사업시행권의 양도대가인 쟁점조정합의금의 귀속시기는 법원에서 조정이 이루어진 2004 사업연도가 아닌 그 대금을 청산한 날이 속하는 사업연도가 되어야 할 것임
사업시행권의 양도대가인 쟁점조정합의금의 귀속시기는 법원에서 조정이 이루어진 2004 사업연도가 아닌 그 대금을 청산한 날이 속하는 사업연도가 되어야 할 것임
○○세무서장이 2006.3.21. 청구법인에게 한 2004사업연도 법인세 1,934,056,490원의 부과처분은 이를 취소한다.
청구법인(구 주식회사 ○○○○○○○에서 2003.8.13. 법인명이 변경되었음)은 ○○○○시 ○○구 ○○동 ○○-○○ 소재에서 2001.10.25. 개업하여 서비스업(부동산컨설팅 등), 도매업 등을 영위하고 있는 법인으로, ○○○○시 ○○구 ○○동 ○○○-○ 외 6필지 소재 ○○○○○○호텔 부지에 노인주택을 건설․분양하기 위한 사업을 추진하기 위하여 2003.7.18. 토지소유자 주식회사 ○○○○○○(이하 “○○○○”라 한다) 및 김○○(이하 “매도자들”이라 한다)과 토지 ․ 건물을 550억원[○○○○ 소유 토지(13,323㎡) 및 건물 450억원, 김○○ 소유 토지(7,084㎡) 100억원, 토지 합계 20,407㎡(이하 “쟁점토지”라 하고, 건물과 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)]에 매입하는 계약을 체결하였으나 동 매매계약은 이행되지 아니하였다. 청구법인은 쟁점부동산 매매계약이 불이행되자 법원에 부동산처분금지가처분신청을 하여 2004.2.20. 부동산처분금지가처분결정을 받았고, 2004.6.7. ○○구청이 청구법인의 건축계획심의신청서를 반려하자 2004.6.10. ○○행정법원에 건축계획심의반려처분취소청구소송을 제기하였으며, 2004.9.8. ○○○○지방법원의 조정결정에 따라 조정합의금 55억원(이하 “쟁점조정합의금”이라 한다)을 조정결정일(2004.9.8)로부터 2005.5.8.까지 4회에 걸쳐 매도자들과 주식회사 ○○○○○○○(이하 “○○○○”이라 한다)로부터 받기로 하였으며, 55억원중 2004년도에 수령한 10억원을 선수금계정으로 장부에 계상하였다. 처분청은 청구법인이 받게 될 쟁점조정합의금이 매도자들과의 쟁점부동산 매매계약불이행에 따른 위약금에 해당한다 하여 법원의 조정결정이 있는 날에 수익이 확정된 것으로 보아 쟁점조정합의금을 2004사업연도의 익금에 산입하여, 2006.3.21. 청구법인에게 2004사업연도(1.1.~12.31.) 법인세 1,934,056,490원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.5.26. 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) ○○○○으로부터 받은 금원은 노인복지주택사업시행권의 양도에 대한 대가로 손익귀속시기는 법인세법시행령 제68조 제1항 제3호 가 적용되어야 하며, 동 조항은 자산의 판매손익 등의 귀속 사업연도라는 제목 하에 제1항 제3호에서 상품 등 외의 자산의 양도의 경우 그 대금을 청산한 날이 손익이 귀속되는 것으로 규정하고 있고, 위약금은 ‘계약위반이 있는 경우에 그 위반자가 지급하기로 하는 일정한 금전 기타 이익’을 의미하며, 채무자가 채무를 이행하지 아니하는 경우에 채무자가 져야 할 법적 불이익을 미리 정해 두는 것이므로 장차의 채무불이행에 대비하여 사전에 행하여지는 것만을 지칭하는 것이며, 또한 위약금은 이미 채무불이행이 일어난 뒤 당사자들이 손해배상액에 관하여 화해하는 소위 합의와도 구별되므로 쟁점조정합의금은 사전에 정하여진 위약금약정에 의해 지급되는 것이 아니므로 위약금으로 볼 수 없고, 청구법인이 ○○○○으로부터 쟁점조정합의금을 지급받고 쟁점토지에 설정된 근저당권을 말소함으로써 사업시행권을 사실상 양도한 시기는 2005.9.23.인 바, 그렇다면 법원 판결에 의하여 지급되는 손해배상금 등의 손익 귀속시기에 관한 법인세법기본통칙(40-71…20)은 본 건에 적용될 성질의 것이 아니라 대금을 청산한 날이 속하는 2005사업년도가 동 자산의 양도에 대한 대가의 귀속시기가 되어야 하므로 이 건 처분은 취소하여야 한다.
(2) 예비적 청구로, 2004.5.1. 청구법인은 주식회사 ○○○○○(이하 “○○○○○”라 한다)와 공동개발투자약정을 하였고, 2004.2.20. 청구법인이 김○○ 등을 상대로 제기한 부동산처분금지가처분신청이 금 12억원을 담보로 제공할 것을 조건으로 하여 인용되자 ○○○○○가 동 금액을 제공하였으며, 공동투자약정에 따라 청구법인은 ○○○○○에 27억 5천만원을 이익분배금으로 지급하여야 하였으나 사업이 본격적인 궤도에 오르기 전에 종결된 점을 감안하여 분배금 22억원만을 지급하기로 한 것인 바, 손금은 수익비용대응의 원칙에 의하여 이익발생과 동시에 분배금에 대한 지급채무를 부담하게 되므로 2005사업연도에 쟁점조정합의금을 익금으로 동 분배금은 손금으로 인식하여야 할 것이므로, 주위적 청구가 받아들여지지 아니하면 동 분배금은 쟁점조정합의금과 같이 2004사업연도의 익금 및 손금으로 인정되어야 한다.
(1) 쟁점조정합의금은 2003.7.18. 쟁점부동산 매매계약, 2004.2.20. 부동산처분금지가처분결정, 2004.6.7. ○○구청의 건축계획심의신청반려, 2004.6.10. 건축계획심의반려처분취소청구소송, 2004.9.8. ○○○○지방법원의 조정결정(쟁점조정합의금 55억원) 등이 있었으며, 청구법인은 쟁점조정합의금을 조정결정일(2004.9.8)로부터 2005.5.8.까지 4회에 걸쳐 수령하게 되었는 바, 청구법인은 ○○○○과 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도에 관한 계약서를 작성한 사실이 없으며, 쟁점조정합의금중 45억원은 쟁점토지의 제3차 매매계약의 양수당사자인 주식회사 ○○○○○○(이하 “○○○○”이라 한다)에서 취득금액의 일부로 지불한 것이므로 ○○○○에게 부동산을 취득할 수 있는 권리를 양도하였다고 볼 수 없으므로 쟁점조정합의금은 김○○이 부담하여야 할 부동산매매계약 위반에 따른 위약금의 성격이며, 쟁점토지의 2차계약자인 ○○○○은 사업시행을 위하여 조정에 참가하였고 연대변제의무를 진 것이며, 이는 3차 계약자인 ○○○○에 승계되어 청구법인에게 변제한 것이므로 법인세법기본통칙(40-71…20)에 의거 쟁점조정합의금을 2004사업연도의 익금으로 본 처분은 정당하다.
(2) 예비적 청구에 대하여, 청구법인은 쟁점조정합의금에 대하여 당초 조사 및 과세전적부심사청구시 공동투자에 대한 언급이 없었을 뿐만 아니라 분배금을 지급하였다는 증빙으로 투자약정서 및 2006.1.24. 작성된 확인서 1매만을 제시하고 있을 뿐 청구법인과 ○○○○○간에 실제 투자약정이 있었는지, 실제 분배금이 지급되었는지 등을 확인할 수 있는 구체적인 증빙(대금지급 관련 금융자료 등)의 제시가 없어 청구주장은 신빙성이 없으므로 인정할 수 없으며, 분배금은 투자에 따른 이익분배금의 성격이지 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용이 아니므로 사업시행권의 양도대가로 받은 금원에 대한 비용으로 손금 산입할 사항도 아니므로 청구주장은 이유없다.
(1) 쟁점부동산의 매매계약과 관련하여 청구법인이 매도자들 및 ○○○○으로부터 받게 될 쟁점조정합의금의 귀속 사업연도를 법원에서 조정이 이루어진 2004사업연도로 볼 것인지 아니면 쟁점조정합의금이 청산된 2005사업연도로 볼 것인지 여부
(2) 예비적 청구로, 주위적 청구에서 쟁점조정합의금의 귀속 사업연도를 2004년으로 보는 경우 분배금 22억원을 2004사업연도의 손금으로 인정할 수 있는지 여부
○ 법인세법 제15조 【익금의 범위】
① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.(이하 생략)
○ 법인세법시행령 제11조 【수익의 범위】 법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.
1. 한국표준산업분류에 의한 각 사업에서 생기는 수입금액(괄호안 생략)(단서 생략) 2.~9. (생략)
10. 제1호 내지 제9호외의 수익으로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액
○ 법인세법 제40조 【손익의 귀속시기】
① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정되는 날이 속하는 사업연도로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 법인세법시행령 제68조 【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】
① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.
3. 상품 등 외의 자산의 양도: 그 대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전 등기일(등록일을 포함한다)․인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.(이하 생략)
○ 법인세법시행령 제71조 【임대료 등 기타 손익의 귀속사업연도】
④ 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 법(제43조를 제외한다)․ 조세특례제한법 및 이 영에서 규정한 것 외의 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여는 재정경제부령으로 한다.
○ 법인세법시행규칙 제36조 【기타 손익의 귀속사업연도】 영 제71조 제4항의 규정을 적용함에 있어서 이 규칙에서 별도로 규정한 것 외의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
○ 소득세법 제21조 【기타소득】
① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ부동산임대소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ일시재산소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득ㆍ양도소득 및 산림소득 외의 소득으로 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.
10. 계약의 위약 또는 해약으로 인하여 받는 위약금과 배상금
② 기타소득금액은 당해연도의 총수입금액에서 이에 소요된 필요경비를 공제한 금액으로 한다.
○ 소득세법시행령 제41조 【저작권사용료 등의 범위】
③ 법 제21조 제1항 제10호에서 “위약금 또는 배상금”이라 함은 재산권에 관한 계약의 위약 또는 해약으로 인하여 받는 손해배상으로서 그 명목여하에 불구하고 본래의 계약의 내용이 되는 지급자체에 대한 손해를 넘는 손해에 대하여 배상하는 금전 또는 기타 물품의 가액을 말한다. 이 경우 계약의 위약 또는 해약으로 인하여 반환받은 금전 등의 가액이 계약에 의하여 당초 지급한 총금액을 넘지 아니하는 경우에는 지급자체에 대한 손해를 넘는 금전 등의 가액으로 보지 아니한다.
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인이 노인주택을 건설 ․ 분양하기 위한 사업을 추진하기 위하여 매도자들과 쟁점부동산 매매계약을 체결하였으나 계약조건 등의 불이행으로 동 매매계약은 이행되지 아니하였고, 이와 관련하여 청구법인은 매도자들 및 ○○○○과 법원의 조정에 의하여 쟁점조정합의금을 받게 되었는 바, 이러한 사실에 대하여는 다툼이 없고, 처분청은 쟁점조정합의금이 위약금에 해당한다 하여 법원에서 조정이 이루어진 사업연도인 2004사업연도에 익금산입하여 이 건 과세한 사실이 경정결의서, 조사복명서 등에 의하여 확인된다.
(2) 쟁점조정합의금이 발생하게 된 과정을 보면 아래와 같다. (가) 매도자들과 청구법인간에 2003.7.18. 약정된 부동산매매계약서의 주요 내용을 보면, 매매목적물은 쟁점부동산이며, 대금은 1차 450억원(○○○○건설사업 인허가취득 후 ○○○○○○○○이 성사된 시점)을 지급하고, 2차 100억원[총분양매출금에서 제반 경비(공사비, 금융비용)를 공제하고 우선적으로 선지급]을 지급하며, 소유권 이전의무는 ○○○○○○○○을 통하여 부동산매매대금중 1차 지급금을 지급하고, 1차 지급금을 지급받음과 동시에 청구법인(청구법인이 지정하는 자 포함)에게 쟁점토지의 소유권이전등기에 필요한 서류를 교부한다고 되어 있다. (나) 매도자들과 청구법인이 2003.10.10. 합의한 위 (가)의 매매계약에 따른 이행조건합의서의 주요 내용을 보면, 매매목적물을 쟁점부동산(쟁점토지 및 건물)에서 토지(쟁점토지)로 하며, 1차 대금지급을 계약금 350억원(노인주택건설사업 인허가취득 후 ○○○○○○○○이 성사된 시점)으로 하고, 중도금 100억원은 계약금 지급일로부터 3개월 내에 지급하기로 하며, 제7조(제한사항의 말소)에는 매도자들은 중도금 지불전(계약금 지급일로부터 3개월내)에 ① 임차인의 명도 완료, ② 종업원의 정리 완료, ③ 호텔의 폐업을 하여야 한다고 되어 있으나, 합의조건 등이 불이행되어 동 합의서는 이행되지 아니한 것으로 나타난다. (다) 청구법인과 주식회사 ○○이 2003.10.17. 약정한 ‘○○동 ○○○○복지주택 사업약정서’의 주요 내용을 보면, 비용분담, 도급공사비(평당 2,909천원), 공사기간, 공사도급계약의 체결, 사업비 조달 및 집행, 분양수입금관리, 기타사항 등이 약정되어 있으며, 청구법인은 주식회사 ○○○○○사무소 ○○건축과 2003.10.24. 건축물 설계 및 감리용역계약을 체결하였는 바, 그 주요 내용을 보면, 건축명은 ○○동 ○○○○호텔 ○○○○○ 및 ○○복지시설 증축공사이며, 용역금액은 사업승인 연면적 평당 160천원(설계비 110천원, 감리비 50천원, 부가가치세 별도)이며, 용역비는 건축심의 취득 후 ○○○○○○○○가 시작된 시점에서 총 계약금액의 30%, 준공시까지 나머지 70%를 협의하여 지급한다고 되어 있다 (라) 청구법인이 2003.11.27. 매도자들에게 발송한 내용증명우편물의 주요 내용을 보면, 부동산매매계약(2003.7.18.)은 계약금이 없는 계약이다라는 이유 등으로 ○○○○ 및 김○○의 동 부동산매매계약의 일방적인 해지는 안되며, 동 계약을 이행하지 아니하면 법적 소송과 손해배상을 청구할 것이라고 되어 있고, ○○○○ 회장 김○○이 2003.12.19. 청구법인의 대표자 정○○에게 발송한 내용증명우편물의 주요 내용을 보면, 부동산매매계약(2003.7.18.)에 있어 청구법인으로부터 계약금을 받지 못하였고 청구법인이 시행하는 사업의 진행이 어렵다고 판단되므로 동 부동산매매계약은 무효라고 되어 있다. (마) 청구법인은 2003년 12월 ○○○○지방법원에 쟁점토지 중 김○○의 소유 토지(○○○○시 ○○구 ○○동 ○○-○ 외 1필지 3,914㎡)에 대하여 부동산처분금지가처분을 신청(2003카합4207)하였으며, ○○○○지방법원은 위 신청에 대하여 2004.2.20. 부동산처분금지가처분결정(채권자: 청구법인, 채무자: 김○○)을 하였으며, 그 내용을 보면, 주문은 채무자 김○○은 그 소유토지에 대하여 매매, 증여, 전세권, 저당권, 임차권의 설정, 기타 일체의 행위를 하여서는 아니된다로, 피보전권리의 내용은 부동산매매계약에 기한 소유권이전등기청구권으로, 이유는 이 사건 부동산처분금지가처분 신청은 이유 있으므로 담보로 공탁보증보험증권(○○보증보험 주식회사 증권번호 114-052-200400000093호) 및 금 12억원을 제출받고 주문과 같이 결정한다고 되어 있고, 김○○은 위 부동산처분금지가처분결정에 대하여 ○○○○지방법원에 이의신청을 제기하였다(2004카합814호). (바) 청구법인이 2003년 8월 ○○구청장에게 신청한 건축계획심의신청서에 대해 ○○구청장은 2004.6.7. 토지소유자 김○○이 토지사용동의서를 취하하였다는 이유로 건축계획심의신청서 반려통지를 하였으며, 이에 대하여 청구법인은 2004.6.10. ○○구청장을 상대로 건축계획심의반려처분취소를 ○○행정법원에 청구(2004구합16317호)하였다. (사) 매도자들과 ○○○○은 2004.6.7. 쟁점부동산 매매계약을 체결하였으며, 그 주요 내용을 보면, 매매대금은 600억원(○○○○ 토지 및 건물 480억원, 김○○토지 120억원)이며, 계약금 30억원은 계약체결시 지급하고, 중도금 320억원은 쟁점토지에 ○○○○건설사업 및 ○○○○○○○○이 성사된 시점에 지급하며, 잔금 250억원은 사업시행을 종료하여 수익배분 이전에 우선적으로 지불한다고 되어 있다. (아) 매도자들과 ○○산업은 2004.6.14. 쟁점부동산 매매계약을 다시 체결하였으며, 그 주요 내용을 보면, 매매대금은 620억원이며, 계약금 20억원은 계약체결시에, 1차중도금 400억원은 계약체결 후 3개월 이내에 2차중도금 50억원은 80% 분양된 후 1주일 이내에, 잔금 150억원은 준공 후 입주 시작 즉시 지급한다고 되어 있다. (자) ○○○○(‘갑’), 김○○(‘을’), 청구법인(‘병’) 및 ○○○○(‘정’)은 2004.9.8. 쟁점부동산 매매계약(2003.7.18.), 부동산처분금지가처분사건(2003카합4207호) 및 이의신청사건(2004카합814호)과 관련하여 합의를 하였으며, 그 주요 내용을 보면, 제1조 ‘병’은 ‘갑’과 ‘을’에게 2003.7.18.자 부동산매매계약서와 관련하여 2003카합4207호 부동산처분금지가처분사건을 취하하고, 그 대가로 ‘정’이 55억원을 ‘병’에게 지불하기로 하고, ‘갑’과 ‘을’은 ‘정’의 지불에 대한 연대보증을 하기로 한다. 제2조 ‘정’의 ‘병’에게의 대금지불일정은 합의서 작성일에 5억원, 합의서 작성일 기준으로 14일 이내에 5억원, 3개월 이내에 30억원, 8개월 이내에 15억원. 제3조 ‘병’은 제2조의 10억원을 지불받음과 동시에 위 2003카합4207호의 가처분사건 및 2004구합16317호 건축계획심의신청반려처분취소사건을 취하하기로 한다. 제6조 ‘갑’과 ‘을’ 및 ‘병’과 ‘정’은 2004카합814호 가처분 이의사건의 조정기일인 2004.9.9.에 ○○○○지방법원 민사제51부 재판부에서 본 합의서의 내용으로 조정하기로 한다고 되어 있고, ○○○○지방법원의 조정조서(사건 2004카합814 가처분이의, 2004.9.8. 채권자 청구법인, 채무자 김○○, 조정참가인 ○○○○과 ○○○○)를 보면, 1. ○○○○, ○○○○ 및 김○○은 연대하여 청구법인에게 55억원을 지급한다(지급일정: 2004.9.8. 5억원, 2004.9.22. 5억원, 2004.12.8. 30억원, 2005.5.8. 15억원). 2. 청구법인은 조정참가인들 및 채무자로부터 55억원을 지급받는 조건으로 쟁점토지에 대한 2003.7.18. 부동산매매계약 및 2003.10.10. 이행조건합의에 기한 권리를 포함한 쟁점토지 위에서의 개발사업에 관한 일체의 권리를 포기한다. 3. 청구법인은 조정참가인들 및 채무자로부터 10억원(2004.9.8. 5억원, 2004.9.22. 5억원)을 지급받음과 동시에 부동산처분금지가처분 사건(○○○○지방법원 2003카합4207호) 및 건축계획심의신청반려처분취소사건(○○행정법원 2004구합 16317호)의 소를 각 취하한다. 4. 위 1.의 45억원의 채무를 담보하기 위해 청구법인에게 ○○○○와 김○○은 쟁점토지중 일부(○○○○시 ○○구 ○○동 ○○-○ 및 같은 곳 ○○-○)에 채권최고액 54억원, 채무자 ○○○○으로 된 각 근저당권설정등기절차를 이행한다고 되어있다. 5. 청구법인은 조정참가인들 및 채무자로부터 위 45억원을 모두 지급받은 다음 채무자 및 ○○○○에게 위 4항 기재 각 근저당권의 말소등기절차를 이행한다고 되어 있다. 또한, 쟁점토지중 일부(○○○○시 ○○구 ○○동 ○○-○ 및 같은 곳 108-2)의 등기부등본을 보면, 청구법인이 2004.9.8. 채권최고액 54억원, 채무자를 ○○○○으로 하여 근저당권설정등기를 한 것으로 되어 있고, 동 근저당권설정등기는 2005.9.15. 말소된 것으로 되어 있다. (차) 청구법인은 쟁점조정합의금중 10억원은 2004년도(2004.9.9. 5억원, 2004.9.23. 5억원)에 ○○○○으로부터 수령하고 나머지 45억원은 2005.9.23. ○○산업으로부터 수령하였으며, 동 사실에 대하여는 다툼이 없고, 청구법인은 2005사업연도에 쟁점조정합의금(55억원)을 익금으로, 분배금(22억원)을 손금으로 장부에 계상하였으나, 쟁점조정합의금이 2004사업연도분으로 과세가 이루어지자 2005사업연도분 법인세 신고시 세무조정으로 55억원을 손금산입(△유보)하여 법인세신고를 한 사실이 법인세 신고서 등에 의하여 나타난다.
(3) 살피건대, 쟁점조정합의금의 발생경위를 보면, 매도자들이 청구법인에게 쟁점부동산을 양도하는 매매계약을 체결하였으나 동 매매계약은 이행되지 아니하였으며, 이후에 매도자들은 ○○○○과 ○○산업에게 쟁점부동산을 양도하는 매매계약을 다시 체결한 사실이 있고, 청구법인은 쟁점토지의 지상에 ○○○○을 건설 ․ 분양하기 위하여 관할 ○○구청에 건축계획심의신청서를 제출하였으나 반려되어 ○○행정법원에 ○○구청을 상대로 하여 건축계획심의반려처분취소소송을 제기하였으며, 청구법인은 주식회사 ○○과 ○○동 ○○○○○○주택 사업약정을 하고 주식회사 ○○○○○사무소 ○○건축과 건축물 설계 및 감리용역계약을 한 사실이 있고, 청구법인이 쟁점부동산 매매계약의 이행과 관련하여 쟁점토지중 김○○ 소유토지에 대하여 부동산처분금지가처분을 ○○○○지방법원에 제기하여 동 법원으로부터 부동산처분금지가처분결정을 받았으며, 최종적으로 ○○○○, 김○○, 청구법인 및 ○○○○간에 쟁점부동산 매매계약, 건축계획심의신청, 이와 관련한 각종 소송에 대해 합의가 이루어졌고 ○○○○지방법원의 조정(2004카합814, 2004.9.8.)에 따라 청구법인이 쟁점조정합의금을 받게 되었으며, 동 조정조서의 주요 내용을 보면, 사건명이 가처분이의의 소로 위약금 관련 소송이 아니고, 청구법인은 쟁점부동산 매매계약에 기한 권리를 포함한 쟁점토지 위에서의 개발사업에 관한 일체를 권리를 포기한다고 되어 있으며, 청구법인이 쟁점부동산 매매계약에 관한 권리와 사업시행권을 계속하여 보유하고 있었다면 새로이 ○○○○주택사업을 시행하려고 참여한 ○○○○ 등은 동 사업을 시행할 수 없게 되었을 것이나 이후 동 사업은 ○○○○과 ○○산업에 승계되어 시행되었고, 쟁점조정합의금의 주된 채무자는 합의서 및 조정조서에 나타난 바와 같이 ○○○○이며, 동 합의금 지급도 ○○○○과 ○○산업이 하였으며, ○○○○과 청구법인 사이에는 이 사건 조정 이전에 어떠한 채권채무관계도 없었다는 점 등을 미루어 볼 때, 쟁점조정합의금은 위약금적 성격이 전혀 없다고 보기는 어려우나 전체적으로 보면 사업시행권의 대가로 보는 것이 타당하다고 판단된다. 또한, 각 사업연도 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 권리의무가 확정된 날이 속하는 사업연도가 되는 것이나 여기서 확정일은 그 개념이 추상적이어서 판단하기가 어려운 점을 감안하여 법인세법시행령 제68조 에서 구체적으로 확정일을 규정하고 있고, 이 건의 경우 앞서 본 조정조서에 ○○○○와 김○○이 채무자를 ○○○○으로 하여 청구법인을 위하여 쟁점토지 일부에 근저당권설정등기를 하였다가 청구법인이 쟁점조정합의금을 모두 지급받은 후에 위 근저당권의 말소등기를 하기로 한 내용이 있고, 법원의 조정에 의하여 조정금액이 결정되었다 하여 모두 조정이 이루어진 날에 확정되었다고 볼 수 없는 점 등을 감안할 때 쟁점조정합의금의 귀속시기는 법인세법시행령 제68조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 청구법인이 ○○○○ 등으로부터 쟁점조정합의금을 최종 지급받고 쟁점토지의 일부에 설정된 근저당권을 말소함으로써 사업시행권을 양도한 2005.9.23.로 보아야 할 것인 바, 그렇다면 사업시행권의 양도대가인 쟁점조정합의금의 귀속시기는 그 대금을 청산한 날(2005.9.23.)이 속하는 2005사업연도가 되어야 할 것이므로 처분청이 쟁점조정합의금을 2004사업연도의 익금으로 보아 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있다 할 것이다.
(4) 예비적 청구는, 쟁점조정합의금이 2005사업연도에 귀속되어야 한다는 주위적 청구가 받아들여졌으므로 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다
이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.