청구법인은 쟁점설비를 현물 출자 받아 설립되었고, 청구법인이 주장하는 투자금액은 설립되기 전에 쟁점설비에 투자된 금액이므로, 청구법인은 쟁점설비에 대한 특정설비투자세액공제를 적용받을 수 없다 할 것임.
청구법인은 쟁점설비를 현물 출자 받아 설립되었고, 청구법인이 주장하는 투자금액은 설립되기 전에 쟁점설비에 투자된 금액이므로, 청구법인은 쟁점설비에 대한 특정설비투자세액공제를 적용받을 수 없다 할 것임.
○○세무서장이 2005.12.1. 청구인에게 한 2000사업연도 법인세 7,596,503,400원 및 2001사업연도 법인세 2,838,649,910원의 부과처분 중 2001.3.17. △△△세무서장이 특정설비투자세액공제대상 투자금액으로 증액 결정한 76,499,116,355원의 특정설비투자세액공제에 대한 미납부가산세는 이를 부과하지 않는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각합니다.
청구법인은 1999.12.1. 주식회사 ○○로부터 발전부분의 자산 및 부채의 현물출자로 설립(2005.9.14. ○○○○에너지주식회사에서 현재 청구법인명으로 상호 변경됨)된 법인이다. 청구법인은 1999사업연도 법인세 신고 시 청구법인이 설립되기 전에 ○○에너지주식회사 및 주식회사 ○○가 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 복합화력 3차 2단계 발전설비(이하 쟁점설비라 한다) 투자금액 중 64,216,107,840원에 대한 특정설비투자세액공제액 3,210,805,390원을 신청하여 최저한세 적용으로 당해 과세연도에 1,366,252,090원을 세액공제하고, 1,844,553,300원을 이월하였다. 청구법인은 2001.1.31. △△△세무서장에게 특정설비투자세액공제 대상 투자금액을 148,416,804,643원(84,200,696,803원 증)으로, 특정설비투자세액공제액을 7,420,840,232원(4,210,034,842원 증)으로 증액하는 경정청구를 하였고, △△△세무서장은 2001.3.17. 청구법인에게 투자자산금액을 76,499,116,355원 증액한다는 경정청구 결과통지를 하였으며, 이에 따라 청구법인은 쟁점설비에 대하여 2000사업연도 법인세 신고시 4,071,103,463원을, 2001사업연도 법인세 신고시 1,598,405,657원을 최저한세 적용으로 인한 이월세액공제액으로 하여 각각 특정설비 투자세액공제를 하였다.
○○지방 국세청장은 2005.9.9 ~ 2005.11.21. 기간 동안 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여, 청구법인이 투자하지 아니한 쟁점설비에 대하여 2000사업연도 및 2001사업연도에 특정설비투자세액공제를 적용받았고, 건설자금이자를 당기 비용으로 처리하였으며, 확정되지 않은 매출액 정산액을 비용으로 처리한 사실 등을 적출하여 처분청에 통보하였고, 처분청은 2005.12.1 청구법인에게 2000사업연도 법인세 7,596,503,400원, 2001사업연도 법인세 2,838,649,910원을 각각 결정ㆍ고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.2.28 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장
(1) (주위적 청구) 쟁점설비는 건설가계정 상태에서 청구법인에 현물 출자 되었고, 현물 출자 후 쟁점설비에 대한 검수완료가 이루어져 투자완료일 전에 출자된 것이므로 쟁점설비를 중고자산으로 볼 수 없으며, 현물출자에 의하여 설립된 청구법인이 쟁점설비에 대한 투자를 완료하여 쟁점설비를 목적에 실제 사용하였으므로 실제 사용한 날이 속하는 사업연도에 청구법인이 설립 시 현물 출자 받은 쟁점설비에 대한 투자금액 전액에 대하여 세액공제를 받을 수 있는 것이다.
(2) (예비적 청구) 투자세액공제 관련 경정은 실제 투자한 사업연도를 기준으로 하는 것이어서 1999사업연도는 부과제척기간이 도과하여 경정할 수 없으므로, 1999사업연도에 최저한세 적용으로 인하여 전액 공제받지 못하여 2000사업연도 및 2001사업연도에 이월공제 받은 것은 추징할 수 없는 것이다.
(3) (예비적 청구) 청구법인의 경정청구에 대한 당시 납세지관할 세무서장인 △△△세무서장의 경정청구 처리결과 통지에 따라 특정설비투자세액공제를 적용한 것이어서 청구법인에게 귀책사유가 없으므로 경정청구를 추가된 투자금액에 대한 세액공제에 대하여는 미납부가산세를 부과할 수 없다.
- 나. 처분청 의견
(1) (주위적 청구) 조세특례제한법상 특정설비투자세액공제는 투자촉진을 위해 투자한 당해 법인이 세액 공제받는 제도인 바, 법인세법에서 합병의 경우에 한하여 합병법인이 승계 받은 자산 등에 대한 미공제액의 범위 안에서 공제할 수 있는 것이므로 현물출자에 의하여 설립된 청구법인은 세액공제를 받을 수 없고, 쟁점설비는 1999.11.1. 투자가 완료되어 사실상 사업에 사용된 자산을 현물출자 받은 것으로서 신규투자로 볼 수 없다.
(2) (예비적 청구) 당해 사업연도에 세액공제대상이 되지 아니함에도 최저한세 적용 등으로 이후 사업연도에 이월 공제한 경우에 당해 사업연도는 부과제척기간이 경과하였다면 당해 사업연도에 발생한 세액공제의 오류는 재계산하되, 다만 그 세액을 불공제하는 결정이나 경정을 하지 않는 것이며 부과제척기간이 경과하지 아니한 나머지 사업연도는 세액을 불공제하는 결정이나 경정을 하여야 하는 것이다.
(3) △△△세무서장의 경정청구 처리결과 통지는 청구법인의 투자금액을 증액하는 경정청구에 대하여 증액 신고한 투자자산중 건물ㆍ구축물ㆍ기구비품 등은 투자금액에서 제외하여야 한다는 것을 통지한 것일 뿐 청구법인이 특정설비투자세액공제 대상법인에 해당한다는 사실까지를 판단하여 이를 통지한 것으로 볼 수 없는 것이고, 당초 투자세액공제를 신청할 수 없는 청구법인이 투자세액공제를 신청한 것은 법령의 무지 또는 착오(오해)에서 비롯된 것으로 청구법인에게 귀책사유가 있으며, 이는 청구법인의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당하지 않는다.
(1) 청구법인이 현물 출자 받은 쟁점설비에 대하여 특정설비투자세액공제를 적용받을 수 있는 지 여부(주위적 청구)
(2) 1999사업연도에 투자된 세액공제액이 부과제척기간이 도과되어 이미 확정되었으므로 최저한세 적용으로 이월된 세액공제액을 적용받는 2000~2001사업연도는 추징할 수 없다는 주장의 당부
(3) 경정청구에 따른 과세관청의 결정통지에 의하여 추가된 투자금액 부분은 과세관청에서 특정설비투자세액공제를 인정한 것이므로 미납부가산세를 부과할 수 없는 지 여부
(1) 쟁점(1) 주위적 청구 관련
○ 조세특례제한법 제25조 【특정설비투자에 대한 세액공제】
① 내국인이 다음 각 호의 1에 해당하는 시설 중 산업정책상 필요하다고 인정하여 대통령령이 정하는 시설에 2000년 12월 31일까지 투자 (중고품에 의한 투자를 제외한다)하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 5에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 세액공제의 방법에 관하여는 제11조 제1항ㆍ제3항 및 제4항의 규정을 준용한다.
○ 조세특례제한법 시행령 제22조 【특정설비투자의 범위】
① 법 제25조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 시설”이라 함은 각호의 1에 해당하는 시설을 말한다.
1. 에너지이용합리화에 의한 에너지절약시설(대가를 분할상환한 후 소유권을 취득하는 조건으로 동법에 의한 에너지절약전문기업이 설치한 경우를 포함한다)로서 재정경제부령이 정하는 것과 수도법에 의한 중수도시설
○ 조세특례제한법 시행령 제13조 【특정설비의 범위】
① 영 제22조 제1항 제1호에서 “재정경제부령이 정하는 것”이라 함은 별표 3의 에너지절약시설을 말한다. [별표 3] 에너지절약시설(제13조 제1항 관련) 구 분 설비내용 적용범위
설비의 설치
(1) 열 교환기류 (2)폐열 보일러 류
(11) 폐열 및 폐 가스이용설비 기타 에너지 절약설비 발전용량이 500킬로와트 이상인 것으로서 제조업 또는 광업에 사용하는 것 열 공급 용량이 시간당 3천만 킬로칼로리 이상인 것 (가) 연소폐열(피 가열 물로 부터 배출되는 열을 포함한다)에 의하여 연소용 공기 또는 연료를 예열하는 것 연소폐열(피 가열 물로부터 배출되는 열을 포함한다)에 의하여 증기 또는 온수를 발생시키는 (가) 각종 열 설비 또는 생산 공정에서 폐기ㆍ방출되는 폐열 또는 폐가스를 이용하는 설비 에너지절감효과가 10퍼센트 이상인 것으로서 에너지 관리공단 이사장이 인정하는 것
○ 조세특례제한법 제11조 【기술 및 인력개발을 위한 설비 투자에 대한 세액공제】
③ 제1항의 규정에 의한 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 당해 투자가 이루어지는 각 과세연도마다 당해 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항의 규정을 적용받을 수 있다.
○ 조세특례제한법 제146조 【감면세액의 추징】 제145조 제1항의 규정에 의한 감면 등을 받은 내국인에게 다음 각 호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 당해 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고 시에 그 각호에 규정하는 금액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당 가산 액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며 당해 세액은 소득세법 제76조 또는 법인세법 제64조 의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다.
3. 제5조, 제11조, 제24조 내지 제27조, 제62조제1항ㆍ제2항, 제65조제2항, 제94조, 제103조, 제126조 및 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 공제 받은 자가 동조의 규정에 의하여 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 종료일부터 3년이 경과되기 전에 당해 자산을 처분한 경우(대통령령이 정하는 경우를 제외한다): 당해 자산에 대한 세액공제액 상당액
○ 조세특례제한법 시행령 제137조 【기업합리화적립금의 적립 등】 -2002.12.30대통령령 17829호로 개정되기 전의 것
⑦ 법 제146조 제3호에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
1. 현물출자, 합병, 분할, 분할합병, 법인세법 제50조 의 적용을 받는 교환, 통합, 사업전환 또는 사업의 승계로 인하여 당해 자산의 소유권이 이전되는 경우
2. 내용연수가 경과된 자산을 처분하는 경우
3. 법 제8조제1항의 규정에 해당하는 경우
○ 법인세법 제59조 【감면 및 세액공제액의 계산】
③ 제1항 각호의 감면 및 세액공제를 적용받던 피 합병법인 등이 합병 또는 분할하는 경우의 적용방법 등 제1항 및 제2항의 규정에 의한 감면 및 세액공제액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 법인세법시행령 제96조 【합병 시 이월공제】
② 법 제59조 제1항 각호의 규정에 의한 감면 또는 세액공제를 적용받던 내국법인이 합병 또는 분할하는 경우에는 다음 각 호에 의하여 감면 또는 세액공제의 적용을 받을 수 있다.
2. 법 제59조 제1항 제3호의 규정에 의한 세액공제(외국납부세액공제를 포함한다)로서 이월된 미공제액의 경우에는 합병의 경우에 한하여 합병법인이 승계 받은 자산 등에 대한 미공제액의 범위 안에서 이월공제잔여기간 내에 종료하는 각 사업 연도 분까지 이를 공제 ※ 참고
○ 법인세법 59-96…1 【분할시 이월된 세액공제 미공제액의 처리 】 이월공제가 인정되는 세액공제로서 이월된 미공제액이 있는 법인이 분할하는 경우에 분할신설법인 등에게 승계한 자산에 대한 미공제액은 분할 법인이 공제하는 것으로서 분할신설법인 등이 이를 승계하여 공제할 수 없다. 2001.11.1 신설)
○ 조세특례제한법 기본통칙 5-0…2 【투자완료일의 기준】 법 제5조제1항 및 제11조제1항에서 “그 투자를 완료한 날”이라 함은 당해 시설을 그 목적에 실제로 사용한 날을 말한다.
(2) 쟁점(2) 관련
○ 국세기본법 제26조 의 2 【국세부과의 제척기간】
① 국세는 다음 각 호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행 중인 경우에는 국제 조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간
(3) 쟁점(3)관련
○ 법인세법 제76조 【가산세】
① 납세지관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각 호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다.
3. 제63조 또는 제64조의 규정에 의하여 법인세를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달되게 납부한 경우에는 그 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 세액에 대하여 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율과 납부기한의 다음날부터 자진납부일 전일 또는 고지 일까지의 기간 등을 참작하여 대통령령이 정하는 율을 적용하여 계산한 금액
○ 법인세법시행령 제119조 【미납부가산세율 등】
① 법 제76조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 율”이라 함은 1일 1만분의 5의 율을 말한다.
○ 국세기본법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다.
4. “가산세”라 함은 세법에 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 그 세법에 의하여 산출한 세액에 가산하여 징수하는 금액을 말한다. 다만, 가산금은 이에 포함하지 아니한다.
○ 국세기본법 제47조 【가산세의 부과】
① 정부는 세법에 규정하는 의무를 위반한 자에 대하여 세법이 정하는 바에 의하여 가산세를 부과할 수 있다.
② 가산세는 당해 세법이 정하는 국세의 세목으로 한다. 다만, 당해 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면하는 국세에 포함하지 아니 하는 것으로 한다.
○ 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】
① 과세 표준 신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 법정 신고 기한 경과 후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.
1. 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때
2. 과세표준 신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때
③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.
④ 결정 또는 경정의 청구 및 통지절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점설비의 투자경위 등을 살펴보면, 주식회사 ○○에너지는 1996년7월 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 복합화력 3차 2단계 공사를 □□□□□주식회사와 계약하여 건설에 착수하였고, 1999.8.31. ◎◎◎◎주식회사는 주식회사 ○○에너지 주식을 전량 인수하면서 같은 날에 발전부분을 사업양수도 방식으로 주식회사 ○○에 양도하였으며, 1999.12.1. 주식회사 ○○는 발전부분의 자산을 현물 출자하여 ○○○○에너지주식회사를 설립하였고, 주식회사 △△△가 ○○○○에너지주식회사의 주식을 2005.6.30. 4,700천주, 2005.7.11. 15,300천주 취득하여 ○○○○에너지주식회사의 지분을 50% 소유하게 됨에 따라 법인명을 2005.9.14. △△△△△주식회사로 법인명을 변경하였음이 심리자료에 나타난다. (나) 쟁점설비에 대한 특정설비투자세액공제 신청과 관련하여 청구법인의 1999사업연도 법인세 신고 및 경정청구와 처분청의 경정청구결과통지 내용을 살펴보면, 청구법인은 당초 1999사업연도 법인세 신고 시 쟁점 설비 중 배기열 회수보일러만을 특정설비투자세액공제대상 에너지절약시설로 보아 배기열 회수보일러에 대한 투자금액 64,216,107,840원에 5%의 세액공제율을 적용하여 계산한 3,210,805,390원을 특정설비투자세액공제액으로 신청하였고, 2000.12.16. 에너지관리공단은 청구법인에게 쟁점 설비 중 ‘증기터빈’도 에너지절약시설이라고 회신하였으며, 2001.1.31. 청구법인은 당시 청구법인의 납세지관할 세무서장인 △△△세무서장에게 투자금액을 64,216,107,840원에서 148,416,804,643원으로 특정설비투자세액공제액을 3,210,805,390원에서 7,420,840,232원으로 한다는 경정청구를 하였고, 2001.3.17. 남대문세무서장은 청구법인에게 경정 청구한 84,200,696,803원 중 건물ㆍ구축물 및 기구비품에 해당하는 투자금액 7,701,580,448원을 제외한 76,499,116,355원을 증액한다는 경정청구 결과통지를 하였다. (다) 청구법인은 쟁점설비에 대한 특정설비투자세액공제액 7,035,761,210원 중 1999사업연도 법인세 신고 시 최저한세 적용으로 1,366,252,090원만을 세액 공제하였고, 이월세액공제액 5,669,509,120원을 2000사업연도에 4,071,103,463원, 2001사업연도에 1,598,405,657원을 각각 세액 공제하였다. (라) ○○지방 국세청장은 특정설비투자세액공제는 신규로 설비투자를 한 법인이 투자에 대한 세액공제를 하는 것으로서, 합병의 경우에 한하여 합병법인이 승계 받은 자산 등에 대한 미공제액의 범위 안에서 승계가 가능하고, 쟁점설비는 청구법인이 1999.12.1. 현물출자에 의하여 설립되기 전인 1999.11.1. 주식회사 ○○에서 사실상의 투자가 완료되고 사업에 공하여진 자산으로 신규 투자자산으로 볼 수 없는 중고자산이므로 청구법인이 특정설비투자세액공제를 적용받을 수 없다고 하여 청구법인이 쟁점설비에 대하여 2000사업연도 및 2001사업연도 법인세 신고 시 공제받은 특정설비투자세액을 추징(1999 사업연도는 부과제척기간 도과)하면서, 주식회사○○가 1999.11.1. 산업자원부에 신고한 ‘○○ 복합화력 3단계 스팀터빈 사업개시신고서’ㆍ주식회사 ○○의 ‘○○ 복합화력 3차 2단계 시운전일정’ㆍ주식회사 ○○가 한국전력공사에 청구한 ‘1999년 11월분 전력요금 청구서’ 및 1999.10.31. 신뢰도 운전 중이었고 1999.11.1은 신뢰도 운전이 완료되었음이 기록되어 있는 발전부 업무일지 사본을 제시하였다. (마) 이에 대해 청구법인은 1999.12.1. 현물출자에 의하여 설립될 당시 쟁점설비는 시험가동중이어서 중고자산이 아니고, 배기열 회수보일러는 1999.12.7. 스팀터빈은 1999.12.9 인수 성능 시험한 것으로 발전설비는 인수성능시험이 완료되어야 발전소 건설이 완료된 것으로 보는 것이며, 1999년 11월 및 12월 발전부 일일업무일지에 나타나 있는 스팀터빈의 총발전량 및 운전시간을 비교해 보면 11월중에는 시험가동 중이었으며 12월에 최종적으로 인수성능시험을 완료한 것을 알 수 있는 것으로, 청구법인이 1999.12.1. 설립된 이후에 쟁점설비의 투자가 완료된 것으로 보아야 한다는 주장이다. (바) 또한, 청구법인의 직원은 2006.9.28. 국세심판관회의에 출석하여 쟁점설비투자에 대하여, 1996년에 투자를 개시하다가 IMF로 인하여 준공이 늦어졌고, 더 이상 사업개시신고를 늦추면 발전수급계획에 차질이 우려되어 민자사업과 관련한 청구법인의 이미지 문제가 있어 최소한의 신뢰도 시험시간인 72시간을 가동한 후 산업자원부에 사업개시신고를 한 것이라고 진술하였다. (사) 조세특례제한법에서는 투자촉진을 위하여 내국인이 사업용 자산 또는 에너지절약시설 등 세액공제 대상자산에 투자한 경우에는 당해 투자금액의 일정 율에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제할 수 있도록 하는 투자 세액공제제도를 두고 있는바, 원칙적으로 세액공제 대상자산을 투자한 자가 투자세액공제를 적용받도록 규정하고 있고, 예외적으로 조세특례제한법 제31조제6항 (중소기업간 통합)ㆍ같은 법 제32조제4항(법인전환) 및 법인세법 제96조제2항 (합병)의 규정에 의하여 통합법인ㆍ전환법인 및 합병법인이 미 공제세액을 승계하여 공제받을 수 있다고 규정하고 있다. (아) 또한, 조세특례제한법상 투자세액공제의 방법에 있어서는 투자완료일이 속하는 과세연도에 세액 공제하는 것을 원칙으로 하되, 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 당해 투자가 이루어지는 각 과세연도마다 당해 과세연도에 투자한 금액에 대하여 세액공제를 적용받을 수 있도록 하고 있으며, 조세특례제한법 기본통칙 5-0…2에서는 당해 시설을 그 목적에 실제로 사용한 날이 투자완료일이라고 하고 있다.
(9) 위 사실관계 및 관련 법령을 종합적으로 살피건대, 청구법인은 쟁점설비를 미완성상태에서 현물 출자 받아 설립된 후 청구법인이 쟁점설비에 대한 투자를 완료하였으므로 청구법인이 현물출자에 의하여 설립되기 전에 투자된 금액에 대하여도 투자세액공제를 적용받을 수 있다는 주장이나, 조세특례제한법상 투자세액공제는 당해 세액공제 대상자상을 투자한 자가 투자세액공제를 적용받을 수 있고, 최저한세 등으로 인하여 공제받지 못한 투자세액공제는 중소기업간 통합에 의한 통합법인ㆍ법인전환에 의한 전환법인 또는 합병에 의한 합병법인이 승계 받은 자산에 대한 미 공제세액을 승계 받을 수 있다 할 것이어서, 이 건의 경우 청구법인은 쟁점설비를 현물 출자 받아 설립되었고, 청구법인이 주장하는 투자금액은 설립되기 전에 쟁점설비에 투자된 금액이므로, 청구법인은 쟁점설비에 대한 특정설비투자세액공제를 적용받을 수 없다 할 것이다. 또한, 쟁점설비의 투자완료일을 살펴보면, 청구법인이 설립(1999.12.1)되기 전에 쟁점설비를 현물 출자한 주식회사 ○○가 산업자원부장관에게 사업개시신고(1999.11.1)를 한 점, 주식회사 ○○가 한국전력공사에게 1999년 11월분 전력요금을 청구한 점 등을 종합적으로 고려할 때, 주식회사 ○○가 쟁점설비를 청구법인이 설립되기 전에 사업에 실제로 사용한 것으로 보여 지므로 청구법인이 설립되기 전에 쟁점설비에 대한 투자가 실제로 완료되었다고 보아야 할 것이다. 그렇다면, 처분청이 청구법인이 쟁점설비에 대한 특정설비투자세액공세를 적용받은 것에 대하여 이를 부인하여 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
(2) 쟁점(2)에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 쟁점설비에 대한 특정설비투자세액공제액 7,035,761,210원 중 1999사업연도 법인세 신고 시 1,366,252,090원을 세액공제하고, 최저한세 적용으로 이월된 세액공제액을 2000사업연도 법인세 신고 시 4,071,103,463원, 2001사업연도 법인세 신고 시 1,598,405,657원을 각각 세액공제 하였음이 심리자료에 나타난다. (나) ○○지방 국세청장은 2005.9.9 ~ 2005.11.21 기간 동안 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여, 1999사업연도는 부과제척기간의 도과로 추징하지 아니하고, 2000사업연도 및 2001사업연도에 공제받은 이월공제세액을 추징하였다. (다) 청구법인은 1999사업연도는 부과제척기간이 도과하여 경정하지 못하였으므로, 1999사업연도에 공제받지 못하여 이월되어 2000사업연도 및 2001사업연도에 공제받은 특정설비투자세액공제는 추징하지 못한다는 주장이다. (라) 살피건대, 국세기본법에서 국세부과제척기간의 규정을 둔 취지는 납세의무자와 국가 간의 국세에 관한 권리ㆍ의무관계를 조속히 종결함으로써 조세채무에 관한 법적 안정성을 보장하기 위하여 과세당국에서 국세를 부과할 수 있는 기간에 제한을 두는데 그 목적이 있다 할 것이고, 개별세법에서 규정하고 있는 과세표준과 세액의 계산방법 및 범위에 제한을 두는데 그 목적이 있는 것은 아니라 할 것이므로, 특정사업연도의 부과제척기간이 경과하여 그 과세표준과 세액을 경정할 수 없다 하여 그 이후 부과제척기간이 경과하지 아니한 사업연도의 과세표준과 세액을 부과제척기간이 경과한 사업연도가 없었던 경우와 달리 계산할 것은 아니라고 보여 진다(국 심 2005서 2639, 2006.8.31.같은 뜻). 따라서, 청구법인이 1999사업연도의 최저한세 적용으로 이월된 세액을 2000사업연도 및 2001사업연도에 공제받은 경우 처분청이 청구법인의 1999사업연도를 부과제척간의 도과로 경정하지 못한다고 하여 쟁점설비에 대한 특정설비투자세액공제를 적용받지 못하는 청구법인의 부과제척기간 내에 있는 2000사업연도 및 2001사업연도에 대하여 경정하지 못한다는 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다 할 것이다.
(3) 쟁점(3)에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이 2001.1.31. 당시 청구법인의 납세지관할 세무서장인 △△△세무서장에게 한 경정청구 신청내용을 살펴보면, 과세연도는 1999.12.1. ~ 1999.12.31이고, 특정설비투자세액공제대상 투자금액을 64,216,107,840원에서 148,416,804,643으로 증액하며, 투자개시 및 완료연월일을 1996.7 ~ 1999.12.31로 하여 경정 청구하였고, 이에 △△△세무서장은 2001.3.17. 청구법인에게 경정 청구한 84,200,696,803원(증액 청구한 금액을 말함) 중 건물ㆍ구축물 및 기구비품에 해당하는 투자금액을 제외한 76,499,116,355원으로 결정(증액)한다는 경정청구 결과통지를 하였음이 심리자료에 나타난다. (나) 청구법인은 과세관청의 경정청구 결과통지에 따라 특정설비투자세액공제대상 투자금액으로 증액 결정된 76,499,116,355원에 대한 세액공제액 3,824,955,820원에 대하여는 납세자에게 귀책사유가 없으므로 미납부가산세를 부과할 수 없다는 주장인 반면, 처분청은 당초 쟁점설비를 현물출자 받아 설립된 청구법인은 쟁점설비에 대하여 투자세액공제를 적용받을 수 없는 것이어서 청구법인이 투자세액공제를 적용받은 것은 법령의 무지 또는 착오(오해)에서 비롯된 것으로 보아야 하므로 청구법인에게 귀책사유가 있어 미납부가산세 부과는 정당하다는 주장이다. (다) 살피건대, 국세기본법 제45조의2 제3항 에 따르면 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날로부터 2월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통보하도록 규정하고 있다. 청구법인은 2001.31. 경정 청구시 대상 과세연도는 1999.12.1 ~ 1999.12.31이고, 투자개시 및 완료연월일은 1996.7 ~ 1999.12.31이라고 기재한 점을 볼 때, 청구법인이 설립되기 전에 쟁점설비에 투자된 금액을 포함하여 특정설비투자세액공제대상 투자금액을 증액하여 경정 청구한다는 의사표시를 한 것으로 보아야 할 것이고, 이 건의 경우와 같이 감액경정청구를 받은 과세관청은 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는 지 여부에 대하여 조사ㆍ확인할 의무가 있다고(대법2002주9261, 2004.8.16. 같은 뜻) 할 것이므로, 2001.3.17. △△△세무서장이 청구법인에게 경정청구 금액 중 건물ㆍ구축물 등을 제외한 76,499,116,355원으로 결정(증액)을 한다는 경정청구 처리결과 통지는 △△△세무서장이 청구법인의 쟁점설비의 특정설비 투자세액공제 대상금액 뿐만 아니라 청구당사자 쟁점설비에 대한 청구당사자 적격까지 통지한 것으로 보아야 할 것이다. 그렇다면, 청구법인이 쟁점설비의 경정청구에 대한 납세지관할 세무서장의 결정을 신뢰하여 증액 결정된 금액에 대하여 추가로 투자세액공제를 적용받은 경우 증액 결정된 금액에 대하여는 정당한 사유가 있다 할 것이므로, 이에 따른 세액공제액에 대하여는 미납부가산세를 적용하지 않는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.