토지 평가액 중 청산금을 교부받은 부분에 상당하는 토지는 유상으로 이전되는 것으로 보아야 할 것임
토지 평가액 중 청산금을 교부받은 부분에 상당하는 토지는 유상으로 이전되는 것으로 보아야 할 것임
심판청구를 기각합니다.
청구인은 ○○○ 임야 399㎡와 같은 동 산 18-45 임야 298㎡(합계 697㎡이고, 이하 “쟁점토지”라 한다) 및 같은 동 산 18-46 임야 등 4필지 2,263㎡(이하 “쟁점외1토지”라 한다)를 취득하여 보유하던 중 ○○○주택개량재개발사업으로 쟁점토지 및 쟁점외1토지가 1992.11.23. 관리처분계획 인가됨에 따라 쟁점토지와 쟁점외1토지 및 균등배분받은 임야 15.011㎡(재개발구역내 국가소유 토지를 재개발조합원들 명의로 취득한 토지로서, 이하 “균등배분토지”라 한다)를 778,087,235원으로 평가하여 ○○○주택개량재개발조합(이하 “재개발조합”이라 한다)에 제공 또는 양도하고 그 대가로 ○○○ 외 1필지 ○○○(토지 52.98㎡, 건물 119.91㎡, 이하 “쟁점아파트”라 한다) 및 청산금 671,465,071원을 지급받았고, 1993.2.6. 쟁점외1토지에 대하여만 양도소득세 신고를 하였으며, 1998.1.5. ○○○세무서장은 청구인이 쟁점토지를 재개발조합에 제공한 것은 환지가 아니라고 하여 청구인에게 1993년 귀속 양도소득세 73,755,750원을 결정․고지하였다. 청구인은 2004.6.3. ○○○ 임야 1,872㎡(이하 “쟁점외2토지”라 한다)가 ○○○에 수용되자 2004.6.20. 양도차익을 기준시가로 계산하여 양도소득세 100,181,330원을 신고납부하였고, 2004.9.10. 쟁점아파트를 4억원에 양도한 후 2004.10.30. 쟁점아파트에 대한 양도소득금액을 △317,329,930원으로 하고,쟁점외2토지 양도소득금액 344,201,642원을 합산하여 쟁점외2토지에 대한 양도소득세 신고시 납부한 세액중 △97,042,110원을 환급해달라는 예정신고를 하였고, 2005.12.9. 쟁점아파트에 대한 취득가액을 토지와 건물로 구분하고 쟁점토지 면적을 기준으로 취득가액을 환산하는 등의 방법으로 재계산하여 양도소득금액을 △460,003,385원으로 하며, 쟁점토지를 재개발조합에 제공한 것은 환지에 해당하므로 1998.1.5. ○○○세무서장이 쟁점토지에 대하여 환지가 아닌 것으로 과세하여 납부한 양도소득세 73,755,750원을 기납부세액으로 공제하여야 한다는 경정청구(△184,949,660원 환급)를 하였다. 2006.4.19. 처분청은 쟁점토지의 양도차익은 소득세법 시행령 제166조 제5항 의 규정이 적용되지 않는다면서 청구인의 경정청구를 거부하였다(그후 처분청은 쟁점아파트의 양도차익을 재계산하여 2006.6.1 청구인에게 2004년 귀속 양도소득세 98,936,870원을 경정․고지하였다). 청구인은 이에 불복하여 2006.5.12. 심판청구를 제기하였다.
(1) 청구인이 쟁점토지를 재개발조합에 제공한 것은 환지에 해당한다.
(2) 쟁점아파트는 쟁점토지를 재개발조합에 제공하고 취득한 것이므로 쟁점아파트의 양도차익은 준공일전 토지양도차익과 준공후 신축아파트 양도차익을 구분하여 계산하여야 하고, 토지양도차익의 경우 관리처분당시 감정평가액이, 신축아파트 양도차익의 경우 양도가액이 있어 취득가액의 실가환산이 가능하므로 토지의 경우 소득세법 시행령 제176조의2제2항제2호 의 규정을, 주택의 경우에는 소득세법 시행령 제164조제6항 의 규정을 준용하여 취득가액을 환산하여 양도차익을 계산하여야 하며, 처분청이 청구인의 경정청구 검토시 토지의 면적을 종전토지인 쟁점토지 면적 697㎡를 적용하여야 함에도 쟁점아파트 지분면적인 52.98㎡를 잘못 적용하였고, 관리처분계획인가일 현재 쟁점토지의 평가액이 343,418,870원임에도 쟁점외1토지를 포함한 평가액 778,087,235원으로 보아 잘못 적용하였으며, 쟁점아파트 환산취득가액 계산시 주택의 최초고시 기준시가를 기준으로 환산해야 하는 것을 관리처분인가서상의 분양추산금액인 106,622,164원으로 환산하는 것은 부당하다.
(3) 1992.11.23. 관리처분인가되어 재개발조합에 제공한 쟁점토지 697㎡는 환지임에도 1998년에 ○○○세무서장이 쟁점토지를 양도한 것으로보아 과세한 바 있으므로 이를 쟁점아파트 양도소득세 계산시 기납부세액으로 공제하여야 한다.
(1) 청구인은 쟁점아파트를 쟁점토지의 소유권이전 대가로 받은 것임이 ○○○구청장이 회신한 공문에 나타나므로 환지가 아닌 교환에 해당하는 것이다.
(2) 쟁점아파트는 환지가 아닌 교환에 의하여 현물로 받은 것으로서 쟁점토지만을 제공한 경우이므로, 기존건물과 그 부수토지를 제공한 경우인 소득세법 제166조제5항 을 적용하여 당초 쟁점토지의 청산금을 수령한 전체부분인 종전면적 697㎡를 기준으로 하여 취득가액을 산정하는 것은 맞지 아니하고 쟁점아파트 부수토지인 52.98㎡를 기준으로 산정하여야 하고, 청구인은 분양대상자별 분양예정조서상의 기준가액으로 보상을 받았으므로 쟁점아파트 취득가액으로 본 106,622,164원을 실지 취득가액으로 보아야 한다.
(3) 청산금을 교부받는 부분은 양도로 보아 양도시기를 잔금청산일로 하여 과세하는 것이고, 당초 쟁점토지의 양도시기를 1993년으로 하여 1998년에 이미 납세가 완료되었음에도 다시 2004년 귀속분과 합산하여 경정청구를 하는 것은 소득세법 제5조 제1항 (과세기간)의 규정을 잘못 적용한 것이다.
(1) 1992.11 관리처분인가되어 재개발조합에 제공한 쟁점토지가 환지에 해당하는지 또는 양도에 해당하는지
(2) 2004년에 양도한 쟁점아파트의 양도차익 계산방법
(3) 환지로 보는 경우 1998년에 ○○○세무서장이 쟁점토지를 환지로 보지 않고 과세함에 따라 납부한 양도소득세를 쟁점아파트 양도소득세 계산시 기납부세액으로 공제할 수 있는지 여부
○ 소득세법 제4조 【소득의 구분】
• 1990.12.31 법률 제4281호로 개정된 것
① 거주자의 소득은 다음 각호와 같이 구분한다.
③ 제1항제3호에서 "양도"라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(상속세법 제29조의4제2항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액중 그 채무액에 상당한 부분은 그 자산이 유상으로 사업상 이전되는 것으로 본다.
④ 토지구획정리사업법 기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 제1항제3호에서 규정하는 양도로 보지 아니한다.
○ 소득세법 시행령 제14조 【환지등의 정의】
① 법 제4조제4항에서 "환지처분"이라 함은 토지구획정리사업법 기타법률에 의하여 사업시행자가 사업완료후에 사업구역내의 토지소유자 또는 관계인에게 종전의 토지 대신에 그 구역내의 다른 토지로 바꾸어 주는 것을 말하며, 사업시행으로 인한 분할·합병 또는 교환의 경우를 포함한다.
○ 소득세법 제88조 【양도의 정의】
• 2004.1.29 법률 제7120호로 개정된 것
① 제4조제1항제3호 및 이 장에서 "양도"라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(상속세및증여세법 제47조제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.
② 도시개발법 기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 제1항에서 규정하는 양도로 보지 아니한다.
○ 소득세법 시행령 제152조 【환지등의 정의】
• 2004.8.30 대통령령 제18529호로 개정된 것
① 법 제88조제2항에서 "환지처분"이라 함은 도시개발법에 의한 도시개발사업, 농어촌정비법에 의한 농업생산기반정비사업 기타 법률에 의하여 사업시행자가 사업완료후에 사업구역내의 토지소유자 또는 관계인에게 종전의 토지대신에 그 구역내의 다른 토지로 바꾸어주는 것(사업시행에 따라 분할·합병 또는 교환하는 것을 포함한다)을 말한다.
○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】
• 2004.1.29 법률 제7120호로 개정된 것
① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다
○ 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】
① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조제5항의 규정에 의하여 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조제5항의 규정에 의하여 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다
○ 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】
② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.
④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조제1항제6호 및 제97조제1항제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.
⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.
○ 소득세법 시행령 제164조 【토지·건물의 기준시가 산정】
③ 법 제99조제1항제1호 가목의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다.
④ 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의하여 1990년 8월 30일 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 토지의 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다. 이 경우 다음 산식중 시가표준액은 법률 제4995호로 개정되기 전의 지방세법상 시가표준액을 말한다. 1990년 1월 1일을 기준으로 한 개별공시지가 ×(취득당시의 시가표준액 / 1990년 8월 30일 현재의 시가표준액과 그 직전에 결정된 시가표준액의 합계액을 2로 나누어 계산한 가액)
⑥ 법 제99조제1항제1호 다목의 규정에 의한 기준시가가 고시되기 전에 취득한 공동주택의 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다. 이 경우 당해 자산에 대하여 국세청장이 최초로 고시한 기준시가 고시당시 또는 취득당시의 법 제99조제1항제1호 나목의 가액이 없는 경우에는 제5항의 규정을 준용하여 계산한 가액에 의한다. 국세청장이 당해 자산에 대하여 최초로 고시한 기준시가 ×(취득당시의 법 제99조제1항제1호 가목의 가액과 나목의 가액의 합계액 / 당해 자산에 대하여 국세청장이 최초로 고시한 기준시가 고시당시의 법 제99조제1항제1호 가목의 가액과 나목의 가액의 합계액(취득당시의 가액과 최초로 고시한 기준시가 고시당시의 가액이 동일한 경우에는 제7항의 규정을 준용한다))
○ 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】
• 2007.2.28. 대통령령 제19890호로 개정되기 전의 것
① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 도시및주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한다.
1. (생 략)
[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 지급받은 청산금) - 법 제97조제1항제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비] ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액 － 법 제97조제1항제2호 및 제4호 또는 제163조제6항의 규정에 의한 필요경비]×(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 지급받은 청산금) / 기존건물과 그 부수토지의 평가액]
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기존건물과 그 부수토지의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액에 의한다. 기존건물과 그 부수토지의 평가액 × (취득일 현재 기존 건물과 그 부수토지의 법제99조제1항제1호의 규정에 의한 기준시가 / 관리처분계획인가일 또는 사업시행인가일 현재 기존건물과 그 부수토지의 법 제99조제1항제1호의 규정에 의한 기준시가)
③ 제1항제1호·제2호 및 제2항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이라 함은 도시및주거환경정비법에 의한 관리처분계획 또는 사업시행계획에 의하여 정하여진 가격에 의한다. 이 경우 그 가격이 변경되는 때에는 변경된 가격에 의한다.
⑤ 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 도시및주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우 기준시가에 의한 양도차익은 다음 각호의 구분에 따라 계산한 양도차익의 합계액(청산금을 수령한 경우에는 이에 상당하는 양도차익을 차감한다)으로 한다.
1. 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일 또는 사업시행인가일(이하 이 항에서 "관리처분계획인가일등"이라 한다) 전일까지의 양도차익: 관리처분계획인가일등 전일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가(법 제99조제1항제1호의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다) － 기존건물과 그 부수토지의 취득일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가 － 기존건물과 그 부수토지의 필요경비(제163조제6항의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다)
2. 관리처분계획인가일등부터 신축건물의 준공일(제162조제1항제4호의 규정에 의한 취득일을 말한다) 전일까지의 양도차익: 신축건물의 준공일 전일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가 － 관리처분계획인가일등 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가
3. 신축건물의 준공일부터 신축건물의 양도일까지의 양도차익: 신축건물의 양도일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가 － 신축건물의 준공일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가(신축주택의 양도일 현재 법 제99조제1항제1호 다목의 규정에 의한 기준시가가 있는 경우에는 제164조제6항의 규정을 준용하여 계산한 기준시가) － 신축건물과 그 부수토지(기존건물의 부수토지보다 증가된 부분에 한한다)의 필요경비 ※ 참고: 2007.2.28. 대통령령 제19890호로 개정된 소득세법 시행령에서 제166조 제2항이 다음과 같이 신설되었음
② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.
[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 “청산금납부분양도차익”이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 “기존건물분양도차익”이라 한다
제1항제2호에 따른 가액
○ 소득세법 시행령 제176조의2 【추계결정 및 경정】
② 법 제114조제5항에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액"이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.
1. 법 제94조제1항제3호의 규정에 의한 주식등이나 법 제94조제1항제4호의 규정에 의한 기타자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도당시의 실지거래가액, 제3항제1호의 매매사례가액 또는 동항제2호의 감정가액 ×(취득당시의 기준시가 / 양도당시의 기준시가)
2. 법 제96조제1항제1호 내지 제7호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도당시의 실지거래가액, 제3항제1호의 매매사례가액 또는 동항제2호의 감정가액 ×(취득당시의 기준시가 / 양도당시의 기준시가(제164조제7항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가))
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다. (가) 청구인(대리인)이 2006.8.9. ○○○구청장에게 정보공개청구하여 받은 관리처분인가서 및 ○○○주택개량사업 관련 합의서 등을 심리자료로 제출하였는 바, 그 내용은 다음과 같다.
1. 쟁점토지는 1992.11.23. 관리처분인가되었고, 재개발후 신축된 쟁점아파트의 사용승인일은 1993.12.21.이다.
2. 재개발사업과 관련하여 작성된 ‘분양대상자별 분양예정조서’에 따르면, 쟁점외1토지는 427,272,000원, 쟁점토지는 343,418,870원, 균등배분토지는 7,396,365원, 합계 778,097,235원으로 평가되었고, 대지 52.8452㎡ 건물분양면적 143.7465㎡인 신축아파트 분양가액 106,622,164원을 공제한 671,465,071원을 청구인에 대한 청산금으로 하였다. 청구인이 쟁점토지를 재개발조합에 제공함에 따른 쟁점토지에 대한 권리면적 및 증감평내역과 청산금 정산 및 지급시기에 대한 자료는 없다.
3. ○○○구청장의 ○○○의 문서에 따르면, 사업방식에 있어서 ○○○은 도시재개발법에 의한 주택재개발사업으로 노후․불량한 주택이 밀집되어 있거나 공공시설의 정비가 불량한 지역의 주거환경을 개선하기 위하여 시행한 사업구역이고, 토지구획정리전 택지의 위치, 지목, 면적, 이용도, 기타 필요한 사항을 고려하여 소유주에게 재분배하는 토지를 의미하는 환지방식으로 시행한 사업구역이 아니라고 기재되어 있으나, ○○○구청장의 다른 문서 ○○○에는 사업방식에 있어서 사당4구역은 도시재개발법에 의한 주택재개발사업으로 노후․불량한 주택이 밀집되어 있거나 공공시설의 정비가 불량한 지역의 주거환경을 개선하기 위하여 시행한 사업구역이며, 재개발사업이 완료되어 1994.7.25 지적법 제24조 규정에 따라 종전토지 ○○○외 638필지 198,012㎡가 폐쇄되고, ○○○ 28필지 199.827.6㎡로 지적공부가 확정되었고, (구) 도시재개발법 제39조 에 ‘분양처분 고시가 있은 날의 다음 날에 그 대지 또는 건축시설에 대한 소유권을 취득하며, 취득하는 대지 또는 건축시설은 토지구획정리사업법의 규정에 의한 환지로 보는 것으로 되어 있다.
4. 쟁점토지 및 쟁점외1토지에 대한 관리처분방법에 관하여 재개발조합연합조합장 이○○○ 외 4인과 조합원인 청구인간에 1991.1.12. 작성된 ○○○주택개량재개발 관련 합의서에 따르면, 제2조에서 사업시행상 1,2,3,4공구 사업구역내 청구인 소유토지(2,227㎡)에 대하여는 위 조합 정관 제34조1항 및 제36조1항의 규정에 따라 산정되는 공구의 공구별 관리처분 가액의 산출평균금액으로 현금청산하기로 한다고 되어 있고, 제3조에서는 청구인은 이○○○외 4인에게 합의와 동시에 정관 제30조의 규정에 따른 대지 또는 건축시설에 대한 분양신청을 해야 하며 이○○○외 4인이 청구인의 건축시설 분양을 보상조건으로 청구인의 소유토지를 사용하는데 여하한 이의를 제기하지 않기로 한다고 되어 있다. (나) 청구인이 쟁점토지를 재개발조합에 제공하고 취득한 쟁점아파트는 1994.10.20. 재개발조합이 아닌 청구인 명의로 바로 소유권 보존등기되었음이 등기부등본에 의하여 확인된다. (다) 위의 사실관계를 종합하여 보면, 청구인이 쟁점토지를 재개발조합에 제공하여 재개발조합의 조합원 자격으로 쟁점아파트를 취득하였음이 확인되고, 1991.5.31 법률 제4381호로 개정된 도시재개발법 제49조 에 따르면 관리처분계획에 따라 분양받은 대지 또는 건축시설은 토지구획정리사업법의 규정에 의한 환지로 보도록 규정하고 있으며, 1990.12.31 법률 제4281호로 개정된 소득세법 제4조 제4항 에서 토지구획정리사업법 기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 양도로 보지 아니한다고 규정하고 있으므로, 청구인은 쟁점아파트를 쟁점토지와의 교환(양도)에 의하여 취득한 것이 아니라고 할 것이다. 그렇다면, 청구인은 쟁점토지중 재개발조합에 제공함에 따른 권리면적 및 증감평내역을 제출하지 못하고 있으나 쟁점토지 평가액중 청산금을 교부받은 부분에 상당하는 토지는 유상으로 이전되는 것으로 보아야 할 것이고, 그 나머지 부분에 대하여는 청구인이 관리처분계획에 따라 쟁점아파트를 분양받기 위하여 이에 상당하는 권리면적을 재개발조합에 제공한 환지(국심96서2662. 1996.12.10. 같은 뜻)로 봄이 타당하다 할 것이다.
(2) 쟁점(2)에 대하여 살펴본다. (가) 먼저, 청구인이 주장하는 쟁점아파트의 양도차익 계산방법을 본다.
1. 청구인은 쟁점아파트에 대한 양도차익을 쟁점아파트 준공일전 토지양도차익과 쟁점아파트 준공일후 양도차익 2단계로 구분하여 양도차익을 계산하였다. 2) 쟁점아파트 준공일전 토지양도차익의 경우, 분양예정조서상 쟁점토지 평가액을 필지별로 구분하여 양도가액으로 하고, 이를 쟁점아파트 준공일전 기준시가 대비 쟁점토지 취득일(1985.1.1 의제취득일 적용) 기준시가로 환산한 가액을 취득가액으로 하며, 이러한 환산취득가액에 소득세법 시행령 제163조 제6항 의 규정에 의한 공제율을 적용한 가액을 필요경비로 하여 양도차익을 계산하였다. 또한, 쟁점아파트 준공일후 양도차익의 경우, 쟁점아파트 양도가액을 양도가액으로 하고, 쟁점아파트 준공일 당시 기준시가가 고시되어 있지 않아 소득세법 시행령 제164조 제6항 의 규정에 따라 쟁점아파트 준공일 현재 기준시가를 계산한 후 이를 양도일 현재 기준시가 대비 준공일 현재 기준시가로 환산한 가액을 취득가액으로 하며, 이 환산취득가액중 건물분에 대하여 소득세법 시행령 제163조 제6항 의 규정에 의한 공제율을 적용한 가액을 필요경비로 하여 양도차익을 계산하였다.
3. 장기보유특별공제는 쟁점아파트 준공일전 토지양도차익에 대하여는 양도차익이 발생한 ○○○ 임야 298㎡에 대하여만 계상하였고, 쟁점아파트 준공일후 양도차익에 대하여는 청산금 수령 여부를 구분하여 계상하였다.
4. 상기 청구인이 주장하는 양도차익 계산방법에 따르면, 양도가액 4억원, 취득가액 730,998,100원, 필요경비 27,790,100원으로, △358,788,442원의 양도차손이 발생하고, 이에 장기보유특별공제 101,214,943원을 공제하면 양도소득금액은 △460,003,385원이 된다. (나) 다음으로 처분청의 쟁점아파트에 대한 양도차익 계산방법을 본다.
1. 처분청은 쟁점아파트 양도차익을 쟁점토지 취득일～관리처분일까지 토지양도차익, 관리처분인가일～쟁점아파트준공일전일까지 토지양도차익, 쟁점아파트준공일～양도일까지 신축주택양도차익의 3단계로 구분하여 계산하였다.
2. 쟁점토지 취득일～관리처분일까지 토지양도차익의 경우, 관리처분당시 쟁점토지 뿐만아니라 쟁점외1토지 및 균등배분토지를 포함한 평가액에 쟁점토지 면적중 쟁점아파트 부수토지 면적에 해당하는 부분에 상당하는 금액을 양도가액으로 하고, 이에 기준시가로 환산한 가액을 취득가액으로 하며, 환산취득가액에 소득세법 시행령 제163조 제6항 의 규정에 의한 공제율을 적용한 가액을 필요경비로 하여 양도차익을 계산하였다. 관리처분인가일～쟁점아파트준공일전일까지 토지양도차익의 경우에는 쟁점토지 취득일～관리처분일까지 토지양도차익계산시 양도가액을 취득가액으로 하고, 분양예정조서상 금액에 토지 및 건물의 기준시가 대비 토지 기준시가로 환산한 가액을 양도가액으로 하여 양도차익을 계산하였다. 또한, 쟁점아파트준공일～양도일까지 신축주택양도차익에는 쟁점아파트 양도가액을 양도가액으로 하고, 분양예정조서상 분양가액을 취득가액으로하며, 취득가액에 소득세법 시행령 제163조 제6항 의 규정에 의한 공제율을 적용한 가액을 필요경비로 하여 양도차익을 계산하였다.
3. 장기보유특별공제를 적용함에 있어서는 상기 양도차익 전체에 대하여 공제율 30%를 적용하여 계산하였다.
4. 상기 처분청의 양도차익 계산방법에 따르면, 양도가액 4억원, 취득가액 71,458,090원, 필요경비 2,290,623원으로, 326,251,287원의 양도차익이 발생하고, 이에 장기보유특별공제 97,875,386원을 공제하면 양도소득금액은 228,375,901원이 된다. (다) 청구인이 쟁점아파트를 양도할 당시 법령에서는 주택재개발사업 조합원이 입주권을 양도한 경우의 양도차익 계산방식만을 규정하고 있었으나, 2007.2.28. 대통령령 제19890호로 소득세법 시행령 제166조 제2항 을 신설하여 주택재개발사업 조합원이 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택을 양도하는 경우에도 입주권을 양도한 경우와 같은 계산방식에 의하여 양도차익을 계산하도록 개정되었다. 위 규정에 따라 재개발조합의 조합원이 기존건물과 그 부수토지를 당해 조합에 제공하고 청산금을 지급받는 경우의 양도차익 계산방식을 살펴보면, 관리처분인가일을 기준으로 하여 관리처분인가전양도차익과 관리처분인가후양도차익을 구분하여 관리처분인가전양도차익은 기존건물과 그 부수토지의 평가액에서 실지취득가액(실지취득가액이 확인되지 않는 경우에는 기존건물과 그 부수토지의 평가액을 기준시가로 환산한 가액)과 필요경비를 차감하여 계산한 금액에 기존건물과 그 부수토지의 평가액에서 지급받은 청산금을 제외한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 계산하도록 하고 있고, 관리처분인가후양도차익은 기존건물과 그 부수토지의 평가액에서 지급받은 청산금을 차감하고 필요경비를 합한 가액을 취득가액으로 하여 양도가액에서 차감하여 계산하도록 하고 있다. (라) 한편, 국세심판원에서는 양도당시 종전주택의 재개발로 인하여 취득한 주택을 양도한 경우의 양도차익 계산방법이 법령에 구체적으로 규정되어 있지 않더라도 정비사업조합의 조합원이 입주권을 양도한 경우의 계산방식을 준용하여 쟁점주택의 양도차익을 계산하는 것이 타당하다고 결정한 바 있다(국심 2005중3804, 2006.6.26). (마) 위 사실관계와 관련 법령을 종합하여 볼 때, 이 건과 같이 토지만을 제공하여 재개발로 인하여 취득한 주택을 양도한 경우의 양도차익 계산방법이 당시 법령에 구체적으로 규정되어 있지 않더라도 관련 법령에 합리적인 계산방법을 규정하고 있는 경우 이를 준용하여 청구인의 쟁점아파트 양도차익을 계산하는 것이 타당하다 할 것이므로, 2007.2.28. 대통령령 제19890호 소득세법 시행령 제166조 제2항 이 신설되어 주택재개발사업 조합원이 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우에도 입주권을 양도한 경우와 같은 계산방식에 의하여 양도차익을 계산하도록 규정하고 있는 점을 감안할 때 청구인이 쟁점아파트를 양도할 당시의 소득세법 시행령 제166조 제1항 제2호 의 규정을 준용하여 쟁점아파트의 양도차익을 계산하는 것이 합리적이라고 할 것이다. (바) 그렇다면, 쟁점아파트의 양도차익은 339,934,810원이고, 장기보유특별공제(30%) 적용후 양도소득액금액은 237,952,267원으로, 처분청이 계산한 양도차익 326,251,287원, 양도소득금액 228,375,901원보다 더 많은 것으로 나타난다. 따라서, 쟁점아파트의 양도차익은 소득세법 시행령 제166조 제1항 제2호 의 규정을 준용하여 계산하는 것이 타당하다 하겠으나, 이 경우 양도차익이 처분청이 계산한 양도차익보다 13,083,523원 더 많아 청구인에게 불이익을 초래하게 되므로, 이 건은 불이익변경금지의 원칙에 따라 당초 처분이 유지되어야 할 것으로 판단된다.
(3) 쟁점(3)에 대하여 살펴본다. (가) 청구인은 쟁점토지 및 쟁점외1토지가 1992.11.23. 관리처분인가됨에 따라 쟁점토지를 제외한 쟁점외1토지를 1993년 1월에 양도한 것으로 하여 1993.2.6. 1993년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였으나, ○○○세무서장이 쟁점토지와 균등배분토지의 경우에도 양도에 해당한다고 하여 기준시가로 양도차익을 계산하여 1998.1.5. 청구인에게 1993년 귀속 양도소득세 73,755,750원을 경정․고지한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다. (나) 이에 대하여 청구인은 쟁점토지의 경우 환지에 해당하여 이 건 쟁점아파트 양도시 과세되어야 함에도 불구하고 1998년에 기과세되었으므로 당시에 납부한 양도소득세를 쟁점아파트 양도소득세 계산시 기납부세액으로 공제해야 한다는 주장이다. (다) 살피건대, 청구인이 쟁점토지를 재개발조합에 양도하고 청산금을 받은 부분은 양도에 해당하는 것으로 쟁점토지 평가액 343백만원중 236백만원은 청산금으로 과세되어야 할 것이어서 1998년 용산세무서장의 쟁점토지에 대한 과세중 청구인이 수령한 청산금에 상당하는 부분에 대하여는 정당한 과세라고 보여지고, 나머지 부분에 대한 과세는 과세되지 않아야 할 부분에 대하여 부당하게 과세된 것으로 보여지나, 이 건은 쟁점토지가 1992.11.23. 관리처분인가되어 재개발조합에 제공한 것에 대한 과세로서 이 심판청구의 내용과 직접 관련이 없고, 이 건 심판청구일 현재 국세부과제척기간이 이미 도과하였으므로 이를 쟁점아파트 양도차익에 대한 양도소득세계산시 기납부세액으로 공제할 수도 없다 할 것이다. 따라서, 처분청이 1999년에 ○○○세무서장의 부과처분에 따라 납부한 73,755,750원을 기납부세액으로 공제해 달라는 청구인의 경정청구를 거분한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.