1세대 1주택자로서 재건축아파트입주권 양도시 기존주택의 양도차익뿐만 아니라 입주권의 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지 여부

○○세무서장이 2006.6.14. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 24,270,480원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구인은 1980.4.11. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 4필지 소재 ○○○○아파트 140동 405호(건물 55.31㎡, 대지 60.36㎡, 이하 “기존주택”이라 한다)를 취득하고 기존주택에 대한 재건축사업 시행계획이 2003.6.23. 승인됨에 따라 조합원으로서 재건축아파트의 입주권(149.93㎡, 이하 “쟁점조합원입주권”이라 한다)을 취득하여 2006.1.31.청구회 박○○에게 양도한 후, 쟁점조합원입주권을 1세대 1주택으로 보아 양도가액 6억원을 초과하는 고가주택의 양도차익에서 장기보유특별공제액 158,283,106원을 공제하여 2006년 귀속 양도소득세 51,340,110원을 예정신고 납부하였다. 처분청은 청구인이 신고한 양도차익을 기존주택과 입주권으로 구분한 다음 입주권의 양도차익에 대해서는 장기보유특별공제액 67,418,010원의 적용을 배제하여 2006.6.14. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 24,270,480원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.6.27. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 현행 소득세법 시행령 제155조 (1세대 1주택의 특례) 제17항에 의하면 조합원입주권을 1개 소유한 1세대가 당해 조합원입주권을 양도하는 경우 1세대 1주택에 해당하고 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 이를 부동산을 취득할 수 있는권리로 보지 아니하고 1세대 1주택으로 본다고 규정하고 있으므로, 쟁점조합원입주권은 1세대 1주택으로 의제되고, 양도가액이 6억원을 초과하여 고가주택으로 양도소득세가 과세되는 경우에는 주택과 동일하게 장기보유특별공제가 적용되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 국세청 예규(서면4팀2291, 2005.11.23.)에서 6억원을 초과하는 1세대 1주택의 요건을 갖춘 조합원입주권에 대한 장기보유특별공제는 부동산의 보유기간에 따라 기존부동산의 양도차익에서만 공제할 수 있는 것으로 해석하고 있으므로 기존주택이 아닌 입주권에 대하여 장기보유특별공제를 배제한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 재건축아파트입주권 양도시 기존주택의 양도차익뿐만 아니라 입주권의 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제89조 【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

○ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

○ 소득세법 제95조 【양도소득금액 】

② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이라 함은 제94조제1항제1호에 규정하는 자산(제104조제1항제2호의3 내지 제2호의8의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 양도차익의 100분의 30. 다만, 양도소득세가 과세되는 대통령령이 정하는 1세대 1주택의 경우에 당해 주택의 보유기간이 15년 이상인 것은 양도차익의 100분의 45

○ 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위 】

① 법 제89조제1항제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(괄호 생략)을 말한다. ⟨단서 및 각호 생략⟩

⑦ 법 제89조제1항제3호에서 “지역별로 대통령령이 정하는 배율”이라 함은 다음의 배율을 말한다.

1. 도시지역안의 토지 5배

2. 도시지역밖의 토지 10배

○ 소득세법 시행령 제155조 【1세대1주택의 특례】

⑰ 법 제89조제2항 본문의 규정에 따른 조합원입주권(이하 “조합원입주권”이라 한다)을 1개 소유한 1세대[도시 및 주거환경정비법제48조의 규정에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제154조제1항의 규정에 해당하는 기존 주택을 소유하는 세대에 한한다]가 당해 조합원입주권을 양도하는 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제94조제1항제2호가목의 규정에 불구하고 이를 제154조제1항의 규정에 따른 1세대1주택으로 본다. 다만, 제2호의 경우에는 당해 1주택을 취득한 날부터 1년 이내에 당해 조합원입주권을 양도하는 경우에 한한다.

1. 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우

2. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우

○ 소득세법 시행령 제156조 【고가주택의 범위】

① 법 제89조제1항제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.

○ 소득세법 시행령 제159조의2 【15년 이상 장기보유특별공제가 적용되는 1세대 1주택】 법 제95조제2항제3호 단서에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유라고 있는 경우의 그 주택(제155조․제155조의2․제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

○ 소득세법 시행령 제160조 【고가주택에 대한 양도차익등의 계산】

① 법 제95조제3항의 규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다.❬후단 생략⟩

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 양도가액 - 6억원 법 제95조제1항의 규정에 의한 양도차익 ×────────── 양도가액

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 양도가액 - 6억원 법 제95조제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제액 ×───────── 양도가액

○ 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한다.

[양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금) - 법 제97조제1항제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비] + [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) - 법 제97조제1항제2호 및 제4호 또는 제163조제6항의 규정에 의한 필요경비]

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 기존주택의 등기부등본과 처분청의 과세자료 등에 의하면, 청구인이 1980.4.11. 기존주택을 취득하고, 2003.6.23. 기존주택에 대한 재건축사업 시행계획이 승인(○○구청장 재건58511-346호, 2003.6.23.)되어 쟁점조합원입주권을 취득하였으며, 2004.3.2. ○○○○아파트재건축정비사업조합에 신탁을 원인으로 소유권을 이전하고, 2006.1.31. 청구외 박○○에게 1,012,992천원에 쟁점조합원입주권을 양도한 사실이 나타나고, 청구인이 기존주택을 15년 이상 보유하였고 쟁점조합원입주권 양도일에 다른 주택을 보유하고 있지 아니하는 등 쟁점조합원입주권이 소득세법 시행령 제155조 제17항 에 의한 1세대 1주택에 해당되며, 쟁점조합원입주권 양도가액이 6억원을 초과하여 고가주택에 해당된다는 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 위의 사실관계와 관계법령을 종합하여 보면, 소득세법 제94조제1항 에서 제1호에 토지 또는 건물, 제2호 가목에 부동산을 취득할 수 있는 권리를 구분하여 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제155조 제17항에서 1세대 1주택자로서 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 조합원입주권은 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 부동산을 취득할 수 있는 권리임에도 불구하고 이를 1세대 1주택으로 본다고 규정하고 있으며, 조합원입주권을 1세대 1주택으로 의제하는 경우에 동 입주권 양도가액을 기준으로 6억원을 초과하면 이를 고가주택으로 판단하여 6억원을 초과하는 부분의 양도차익에 대하여 양도소득세를 과세하고 있는 바, 이 건과 같이 쟁점조합원입주권이 1세대 1주택으로 의제되는 경우에는 장기보유특별공제도 주택과 동일하게 적용하여야 할 것이므로 기존주택 뿐만 아니라 입주권에 해당하는 양도차익에 대해서도 장기보유특별공제를 적용하는 것이 타당하다고 판단된다(국심 2005부2788, 2006.2.7.외 다수, 같은 뜻).

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.