하여 청구인에게 원천징수세액 및 원천징수불성실 가산세를 각각 결정하여 이 건 과세하였음이 원천세 결정결의서, 세무조사서 등의 심리자료에 의하여 확인된다. (나) 청구인은 전술한 노○○와의 동업 및 동업해지계약서, ○○건설의 회계자료 등을 제출하면서 처분청이 과세근거로 한 동업계약 해지약정서(2004.2.5)에는 투자원금과 이자상당액의 변제충당 순서에 대한 명시적인 약정은 없었지만, 약정당시 투자원금부터 변제하는 묵시적인 약정이 있었고, 그 후 묵시적인 약정내용을 명확히 할 필요가 있다는 ○○건설의 요청에 따라 2005.8.1. 이미 지급한 110억원은 투자원금으로, 이자상당액은 2006.2.28.만기 어음금액(200억원)에 포함하는 것으로 하는 추가 합의하였고, 동 변제충당의 추가 약정은 새로운 사후약정에 해당한다고 하더라도, 그 추가 약정에 대하여 당사자간 이의를 제기한 사실이 없으며, 민법상 당사자간 변제충당의 약정이 있으면 민법 제479조 의 변제충당의 규정은 그 적용이 배제됨에도 불구하고, 처분청이 민법 제479조 의 규정에 의하여 쟁점2금액을 이자상당액의 우선변제로 보아 과세함은 부당하다는 주장이다.

1. 청구인이 입증자료로 제출한 2004.2.5.자 동업계약해지에 관한 합의서(△△법무법인 인증 2004년 제143호)에는 청구인이 ○○건설에게 지급할 합의금을 총 360억원(투자원금 262.3억원, 이자상당액 97.7억원)으로 하고, 그 내역으로는 ○○건설의 투자금 227.2억원(2003.5.30), 대여금 10억원(2003.10.20), 2003년 중 대여한 사업비 소요액 25억원 및 ○○건설이 청구인에게 지급한 금액에 대하여 2003.5.30. 이후 ○○건설이 부담할 이자 상당액 97.7억원 등으로 산정하였고, 동 합의금의 지급시기(제2조)에 대하여는, 청구인이 ○○건설에게 ① 투자금 70억원에 대하여는 합의서 작성시 현금 20억, 나머지는 약속어음 50억원(만기일이 2004.3.3.자 40억원, 합의일로부터 3개월 만기 5억원, 4개월 만기 5억원)을 지급하고, ② 투자금 200억원은 2005년 12월 분양예정인 □□□□지구 제2차 임대아파트(총 1,579세대)의 일반분양전환수입금으로 지급하되 동 임대아파트의 소유자인 △△토건주식회사 명의의 2006.2.28. 만기 약속어음을 담보로 지급하며, ③ 잔액 90억원은 2005.9.30. 만기의 약속어음을 담보로 제공하되 1차 내지 4차 중도금 입금시 각각 시공사와 정산후 2주이내 지급(1차～3차 중도금 입금시 각 20억원, 4차 중도금 입금시 30억원)하기로 약정하고 있는데, 투자원금과 이자 상당액의 변제충당순서에 대하여는 명시하지 않고 있다.

2. 청구인과 ○○건설간의 동업계약 해지에 관한 추가 합의서(2004.2.5)는 2005.8.1. 작성된 것으로써, 위의 2004.2.5.자 동업 계약 해지합의서를 근거로 투자원금 및 이자상당액의 지급시기를 명확히 하기 위하여 추가 합의를 하는 것으로 한 후, 당초 해지합의서상의 지급시기(제2조) 규정을 ① 일금 70억원은 투자원금, ② 투자금 200억원(만기일 2006.2.28) 중 10,230백만원은 투자원금, 9,770백만원은 이자 상당액, ③ 일금 90억원은 투자원금 등으로 변경하고 있는 바, 동 추가 합의서에 의하면 합의금의 변제충당순서에 대하여 이자 상당액은 사실상 2006.2.28.자 어음금액에 포함하는 것으로 명시함으로써 원금부터 변제하는 것으로 추가 약정하고 있음을 알 수 있다.

3. ○○건설의 2003～2005사업연도분 재무제표(대차대조표) 및 선급금계정에 의하면, 이 건 투자원금 등에 대하여 토지매매 계약금 지급시부터 선급금 계정에 계상하였다가 동업계약 해지합의금(360억원) 중 쟁점2금액 등 110억원을 지급받으면서 선급금 회수로 회계처리를 하였고, 합의서상 이자 상당액인 97.7억원에 대하여는 어음만기일인 2006.2.28.자 이자수익으로, 2005.2.4.자 지연이자 상당액에 대하여는 2006.12.31. 잡이익으로 회계처리하였음이 2006사업연도분 이자수익 및 잡이익원장에 의하여 확인된다.

4. 청구인이 제출한 □□법률사무소(변호사 백○○외1)의 소득구분 및 변제충당순서에 관한 질의회신문(2005.9.2)에 의하면, 청구인과 ○○건설간 동업계약 해지약정에서는 명시적 변제충당의 약정은 없었으나 청구인이 ○○건설에 110억원을 지급하면서 이를 지급이자가 아닌 투자원본의 반환으로 회계처리를 한 점, ○○건설의 입장에서도 이 건 지급액을 수입이자가 아닌 투자원본의 회수로 회계처리를 한 점, 이 건 수익금은 그 지급액이 이미 특정되어 있어 이를 투자원금과 별도로 구분할 경제적 필요가 없었고, 투자원금의 회수에 더하여 이자소득의 지급이 객관적으로 명확하게 보장되어 있지 않은 상태에서 사회통념에 반하여 투자금의 회수보다 이자소득을 먼저 회수하여야 할 특별한 사정이 없었던 점 등을 고려해 볼 때 청구인과 ○○건설간에는 이 건 지급액을 투자원금의 변제에 충당하기로 하는 묵시적 변제충당의 약정이 있다고 보는 것이 타당하고, 사후에 ○○건설이 2005.8.1. 청구인에게 변제충당에 관한 추가 합의서를 요청하였던 것도 그러한 변제충당의 묵시적 약정을 확인하는 의미에서였고 그러한 점은 당시까지의 가지급 금액을 투자원금의 변제에 충당된 것으로 보겠다는 위 합의서의 취지에 비추어 명확하다. 또한, 만일 청구인과 ○○건설간 묵시적인 변제충당의 약정이 없었다고 한다면 청구인이 2005.8.1. ○○건설과 사이에 그 묵시적 약정을 확인하는 의미에서 계약일자를 2004.2.5.로 소급하여 작성한 추가 합의서의 의미는 최소한 청구인과 ○○건설이 합의서 작성일인 2005.8.1. 이 건 지급액을 투자원금의 변제에 우선적으로 충당하는 내용의 새로운 사후 약정을 한 것으로 해석되어야 한다고 적시하고 있다. (다) 한편, 국세심판원이 2007.6.19. ○○건설의 회계감사인 ○○ 회계법인에게 요구하여 제출받은 2003～2005사업연도분 감사보고서 및 감사조서를 보면,

1. 회계감사인인 ○○회계법인(대표 김○○) 및 제335호 공인회계사 감사반(공인회계사 김△△ 외2)은 ○○건설의 2003～2005사업연도분 재무제표에 대하여 “적정의견”으로 감사보고(보고서 작성일: 2003사업연도분 2004.3.12, 2004사업연도분 2005.2.28, 2005사업연도분 2006.2.18)하고 있다.

2. ○○○○○(청구인)에 대한 투자원금이 계상된 선급금 관련 이자수익 귀속시기와 관련하여, 이 건 세무조사일 이전에 실시하여 작성된 2003사업연도분 감사조서(2004.3.12)에는 부동산 매매계약부터 동업계약 및 동업해지 합의에 이르게 된 경위를 볼 때 실질내용이나 취지가 원금부터 상환하는 것으로 판단되지만, 합의서상 오해의 소지가 있을 수 있으므로 원금부터 회수된다는 내용을 보다더 명확하게 할 필요가 있음을 Comment(주석)하고 있고, 2004사업연도분 감사조서(2005.2.28)에는 ○○○○○는 합의금 지급액에 대하여 원금의 반환으로 처리하였을 뿐 비용으로 처리하거나 원천징수를 하지 아니하였으며, ○○건설도 합의금 회수액을 이자수입이 아닌 원금의 회수로 처리한 바, 회사의 주장과 대체적인 감사절차를 통하여 파악한 ○○○○○의 주장뿐만 아니라 양당사자의 실제 회계 및 세무상 처리내용을 감안하고 회계처리기준해석(증권선물위원회 해석3-35, 1999.6.29)을 살펴볼 때 원금부터 회수되는 것으로 장부기장한 회사의 회계처리는 적정한 것으로 판단되므로 이를 Accept 한다(수정사항 없음)고 작성되어 있으며, 2005사업연도분 감사조서(2006.2.18)에는 ○○건설과 ○○○○○는 감사인의 권고에 따라 합의서 해석상 오해를 해소하기 위하여 원금과 이자의 회수에 관한 사항에 대하여 추가 합의서를 작성하였다는 등의 회사의 주장과 추가 합의서 등의 자료 및 회계기준해석을 감안하여 원금부터 회수되는 회계처리를 Accept 한다(수정사항 없음)고 작성되어 있다. (라) 살피건대, 비용․이자․원본에 대한 변제충당에 있어서는 민법 제479조 에 그 충당 순서가 법정되어 있고 지정 변제충당에 관한 같은 법 제476조는 준용되지 않으므로 당사자 사이에 특별한 합의가 없는 한 비용․이자․원본의 순서로 충당하여야 할 것이고, 채무자는 물론 채권자라고 할지라도 위 법정 순서와 다르게 일방적으로 충당의 순서를 지정할 수는 없다고 할 것이지만, 당사자의 일방적인 지정에 대하여 상대방이 지체없이 이의를 제기하지 아니함으로써 묵시적인 합의가 되었다고 보여지는 경우에는 그 법정충당의 순서와는 달리 충당의 순서를 인정할 수 있는 것인 바(대법원 2002다12871, 2002.5.10. 같은 뜻), 청구인은 2004.2.5. 동업계약 해지시 ○○건설과 투자원금 및 이자의 변제충당 순서에 대하여 명시적인 약정이 없었으나, 원금 부터 변제하기로 하는 묵시적 계약이 있었고, 이에 따라 원금부터 지급하다가 ○○건설의 요청에 의하여 이를 명확히 하는 사후약정인 추가 합의서를 작성하였다는 주장이고, 거래상대방인 ○○건설은 해지 합의금의 일부인 이 건 쟁점2금액 중 97.7억원은 선급금의 회수 및 어음만기일이 속한 2006년 이자수익으로 각각 기장하고 있을 뿐 달리 다툼이 없었고, 이로서 당사자인 ○○건설도 원금부터 충당하는 변제순서를 인정한 것으로 보여지며, 이 건 세무조사일 이전에 이루어진 ○○건설의 2003～2004사업연도분 감사보고서 및 감사 조서에 의하면 회계감사인은 쟁점사업에 관한 동업계약, 동업해지 합의, 당사자의 주장 및 실질내용 등에 비추어 투자원금과 이자수익의 귀속시기에 대하여 원금부터 상환하는 것이 정당한 것으로 감사하였을 뿐만 아니라 이에 터잡아 작성한 재무제표를 적정한 것으로 감사보고하고 있으며, 이러한 ○○건설의 감사보고서 및 감사조서가 허위로 위조되었다고 보기가 어려우므로 원금부터 회수하기로 한 회계처리가 적정한 것으로 판단한 감사자료의 증거를 부정할 수는 없는 점 등을 종합하여 볼 때 동업해지 약정시부터 당초 원금부터 변제한다는 묵시적 약정이 있었던 것으로 보여지고, 이에 더하여 당초 해지약정서에는 변제충당순서에 대하여 언급이 없었으나 추가 합의서를 작성하면서 원금부터 변제하기로 약정한 것은 동 약정대로 계약 내용을 변경한 것으로 볼 수 있는 점에서도 쟁점2금액 중 97.7억원은 사실상 원금부터 지급한 것으로 보는 것이 사실에 부합한 것으로 인정된다고 하겠다. 따라서, 처분청이 쟁점2금액 중 지연이자로 확인되는 32백만원(2005년 귀속)을 제외한 97.7억원에 대하여 2004～2005년 귀속분 이자 지급액으로 하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유가 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.