미상각개발비의 손금산입 시기

○○세무서장이 2005.8.18. 청구법인에게 한 2003.1.1.~2003.12.31.사업연도 법인세 20,998,790원과 2004.1.1.~2004.12.31. 사업연도 법인세 1,429,650원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 2000.7.26. 설립되어 음성신호를 인터넷 데이타로 전송시켜주는 통신장치의 제조업을 영위하는 사업자로서, 2000.1.1.~2002.12.31. 사업연도 중 아래 표[1]과 같이 개발비를 자산으로 계상하였다. [표1] 개발비(자산) 계상 내역 (단위: 원) 개 발 비 (자산) 내 역 사업연도 발생액 기말잔액 2000.1.1.~12.31. 91,294,400 91,294,400 이하 “쟁점①개발비”라 한다. 2001.1.1.~12.31. 91,294,400 2002.1.1.~12.31. 94,607,750 185,902,150 이하 “쟁점②개발비”라 한다.
• 나. 청구법인은 2005.6.30. 아래 표[2]와 같이 2003사업연도 법인세신고시 이중계상한 원재료비 88,718,303원 및 2004사업연도 법인세신고시 신고누락한 이자수익 8,363,499원을 손금불산입 및 익금가산하여 수정신고(경정청구)하는 한편, 표[2] 의 상각비 중 표[2] 은 쟁점②개발비의 미상각액으로서, 표[2] 은 쟁점①개발비의 미상각액으로서 각각 손금, 산입하여 경정청구를 하였다. [표2] 경정청구 및 수정신고 내역 (단위: 원) 사업연도 손금산입(경정청구) 손금불산입(경정청구), 익금산입(수정신고) 금 액 조정내용 금 액 조정내용 2003.1.1 ~12.31. 72,105,320 개발비 88,718,303 원재료비 이중계상 15,621,290 개발비당기상각

• - 소 계: 87,726,610 소 계: 88,718,303 2004.1.1 ~12.31. 8,363,499 개발비당기상각 8,363,499 가지급금인정이자 소 계: 8,363,499 소 계: 8,363,499

• 다. 처분청은 표[2] 의 상각비(이하 “쟁점①상각비”라 한다.)는 청구법인이 쟁점②개발비를 장부상 각 사업연도의 손금(감가상각비)으로 계상하지 아니하였다 하여, 표[2] 의 상각비(이하 ‘쟁점②상각비“ 라한다.)는 쟁점①개발비의 상각액을 장부상 손금(감가상각비)으로 계상하지 아니하고 경정청구로 손금에 산입함으로써 2003, 2004사업연도의 확정된 재무제표를 경정한 것이 된다 하여 위 경정청구를 거부한 한편, 수정신고사항은 그대로 인정하여, 2005.8.18. 청구법인에게 2003.1.1.~12.31. 사업연도 법인세 20,998,790원과 2004.1.1.~12.31.사업연도 법인세 1,429,650원을 경정  고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2005.9.27. 이의신청을 거쳐 2006.5.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점①상각비는 2002사업연도에 계상한 개발비 94,607,750원(쟁점②개발비) 중 일부로서 당해 개발 사업이 2003.9.2. 취소되었으므로 그 취소된 사업연도(2003사업연도)의 손금에 해당되고, 쟁점②상각비는 2000사업연도에 발생한 개발비 91,294,400원(쟁점①개발비)의 연도별 균등상각액을 장부상 손비로 계상하지 아니한 것이므로 당해 사업연도(2003사업연도, 2004사업연도)의 손금에 해당되며 이들을 장부상 손금에 산입한 바 없다. 따라서 이 건 경정청구는 적법하다.
• 나. 처분청 의견 무형고정자산은 장부상 비용(상각비 등)으로 계상(결산조정)하여야 손금으로 인정되는데, 쟁점①상각비에 대한 경정청구는 2002.12.31.이전에 발생된 무형고정자산(쟁점②개발비)임에도 이에 대한 (쟁점①)상각비를 장부상 비용으로 계상한 바 없고, 쟁점②상각비에 대한 경정청구는 적법한 절차에 의한 결산확정 및 과세표준 신고 후에 당초의 확정된 재무제표를 경정한 것이므로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

(1) 2002사업연도에 발생한 개발비(무형고정자산, 쟁점②개발비)전액을 당해 개발사업이 취소된 2003사업연도의 손금(쟁점①상각비)으로 하여 경정청구한 데 대해, 장부상 동 개발비를 비용으로 계상하지 않았다 하여 경정청구를 거부한 처분의 당부

(2) 2000사업연도에 발생한 개발비(이연자산, 쟁점①개발비)의 미상각액을 2003, 2004사업연도의 손금(쟁점②상각비)으로 하여 경정청구한 데 대해, 당해 경정청구는 결산확정 및 과세표준 신고 후에 당초의 확정된 재무제표를 경정한 것으로 부적합하다 하여 경정청구를 거부한 처분의 당부

• 나. 관련법령

○ 국세기본법 제45조 의 2 【경정 등의 청구】

① 과세표준 신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 법정신고 기한 경과 후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준 신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

○ 법인세법 제23조 【감가상각비의 손금불산입】

① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 이를 손금으로 계상(결산을 확정함에 있어서 손비로 계상하는 것을 말한다. 이하 같다)한 경우에 한하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 “상각범위액”이라 한다)의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산으로 한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 감가상각비를 손금으로 계상한 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 감가상각비에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 감가상각비의 손금계상방법, 상각범위액을 초과하는 금액의 처리 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령(2001.12.31. 대통령령 제17457호로 개정된 것) 제24조【감가상각자산의 범위】

① 법 제23조 제2항에서 “건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각 호의 고정자산(제2항의 자산을 제외하며, 이하 “감가상각자산”이라 한다)을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 유형고정자산 가.~ 바. 생략

2. 다음 각목의 1에 해당하는 무형고정자산 가.~ 마. 생략

• 바. 연구개발비: 신제품  신기술의 연구 또는 개발활동과 관련하여 비경상적으로 발생한 비용으로서 미래의 경제적 효과와 이익을 기대할 수 있는 것(산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합의 조합원이 동 조합에 연구개발 및 연구시설 취득 등을 위하여 지출하는 금액을 포함한다)
• 사. 생략

○ 법인세법 시행령(2001.12.31. 대통령령 제17457호로 삭제되기 전의 것) 제77조【이연자산의 평가】

① 제73조 제4호의 규정에 의한 이연자산은 다음 각 호의 금액으로서 당해 법인에 귀속되었거나 귀속될 부담액으로 한다.

1. ~2. 생략

3. 연구개발비: 신제품  신기술의 연구 또는 개발활동과 관련하여 비경상적으로 발생한 비용으로서 미래의 경제적 효과와 이익을 기대할 수 있는 것(산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합의 조합원이 동 조합에 연구개발 및 연구시설 취득 등을 위하여 지출하는 금액을 포함한다)

4. ~5. 생략

② 제1항의 규정에 의한 이연자산의 가액은 다음 각 호의 방법에 의하여 각 사업연도의 손금에 이를 산입한다. 다만, 창업비  개업비 및 연구개발비의 경우 법인이 제1호 내지 제3호에 규정된 기간의 범위 내에서 손금산입기간을 정하여 법인세 과세표준 신고 기한까지 납세지 관할 세무서장에게 신고한 경우에는 그 신고한 기간 동안 균등액을 각 사업연도의 손금에 산입할 수 있다.

1. ~2. 생략

3. 연구개발비: 연구개발비로 계상한 사업연도 개시일 부터 5년 이내에 종료하는 매 사업연도에 균등액을 손금에 산입하는 방법

○ 법인세법 시행령(2002.12.30. 대통령령 제17826호로 개정된 것) 제26조【상각범위액의 계산】

① 법 제23조 제1항에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액”이라 함은 개별감가상각자산별로 다음 각 호의 구분에 의한 상각방법 중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의하여 계산한 금액(이하 “상각범위액”이라 한다)을 말한다.

1. ~5. 생략

6. 개발비: 관련제품의 판매 또는 사용이 가능한 시점부터 20년 이내의 기간 내에서 연단위로 신고한 내용연수에 따라 매사업연도별 경과월수에 비례하여 상각하는 방법

• 다. 사실관계 및 판단

(1) (연구)개발비는 법인세법 시행령 제77조 제1항 에서이연자산으로 규정되어 있다가 2001.12.31. 대통령령 제17457호로 개정된 같은 법 시행령 제24조 제1항에서무형고정자산으로 변경되었는바, 쟁점①개발비는 2000사업연도에 계상된 것이므로 이연자산에 해당되고, 쟁점②개발비는 2002사업연도에 계상되어 무형고정자산에 해당된다 하겠다.

(2) 쟁점(1)에 대하여 본다. (가) 청구법인은 아래와 같이 기술개발사업을 착수하고 쟁점②개발비를 지급하였다가 2003.8.8. 실패한 것으로 한국산업기술평가원장의 공문(부품 120-7224, 2003.9.2.) 등에 의하여 확인된다.

○ 과 제 명: 내장형 무선 LAN 모듈 및 지능형 통신 에이전트 시스템 개발

○ 개발기간: 2001.11.01~2002.10.31

○ 사 업 비 (단위: 천원) 정부출연금 민간부담금 소 계 현 금 현 물 298,505 87,553 125,121 511,179 (나) 처분청은 쟁점①상각비가 각 사업연도의 손금(감가상각비)으로 계상되지 아니하여 손금산입대상으로 볼 수 없으므로 쟁점①상각비의 손금산입을 요청한 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다는 것이고, 청구법인은 이에 대해 쟁점①상각비와 관련한 쟁점②개발비의 기술개발사업이 2003.9.2. 실패되었으므로 쟁점①상각비의 손금산입 시기는 2003사업연도로서 위 경정청구는 정당하다고 주장하여 이를 살펴본다. 개발비를 감가상각자산으로 계상하였으나 개발완료 전에 관련제품의 개발이 취소된 경우의 미상각개발비는 개발이 취소된 사업연도의 손금에 산입하여야 할 것(같은 뜻: 법인46012-196, 2003.3.21.)인 바, 쟁점②개발비와 관련한 기술개발사업이 2003.9.2. 실패된 것으로 위 (가)와 같이 확인되므로 쟁점②개발비(94,607,750원)의 일부인 쟁점①상각비(72,105,320원)는 2003사업연도 손금에 해당되고, 그렇다면 이를 각 사업연도의 소득금액 계산상 손금에 산입하지 아니한데 대하여는 처분청도 인정하고 있으므로 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 의해 쟁점①상각비의 손금산입에 따른 과세표준 및 세액의 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다 하겠다(같은 뜻: 국세청 서면2팀-2184, 2005.12.28.). 따라서 쟁점①상각비가 장부상 각 사업연도의 손금(감가상각비)으로 계상되지 아니하였다는 이유로 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다고 판단된다.

(3) 쟁점(2)에 대하여 본다. (가) 법인세법 시행령(2001.12.31. 대통령령 제17457호로 삭제되기 전의 것) 제77조 제2항 제3호에서 개발비는 연구개발비로 계상한 사업연도 개시일 부터 5년 이내에 종료하는 매 사업연도에 균등액을 손금에 산입하는 방법으로 상각하도록 규정되어 있으나, 청구법인은 쟁점①개발비를 자산으로 계상한 2000사업연도부터 5년이 되는 2004사업연도까지 당해 감가상각비를 장부에 계상하지 아니한 것으로 청구법인의 법인세신고서 등에 의하여 확인된다. (나) 처분청은 청구법인이 쟁점②상각비를 손금에 산입하여 줄 것을 경정청구한 것은 적법한 절차에 의하여 결산확정 및 법인세 과세표준을 신고한 후에 당초의 확정된 재무제표를 경정한 경우로서 ○○지방국세청 예규(서이46012-11973, 2003.11.14.)에 따라 경정청구 대상이 아니라고 보았고, 청구법인은 이에 대해 쟁점②상각비는 2000사업연도에 발생한 쟁점①개발비의 상각액으로서 손금에 산입한 바 없으므로 위 경정청구는 적법하다고 주장하여 이를 살펴본다.

1. 처분청은 이 건 경정청구에 대해 전기분에 대한 손익의 오류 분을 기업회계기준에 따라 경정하고 세무조정을 거쳐 경정청구를 하는 경우로 보았으나, 쟁점②상각비의 손금산입은 전기분 손익의 오류분이 아니라 당기분 미상각비를 당해 사업연도의 손금으로 산입하여 줄 것을 경정청구한 것이다.

2. 내국법인이 법인세법시행령 제77조 제1항 제3호 의 규정에 의한 연구개발비 상각액을 각 사업연도의 소득금액 계산상 손금에 산입하는 경우 동 상각액의 손금산입방법은 같은법시행령 제77조 제2항의 규정에 따르는 것이며, 이 때 각 사업연도의 소득금액 계산상 손금에 산입하지 아니한 연구개발비 균등상각액이 경정청구기한 이내의 금액에 해당하는 때에는 내국법인이 동 상각액을 손금에 산입하여 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 의해 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다 할 것이다. (같은 뜻: 서면2팀-2184, 2005.12.28, 제도46012-10699, 2001.4.18)

3. 이 건의 경우, 쟁점②상각비는 2000사업연도에 발생한 쟁점①개발비 (91,294,400원)의 연도별 균등상각액(91,294,400원/5년=18,258,880원)의 일부로서 2003, 2004사업연도의 소득금액 계산상 의무적으로 상각하여 손금에 산입하여야 할 비용이나 손금에 산입한 바 없고, 당해 과세기간에 대한 법정신고 기한 경과 후 3년 이내의 금액에 해당하므로 이 건 경정청구는 적법한 반면 이를 거부한 처분은 부당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.