신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면규정과 관련한 1세대1주택 판정기준

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 1세대2주택자로서 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○○ ○○아파트 ○○○동 ○○○○호 대지 64.843㎡, 건물 134.64㎡ (이하 “○○아파트”라 한다)를 2005. 5. 20. 양도하고 동 아파트의 취득가액을 275백만원, 양도가액을 335백만원으로 하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 위 양도소득세 신고내용을 실지조사한 결과, 청구인이 ○○아파트의 취득가액 88,000천원을 증액신고하고, 필요경비 49,200천원을 가공으로 계상한 사실을 확인하여 2006. 3. 9. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 31,221,370원을 결정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2006. 5. 26. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 ○○○○시 ○구 ○○동 ○○○-○○○ ○○○○○ ○○○○아파트 ○○동 ○○○○호(이하 ‘쟁점주택’ 이라 한다)를 1999. 1. 14. 조합원 자격으로 분양받아 2002. 5. 25. 사용승인을 받은 사실이 있는바, 조세특례제한법 제99조 제1항 제1호 는 조합원 취득분에 대한 감면을 규정하고 제2호는 일반 분양분에 대한 감면을 규정하고 있는 바, 쟁점주택과 같이 조합원취득분과 일반 분양분이 함께 있는 경우 일반 분양분에 대하여는 같은 법시행령 제99조 제3항 제2호의 규정에 의거 신축주택취득기간(1998. 5. 22. ~ 1999. 6. 30.) 경과 후에 사용승인을 받아도 감면을 인정하면서 조합원 분양분에 대해서는 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인을 받았다 하여 감면을 배제하고 양도소득세 과세특례를 적용하여 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니하여 1세대1주택 비과세 판정시 주택보유수에 포함하는 것은 형평에 맞지 아니한다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 재개발조합의 조합원 자격으로 취득한 쟁점아파트는 신축 주택 취득기간(1998. 5. 22. ~ 1999. 6. 30.)경과후인 2002. 5. 25. 사용승인을 받은 것으로확인되는 바, 조합원 분양분과 일반 분양분이 함께 있는 재개발ㆍ재건축주택조합의 신축주택으로서 주택조합이 일반 분양자와 신축주택취득기간 내에 일반 분양분 주택에 대한 매매계약을 체결하고 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에는 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인을 받더라도 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면대상이 되나, 신축주택취득기간전인 1998. 5. 6 ~ 1998. 5. 7. 일반분양이 이루어진 것으로 확인되므로, 쟁점주택에 대하여 양도소득세 감면을 배제하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 재개발조합 조합원의 지위로 취득한 쟁점주택이 신축주택취득기간후에 사용승인되었다 하더라도 신축주택취득기간 내에 일반분양을 한 사실이 있는 경우에는 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하여 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니하여 1세대1주택 비과세 판정시 주택보유수에 포함되는지 여부
• 나. 관련법령

○ (1) 조세특례제한법 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】

① 거주자(주택건설산업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자기가 건설한 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함하다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용 승인을 포함한다)를 받은 주택

2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비 사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

② 소득세법 제89조 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

○ (2) 조세특례제한법 시행령 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】

③ 법 제99조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 “주택조합 등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간” 이라 한다)내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1세대2주택자로서 2005. 5. 20. ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○○ ○○아파트 ○○○동 ○○○○호를 양도하고 양도가액을 335백만원,취득가액을 275백만원으로 하여 양도소득세를 실지거래가액으로 신고하였으나, 처분청은 청구인이 위 아파트의 취득가액 88,000천원을 증액신고하고, 필요경비 49,200천원을 가공으로 계상한 사실을 확인하여 이건 과세처분한 사실이 처분청 심리자료에 나타난다.

(2) 처분청은 청구인이 재개발조합의 조합원 자격으로 취득한 쟁점주택의 경우 조세특례제한법 제99조 제1항 제1호 의 경우에 해당하므로 신축주택취득기간(1998. 5. 22. ~ 1999. 6. 30.) 내에 사용승인을 받아야 양도소득세 감면대상에 해당한다는 의견이고, 청구인은 주택조합 등이 조합원 이외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 사실이 있는 경우에는 조합원 분양분에 대해서도 조세특례제한법시행령 제99조 제3항 제2호 의 규정에 의거 일반 분양분과 같이 양도소득세 감면규정을 적용하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다. (가) 청구인은 재개발조합아파트의 쟁점주택의 조합원으로 참여하여 조세특례제한법 제99조 에서 규정하고 있는 신축주택취득기간(1998. 5. 22. ~ 1996. 6. 30.)이내인 1999. 1. 14. 쟁점아파트에 대한 분양계약을 체결한 사실이 분양계약서에 의하여 확인되고 2003. 5. 17. 소유권보존등기를 한 사실이 등기부등본에 의하여 확인된다. (나) 집합건축물대장에 의하여 쟁점아파트의 사용승인일은 신축주택취득기간 이후인 2002. 5. 25.로 확인되고 주택조합은 1998. 5. 6. ~ 1998. 5. 7. 기간중 871세대 및 1999. 11. 18. ~1999. 11. 19. 기간중 162세대를 일반분양한 것으로 나타나고 있다. (다) 조세특레제한법 제99조 제1항 제1호는 자기가 건설한 신축주택을 제2호는 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택을 규정하고 있으며, 위 제1호와 제2호 모두 주택조합 등의 조합원이 취득하는 주택의 경우를 포함하고 있다. (라) 조세특례제한법시행령 제99조 제3항 제2호 에서 조합원이 취득하는 주택은 상위법인 조세특례제한법 제99조 제1항 2호 의 위임근거 내에서 해석하여야 할 것이므로 조합원이 일반 분양자로 참가하여 주택을 취득하는 경우로 한정하여 해석하여야 할 것으로 보인다. (마) 따라서, 조합원의 주택취득이 조세특례제한법 제99조 제3항 제2호 에 해당하는지 여부는 조합원이 일반 분양자 자격으로 주택을 취득하는지 조합원의 자격으로 주택을 취득하는지에 따라 결정하여야 할 사항이나, 이 건의 경우 조합원의 자격으로 쟁점주택을 취득하였으므로 조세특례제한법 제99조 제3항 제2호 에 해당하지 않으므로 쟁점주택은 청구인의 소유주택으로 보아 1세대1주택 비과세 판정시 주택수에 포함하여야 할 것으로 판단된다(국심2005서3272 2006. 5. 24. 합동회의 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.