청구법인이 발주자와 체결한 변경도급공사계약서의 인정 여부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 건설업 및 무역업 등을 영위하는 법인으로 1997.10.15. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 및 같은 동 ○○번지의 아파트신축공사(이하 “쟁점아파트공사”라 한다)를 ○○주택(대표자 박○○)으로부터 28,800백만원에 도급을 받은 후, 다시 1997.11.6. ○○종합건설주식회사(대표이사 박○○)에 11,592백만원에 재도급을 주었고, 이후 1999.4.3. ○○주택과 공사금액을 24,100백만원으로 변경하는 공사도급변경계약을 체결하고 1997년 2기~2000년 2기 기간동안 ○○주택에게 매출세금계산서 5매, 공급가액 24,100백만원(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)을 교부하였다. 처분청은 청구법인이 동 공사의 도급업체인 ○○종합건설주식회사에 지급한 선급금 5,077백만원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대하여 1998. 6월 ○○종합건설주식회사의 부도로 인하여 동 선급금의 회수가 불가능하자 개인 박○○의 ○○주택 관련 신탁사업장의 공사비에 증액하여 ○○주택에 매출세금계산서를 교부한 것으로 보고, 증액된 공사금액을 가공매출로 보아 매출처별 세금계산서합계표 기재불성실가산세를 적용하여 2006.1.23. 청구법인에게 부가가치세 72,126,110원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.4.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점아파트공사의 발주자인 ○○신탁주식회사와 자유의사에 의한 쌍방합의에 따라 도급금액을 변경하여 도급금액 변경계약을 체결하였으며 이는 계약의 자유 등 사적자치의 원칙에 의한 당사자의 계약이므로 존중되어야 하며 정상적인 계약에 의거 지급받은 금액을 과세표준으로 한 적법한 거래이므로 처분청이 허위로 공사금액을 증액하고 세금계산서를 발행한 것으로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 정상적인 계약에 의거 지급받은 금액을 과세표준으로 한 적법한 거래라고 주장하나, 이 건 관련 내용증명 및 합의서를 보면 청구법인과 ○○주택이 체결한 공사도급변경계약서에 ○○종합건설주식회사에 선급금으로 지급한 쟁점금액이 포함된 사실을 확인할 수 있으며 청구법인이 ○○주택과 합의하면서 쟁점신탁공사 증액부분이 원가부인될 경우 소득세 등 추가세금을 청구법인이 부담한다고 약정한 것을 보아도 청구법인이 발주자인 ○○신탁주식회사와 자유의사에 의한 쌍방합의에 따라 공사도급금액을 변경하였다고 볼 수 없으므로 쟁점금액을 가공매출로 보아 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 발주자와 체결한 변경도급공사계약서의 인정 여부
• 나. 관련 법령

○ 부가가치세법 제22조 【가산세】

③ 사업자가 제1호 및 제2호에 해당하는 경우에는 제출하지 아니하였거나 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 분의 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을, 제3호에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 1천분의 5에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우(제20조 제2항의 규정에 의하여 제출하는 경우를 제외한다)로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.(2003. 12. 30. 개정)

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매출처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 때

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때 (1994. 12. 22. 개정)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 부가가치세 경정결의서 등에 의하면, 처분청은 청구법인이 쟁점아파트공사와 관련하여 쟁점세금계산서(1997년 2기 8,545백만원, 1999년 1기 753백만원, 1999년 2기 1,646백만원, 2000년 1기 2,221백만원, 2000년 2기 10,934백만원)를 ○○주택에게 교부한 것에 대하여, 동 공사의 도급업체인 ○○종합건설주식회사의 부도로 쟁점금액의 회수가 불가능하자 청구법인이 쟁점아파트공사의 공사도급계약을 증액하여 ○○주택에게 쟁점세금계산서를 교부한 것으로 보고 증액된 공사금액을 가공매출로 보아 청구법인에게 이 건 매출처별 세금계산서합계표 미제출 가산세 72,126,117원을 부과한 사실이 확인된다.

(2) 처분청의 ○○주택에 대한 조사서에 의하면, 청구법인은 1997.10.15. 쟁점아파트공사를 ○○주택(대표자 박○○)으로부터 28,800백만원에 도급을 받은 후, 다시 1997.11.6. ○○종합건설주식회사(대표이사 박○○)에 11,592백만원에 재도급을 주었고, 이후 1998.11.12. ○○주택과 설계변경의 이유로 24,000백만원에 1차로 공사도급금액을 변경하는 계약을 체결하였고, 1999.4.3. ○○주택과 다시 공사도급금액을 24,100백만원으로 최종 변경하는 공사도급변경계약을 체결한 사실이 나타난다.

(3) 청구법인은 1997.10.28. 쟁점아파트공사 발주자인 ○○신탁주식회사로부터 8,545백원의 선수금을 받아 1997.11.10. 도급업체인 ○○종합건설주식회사에 쟁점금액을 지급하고 쟁점아파트공사를 진행하던 중 ○○종합건설주식회사가 부도처리된 사실이 있고, 쟁점아파트공사의 위탁자는 ○○주택의 대표자 박○○ 외 1인인 사실이 심리자료 등에 의하여 확인된다.

(4) 청구법인은 발주자인 ○○신탁주식회사와 쌍방합의에 따라 공사도급금액을 변경하여 계약을 체결한 것으로, 청구법인이 임의로 변경조정할 권한이 없고 ○○신탁주식회사 또한 임의로 공사대금을 조정하여 청구법인의 손실금으로 보전할 목적으로 계약을 변경할 수 없는 것이므로 계약자유의 원칙에 근거한 당사자 계약은 인정되어야 한다고 주장하고, 처분청은 최종 계약서의 공사금액에 ○○종합건설주식회사의 부도로 인하여 청구법인이 손실을 입은 쟁점금액이 포함되었다고 하면서 관련공문 및 합의서 등을 제시하고 있어 살펴본다. (가) 2001.1.15. ○○주택이 청구법인에 보낸 공문서에 의하면, ○○주택 대표자 박○○는 쟁점아파트공사를 평당 건축비 2,900천원, 총면적 6,534.86평, 총 공사금액 18,951백만원(부가가치세 별도)에 시행하기로 합의하였으나, 청구법인이 1997.11.10. ○○종합건설주식회사에 지급한 쟁점금액의 손실을 보전하기 위하여 동 금액을 증액하여 24,100백만원(부가가치세 별도)으로 공사금액을 책정하고 발주자인 ○○신탁주식회사에 증액하여 발행한 세금계산서를 회수조치하기 바라며 이를 어길시 국세청 및 검찰청에 고발조치한다는 내용이 기재되어 있고, 동 공문에 대하여 청구법인은 2001.1.20. ○○종합건설주식회사의 50억원 선급금의 처리에 따라 신탁사업수지에 손실 또는 이익의 증감을 끼친 부분에 대하여 별도 산정하여 정산에 반영한다는 내용으로 ○○주택에 공문을 보낸 것으로 나타난다. (나) 2002.5.31. 청구법인과 ○○주택이 체결한 합의서에 의하면, 쟁점아파트공사와 관련하여 증액된 공사비에 대하여 원가부인되어 위탁자인 ○○주택 대표자 박○○에게 소득세가 추가로 부가될 경우 동 소득세 및 주민세에 대하여 청구법인이 부담한다고 기재되어 있는 것으로 보아 청구법인이 ○○신탁주식회사와 자유의사에 따라 공사도급금액을 변경하였다고 보여지지 아니한다. (다) 2002.10.15.○○주택이 청구법인에 보낸 공문서에 의하면, 청구법인이 1997.11.10. 도급업체인 ○○종합건설주식회사에 지급한 쟁점금액을 지급한 상태에서 1998.6월 ○○종합건설주식회사가 부도가 발생되어 공사가 타절됨에 따라 청구법인이 손실을 보전하기 위하여 박○○의 쟁점아파트공사의 공사비에 추가시켜 공사를 체결한 바, 박○○로부터 부당하게 수령한 5,585백만원(부가가치세 포함)과 87백만원(1998.11.2~2000.4.17.까지 연12%로 계산한 이자)에 대하여 2002.10.21.까지 반환하여 주라는 내용이 기재되어 있다. (라) 위 (가)에서 살펴본 2001.1.15. 공문내용에 의하면, 청구법인과 쟁점아파트공사 위탁자인 ○○주택 대표자 박○○는 쟁점아파트공사를 총공사금액 18,951백만원(부가가치세 별도)에 시행하기로 합의한 것으로 되어 있는 바, 동 공사금액과 1999.4.6. 최종 체결된 공사도급변경계약서상의 공사금액 24,100백만원(부가가치세 별도)의 차액 5,149백만원은 청구법인이 ○○종합건설주식회사에 지급한 쟁점금액과 상당 정도 일치하는 것으로 나타난다.

(5) 이상의 사실관계를 종합하면, ○○주택이 청구법인에게 보낸 공문내용에 의하면 최종 합의한 공사도급변경계약서상의 공사금액에 청구법인이 ○○종합건설주식회사에 선급금으로 지급한 쟁점금액이 포함된 것으로 보여지는 점, 청구법인은 ○○주택과 공사금액 증액부분이 원가부인될 경우 소득세 등 추가세금을 청구법인이 부담한다고 약정한 것으로 보아 청구법인이 ○○신탁주식회사와 자유의사에 따라 공사도급금액을 변경하였다고 볼 수 없는 점, 청구법인과 ○○주택이 당초 합의하였다고 하는 공사금액 18,951백만원과 최종 합의한 공사도급변경계약서에 명시된 공사금액 24,100백만원의 차액 5,149백만원은 청구법인이 ○○종합건설주식회사에 선급금으로 지급한 쟁점금액과 일치하고 있는 점, 청구법인은 증액된 공사금액에 대하여 공사원가 등의 증액사유를 구체적으로 제시하지 못하고 있는 점 등을 볼 때, 청구법인이 이 건 공사와 관련하여 ○○주택에 교부한 쟁점세금계산서에는 실질적인 공사대금이 아닌 쟁점금액이 포함되었다고 봄이 상당하다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점금액을 가공매출로 보아 청구법인에게 매출처별 세금계산서합계표 기재불성실가산세를 적용하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.