신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 적용 여부

심판청구를 기각합니다

청구인은 1996.6.11. 증여받은 ○○○시 ○○○ 대지 165㎡가 ○○○ 제1구역 주택재개발조합에 편입되어 조합원 자격으로 ○○○시 ○○○(전용면적 114.75㎡, 이하 “쟁점아파트”라 한다)를 분양받고 2000.12.26 임시사용승인을 받은 후 2001.4.14. 소유권보존등기를 하였으며, 쟁점아파트를 2003.11.25. 김○○○에게 419백만원에 양도하고 2004.1.30. 양도소득세 52,471,840원을 신고납부하였으나, 쟁점아파트가 조세특례제한법상 감면대상이라 하여 2006.4.4. 당초 신고납부한 세액을 환급하여 달라는 경정청구서를 처분청에 제출하였다. 처분청은 쟁점아파트의 경우 일반 분양분이 있다 하더라도 조세특례제한법 제99조 에 규정하는 신축주택취득기간(1998.5.22.～1999.6.30.) 중에 사용승인을 받지 못하여 양도소득세 감면대상이 아닌 것으로 보아 2006.4.10. 청구인에게 경정청구에 대한 거부 통지를 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.5.2. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점아파트의 경우 신축주택취득기간(1998.5.22.∼1999.6.30.) 이후에 사용승인(2000.12.26)을 받았으나, 신축주택취득기간 내에 조합원 지분 이외의 일반 분양분에 대하여 매매계약이 이루어졌고, 조합원 취득분과 일반 분양분이 함께 있는 경우 일반 분양분에 대하여는 조세특례제한법 제99조 제1항 제2호 및 같은 법시행령 제99조 제3항 제2호의 규정에 의하여 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인을 받아도 감면을 인정하면서 조합원 분양분에 대해서는 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인을 받았다 하여 감면을 배제하는 것은 형평에 맞지 아니하므로 양도소득세를 감면하여 달라는 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제99조 의 규정에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용함에 있어서 자기가 건설한 신축주택(건축법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함)를 받은 경우에 한하여 양도소득세 과세특례 적용이 되므로 청구인의 경정청구에 대한 거부 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 주택조합 조합원이 당해 조합을 통해 취득한 신축주택에 대하여 당해 조합에서 조세특례제한법시행령 제99조 제3항 제2호 단서의 규정에 의한 일반분양을 한 사실이 있는 경우 조세특례제한법 제99조 제1항 의 규정을 적용하여 양도소득세 감면특례를 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제99조 (2002.12.11. 법률 제6762 호로 개정된 것)【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자기가 건설한 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택

2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다. (2) 조세특례제한법시행령 제99조 (1999.10.30. 대통령령 제16584호로 개정된 것)【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제99조 제1항 본문에서 “당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

② 법 제99조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택"이라 함은 1998년 5월 21일이전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다.

③ 법 제99조 제1항 제2호에서 "대통령령이 정하는 주택"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 "주택조합등"이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택"이라 한다)으로서 법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

(3) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호) 부칙 제1조【시행일】이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다. 제2조【일반적 적용례】

② 이 법중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】

① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련 자료에 의하면 다음의 사실을 알 수 있다. (가) 청구인은 ○○○ 제1구역 주택재개발조합의 조합원 자격으로 쟁점아파트를 분양받아 2000.12.26. 임시사용승인을 받고 2001.4.14. 소유권 보존등기를 하였다. (나) 쟁점아파트는 전용면적이 114.75㎡이고 2003.11.25. 김○○○에게 419백만원에 양도하였는 바, 소득세법시행령 제156조 의 개정 후 및 개정 전 규정에 의한 고가주택 또는 고급주택에 해당되지 아니한다. (다) 조합원 이외의 자에 대한 일반 분양분은 1998.12.21.～1998.12. 22. 기간 중에 분양계약이 체결되었다.

(2) 처분청은 청구인이 재개발조합의 조합원 자격으로 취득한 쟁점아파트의 경우 조세특례제한법 제99조 제1항 제1호 의 경우에 해당하므로 신축주택취득기간(1998.5.22.～1999.6.30.)내에 사용승인(임시사용승인 포함)을 받아야 양도소득세 감면대상에 해당한다는 의견이고, 청구인은 주택조합 등이 조합원 이외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 체결하고 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에는 조합원 분양분에 대해서도 조세특례제한법시행령 제99조 제3항 제2호 의 규정에 의거 일반 분양분과 같이 조세특례제한법 제99조 제1항 제1호 의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다. (가) 조세특례제한법 제99조 제1항 에서 제1호는 자기가 건설한 신축주택을, 같은 조 같은 항 제2호는 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우를 규정하고 있으며, 위 제1호와 제2호 모두 주택조합 등의 조합원이 취득하는 주택의 경우를 포함하고 있다. 조세특례제한법시행령 제99조 제3항 제2호 에서 조합원이 취득하는 주택은 상위법인 조세특례제한법 제99조 제1항 제2호 의 위임근거 내에서 해석하여야 할 것이므로 조합원이 일반 분양자로 참가하여 주택을 취득하는 경우로 한정하여 해석하여야 할 것이다. 따라서 조합원의 주택취득이 조세특례제한법 제99조 제1항 제1호 에 해당하는지 제2호에 해당하는지 여부는 조합원이 일반 분양자의 자격으로 주택을 취득하는지 조합원의 자격으로 주택을 취득하는지에 따라 결정하여야 할 것이다. (나) 여기서 청구인은 쟁점아파트를 조합원 자격으로 취득하였으므로 쟁점아파트는 조세특례제한법 제99조 제1항 제1호 에 규정하는 자기가 건설한 신축주택에 해당됨을 알 수 있다. (다) 자기가 건설한 신축주택에 해당하는 쟁점아파트에 대하여 주택건설자업자로부터 취득하는 주택에 한하여 적용하는 조세특례제한법시행령 제99조 제3항 의 규정을 들어 쟁점아파트의 양도에 대하여 양도소득세를 감면하여야 한다는 청구인의 주장은 이유없다 하겠다. 따라서 재개발조합의 조합원인 청구인이 취득한 쟁점아파트는 신축주택취득기간(1998.5.22.～1999.6.30.)이 경과한 2000.12.26. 사용승인을 받았으므로 쟁점아파트의 양도에 대하여 양도소득세의 감면을 배제한 처분청의 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.