가공세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

○○세무서장이 2006.6.8. 청구법인에게 한 2001년 제2기분 부가가치세 15,286,200원의 부과처분은 청구법인이 2001년 제2기분 부가가치세 신고 시 공통매입세액 중 면세분으로 기 불공제한 금액에서 공급가액 41,500,000원(○○아파트 관련 공통매입세액 공급금액)을 제외하고 공통매입세액을 재계산하여 과세표준과 세액을 경정하고 나머지 심판청구는 기각합니다.

청구법인은 2001년 제2기 과세기간 중 ○○건설중기주식회사로부터 공급가액 73,000,000원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고 부가가치세 및 법인세 신고를 하였으나, 쟁점세금계산서가 가공세금계산서라는 과세자료가 통보되자 2006.1.18. 이를 시인하고 당초 신고 시 누락하였다는 노무비 71,528,000원을 손금산입하여 수정신고를 하였다. 처분청은 청구법인이 수정신고한 노무비에 대하여 관련증빙 소급작성 및 지급내역 불분명을 이유로 이를 부인하고 2006.6.8. 청구법인에게 2001년 제2기분 부가가치세 15,286,200원, 2001사업연도 법인세 38,066,320원을 경정 ․ 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.7.19. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 쟁점세금계산서는 그 대금이 실제 중기대여자에게 지급되었음이 현장 중기책임자 정○○의 확인서, 통장거래내역 등에 의하여 확인되고, 이를 부인할 경우 장비대 등이 통상적인 조경공사에 비해 원가에서 차지하는 비율이 상당히 낮게 되며, 아울러 공사현장에서는 실지 중기대여자가 자료상인 ○○건설중기주식회사 명의 세금계산서를 교부하더라도 이를 알 수 있는 상황이 아니었으므로, 손금 산입 및 매입세액 공제가 가능한 것으로 보아야 하며, 매입세액을 불공제하더라도 당초 부가가치세 신고 시, ○○아파트 공통매입세액 중 면세사업분을 안분계산하여 기 불공제하였으므로 ○○건설중기주식회사로부터 받은 쟁점세금계산서 관련 매입세액 전체를 불공제할 수 없으며, 아울러, 당초 신고 시 시공능력평가를 좋게 하기 위하여 일부 인건비를 누락하였으나 조경공사는 노무자 없이 공사를 할 수가 없으며, 건설업계 관행상 현실적으로 일용노무자들로부터 증빙수취가 어려운 상황이므로, 당사자의 확인서, 통장거래내역 등에 의하여 지급사실이 확인되는 노무비를 손금으로 인정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 공사현장 책임자라고 주장하는 정○○은 청구법인의 직원이 아니었음에도 공사 관련 별도의 계약서를 작성한 바도 없고 정○○에게 지급하였다는 금액도 법인계좌가 아닌 대표이사 문○○ 개인계좌에서 출금되었고, 실제 중장비를 사용하였다 주장하나 공사 관련 서류 등 증빙을 제출하지 못하고 있으며, 원가구조상 청구법인은 공사계약서상 인건비보다 지급한 인건비가 적게 되자 중장비관련 세금계산서를 과도하게 수취한 것으로 보이며, 쟁점세금계산서 매입세액을 안분 계산하여 부인하지 아니하고 전체를 부인하는 것이 부당하다 주장하나, 건설공사는 현장별로 구분하여 기장해야 할 사항으로 제시된 자료만으로는 현장별로 매출(면세분, 과세분)과 매입(면세분, 과세분)으로 구분 기장된 장부를 토대로 산출하였는지가 불분명하므로 전체를 부인한 처분이 타당하며, 인건비와 관련하여 당초 처분청 조사 시 노무비 관련 서류를 소급하여 작성한 사실을 인정하였고, 노무비 지급내역도 임의적으로 금액을 맞추어 작성한 것으로 보이고, 노무자도 주소가 공사현장 인근이 아닌 것으로 나타나거나 일부는 타 업체에서 근무한 것으로 나타나며, 청구법인이 제시한 통장 상 인출액과 지급하였다 주장하는 노무비와는 차이가 커서 노무비지급액으로 확정할 수 없는 등 인건비가 누락되었다는 확증자료를 제출하지 못하고 있는 반면, 2001사업연도에 457,171천원의 노무비가 결산서에 계상되어 있어 기 반영되어 있을 가능성이 높으므로 당초 처분은 정당하다.

가 쟁점

① 자료상으로부터 교부받은 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

② 공통매입세액 중 면세사업분을 안분계산하여 기 불공제하였으므로 쟁점세금계산서 관련 매입세액 부인 시 이를 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

③ 당초 신고 누락하였다는 인건비의 손금인정 여부

• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 제21조 【경정】

① 사업장 관할세무서장 ․ 사업장관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정시고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

○ 부가가치세법시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 〓 공통매입세액 × 면세공급가액 총 공급가액

○ 부가가치세법시행령 제61조 의 2 【공통매입세액의 정산】 사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분 계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용 면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각 호의 산식에 의하여 정산한다. (단서 생략)

1. 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분 계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 〓 {총 공통매입세액 × [1 － 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세공급가액 ] － 기공제세액} 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총 공급가액

○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 심리자료에 따르면, 청구법인은 ○○주식회사와 2001.1.6. 509,960,000원(부가가치세 포함)에 ○○APT현장 조경식재 및 시설물공사 계약을, 2001.12.20. 657,072,000원(부가가치세포함)에 ○○APT현장 조경식재 및 시설물공사 하도급계약을 체결한 사실이 확인된다.

(2) 쟁점① 자료상으로부터 교부받은 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부를 살펴본다. (가) 청구법인은 위 공사와 관련하여 중장비관련 일체 업무를 담당하면서 중장비사용대금으로 120,857,000원(98,851,700원은 계좌 송금, 나머지는 현금 수령)을 받아 실제 중장비대여자에게 지급하였으나 실제 중장비대여자가 자료상인 ○○건설중기주식회사 명의의 쟁점세금계산서를 제출하였고 현장에서는 실제세금계산서와 가공세금계산서를 구별한다는 것이 사실상 불가능하여 이를 수령하게 되었다는 내용의 정○○의 확인서, 정○○에게 2001.6.25 ~ 2002.2.18. 98,851,700원을 송금한 내역이 기재된 청구법인 대표이사 문○○의 ○○은행 개인계좌 거래내역, 쟁점세금계산서 포함 각 46,590,000원, 63,280,000원의 장비대 등이 기재된 공사 현장별 정산철 등을 제출하였다. (나) 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 쟁점세금계산서를 교부한 ○○건설중기주식회사는 2004.5.20. 자료상으로 고발되었고, 청구법인 대표이사 문○○은 처분청 조사 시 2001 사업연도 중 ○○건설중기주식회사로부터 실물거래없이 쟁점세금계산서를 수취하여 매입세액공제 및 원가반영하였음을 확인하였고, 청구법인이 현장 책임자라고 주장하는 정○○은 2001년도 중 ○○개발주식회사와 ○○조경주식회사에 근무하며 각 900,000원, 7,700,000원의 급여를 수령한 것으로 나타난다. (다) 한편, 청구법인은 대금 지급과 관련한 중장비사용실적이나 지급처 등에 대한 자료나 청구법인이 정○○에게 지급한 중장비 사용대금의 산정근거 등의 증거자료는 제시하지 않고 있다. (라) 이상의 사실관계를 종합하면, 청구법인은 쟁점세금계산서상 매입세액을 부가가치세 매출세액에서 공제하고 공급가액을 법인소득금액계산시 손금에 산입하여야 한다고 주장하지만, 청구법인이 제출한 자료에 따르면 정○○에게 청구법인 대표이사 개인계좌에서 98,851,700원이 송금된 것으로 나타나나, 청구법인의 직원이 아닌 것으로 나타난 정○○과 청구법인간의 장비사용과 관련한 구체적인 대금지급근거나 금액산출근거 등을 제시하지 못하고 있어 동 금액이 중장비사용대가인 것으로 확정할 수 없으며, 아울러 청구법인 대표이사가 처분청에 쟁점세금계산서가 가공세금계산서임을 시인한 것이 확인되므로 객관적인 반증자료 없이 사후 이를 부인하는 청구주장을 신뢰할 수 없다고 판단된다.

(3) 쟁점② 공통매입세액 중 면세사업분을 안분계산하여 기 불공제하였으므로 쟁점세금계산서관련 매입세액 부인 시 이를 제외하여야 한다는 청구주장의 당부를 살펴본다. (가) 청구법인이 제시한 2001년 제2기 부가가치세 확정신고서 ․ ○○아파트 정산철 등을 살펴보면, 청구법인은 5개 공사현장 공통매입세액 안분계산액 9,855,235원을 공제받지 못할 매입세액으로 신고하였으며, ○○아파트와 관련한 공통매입세액에는 쟁점세금계산서 중 위 아파트와 관련하여 수취한 세금계산서의 매입세액 4,150,000원이 포함된 것으로 나타난다. (나) 한편, 처분청의 경정결의서를 살펴보면 처분청은 쟁점세금계산서상 매입세액 전액을 부인한 것으로 나타난다. (다) 그렇다면, 처분청은 청구법인이 쟁점세금계산서와 관련하여 공통매입세액으로 기불공제한 것으로 나타나는 금액을 중복하여 부인한 것으로 보이므로, 쟁점세금계산서 중 ○○아파트 관련 공급가액 41,500,000원을 제외하여 2001년 제2기 공통매입세액을 안분계산하여 할 것으로 판단된다.

(4) 쟁점③ 당초 신고 누락하였다는 인건비의 손금인정 여부를 살펴본다. (가) 청구법인은 2001.7.1. ~ 12.31. 인부책임자로서 일당 48,000원 ~ 50,000원에 각 4인의 인부를 데리고 조경공사를 하고 총 38,710,000원, 32,818,000원의 노무비를 매월 말 일괄 수령하여 배분하였다는 이○○ ․ 김○○ 확인서, 노무비지급과 관련 아래 표와 같은 각 계좌별 출금내역, 보름단위로 작성된 현장별 일용노무비 지급명세서 등을 제출하였으며, 청구법인이 별도 제출한 각 공사현장별 정산철에 따르면 각 80,604,000원, 82,650,000원의 인건비가 지출된 것으로 기재되어 있다. (단위: 천원) 월 목동 서초 합계 지급방법 7월 6,615 6,637 13,288

○○은행 07.26. 인출분 80,000,000원에서 지급 8월 6,519 6,723 13,242

○○은행 08.20. 인출분 100,000,000원에서 지급 9월 6,221 6,275 12,496

○○은행 09.29. 인출분 14,000,000원에서 지급 10월 6,615 6,673 13,288

○○은행 10.30. 인출분 15,000,000원에서 지급 11월 6,274 6,474 12,748

○○은행 11.27. 인출분 39,200,000원에서 지급 12월 6,466 6,466

○○은행 12.28. 인출분 11,000,000원에서 지급 계 38,710 32,818 71,528 (나) 한편, 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 청구법인이 고용하였다는 노무자 중 이○○과 손○○이 2001 사업연도에 각 (유)○○택시회사와 ○○콜렉션에 근무하며 6,362,804원, 12,000,000원의 급여를 수령한 것으로 나타나며, 청구법인 대표이사 문○○은 처분청 조사 시 2001사업연도 중 ○○/○○ 공사건으로 노무비대장을 소급 작성하였음을 확인한 것으로 나타난다. (다) 이상의 사실관계를 종합하면, 청구인이 제시한 계좌상의 출금액과 노무비지급액과의 차이가 커서 동 금융거래와 노무비지급의 상관관계를 확정할 수 없고, 노무자중 일부는 타 업체에서 근무하였던 것으로 나타나며, 기타 원자료인 노무비대장 자체가 소급작성된 것으로 확인되어 이를 신뢰할 수 없으므로, 신고 누락한 인건비를 손금에 산입하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.