주식변동상황명세서제출 불성실가산세를 부과한 처분의 당부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 ○○구 ○○동 66에서 해상운송업을 영위하는 상장법인으로, 2003사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고시 첨부한 주식등변동상황명세서(이하 “변동상황명세서”라 한다)에 1%이상 주식을 소유한 주주들의 변동주식 27,662,789주(이하 “쟁점주식”이라 한다)에 대하여 변동사항을 주주별로 구분 기재하지 아니하고 소액주주란과 타 주주란에 기재하여 제출하였다. 처분청은 법인세법 제119조 및 같은법 시행령 제161조의 규정에 의하여 변동 상황명세서에 인적사항 및 주식변동상황 등을 구분기재하지 아니하였다고 하여 쟁점주식에 대하여 법인세법 제76조 제6항 의 규정을 적용하여 2005.12.21 청구법인에게 2003사업연도 주식등변동상황명세서제출 불성실가산세 2,766,278,900원을 법인세에 가산하여 경정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.3.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 변동상황명세서의 제출의무의 취지는 주식양도차익과 배당에 대한 과세, 상속세 및 증여세 등의 부과를 위한 과세자료를 확보하기 위한 것으로, 처분청이 과세자료로 활용하기 위하여 필요한 경우에는 청구법인에게 보정을 요구하여 자료제출을 보완할 수 있음에도 불구하고, 과세자료로 활용가치가 없는 다음의 23,686,589주에 대하여 가산세를 부과한 처분은 취소되어야 한다.

(1) 외국법인 및 비거주자의 양수로 인한 변동주식 15,777,710주 외국법인 및 비거주자인 주주에게 법인세 등이 과세되기 위해서는 양도일이 속하는 연도와 그 직전 5년간의 기간 중 청구법인의 발행주식 총수의 25% 이상을 소유하여야 하는바(법인세법 제93조 제10호 및 동법시행령 제132조 제7항 제2호 단서), 이에 해당되는 외국법인 및 비거주자인 주주는 없으므로 주식양도로 인한 법인세 등 과세대상에 해당되지 아니하며, 2000년 이후 청구법인은 주주에게 배당금을 지급하지 못하였으나 설령 외국법인에게 배당이 일어나는 경우라 할지라도 지급조서를 제출하므로 과세권 일실이 없으므로 과세자료로서 활용가치가 없는 외국법인 및 비거주자의 변동 주식수 15,777,710주에 대한 가산세는 취소되어야 한다.

(2) 소득세법상 소액주주의 양수로 인한 변동 주식 3,640,079주 상장법인의 개인주주에게 주식양도에 따른 양도소득세가 과세되기 위해서는 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 3%이상, 시가총액 100억 원 이상 등의 요건을 충족하여야 하는바(소득세법 제94조 제1항 제3호 및 동법시행령 제157조 제4항), 양도소득세 과세대상 요건을 충족하는 주주는 없으므로 과세자료로서 활용가치가 없는 개인주주의 변동주식 3,640,079주에 대한 가산세는 취소되어야 한다.

(3) 펀드의 양수로 인한 변동주식 4,268,800주 펀드의 주식양도로 인한 매매차익은 과세대상에 해당되지 않으며, 펀드에 투자한 주주에게는 배당소득 등으로 펀드의 운용사에서 원천징수되어 과세되고 있으므로 펀드의 주식변동에 따른 과세실익은 전혀 없으므로 펀드에 해당되는 양수 주식수 4,268,800주에 대한 가산세는 취소되어야 하며, 설령 펀드의 변동주식에 대하여 가산세가 부과되어야 한다면, 펀드 주식 중 (주)○○○○화학 주식으로 착오신고 되었던 ○○제우스 3,302,000주, ○○비앤피 686,800주, ○○○○○주식형사모펀드 80,000주 합계 4,068,800주는 금융감독위원회에 보고된 자료(주식 등의 대량보유 변동보고서 2003.11.13.자)에 의하여 실지 귀속자가 확인되므로 이에 대한 가산세는 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1) 법인세법시행령 제161조 제2항 각호에서 변동상황명세서 제출 제외대상을 열거하고 있는바, 조세법령에서 제외대상으로 열거하지 않은 개인 ․ 법인 ․ 외국법인주주는 당연히 변동상황명세서를 제출하여야 하는 것이므로 과세자료로서의 활용가치가 없으므로 가산세 적용대상에서 제외하여야 한다는 청구법인 주장은 조세법령을 자의적으로 해석한 것에 불과하다.

(2) 변동상황명세서 제출 제외대상인 법인세법시행령 제161조 제3항 에서 제1호 및 제2호에서의 ‘소액주주’라 함은 제87조 제2항의 규정에 의한 주주로서 보유하고 있는 주식의 액면금액의 합계액이 3억 원에 미달하고 그 주식의 시가의 합계액이 100억 원 미만인 주주를 말하는 바, 양도소득세 과세를 위한 소득세법령의 대주주가 아니므로 법인세법시행령 제161조 의 소액주주에 해당한다는 취지의 청구법인의 주장은 각 세법마다 용어의 정의는 각 법령의 취지에 따라 각기 다르게 정의하고 있으므로 이 사건 과세근거 법령을 타 법령과 혼동하여 해석한 것으로 타당성이 없다.

(3) 착오에 의한 단순누락이라는 ○○제우스, ○○비앤피, ○○○○○주식형사모펀드는 페이퍼 컴퍼니회사로 펀드 설립목적이나 그 거래규모로 볼 때 단순 착오로 보기 어렵고, 주주별 개별명세가 아닌 합계금액으로 기재한 변동상황명세서는 누락제출로 가산세 적용대상(국세청 법인46012-438, 1995.2.18)이므로 당초 과세는 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 2003사업연도 법인세 신고시 변동상황명세서에 1%이상 소유 주주의 주식변동 사항을 주주별로 구분하여 기재하지 아니하고 소액 주주란과 타 주주란에 기재하여 주식 등 변동상황명세서 제출 불성실가산세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다. (1) 법인세법 제76조 【가산세】

⑥ 납세지 관할세무서장은 제119조의 규정에 의하여 주식 등 변동상황명세서(이하 이 조에서 “변동상황명세서”라 한다)를 제출하여야 할 내국법인이 변동상황명세서를 제출하지 아니하거나 변동 상황을 누락하여 제출한 경우와 제출한 변동상황명세서가 대통령령이 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우에는 미제출 ․ 누락제출 및 불분명하게 제출한 주식 등의 액면금액 또는 출자가액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다. (2) 법인세법 시행령 제120조 【가산세의 적용】

⑤ 법 제76조 제6항에서 “대통령령이 정하는 불분명한 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 다만, 제출된 변동상황명세서의 필요적 기재사항의 일부가 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 그 밖의 기재사항에 의하여 주식 등의 변동사항을 확인할 수 있는 경우를 제외한다.

1. 제출된 변동상황명세서에 제161조 제5항 제1호 내지 제3호의 기재사항(이하 이 항에서 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부를 기재하지 아니하였거나 잘못 기재하여 주식 등의 변동 상황을 확인할 수 없는 경우

2. 제출된 변동상황명세서의 필요적 기재사항이 주주명부 또는 사원명부의 기재사항과 다르게 기재되어 주식 등의 변동사항을 확인할 수 없는 경우 (3) 법인세법시행령 제87조 【특수 관계자의 범위】

② 제1항 제2호에서 “소액주주 등”이라 함은 발행 주식총수 또는 출자총액의 100분의 1에 미달하는 주식 또는 출자지분을 소유한 주주 또는 출자자를 말한다. 다만, 당해 법인의 지배주주 등과 특수 관계에 있는 자는 소액주주 등으로 보지 아니한다. (4) 법인세법 제119조 【주식 등 변동상황명세서의 제출】

① 사업연도 중에 주식 등의 변동사항이 있는 법인(대통령령이 정하는 조합법인 등을 제외한다)은 제60조의 규정에 의한 신고기한 내에 대통령령이 정하는 바에 따라 주식 등 변동상황명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

② 주권상장법인 및 협회등록법인의 소액주주가 소유한 주식과 주식회사가 아닌 법인의 출자지분으로서 대통령령이 정하는 주식 등에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. (5) 법인세법시행령 제161조 【주식 등 변동상황명세서의 제출】

② 법 제119조 제2항에서 “대통령령이 정하는 주식 등”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주식 등을 말한다.

1. 주권상장법인의 소액주주의 주식

2. 협회등록법인의 소액주주의 주식(단서 생략)

3. 주식회사가 아닌 법인의 소액출자자의 출자 지분

③ 제2항 제1호 및 제2호에서 “소액주주”라 함은 제87조 제2항의 규정에 의한 주주로서 보유하고 있는 주식의 액면금액의 합계액이 3억 원에 미달하고 그 주식의 시가(재정경제부령이 정하는 시가를 말한다)의 합계액이 100억 원 미만인 주주를 말하며, 제2항 제3호에서 “소액주주”라 함은 출자총액이 500만 원 이하인 출자자를 말한다.

⑤ 법 제119조의 규정에 의한 주식 등 변동상황명세서는 재정경제부령으로 정하며, 동 명세서에는 주주명부에 명의 개서된 사항을 기준으로 다음 각호의 내용을 기재하여야 한다.

1. 주주 등의 성명 또는 법인명, 주민등록번호 ․ 사업자등록번호 또는 고유번호

2. 주주 등별 주식 등의 보유현황

3. 사업연도 중의 주식 등의 변동사항

4. 소득세법 제99조 제1항 제3호 내지 제5호 및 제7호의 규정에 의한 기준시가

⑥ 제5항 제3호에서 주식 등의 변동은 매매 ․ 증자 ․ 감자 ․ 상속 ․ 증여 및 출자 등에 의하여 주주 등 ․ 지분비율 ․ 보유주식액면총액 및 보유출자총액 등이 변동되는 경우를 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 해상 운송업을 영위하는 상장법인으로, 2003사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고시 아래 <표>와 같이 변동주식 35,786,262주 중 27,662,789주에 대하여 주주들의 변동사항을 주주별로 구분 기재하지 아니하고 소액주주 란과 타 주주 란에 기재하여 제출하였음이 주식등변동상황명세서 및 처분청의 심리자료에 의하여 확인된다. (단위: 주) 구 분 변 동 주식수 변동주식 기재내역 정상기재 소계 소액주주란 기재분 변동사항 기재누락분 (주)○○○○화학란 포함 기재분 주식수 35,786,262 27,662,789 15,327,616 8,266,373 4,068,800 8,123,473

(2) 이에 대하여 처분청은 주식변동 상황 등을 구분기재 하지 아니하였다고 하여 쟁점주식에 대하여 주식 등 변동 상황명세서제출 불성실가산세를 부과하자, 청구법인은 주식 변동상황명세서 제출의 취지가 주식양도차익과 배당에 대한 과세 및 상속 ․ 증여세 등의 부과를 위한 과세자료 확보를 위하여 법인에게 협력의무를 지운 것에 불과하므로 외국법인 및 비거주자의 양수로 인한 변동주식(15,777,710주)과 소득세법상 소액주주의 양수로 인한 변동주식(3,640,079주), 펀드의 양수로 인한 변동주식(4,268,800주)은 과세자료로서 활용가치가 없으므로 가산세를 부과함은 부당하다고 주장하고 있다.

(3) 그러나 법인세 제76조 제6항에는 “납세지 관할세무서장은 제119조의 규정에 의하여 주식 등 변동상황명세서(이하 이 조에서 “변동상황명세서”라 한다)를 제출하여야 할 내국법인이 변동상황명세서를 제출하지 아니하거나 변동 상황을 누락하여 제출한 경우와 제출한 변동상황명세서가 대통령령이 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우에는 미제출 ․ 누락제출 및 불분명하게 제출한 주식 등의 액면금액 또는 출자가액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다(단서생략).”고 규정되어 있고, 법인세법 시행령 제120조 제5항 에는 “법 제76조 제6항에서 ‘대통령령이 정하는 불분명한 경우’라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 다만, 제출된 변동상황명세서의 필요적 기재사항의 일부가 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 그 밖의 기재사항에 의하여 주식 등의 변동사항을 확인할 수 있는 경우를 제외한다.”고 규정되어 있는 바, 위 조항에서 ‘주식 등 변동상황명세서’ 제출과 관련 가산세를 부과하도록 규정한 취지는 주식이동을 통하여 증여 ․ 상속세 등을 탈루하는 것을 방지하기 위하여 법인에게 협력의무를 지운 것(국 심 96전479, 1996.9.10., 외 다수 같은 뜻)으로, ‘제출한 변동상황명세서가 대통령령이 정하는 불분명한 경우’ 중 일부 예외적인 경우에는 법인세법 시행령 제120조 제5항 단서에 따라 가산세가 부과되지 않을 수 있는 것이나, 이건의 경우 청구법인이 2003사업연도의 ‘주식 등 변동상황명세서’를 작성하여 처분청에 제출하였지만, 주주 및 지분에 변동이 발생하였음에도 불구하고 쟁점주식의 변동사항을 주주별로 구분 기재하지 아니하고 소액주주 란과 타 주주 란에 기재하여 제출하였으므로 법인세법시행령 제120조 제5항 단서의 규정을 적용할 수 없다 할 것이다.

(4) 또한 청구법인은 쟁점주식 중 펀드의 양수로 인한 변동주식 4,068,800주는 단순착오로 기재된 것으로 처분청의 보정요구가 있었다면 청구법인의 주식 변동내용을 충분히 파악할 수 있으므로 이 부분 가산세는 취소되어야 한다고 주장하고 있으나, 청구법인은 2003사업연도 중 변동주식 38,786,262주 중 27,662,789주를 주주별로 구분 기재하지 아니한 점으로 보아 단순 착오라는 주장은 받아들이기 어려울 뿐만 아니라, 청구법인의 감사보고서나 결산서 등에 의하여 변동사항을 확인할 수 없고, 주주인 (주)○○○○화학이 금융감독위원회에 보고한 공시내용을 통하여서만 확인인 가능한 면을 고려할 때 청구법인의 주장은 타당하지 아니할 뿐만 아니라 청구법인에게 조세탈루방지를 위한 협력의무를 충실히 이행하지 못한 잘못이 있다 할 것이다.

(5) 따라서 처분청이 주식 변동사항을 주주별로 구분 기재하지 아니하고 소액주주 란과 타 주주 란에 기재하여 제출한 쟁점주식에 대하여 청구법인에게 주식 등 변동상황명세서 제출 불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.