잔금청산일 전에 지정지역으로 지정된 경우 실거래가액으로 양도차익산정

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 ○○시 ○○구 ○○동에 소재한 토지 494.2㎡ 및 건물 2,756.6㎡ (이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2004.4.30. 주식회사 ○○○○에 양도하고 2004.6.30. 처분청에 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 양도소득과세표준예정신고 및 자진납부를 하였다가 2006.1.4. 쟁점부동산의 매매계약일 당시에는 당해 지역이 지정지역에 해당되지 아니하였다고 하여 쟁점부동산의 양도차익을 기준시가로 산정하여 양도소득세 563,858,390 원의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 제기하였다.
• 나. 이에 처분청은 2006.5.1. 청구인의 경정청구에 대하여 거부하는 처분을 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2006.5.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점부동산의 양도에 대한 양도소득세 예정 신고 시 양도일 현재 지정지역에 해당하여 실지거래가액으로 양도소득세를 신고 납부하였으나, 계약일 당시에는 쟁점부동산 소재지가 지정지역으로 지정될 것이라는 사정을 전혀 알 수 없음에도 잔금청산일 시점에 지정지역으로 지정되었다고 하여 실지거래가액으로 과세한다는 것은 법률적용의 대원칙인 법적 안정성이나 예측가능성에 위배되어 부당하므로 이 건이 경우 계약당시 기준으로 지정지역의 지정여부를 판단하여 실지거래가액이 아닌 기준시가에 의하여 양도소득세를 과세하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 양도소득세 과세에 있어서 대원칙 중의 하나가 자산의 양도일을 기준으로 소득세법상의 각 조항 및 개정세법 등을 적용한다는 것이고, 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2 의 지정지역에 소재하는 부동산의 경우 그 지정일 이후 최초로 양도하는 분부터 실지거래가액을 적용하여 양도소득세를 과세하는 것이며, 이 경우 양도일은 소득세법시행령 제162 조에 의하는 것으로 잔금청산일이나 등기접수일 중 빠른 날이 지정일 이후에 도래하는 경우에는 실지거래가액으로 양도소득세를 과세하는 것이므로 청구인의 당초 신고내용이 타당하므로 청구인의 주장은 이유 없다.

• 가. 쟁 점 쟁점부동산의 매매계약체결일 이후 잔금청산일 전에 지정지역으로 지정된 경우 양도차익을 실지거래가액이 아닌 기준시가를 적용할 수 있는지
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 제1 호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1 에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다. 6 의 2. 당해 지역의 부동산가격상승률이 전구소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우 (2002.12.18. 신설)

○ 소득세법 부칙 (2002.12.18. 법률 제6781호로 개정된 것) 제1조 【시행일】이 법은 공포한 날부터 시해한다. 제3조 【양도소득세에 관한 일반적 적용례】 이 법 중 양도소득세 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 관련 기록과 매매계약서 및 부동산등기부등본 등의 심리자료에 의하면, 청구인은 쟁점부동산을 2003.11.27. 주식회사 ○○○○○○에 98억원에 매매계약을 체결하고 계약금 976,000천원, 2004.1.30. 중도금 3,924,000천원, 2004.4.30. 잔금 4,900,000천원 을 지급하고 같은 날 소유권이전등기를 경료 하였으며 쟁점부동산의 소재지인 ○○시 ○○구는 2004.2.26. 지정지역으로 지정되었다. (2) 소득세법 제96조 제1항 제6의2호(2002.12.18. 법률 제6781 호로 개정된 것)에서 당해 지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 지정하는 지역에 소재하는 부동산은 실지거래가액으로 양도소득세를 과세하도록 규정하고 같은 법 부칙(2002.12.18. 법률 제6781호로 개정된 것) 제3조에서 “이 법 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용 한다”고 규정하고 있다.

(3) 살피건대, 쟁점부동산의 양도 시기는 잔금청산일과 등기접수일인 2004.4.30. 이고 그때에 쟁점부동산은 지정지역에 소재하는 부동산에 해당하므로 소득세법 부칙 제3조에 따라 실지거래가액으로 양도가액과 양도차익을 산정하는 것이 타당하다 (국심 2005 서 1402, 2006.4.13.외 다수 같은 뜻임). 따라서, 처분청이 매매계약일 현재를 기준으로 양도가액과 양도차익을 기준시가로 산정하여야 한다는 취지의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.