양도소득세 경정청구 가능 여부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 2004.12.6. ○○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 대지 327㎡외 2필지(이하 “쟁점 토지”라 한다)를 ○○시청에 공공용지로 협의양도하고 2004.12.21. 양도소득세 예정신고 시 실지거래가액에 의한 양도 소득세 38,349,970원을 납부하였다.
• 나. 그 후 청구인은 2004.12.31. 조세특례제한법 제85조 에서 지정지역 내에서 공익사업용으로 수용되거나 협의 양도하는 경우에는 양도소득세를 기준시가로 신고할 수 있도록 개정됨에 따라 2006.2.23. 처분청에 기준시가에 의한 양도소득세 14,701,030원과 예정신고 시 실지거래가액에 의해 납부한 양도소득세 38,3479,970원과의 차액 23,648,940원을 환급해 달라고 경정 청구하였다.
• 다. 처분청은 2006.4.21. 청구인에게 양도소득세를 실지거래가액으로 예정신고 하였다가 확정 신고기한 경과 후 기준시가로 경정 청구할 수 없다고 거부 통지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2006.5.10. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점 토지가 부동산가격급등지역에 속하여 실지거래가액으로 예정신고를 하였다가 2004.12.31. 개정된 조세특례제한법 제85조 및 부칙 12조에서 2004년 거래분부터 기준시가로 신고할 수 있도록 규정함에 따라 2004년 거래분부터 기준시가로 신고할 수 있도록 규정함에 따라 청구인이 경정청구기한 내에 기준시가에 의하여 양도소득세를 재계산하여여야 한다고 경정청구를 한 것이므로 이 건 경정청구는 적법하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 쟁점 토지를 양도하고 실지거래가액에 의하여 예정신고 하였다가 확정 신고기한 경과 후에 기준시가로 양도소득세를 재계산하여야 한다고 경정청구를 하는 것은 인정될 수 없으므로 이 건 거부처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 예정 신고한 자가 확정 신고기한 경과 후 기준시가에 의하여 양도소득세를 재계산하고 차액을 환급해 달라고 경정청구를 할 수 있는지 여부
• 나. 관계법령

○ 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】

① 과세표준 신고서를 법정 신고기한 내에 제출한 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 법정 신고기한 경과 후 2년 이내에 최초신고 및 수정 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(괄호생략)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

○ 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다. 6의2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국 부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 지정하는 지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우

○ 조세특례제한법 제85조 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】 거주자가 소득세법 제96조 제1항 제6호 의2의 규정에 의한 지정지역 내의 부동산을 다음 각 호의 1에서 규정하고 있는 날(관계행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일로부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시 일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제96조 제1항 제6호 의2의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제96조 제1항 제6호 의2 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법 제96조 제1항 제6호 및 동법 제97조제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

5. 제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날

• 부칙: 2004.12.31., 법률 제7322호 제1조 (시행일) 이 법은 2005년 1월 1일부터 시행한다(단서생략). 제12조 (지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례) 제85조의 개정규정은 이 법 시행 후 양도소득 과세표준 확정 신고 기한이 도래하는 분부터 적용한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제79조 의 2【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】

① 법 제85조 제5호에서 “그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날”이라 함은 별표 7의 기준시가 과세기준일 을 말하며, 기준시가 과세기준일이 없는 경우에는 ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날을 말한다.

• 【별표 7】기준시가 과세기준일(제79조의 2 관련)

14. 도시개발법 제9조 의 규정에 의하여 도시개발구역을 지정하거나 개발계획을 수립한 날

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점 토지는 ‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률’ 제16조의 규정에 의거하여 ‘도시계획도로’로 편입되어 청구인과 ○○시청 간에 2004.11.25~12.15.기간에 토지보상 협의가 이루어졌음이 2004.11.18. 자 ○○시청 공문(도시계획과-6836)에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 2004.12.6. 쟁점 토지를 ○○시청에 공공용지로 협의양도하고 2004.12.21. 실지거래가액에 의한 양도소득세 38,349,970원을 납부하였다가, 2006.2.23. 처분청에 기준시가에 의한 양도소득세 14,701,030원과 실지거래가액에 의해 납부한 양도소득세 38,349,970원과의 차액 23,648,940원을 환급해 달라고 경정 청구하였다. (4) 조세특례제한법 제85조 제1항 본문에서는 소득세법 제96조 제1항 제6호 의2에 따라 지정지역 내 토지를 2006.12.31. 이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한법률에 의한 사업시행자에게 양도한 경우에는 양도차익을 기준시가에 의하여 산정할 수 있으나, 같은 항 단서에서는 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 본문을 적용하지 않는다고 규정하면서 동법 부칙 제12조에서 위 규정은 2005.1.1. 이후 확정 신고 도래 분부터 적용한다고 하고 있다.

(4) 살피건대, 지정지역 내에 소재하는 부동산을 양도하는 경우 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2의 규정에 따라 실지거래가액에 의한 양도소득세 과세대상이지만, 공익사업용으로 수용되거나 협의 양도하는 경우에는 조세특례제한법 제85조 본문 및 같은 법 부칙 제12조의 규정에 따라 2005.1.1. 이후 과세표준 확정 신고기한이 도래하는 분부터 기준시가로 과세할 수 있도록 예외를 인정하였고, 같은 법 단서에서 “양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고한 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정하여 쟁점토지와 같이 지정지역 내 공익사업용으로 협의 양도하는 경우라 하더라도 실지거래가액으로 신고한 경우에는 지정지역 내 부동산과 같이 실지거래가액으로 과세하겠다는 것이므로, 청구인이 실지거래가액으로 양도소득세를 신고한 다음 확정 신고기한까지 다른 신고를 하지 않은 이상 쟁점토지의 양도소득세는 실지거래가액에 의하여 산정할 수밖에 없다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점토지의 양도소득세를 기준시가로 재계산하여 당초 신고한 양도소득세액과의 차액을 환급해 달라는 청구인의 경정청구를 거부한데에는 잘못이 없다고 판단된다(국 심 2006전1484, 2006.9.12., 합동회의).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.