토지 매각대금의 지연 지급받은 것에 대한 부당행위계산 적용 여부

○○세무서장이 2006.5.1. 청구법인에게 한 2003사업연도 법인세 16,747,240원, 2004사업연도 법인세 25,438,829원, 합계 42,186,069원의 부과처분은

1. 업무와 관련이 없는 가지급금으로 보아 지급이자 손금불산입한 2003사업연도 33,619,873원, 2004사업연도 5,917,426원을 손금산입하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

2. 나머지 청구는 기각합니다.

청구법인(구, 주식회사 ○○개발)은 2003.6.12. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 349.6㎡(이하 󰡒쟁점토지󰡓라 한다)를 청구법인의 대주주인 조○○에게 1,090,000천원에 양도하고, 계약금 200,000천원을 받고 소유권을 이전하면서 2003사업연도 법인세 신고서 쟁점토지 양도분에 대하여 신고누락하였다가 2005.6.10. 수정신고하였다. 처분청은 법인세 수정신고서를 검토한 결과 청구법인이 쟁점토지 잔금 중 70,000천원은 2004.3.17. 회수하였고 나머지 820,000천원(이하 󰡒쟁점잔금󰡓이라 한다)은 이 건 과세자료 처리당시까지 회수하지 아니한 것으로 확인되어 청구법인이 대주주인 조○○에게 실질적인 자금대여를 한 효과가 있는 것으로 보아 부당행위계산의 부인 규정을 적용하여 가지급금 인정이자를 익금산입(배당)하고 지급이자를 손금불산입하여 2006.5.1. 청구법인에게 2003사업연도 법인세 16,747천원, 2004사업연도 법인세 25,438천원, 합계 42,185천원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 볼복하여 2006.6.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1)청구법인은 쟁점토지를 조○○에게 양도하면서 계약금 200,000천원은 계약 당일에 수령하고 잔금 890,000천원은 조○○이 쟁점토지에 아파트를 건축한 후 분양대금으로 회수하기로 약정하고 소유권 이전한 바, 동 계약조건이 조○○이 제3자인 전○○로부터 같은 날 쟁점토지 인근지번의 같은 규모의 토지(같은 동 △△번지 394.2㎡,이하 󰡒인접토지󰡓라 한다)를 매입한 계약조건에 비하여 청구법인에게 불리한 조건이 아니고 또한 청구법인이 조○○로부터 950,000천원의 자금을 빌려 사용한 사실까지 감안할 경우 일반적인 상행위에서 일어나는 계약행위로서 경제적인 합리성이 결여되었다고 볼 수 없는 바, 토지 양도대금 미수금 890,000천원에 대하여 부당행위계산의 부인 규정을 적용한 이 건 과세는 부당하다. (2)이 건이 부당행위계산의 부인 규정에 해당된다 하더라도 사업용부지로 조○○이 전○○로부터 매입한 토지의 계약조건 중 잔금지급일인 2004.6.12.부터 해당되는 것이며, 조○○로부터 차입한 금액까지 포함하여 부당행위계산의 부인 규정을 적용하여야 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 (1)청구법인이 쟁점토지를 대주주인 조○○에게 1,090,000천원에 양도하고 계약금 200,000천원을 계약일인 2003.6.12. 수령하고 소유권이전등기하였으나 잔금 중 70,000천원은 2004.3.17.회수하고 나머지 820,000천원은 이 건 과세자료처리 시점인 2006년2월까지 회수하지 아니한 것은 결과적으로 청구법인이 발행한 주식의 85%를 보유하고 있는 특수관계자인 조○○에게 미 회수기간 동안에 미회수금액만큼 무상으로 대여한 것과 같은 효과가 있었다고 보는 것이 합리적이라 판단되므로 부당행위계산의 부인 규정을 적용함은 정당하다.

(2) 가지급금 인정이자의 계산은 법인세법 제28조 및 같은 법 시행령 제53조의 규정에 의거 계약 즉시 소유권이전이 발생하였으므로 소유권이전일인 2003.6.12.을 쟁점토지의 양도시점으로 보아 가지급금의 기산일을 적용함은 정당하다.

• 가. 쟁 점

(1) 청구법인이 쟁점토지를 특수관계자에게 양도하고 매각대금 중 일부를 상당기간 지연하여 지급받은 것에 대하여 부당행위계산의 부인규정을 적용하여 인정이자를 익금산입하고 지급이자를 손금불산입하여 과세한 처분의 당부

(2) 위 부당행위계산의 부인규정을 적용할 경우 가지급금 인정이자 계산의 기산일 및 가지급금 적수의 산정방법

• 나. 관련법령

○ 법인세법 제28조 【지급이자의 손금불산입】

① 다음 각호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.(1998.12.28 개정) 4.다음 각목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)(1998.12.28 개정)

• 나. 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령이 정하는 것 (1998.12.28 개정)

○ 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하󰡒특수관계자󰡓라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 󰡒부당행위계산󰡒이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.(1998.12.28 개정)

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율․ 이자율․ 임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 󰡒시가󰡓라 한다)을 기준으로 한다.(1998.12.28 개정)

③ 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계자와 거래한 내역이 기재된 명세서를 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다.(1998.12.28 개정)

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.(1998.12.28 개정)

○ 법인세법 시행령 제53조 【업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입】

① 법 제28조 제1항 제4호 나목에서 󰡒대통령령이 정하는 것󰡓이라 함은 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금액을 제외한다. (1998.12.31 개정)

② 법 제28조 제1항 제4호에서 󰡒대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액󰡓이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. (1998.12.31 개정) 제1항 및 제49조 제1항의 규정에 의한 자산가액의 합계액 (총차입금을 한도로 한다) 지급이자× 총차입금

③ 제2항의 규정에 의한 총차입금 및 자산가액의 합계액은 적수로 계산한다. 이 경우 제1항의 자산은 동일인에 대한 가지급금 등과 가수금이 함께 있는 경우에는 이를 상계한 금액으로 하며, 제49조 제1항의 자산은 취득가액(제72조의 규정에 의한 자산의 취득가액으로 하되, 동조 제3항 제3호의 시가초과액을 포함한다)으로 한다.(2002.12.30 후단개정)

○ 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】

① 법 제52조 제1항에서 󰡒조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우󰡓라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.(1998.12.31 개정) 6.금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율․ 요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우․ 다만, 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다)및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다. (1998.12.31 개정) 9.기타 제1호 내지 제8호에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우 (1998.12.31 개정)

• 다. 사실관계 및 판단 (1)쟁점(1)에 대하여 살펴본다 (가)처분청은 청구법인이 2003.6.12. 청구법인의 대주주인 조○○에게 쟁점토지를 양도하는 계약을 체결하면서 잔금을 회수하지 아니한 것으로 확인하여 조○○에게 실질적인 자금대여를 한 효과가 있는 것으로 보아 부당행위계산의 부인 규정을 적용하여 2003사업연도 44,548,767원, 2004사업연도에 75,236,951원의 가지급금으로 보아 지급이자를 계산하여 2003사업연도에 33,619,873원, 2004사업연도에 5,917,426원을 각각 손금불산입한 사실이 처분청의 조사서 및 결의서에 의하여 확인된다. (나) 청구법인은 2003.6.12. 조○○에게 쟁점토지를 1,090,000천원에 양도하는 계약을 체결하면서 계약금 200,000천원을 수령한 후 같은 날 청구인에게 소유권을 이전하고, 잔금 중 70,000천원은 2004.3.17. 회수하였으나 나머지 쟁점잔금은 이 건 과세자료 처리당시(2005.9.1)까지 회수하지 아니한 사실이 부동산매매계약서, 건축물관리 대장, 계정별원장 등 심리자료에 의하여 확인된다. (다) 청구법인은 2003.6.12. 쟁점토지를 조○○에게 양도하는 조건이 조○○이 같은 날 인접토지를 제3자인 전○○로부터 매입한 계약조건과 비교하여 볼 때 특수관계자라 하여 조○○에게 결코 유리하게 계약을 체결하지 아니하였고, 쟁점토지 소재지가 주택거래신고지역으로 지정됨으로써 청구법인과 조○○이 건축중인 아파트 분양에 차질이 생겨 조○○이 잔금지급을 지연할 수 밖에 없는 불가피한 경제적 상황 때문이었으므로 부당행위계산에 해당하지 아니한다고 주장하고 있어 살펴본다. 1) 법인세법 제52조 에서 부당행위계산부인 규정을 둔 취지는 법인과 특수관계 있는 자와의 거래가 법인세법 시행령 제88조 제1항 각호에 정한 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되어 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 보일 때, 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는 것인 바, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 제반사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2001두7268, 2002.9.4. 같은 뜻임)

2. 청구법인이 조○○과 체결한 2003.6.12.자 부동산매매계약서 내용을 보면, 잔금 890,000천원은 조○○이 쟁점토지에 주택건설사업을 시행하고 그 주택분양대금을 회수대전으로 지급하기로 하고, 그 지급시기는 분양 및 입주완료 후 즉시한다고 되어 있으며, 청구법인은 조○○에게 계약금을 지급받음과 동시에 쟁점토지의 소유권을 조○○에게 이전등기해 주기로 한다고 명시된 반면, 조○○이 2003.6.12.전○○로부터 1,500,000천원에 취득한 인접토지의 같은 일자 부동산매매계약서에는 잔금 1,200,000천원은 계약체결일로부터 12개월 후에 일시불로 지급하기로 한다고 되어 있고, 잔금조건은 약속어음을 따로 발행하여 지급하되, 지급기일 경과시 연리 12%의 지연이자를 지급한다고 되어 있는 바, 위 계약내용을 비교하여 볼 때 쟁점토지와 인접토지의 계약조건이 유사하다고 보기 어렵고, 쟁점토지의 거래는 법인과 그 대주주 사이의 거래로서 상관행에 비추어 일반적인 거래라고 보기는 어렵다.

3. 청구법인은 ○○○○주택조합의 인가가 취소되어 당초 동 조합과 공동으로 계획하였던 아파트재건축사업을 할 수 없게 되자, 청구법인 단독으로 아파트사업을 추진할 수 밖에 없었고 청구법인이 단독으로 한다하여도 주택법 등 관련법령에 의하여 아파트 20세대 미만만 건축이 가능한 관계로, 부득이 청구법인의 일부 토지인 쟁점토지를 조○○에게 매각하고, 조○○은 전○○로부터 인접토지를 매입하여 청구법인의 토지, 쟁점토지 및 쟁점외토지를 합병하여 조○○과 함께 공동으로 아파트사업을 추진하다가, 2004.4.26.부터 쟁점토지 소재지가 주택거래신고지역으로 지정됨으로써 청약자들이 분양계약을 취소하고 청약금을 반환하여 간 사정은 인정되나, 주택거래신고제 시행이 쟁점잔금 지연회수를 정당화할 만한 사유가 된다고 보기는 어렵다. (라) 살피건대, 청구법인이 특수관계 있는 자인 조○○에게 쟁점토지를 양도함에 있어 잔금 지급시기를 아파트 분양 및 입주완료 후에 즉시 지급한다고 명시만 하고 잔금 지연시 이자에 관한 약정을 하지 아니한 점, 쟁점토지 양도시점부터 2년 이상이 경과한 2005.9.1. 회수한 것으로 보여 통상적인 회수기간을 초과한 경우로서 사회통념 및 상관행에 어긋난 것으로 보이는 점, 쟁점토지 매매계약조건이 조○○ 이 같은 날 매입한 인접토지의 매매계약조건에 비하여 유리한 조건이 아니라고 주장하고 있으나, 인접토지의 매매계약서에는 잔금은 계약일로부터 12개월 후에 일시불로 지급한다고 되어 있고, 잔금 지연시 연12%의 이자를 지급한다고 되어 있어 쟁점토지의 매매계약조건과 유사하다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 볼 때 청구법인이 쟁점토지를 조○○에게 양도함에 있어 양도시점부터 2년 이상 가량 이자에 관한 약정 없이 쟁점잔금 지급을 유예하거나 잔금의 지급을 강제할 수단도 마련하지 아니한 채 잔금을 청구하지 아니한 것은 그 양도시점부터 잔금 지급시까지 조○○에게 쟁점잔금 820,000천원에 대한 이자상당액의 이익을 주는 것으로 법인세 새행령 제88조 제1항 제9호에 정한 이익분여행위로서 부당행위계산에 해당하므로 처분청이 쟁점토지 잔금 미회수금액에 대하여 부당행위계산의 부인규정을 적용하고 인정이자를 계산하여 익금산입한 처분은 잘못이 없다 할 것이다. (마) 한편, 청구법인은 2001.6.26. ○○○○주택조합과 재건축사업을 추진하다가 2003년 5월경 동 조합의 인가가 취소되어 공동주택사업승인을 득할 수 없는 상황이 이르자, 주택법에 의하여 20세대 미만으로 건축할 수 밖에 없어 󰡒○○󰡓이라는 상호로 주택건축업을 하고 있던 조○○과 공동으로 쟁점아파트공사를 한다는 전제하에 조○○에게 쟁점토지를 매각한 사정을 알 수 있다. 또한, 아파트공사 당시에는 아파트 경기가 활황인 상태로서 조○○은 쟁점토지의 잔금을 2003.6.12. 계약한 후 2004년 4월경에 지급가능할 것이 예상되어 잔금을 분양 완료 후에 지급하기로 계약서를 체결하였으나, 정부의 주택거래신고제의 도입에 따른 청약자들의 해약사태로 인하여 실제 분양실적이 저조하여 계약내용과 다르게 잔금지급이 지연될 수 밖에 없었던 상황이 있어 보이고, 조○○이 잔금의 일부(70,000천원)를 2004.3.17. 청구법인에게 지급한 사실은 조○○의 자금사정이 허락한 한도내에서 변제하였다고 볼 수 있어 청구법인과 특수관계에 있다하여 부당하게 지연변제한 것으로는 보여지지 아니하는 사정임을 알 수 있다. 따라서 특수관계자의 자금사정으로 계약상 지급기일을 연장하여 준 경우 소비대차로 전환한 경우를 제외하고는 업무와 관련이 없는 가지급금으로 보지 아니하는 것인 바(국심 2000서1669, 2000.12.15. 같은 뜻임), 이 건의 경우 쟁점토지 잔금이 소비대차로 전환된 사실이 확인되지 아니하고 있으므로 처분청이 잔금 미회수금액에 대하여 자금의 대여에 해당된다고 보아 관련지급이자를 손금불산입하여 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 이 건이 부당행위계산의 부인 규정에 해당된다 하더라도 가지급금 인정이자 계산의 기산일은 사업용부지로 조○○이 전○○로부터 매입한 토지의 계약조건 중 잔금지급일인 2004.6.12.부터 해당되는 것이며, 프로젝트대차계정에 의하여 청구법인이 공사대금을 조○○로부터 차입하여 사용하였으므로 동 금액을 가지급금 적수에서 공제하여야 한다고 주장하고 있으나, 법인세법 제28조 제1항 제4호 에서 자산을 취득한 날부터 부당행위계산 부인 규정이 적용된다고 규정하고 있으므로 청구법인이 쟁점토지를 조○○에게 소유권을 이전한 날인 2003.6.12.을 쟁점토지의 양도시점으로 보아 가지급금 인정이자계산의 기산일로 한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. (나) 청구법인은 공사대금 중 조○○로부터 차입한 금액 950백만원을 가지급금 적수에서 공제하여야 한다고 주장하나, 조○○이 950백만원을 2004.2.24. 농협○○동 지점에서 쟁점토지 등을 담보로 차입하여 프로젝트대차계정에 같은 날 입금한 사실은 확인되나, 해당 금액은 청구법인으로부터 매입한 쟁점토지를 담보로 대출받은 자금으로서 조○○ 개인사업체인 ○○으로 인출된 것으로 처분청이 확인하고 있어 동 금액이 이 건 아파트사업과 관련하여 사용되었다는 것이 확인되지 아니하므로 가지급금 적수에서 동 금액을 공제하여야 한다는 청구주장은 이를 받아 들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.