이 건의 경우는 일정액을 할인하는 매출할인으로 보기는 어렵다. 따라서 토지, 건물 및 기타유형자산의 가액을 안분계산하여 건물 및 기타유형자산의 부가가치세 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건의 경우는 일정액을 할인하는 매출할인으로 보기는 어렵다. 따라서 토지, 건물 및 기타유형자산의 가액을 안분계산하여 건물 및 기타유형자산의 부가가치세 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
◯◯세무서장이 2006.4.11. 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은
1. 청구법인의 소유인 ◯◯시 ◯◯구 ◯◯ 동 ◯◯ 대지 10,350㎡ 외 2필지 13,323㎡와 그 지상의 건물 및 기타유형자산 등의 매매대금을 480억원으로 하여 토지, 건물 및 기타유형자산의 가액을 안분계산하여 건물 및 기타유형자산의 부가가치세 과세표준 및 세액을 경정한다.
2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 주위적 청구 매매목적물의 범위를 정한 쟁점부동산의 매매계약서 제2조의 제1항은 이 건 부동산매매계약의 대상이 되는 매매목적부동산을 토지만을 대상으로 하면서 그 토지의 지번, 지목, 면적 등을 표로 정리하여 기재하고 있는 점, 제2항은 이 계약의 매매목적물을 위 제1항의 “토지 및 그 위에 구축된 모든 건물, 조경물, 시설물, 구축물, 기계설비, 호텔의 집기비품을 일괄 포함한다”라고 정하고 있는 바, 건물을 집기 및 비품과 같이 취급하여 토지에 부수하여 매각하는 자산의 일부에 포함시키고 있는 점, 동 매매계약서 제3조는 부동산매매대금 및 그 대금의 지급일정에 대하여 규정하고 있는데, 제5호에서 “매매부동산을 재개발하여 일반 분양하지 않고 현재의 상태로 사업을 운영하기로 결정”하는 경우를 상정하고 있는 점 등을 종합해 보면, 쟁점부동산을 재개발하기 때문에 쟁점부동산의 매매대금은 토지가액을 기준으로 산정된 것이고, 매도인은 매수인이 영위하는 목적사업인 재개발사업의 편의를 위하여 매수인에게 건물을 무상으로 제공한 것에 불과하므로 건물의 대가는 쟁점부동산의 매매대금에 포함되어 있지 아니한다. 또한, 쟁점부동산의 매매계약서상 매매대금에 부가가치세가 포함되어 있는지 여부가 언급되어 있지 않은데, 그 이유는 쌍방 모두 부가가치세가 면제되는 토지만을 대가적 거래의 대상으로 보았기 때문이며, 주식회사 ◯◯◯이 보낸 쟁점부동산 매매대금 지불내역서에 부동산 대금이 전액 토지분 480억원이고, 건물분 가액은 기재되어 있지 않은 점, 주식회사 ◯◯◯이 시공사측에 보낸 사업성 평가서에도 토지매입비로 655억원을 지출했다고 작성되어 있고, 그 산출내역이 5,214평(쟁점부동산의 대지면적과 동일함)을 평당 12,562천원에 매입한 것으로 적혀 있는 점 등에 비추어 보면 매도인뿐만 아니라 매수인도 이 건 매매대금이 토지의 공급대가로 인식하였음을 알 수 있다. 매수인의 입장에서 보면, 이 건 토지를 매입한 후 건물을 멸실한 다음 아파트신축사업을 추진할 목적이었으므로 건물에 대한 가치를 고려하여 그에 대한 대가를 지급할 이유가 없었다는 점, 매도인은 건물 중에는 30년 이상된 노후 건물이 포함되어 있고, 청구법인의 재무상태가 어려워 이 건 토지와 건물 등을 하루라도 신속히 매각한 후 매각대금으로 다른 채무를 변제해야 할 형편이어서 아파트 재건축 사업을 추진하려는 매수인으로 하여금 그 건물에 대한 대가를 지불하라고 요구할 수 있는 사정이 아니었던 점, 이 건 토지는 가격이 위치마다 조금씩 차이가 있지만, 최근에도 평당 1천만원에서 1천5백만원 정도의 시세로 거래되고 있는 바, 이와 같은 객관적인 지가에 비추어 보더라도 이 사건 매매대금은 당사자 사이에서 오직 토지가격만을 평가하여 정해진 금액으로 보아야 할 것이라는 점, 건물이 포함된 부동산 매입시 매수인은 건물가액을 감정한 다음 매매계약서에 건물가격을 토지가격과 구분, 특정하여 추후 건물에 대한 감가상각의 기준으로 삼는 것이 통상적인 관행인데도 부동산 관련 사업을 전문으로 하는 회사인 주식회사 ◯◯◯은 그러한 점을 잘 알고 있었음에도 불구하고 이 사건 매매계약서에 총 매매가격에서 건물가격을 구분, 특정하지 않은 것은 이 사건 매매대금은 토지만을 기준으로 평가된 것이고 건물가격이 제외되었기 때문인 것으로 보아야 할 것이라는 점, 설령 매매대금에 건물가액이 포함되어 있다고 할지라도 그 가액은 청구법인의 건물철거 등에 따른 손실보상금적 성격의 금원에 불과할 뿐, 건물의 공급에 대한 대가적 성격의 금원이라고 볼 수 없다는 점(대법원 2004두105790 2005.7.8. 같은 뜻임)등에 비추어 보면, 계약 당시 계약당사자들이 처한 여러 정황을 고려하더라도, 이 사건 매매대금은 토지 가액으로만 구성되어 있을 뿐 건물대가는 포함되어 있지 않다고 보아야 할 것입니다.
(2) 예비적 청구 설령, 토지 및 건물이 일괄 양도하였다 하더라도 그 후에 청구법인의 쟁점부동산 매매대금이 500억원에서 480억원으로 감액 변경되었으므로 그 차액 20억원에 대한 부가가치세를 청구법인에게 환급해 주어야 함에도 이를 거부함은 부당하다.
(1) 주위적 청구 청구법인은 이 건 부동산매매대금은 토지가액을 기준하여 산정한 것이고, 건물의 가액이 포함되어 있지 않다고 주장하나, 쟁점부동산 매매계약 당시 건물이 존재하였고, 2004년도 대차대조표에 건물가액이 20,603백만원으로 계상되어 있으며, 매수인인 주식회사 ◯◯◯은 청구법인이 교부한 매입세금계산서를 근거로 부가가치세 신고시 매입세액을 공제 받은 것이 확인되므로 건물을 무상으로 제공하였다는 청구법인의 주장은 설득력이 없다.
(2) 예비적 청구 설령, 토지 및 건물이 일괄 양도되었다고 하더라도 쟁점부동산의 매매대금이 500억원에서 480억원으로 감액 변경되었으므로 그 차액에 대한 부가가치세를 환급하여 줄 것을 주장하나, 매매계약서상 “병이 1차 및 2차 중도금과 잔금을 계약 체결 후 3개월 이내에 현금으로 일시에 지불할 때”라고 되어 있어 잔금청산일을 공급시기로 볼 수 있으나 부가가치세법 제9조 제3항 에 의거 공급시기전에 대가의 전부 또는 일부를 받고 세금계산서를 교부한 때에는 교부한 때가 공급시기가 되어 공급가액이 확정되고 청구법인이 매수자에 대한 매매대금 중 20억원을 감액하여 준 것은 매매대금의 조기 회수에 따른 특약조건에 따라 감액하여 준 것으로 부가가치세법 제13조 제3항 에 규정된 과세표준에서 공제되지 아니하는 매출할인에 해당되므로 당초 쟁점부동산의 매매대금을 500억원으로 결정하여 신고한 것은 적법하므로 20억원에 대한 부가가치세를 환급하여 달라는 청구법인의 주장은 이유없다.
(1) 주위적 청구 아파트건립용 부지로 쟁점토지와 쟁점건물을 양도하고 소유권이전등기를 경료한 후 쟁점건물을 양수인이 철거한 경우, 지상건물의 가액을 0원으로 볼 수 있는지 여부
(2) 예비적 청구 쟁점부동산 중 청구법인 소유분의 매매대금이 500억원에서 480억원 으로 감액 변경된 것으로 보아 그 차액 20억원에 대한 건물에 대한 부가가치세의 환급해 줄 수 있는지 여부
① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다. (2) 부가가치세법 제12조 【면 세】
① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
(3) 부가가치세법시행령 제48조 의 2 【과세표준의 안분계산】
④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.
소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.
2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.
3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.
(1) 주위적 청구에 대하여 본다. (가) 청구법인은 1977.2.5.부터 호텔업을 영위하는 사업자로서 호텔업에 공하던 쟁점부동산을 2005.6.14. 주식회사 ◯◯◯에게 총 620억원(청구법인 소유분 500억원, 김◯◯소유분 120억원)에 양도하고 쟁점건물의 가액을 17,517백만원으로, 기타유형자산의 가액을 4,475백만원으로 산정하여 주식회사 ◯◯◯에게 세금계산서를 교부하고 건물 및 기타유형자산의 부가가치세 2,199,216,250원을 신고‧납부하였다. (나) 쟁점부동산의 매매계약서(2005.6.14.)를 보면, 전문에 “매도인 주식회사 ◯◯◯(갑)와 김◯◯(을) 및 매수인 주식회사◯◯◯은 제2조에 해당하는 매매목적물의 재개발 후 일반 분양을 목적으로 부동산 매매계약을 체결한다”로 되어 있고, 제2조 제1항에 “본 건 부동산 매매계약의 대상이 되는 목적부동산은 아래 와 같다”고 되어 있으며, 소유자 주소 지목 토지면적 m² 평 갑 ◯◯시◯◯구◯◯동◯◯◯ 대지 10,350 3,131 ◯◯시◯◯구◯◯동◯◯◯ 대지 2,198 665 ◯◯시◯◯구◯◯동◯◯◯ 대지 775 234 을 ◯◯시◯◯구◯◯동◯◯◯ 대지 3,558 1,076 ◯◯시◯◯구◯◯동◯◯◯ 대지 356 108 ◯◯시◯◯구◯◯동◯◯◯ 임야 3,163 957 ◯◯시◯◯구◯◯동◯◯◯ 임야 7 2 합계 20,407 6,173 제2조 제2항에 “본 계약의 매매목적물은 위 1항의 토지 및 그 위에 구축된 모든 건물, 조경물, 시설물, 구축물, 기계설비, 호텔의 집기비품을 일괄 포함한다”로 되어 있다. 제3조 제1항에 “매매부동산에 대한 매매계약을 체결함에 있어 매매부동산에 대한 매매금액은 620억원으로 하며 매매대금은 아래와 같은 일정에 따라 지급하기로 한다”로 되어 있고, 제8항에는 “위 1항의 조건에 불구하고 매수자가 1‧2차 중도금과 잔금을 계약체결 후 3개월 이내에 현금으로 일시에 지불할 때에는 매매부동산의 매매대금 총액을 600억원으로 하고 청구법인과 김◯◯에 대한 매매대금은 각각 480억원과 120억원으로 한다”라고 되어 있다. 매매대금 620억원 계약금 계약체결시(2005.6.14.) 20억원 1차 중도금 계약체결후 3개월 이내 400억원 2차 중도금 80% 분양된 후 1주일 이내 50억원 잔 금 준공 후 입주 시작 즉시 150억원 (다) 쟁점부동산의 등기부등본을 보면, 2005.9.15. 쟁점건물에 대한 소유권이 청구법인으로부터 주식회사 ◯◯◯에게 이전등기접수되었다. (라) 청구법인은 같은 날(2005.9.15.)에 쟁점건물 및 기타유형자산을 주식회사◯◯◯에게 21,992,162,499원에 공급한 것으로 하고 동 금액을 청구하는 것으로 하여 세금계산서를 교부하였고, 쟁점부동산의 매수자인 주식회사 ◯◯◯은 위 세금계산서에 대한 부가가치세를 매입세액공제하여 부가가치세를 신고하였음이 심리자료에 의하여 확인된다. (마) 청구법인의 2004.12.31. 현재 대차대조표상 쟁점건물의 장부가액은 20,603백만원이며, 손익계산서상 2003.1.1.부터 2003.12.31.까지 당기 순손실은 3,898백만원, 2004.1.1.부터 2004.12.31.까지 당기 순손실은 1,408백만원으로 확인된다. (바) 쟁점건물에 대한 건축물 철거‧멸실신고서를 보면, 쟁점건물은 본관 등 5개동으로 되어 있으며, 주식회사 ◯◯◯의 김◯◯가 2006.2.2. 쟁점건물에 대한 건축물 철거‧멸실신고를 하였고, 2006.5.4. 주식회사 ◯◯◯은 건설폐기물 처리계획을 신고하였음이 ◯◯◯구청장이 교부한 건설폐기물 처리계획 신고필증 등에 의하여 확인되고 있어 쟁점건물이 철거되지 아니한 상태에서 2005.9.14. 쟁점부동산에 대한 소유권이 이전등기되었음이 확인된다. (사) 청구법인이 제출한 쟁점부동산의 현장사진을 보면, 쟁점건물 중 본관을 제외한 나머지 건축물은 모두 철거된 것으로 나타나며, 본관 건물을 철거하지 아니한 이유에 대하여 청구법인은 “쟁점부동산 소재지역이 2종 주거지역이어서 높이 20m의 고도제한을 받는데, 기존 건물을 용도 변경하는 경우에는 이러한 고도제한을 받지 않기 때문에 본관 건물만은 완전히 철거하지 아니고 이를 리모델링하여 아파트를 신축하기 위함이며, 이 경우에 있어서 리모델링은 단순한 개조가 아니라 사실상 재건축이며, 이는 청구법인의 호텔 객실은 20평 정도이나 주식회사◯◯◯이 분양할 아파트의 평수는 66평～85평인 고급아파트이므로 골조만 남겨두고 모두 철거해야 하기 때문이다”라고 주장하고 있다. (아) 주요 일간지인 ◯◯◯일보의 보도내용(2006.5.18.)을 보면, ◯◯ ◯◯동 ◯◯산 자락의 ◯◯◯호텔이 아파트로 탈바꿈한다“라고 되어 있고, ◯◯◯구청 관계자는 2종 주거지역이어서 높이 20m 이하의 아파트를 짓는 데 문제가 없고 기존 건물은 용도를 바꿔도 높이 제한을 받지 않는다고 말했다”라고 되어 있다. (자) 청구법인이 제시한 주식회사 ◯◯◯이 작성하여 청구법인에게 보냈다는 ◯◯◯ 부동산 매매대금 지불내역을 보면, 총 부동산매매대금은 605억원으로 되어 있고 이는 법인 부동산대금(토지분) 480억원(건물분은 기재되어 있지 아니함)과 개인부동산대금 125억원으로 기재되어 있다. 또한 주식회사 ◯◯◯의 사업성펑가서를 보면, 토지매입비로 655억원이 책정되어 있고, 그 산출내역은 5,214평(쟁점부동산 중 대지면적과 동일)을 평당 12,562천원에 매입한 것으로 되어 있다. (차) 청구법인은 쟁점부동산 인근의 토지시세는 평당 1천만원에서 1천 5백만원이라는 부동산중개사업자의 부동산시세 확인서를 제시하고 있으며 그 내용은 아래와 같다. (단위: 백만원) 상호 소재지 평당가액 기준시점 ◯◯부동산 이◯◯ ◯◯은행◯◯지점 20 2005년 11월 ◯◯호텔 주변 13～15 ◯◯동 주택지 7～10 ◯◯공인중개사 안◯◯ ◯◯호텔 인근 12～15 2005년10월 ◯◯공인중개사 임◯◯ 10～15 2005년11월 ◯◯부동산 손◯◯ 10～15 2005년11월 (카) 위의 사실관계를 종합하면, 청구법인은 쟁점부동산의 매매대금은 토지만의 가액이며 건물 등의 가액은 포함되어 있지 아니하다는 주장이나, 쟁점부동산의 매매계약서 제2조 제2항에 “본 계약의 매매목적물은 위 1항의 토지 및 그 위에 구축된 모든 건물, 조경물, 시설물, 구축물, 기계설비, 호텔의 집기비품을 일괄 포함한다”로 되어 있어 쟁점부동산의 매매대금에는 건물 등의 가액이 포함되어 있는 점, 청구법인의 2004.12.31.현재 대차대조표상에 쟁점건물의 가액이 20,603백만원으로 계상되어 있는 점, 쟁점건물에 대한 소유권이 2005.9.15. 이전등기 경료되고, 같은 날 쟁점건물 등에 대한 세금계산서가 교부된 점, 쟁점건물 중 본관건물이 완전히 철거되지 아니한 상태에서 아파트 건축에 이용되고 있는 점 등에 비추어 볼 때 쟁점건물의 시세가 전혀 없다고 보기는 어려워 보인다. 따라서 처분청이 쟁점부동산의 매매계약은 토지만을 양도한 것이므로 청구법인이 신고‧납부한 쟁점건물 및 기타 유형자산의 부가가치세를 환급해 달라는 청구법인의 경정청구에 대하여 거부한 처분에는 잘못이 없다고 판단된다.
(2) 예비적 청구에 대하여 본다. (가) 주위적 청구의 (나)에서 본 바와 같이 쟁점부동산의 매매계약서 제3조를 보면 쟁점부동산의 매매금액을 620억원으로 하고, 매매대금 중 1‧2차 중도금과 잔금을 계약체결 후 3개월 이내에 현금으로 일시에 지불할 때에는 매매부동산의 매매대금 총액을 600억원(법인 480억원, 개인 120억원)으로 한다고 약정하였으며, 청구법인은 계약체결일 3월 후인 2005.9.15.에 나머지 580억원(20억원은 명도 후지급하기로 함)을 수령하면서 위 약정에 따라 쟁점부동산의 매매대금을 600억으로 결정하였다. (단위: 억원) 합계 계약금 중도금 미수금 일자 금액 일자 금액 600 2005.6.14 20 2005.9.15 560 20 ※ 미수금은 쟁점건물 전체를 주식회사 ◯◯◯◯에게 명도시 지급하기로 하고 주식회사 ◯◯◯◯이 미지급금으로 보관한 것임 (나) 청구법인은 쟁점부동산의 중도금을 계약체결 3월 이내에 일시에 수령하여 상호 약정에 따라 쟁점부동산의 매매대금을 600억원(청구법인의 매매대금 480억원, 김◯◯에 대한 매매대금 120억원)으로 감액 결정한 것이므로 매매대금 중 감액된 20억원에 해당하는 건물 및 기타유형자산의 부가가치세를 환급하여야 한다는 주장이고, 처분청은 위 20억원은 청구법인이 매매대금의 조기 회수에 따른 특약조건에 따라 감액하여 준 것으로 부가가치세법 제13조 제3항 에 규정된 과세표준에서 공제되지 아니하는 매출할인에 해당된다는 의견이다. (다) 살피건대, 부가가치세법 제13조 【과세표준】 제3항에 재화 또는 용역을 공급한 후의 그 공급가액에 대한 할인액 등은 과세표준에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제52조 【부당대가 및 에누리 등의 범위】 제3항에 할인액은 외상판매에 대한 공급대가의 미수금을 결제하거나 공급대가의 미수금을 그 약정기일 전에 영수하는 경우에 일정액을 할인하는 금액으로 한다고 되어 있는 바, 이 건의 경우는 당초 계약조건에 따라 쟁점부동산의 매매대금 중 청구법인 소유분의 매매대금이 20억원 감액된 480억원으로 변경된 것이므로 이를 공급대가가 확정된 후 일정한 조건에 따라 일정액을 할인하는 매출할인으로 보기는 어렵다. 따라서 처분청이 쟁점부동산 중 청구법인 소유분의 매도대금을 480억원으로 하여 토지, 건물 및 기타유형자산의 가액을 안분계산하여 건물 및 기타유형자산의 부가가치세 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.