조세특례제한법상 감면규정과 소득세법상 1세대1주택 비과세 규정을 동시에 적용할수 있는지 여부

○○세무서장이 2006.4.10. 청구인에게 한 2005년 귀속 농어촌특별세 23,250,990원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2005.8.26. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 ○○아파트 ○○동 ○○호(전용면적 101.6㎡, 이하 “쟁점아파트”라 한다)를 880만원에 양도하고 2005.10.4. 실지거래가액으로 쟁점아파트의 양도에 따른 양도소득세를 계산하면서 조세특례제한법 제99조 제1항 의 규정에 의한 양도소득세 감면대상이고, 1세대1주택 비과세대상인 고가주택에 해당한다 하여 양도가액 6억원까지는 비과세감면 규정을 적용하고 6억원을 초과하는 양도가액에 대한 양도차익 및 산출세액을 산정하여 양도소득세 32,778,328원에 대한 양도소득세 감면 신청을 하였고, 양도소득세 감면세액에 대한 2005년도 귀속 농어촌특별세 6,555,660원을 신고납부하였다.
• 나. 처분청은 양도가액이 6억원을 초과하여 2002.12.18. 법률 제6781호로 개정된 소득세법 제89조 제3호 및 같은 법 시행령 제156조 제1항에 의한 고가주택에 해당하면서 동시에 조세특례제한법 제99조 에 규정하는 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면규정이 적용되는 주택에 해당하는 쟁점주택을 양도하는 경우 두개의 감면규정을 동시에 적용할 수 없다하여 1세대1주택 비과세규정의 적용을 배제하여 양도소득세 산출세액을 149,033,285원으로 산정하고 이에 조세특례제한법 제99조 에 의하여 감면하고 감면세액의 20%에 상당하는 29,806,657원을 농어촌특별세 산출세액으로 계산하여 2006.4.10. 청구인에게 2005년도 귀속 농어촌특별세 23,250,990원을 결정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2006.7.7. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 소득세법상 1세대 1주택 요건을 갖춘 주택의 양도가액이 6억원을 초과하는 경우에 양도가액 6억원까지는 납세의무가 없는 비과세이므로 세액계산을 하지 않고 양도가액 6억원을 초과하는 부분에 상당하는 양도차익에 대한 양도소득세를 계산하여 신고납부하는 것이고, 조세특례제한법상 양도소득세 감면은 양도소득세 산출세액이 계산되어야 한다는 전제조건하에서 적용되기 때문에 1세대1주택으로서 고가주택인 쟁점아파트의 6억원을 초과하는 양도차익에 대한 산출세액을 감면대상세액으로 하여야 하므로 비과세대상인 6억원 미만분에 대한 양도소득세도 감면세액으로 보아 농어촌특별세를 부과한 당초 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 제89조 제3호 의 1세대1주택 비과세요건을 갖춘 고가주택이면서 조세특례제한법 제99조 에 규정하는 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하는 주택의 양도소득금액을 계산하는 때에는 두 법을 동시에 적용하지 않고 납세자에게 세부담이 유리한 방법을 선택하여 적용하는 것이므로 1세대1주택 비과세 규정의 적용을 배제한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점아파트가 1세대1주택 비과세요건을 갖춘 고가주택이면서 조세특례제한법 제99조 의 규정에 의한 신축주택에 해당하는 경우 조세특례제한법상 감면규정과 소득세법상 1세대1주택 비과세 규정을 동시에 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

○ 조세특례제한법 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자기가 건설한 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

○ 소득세법 제89조 【비과세양도소득】 (2002.12.18. 법률 제6781호로 개정된 것)

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 일세대 일주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

○ 소득세법시행령 제156조 【고가주택의 범위】

① 법 제89조제1항제3호에서 "가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택"이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2005.8.26. 양도한 쟁점아파트가 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의한 1세대 1주택 비과세요건을 갖춘 고가주택이면서 조세특례제한법 제99조 제1항 의 규정에 의하여 양도소득세 감면 대상이 되는 신축주택에 해당하는 것에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

(2) 청구인은 소득세법상 1세대1주택 요건을 갖춘 주택이 양도가액이 6억원을 초과하는 경우에 양도가액 6억원까지는 양도소득세 납세의무가 없는 비과세대상이므로 양도가액 6억원을 초과하는 부분에 상당하는 양도차익에 대한 양도소득세를 계산하고, 동 양도소득세를 감면세액으로 하여 농어촌특별세를 과세하여야 한다는 주장인 반면, 처분청은 소득세법 제89조 제3호 의 1세대1주택 비과세요건을 갖춘 고가주택이면서 조세특례제한법 제99조 에 규정하는 감면대상에 해당하는 경우에는 두 감면규정을 동시에 적용하지 않고 납세자에게 세부담이 유리한 방법을 선택하여 적용하는 것이라고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. (3) 소득세법 제89조 제3호 및 소득세법 시행령 제156조 제1항 에서는 1세대 1주택인 경우에도 양도가액이 6억원을 초과하는 주택을 제외하고는 양도소득세를 과세하지 않는다고 규정하고 있고, 소득세법 제95조 제3항 및 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 불구하고 별도로 양도소득금액 계산방법을 규정하고 있다.

(4) 조세특례제한법상에 규정되어 있는 감면제도에 대하여는 중복지원의 배제, 감면규정 적용의 배제 등 조세특례를 제한하는 규정을 두고 있으나, 이는 원칙적으로 조세특례제한법에 규정된 감면제도 상호간의 중복적용을 배제하는 규정이라 할 것이며, 조세특례제한법과 개별세법간의 비과세 또는 감면규정 상호간에 대하여 중복적용을 배제한다거나 중복적용한다거나 하는 조정 규정은 없는 것으로 이해된다.

(5) 그렇다면, 소득세법 제89조 제3호 및 동법 시행령 제156조에 따른 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 주택이면서 고가주택에 해당하는 이 건의 경우 조세특례제한법 제99조 규정에 의한 감면대상 양도소득은 소득세법 시행령 제95조 제3항 및 소득세법 시행령 제160조 의 규정에 의하여 계산된 양도가액 6억원을 초과하는 부분이라할 것이므로, 양도가액 6억원을 초과하는 부분에 상당하는 양도차익에 대한 양도소득세를 이 건 농어촌특별세의 과세표준으로 해야 한다는 청구인의 주장이 타당하다고 판단된다(재정경제부 재산세제과-1114, 2006.9.7. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.