가공세금계산서로 보아한 처분이 근거과세에 위반되는 위법한 처분인지 여부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 통신기기 및 방송장비 제조업을 영위하는 사업자로서 지점사업장(사업자등록번호 ○○○-○○-○○○○○)에서 청구외 ○○정보통신주식회사로부터 2001년 제2기에 매입세금계산서(공금가액 계 300,208천원으로서 이하 󰡒쟁점세금계산서󰡓라 한다)를 수취하여 부가가치세신고시 매입세액으로 공제하고, 법인세 신고시 이를 손금산입하였다.

○○지방국세청장은 ○○정보통신주식회사를 조사하여 자료상으로 확정하고 청구법인의 지점사업장이 ○○정보통신주식회사로부터 실지거래없이 쟁점세금계산서를 수취하였다는 과세자료를 지점사업장 관할 ○○세무서장과 처분청에 통보하였고, 지점사업장은 ○○세무서장이 경정고지한 부가가치세를 납부하였다. 처분청은 청구법인에게 과세자료 통보에 따른 쟁점세금계산서의 가공매입 여부에 대하여 소명하도록 요구하였으나 이에 응하지 않자 동 공급가액을 손금불산입하여 2006.1.25. 청구법인에게 2001사업연도 법인세 151,405,950원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.4.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

○○지방국세청장은 ○○정보통신주식회사에 대한 자료상 조사 당시 청구법인의 지점사업장이 수취한 쟁점세금계산서를 위장세금계산서로 보았던 것으로 보이는데, 청구법인은 처분청으로부터 쟁점세금계산서의 가공거래 여부에 대한 소명자료의 제출을 요구받았으나 2002년 이후 최대주주가 3번이나 바뀌는 과정에서 대표이사 등 경영진이 6차례나 교체되고 서고를 이전하여 관련증빙서류를 찾지 못하여서 자료를 제출하지 못하였다. 그러나 청구법인이 2003.2～3월에 법인세 정기조사와 2001년 제2기 예정신고기간 중 부가가치세 부당환급혐의와 관련하여 처분청의 현지확인조사를 받았는 바, 당시 쟁점세금계산서의 실지거래 여부에 대한 검토가 충분히 있었을 것임에도 처분청이 거래상대방인 ○○정보통신주식회사가 자료상으로 확정되었다는 사실만을 근거로 하여 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 과세한 것은 세무조사권 남용금지와 근거과세원칙에 위배되고, 납세자의 성실성 추정원칙을 위반한 부당한 처분이다.

• 나. 처분청 의견 청구법인은 이 건 과세처분이 근거과세원칙 및 세무조사권 남용금지 원칙을 위반하였다고 주장하나, 당초 청구법인의 거래처에 대한 ○○지방국세청장의 조사결과 동 거래처가 자료상으로 확정되었고, 청구법인이 쟁점세금계산서의 실지거래에 대한 증빙 및 장부를 제출하지 않는 등 달리 실지거래임을 소명하지 못하고 있으며, 지점사업장에게 부과된 관련 부가가치세를 납부한 사실 등을 볼 때, 이 건 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 법인세를 과세한 처분이 근거과세, 중복조사의 금지 및 납세자의 성실성 추정원칙에 위반되는 위법 ․ 부당한 처분인지 여부
• 나. 관련법령

○ 국세기본법 제16조 【근거과세】

① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치 ․ 기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치 ․ 기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사 ․ 결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

○ 국세기본법(2002.12.18. 법률 제6782호로 개정되기 전의 것) 제81조의 3 【중복조사의 금지】 세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한경우, 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재경정 ․ 재조사를 할 수 없다.

○ 국세기본법(2002.12.18. 법률 제6782호로 개정되기 전의 것) 제81조의 5 【납세자의 성실성 추정 및 세무조사】

① 세무공무원은 납세자가 세법이 정하는 신고 등의 납세협력의무를 이행하지 아니하였거나 납세자에 대한 구체적인 탈세제보가 있는 경우 등 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 납세자가 성실하며 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정하여야 한다.

○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 지점사업장이 쟁점세금계산서를 2001년 제2기에 수취하였고, 처분청이 청구법인에 대하여 2003.2～3월에 법인세 정기조사와 2001년 제2기 예정신고기간 중에 부가가치세 부당환급혐의 관련 현지확인조사를 실시하였음에도 이후 ○○정보통신주식회사가 자료상으로 확정되었다는 사실만을 근거로 하여 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 과세한 것은 중복조사의 금지(세무조사권 남용금지)와 근거과세원칙및 납세자의 성실성 추정원칙을 위반한 부당한 처분이라고 주장하고 있다.

○○지방국세청장은 청구법인의 거래상대방인 ○○정보통신주식회사가 실물거래없이 쟁점세금계산서를 교부한 것으로 보아 이를 처분청과 지점사업장을 관할하는 ○○세무서장에게 과세자료로 통보하였고, 이에 따라 처분청에서는 청구법인에게 쟁점세금계산서가 실제거래임을 입증할 소명자료를 요구하였으나 청구법인은 거래사실을 입증할 증거자료를 제시하지 아니한 사실과 청구법인의 지점사업장을 관할하는 ○○세무서장이 지점사업장에게 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 불공제하여 경정고지한 부가가치세를 청구법인이 불복없이 납부한 사실이 확인된다. 그러나 과세관청의 조사과정에서 가공매출이나 허위매입자료 등이 적출되는 경우, 이에 따른 매출누락이나 허위매입 등이 없었다는데 대한 입증책임은 이를 주장하는 납세의무자에게 있다고 할 것이다. 청구법인은 처분청의 과세자료 통보에 따른 쟁점세금계산서의 가공매입 여부에 대하여는 달리 소명하지 못하였으며, 심판청구시까지도 실지거래를 입증할 수 있는 증빙을 제출하지 못하고 있다. 과세관청은 국세기본법 제16조 에 따라 납세의무자가 세법에 의하여 비치 ․ 기장한 장부의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 과세표준을 결정할 수 있는 것이고, 세무공무원은 국세기본법 제81조 의 3에 따라 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우나 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우 등에는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재경정 ․ 재조사를 할 수 있는 것이며, 국세기본법 제81조 의 5 제1항에서 규정하고 있는 납세자의 성실성 추정은 납세자의 신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에는 세무조사를 제한하지 아니하는 것이다. 그러하다면 쟁점세금계산서를 발행한 ○○정보통신주식회사는 실물거래없이 세금계산서만 발행한 자료상으로 확인되어 청구법인이 쟁점세금계산서를 이용하여 세금을 탈루한 사실이 새로 발생하였고, 청부법인이 쟁점세금계산서를 실지거래에 따라 수취하였음을 입증하지 못하고 있으므로 처분청의 이 건 과세처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.