감면배제 처분의 당부

심판청구를 기각합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○ ○○○○고층아파트 재건축 주택조합의 조합원으로써 같은 번지에 재건축한 ○○○○○○ ○○동 ○○○○호(이하 󰡒쟁점주택󰡓이라 한다)를 분양받아 2005. 7. 28. 양도하고 2005. 9. 30. 양도소득세 275,955,521원을 예정신고 ․ 납부하였다가 쟁점주택은 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제1호에 규정하는 양도소득세 과세특례에 해당된다는 이유로 2005. 12. 1. 양도소득세를 환급하여 줄 것을 경정청구하였다. 처분청은 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제2호 규정을 적용하기 위하여는 2003. 6. 30. 이전에 쟁점주택이 사용승인 또는 사용검사를 받아야 함에도 2003. 6. 30. 이후인 2005. 1. 28. 사용승인을 받아 양도소득세 과세특례를 적용받을 수 없다 하여 2006. 1. 31. 청구인의 경정청구를 거부하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006. 4. 14. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

○○○○고층아파트 재건축주택조합이 신축주택취득기간내에 조합원외의 일반분양자와 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부한 사실이 있으므로 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제1호 및 조세특례제한법시행령 제99조 의 3 제3항 제2호(조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받은 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택 취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.)의 규정에 의한 신축주택의 과세특례를 적용하여야 함에도 처분청이 󰡒쟁점주택󰡓의 양도에 대하여 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례가 적용되지 아니하는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점주택을 주택조합의 조합원 자격으로 취득한 것이고 조합원 자격으로 취득할 경우 신축주택 취득기간 중에 사용승인을 받아야 하나 쟁점주택은 그 기간을 경과한 2005. 1. 28. 사용승인을 받은 주택이므로 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항의 규정에 의한 감면적용을 받을 수 있는 주택에 해당하지 아니하여 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 주택조합 조합원이 2001. 5. 23.부터 2003. 6. 30.(신축주택취득기간)까지 매매계약을 체결하여 취득한 신축주택을 양도하였으나 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제1호의 규정에 따라 동 신축주택에 대하여 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사를 받지 아니하였다고 하여 감면을 배제한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 2001. 8. 14. 개정전 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 ″신축주택취득기간″이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시 재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

○ 2001. 8. 14. 개정전 조세특례제한법시행령 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의3제1항제1호에서 ″대통령령이 정하는 주택″이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 ″주택조합등″이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 ″잔여주택″이라 한다)으로서 법 제99조의3제1항제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 ″신축주택취득기간″이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

④ 법 제99조의3제1항제1호에서 ″대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택″이라 함은 2001년 5월 23일전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다.

⑤ 제99조제4항의 규정은 법 제99조의3제3항의 규정에 의한 양도소득세의 감면신청에 관하여 이를 준용한다.

○ 2002. 12. 11. 개정 조세특례제한법 제99조 의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 ″신축주택취득기간″이라 한다)중에 주택건설사업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

○ 2002. 12. 11. 개정 조세특례제한법시행령 제99조 의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 법 제99조의3 제1항 본문에서 ″대통령령이 정하는 지역″이라 함은 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정․고시된 분당․일산․평촌․산본․중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 ″대통령령이 정하는 주택″이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 ″주택조합등″이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 ″잔여주택″이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 ″신축주택취득기간″이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(도시재개발법 제34조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

④ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 ″대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택″이라 함은 2001년 5월 23일전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다.

⑤ 법 제99조의3 제1항 제2호에서 ″대통령령이 정하는 조합원″이라 함은 도시재개발법 제34조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다.

○ 2001. 5. 24. 개정 조세특례제한법 부칙 제13조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면에 관한 경과조치】 2001년 5월 23일전에 종전의 제99조의3제1항의 규정에 의한 신축주택을 취득하여 이 법 시행후 동주택을 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세 과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조의3제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.

○ 2002. 12. 11. 조세특례제한법 부칙 제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】

① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택기준을 적용한다.

② 제99조의3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 주택조합의 조합원으로서 분양받은 쟁점주택을 2005. 7. 28. 양도하고 아래와 같이 2005. 9. 30. 양도소득세 275,955,521원을 예정신고 ․ 납부하였음이 양도소득세 예정신고서에 의하여 확인된다. 양도소득세 신고내용 (원) 양도가액 취득가액 양도차익 양도소득 과태료금 납부세액 2,010,000,000 499,677,351 1,043,193,613 886,714,572 884,274,572 306,617,245

(2) 쟁점주택이 포함된 집합건축물대장상에 보면 2001. 4. 28. ○○구청장의 건축허가를 받아 2002. 3. 25. 건축공사가 착공되었고, ○○구청장이 2005. 1. 28. 건축물 사용을 승인하고 준공인가증을 발급하였음이 사용승인서에 의하여 확인된다.

(3) 청구인이 쟁점주택의 양도에 대하여 구 조세특례제한법에 의하여 양도소득세가 100% 감면되는 것으로 보아 2005. 9. 30. 신고한 양도소득세 306,617,245원을 환급하여 달라고 2005. 12. 1. 경정청구를 한데 대하여 처분청이 2006. 1. 31. 경정청구거부통지를 하였음이 경정청구서, 경정청구거부통지서에 의하여 확인된다.

(4) 쟁점주택은 그 위치가 ○○시에 소재하고 있어 2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항과 2002. 12. 30. 대통령령 제17829호로 개정된 같은법 시행령 제99조의 3 제1항에서 규정한 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역 내에 있으므로 양도소득세의 감면을 배제하는 지역 내의 신축주택에 해당한다.

(5) 2002. 12. 11. 개정된 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항의 규정에 의하면, 󰡐거주자가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역외의 지역에 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)을 2001. 5. 23.부터 2003. 6. 30. 기간내에 사용승인 또는 사용검사를 받고 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우 양도소득세를 감면하되 고가주택은 제외하도록󰡑 규정하고 있다. 또한, 동법 부칙 제29조 제1항에 의하면, 󰡐이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세 과세대상 소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용하도록󰡑 하고 있으며, 제2항에 의하면, 󰡐제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003. 6. 30. 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용하도록󰡑 규정하고 있다.

(6) 위 사실관계 및 관계법령을 종합하여 보면 2005. 1. 28. 사용승인을 받은 쟁점주택의 경우 2002. 12. 11. 개정된 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항의 규정에 따라 종전의 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항의 규정을 적용할 수 없고, 동조 동항의 개정규정의 적용대상에 해당하는바, 동 개정규정에 의하면 쟁점주택과 같이 ○○시 등 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역에 소재하는 신축주택에 대하여는 동 규정(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)의 적용을 배제하고 있으므로 같은 취지에서 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

• 라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.