신축주택관련 양도소득세 감면 대상 여부

심판청구번호 국심 2006서1085(2006. 6. 30.) t-align:center;'>이 유

청구인은 2001.4.28. 사업계획승인을 받아 재건축중인 ○○○(53평형으로, 이하 “쟁점아파트”라 한다)를 2001.10.31. 취득(조합원 승계)하여 2005.1.28. 사용승인을 받은 후 2005.5.10. 김○○○ 외 1인에게 1,688백만원에 양도하였으며, 2005.7.8. 양도소득세 예정신고를 하면서 양도소득세 241,727,260원을 납부하였으나 2005.12.27. 쟁점아파트가 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면대상이라 하여 납부한 양도소득세를 환급하여 달라고 경정청구를 하였다. 처분청은 쟁점아파트가 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면대상이 아닌 것으로 보아 2006.2.17. 청구인에게 경정청구를 받아들일 수 없다고 거부통지를 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.2.24. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점아파트의 경우 신축주택취득기간(2001.5.23.∼2003.6.30.) 후인 2005.1.28. 사용승인을 받았지만, 신축주택취득기간 내에 조합원 지분 이외의 잔여주택에 대한 매매계약이 이루어졌으므로 조세특례제한법 제99조 의 3과 같은 입법취지의 규정인 같은 법 제99조에 대한 선결정례(국심2005중338, 2005.6.27)에서 쟁점아파트의 양도와 같은 경우에 양도소득세가 감면된다고 결정하고 있음에도 불구하고 양도소득세를 환급하여 달라는 경정청구를 거부하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조합원이 조합주택으로부터 취득하는 신축주택은 신축주택취득기간 내에 사용승인을 받아야 하고, 양도당시에 고급(고가)주택에 해당하지 아니하여야 양도소득세가 감면되는 것으로 쟁점아파트의 경우 신축주택취득기간 후에 사용승인을 받았고, 양도가액이 1,688백만원으로 양도당시 고가주택에 해당하므로 양도소득세를 환급하여 달라는 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 주택조합의 조합원이 신축주택취득기간 후에 사용승인을 받은 신축주택을 양도하는 경우 양도소득세가 감면되지 아니한다는 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것) 조세특례제한법 제99조 의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② ～ ④ (생 략)

(2) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 후의 것) 부칙 제1조(시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다. 부칙 제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】

① (생 략)

② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

(3) 조세특례제한법시행령(2005.12.31. 대통령령 제19256호로 개정되기 전) 제99조의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 법 제99조의 3 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의 3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 “주택조합 등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조의 3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이조에서 같다) 또는 주택법 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

④ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택”이라 함은 2001년 5월 23일전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다.

⑤ 법 제99조의 3 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 조합원”이라 함은 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택법 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다.

⑥ 제99조 제4항의 규정은 법 제99조의 3 제3항의 규정에 의한 양도소득세의 감면신청에 관하여 이를 준용한다.

(4) 소득세법시행령(2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것) 소득세법시행령 제156조 【고가주택의 범위】

① 법 제89조 제3호에서 󰡒가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택󰡓이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점아파트의 경우 2001.4.28. 사업계획승인을 받아 신축주택취득기간(2001.5.23.∼2003.6.30.) 내에 사용승인을 받지 아니하고 2005.1.28. 사용승인을 받은 사실과 신축주택취득기간 내에 조합원 지분 이외의 잔여주택에 대하여 매매계약이 이루어진 사실, 전용면적이 145.83㎡이고 양도당시의 실지거래가액이 1,688백만원인 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구인은 쟁점아파트는 고급주택에 해당하지 아니하고, 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대하여 매매계약이 이루어졌으므로 조세특례제한법 제99조 의 3 및 국세심판원의 선결정례에 따라 양도소득세 감면대상이라고 주장하고 있다.

(3) 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례규정인 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 및 같은 법 시행령 제99조의 3 제3항을 살펴보면, 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제99조의 3 제3항은 신축주택취득기간 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(조합주택을 통하여 취득하는 주택으로 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받은 주택은 잔여주택이 신축주택취득기간 중에 매매계약을 체결하여 계약금을 납부한 사실이 있는 경우 포함)으로 규정하고 있고, 같은 법 제99조의 3 제1항 제2호는 자기가 건설한 신축주택(조합주택을 통하여 조합원이 취득하는 주택 포함)의 경우에는 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사를 받은 신축주택으로 규정하고 있으며, 신축주택이 고급(고가)주택에 해당하는 경우에는 양도소득세를 감면하지 아니한다고 규정하고 있다. 또한, 조세특례제한법(2002.12.11 법률 제6762호 개정) 부칙 제29조 제2항에는 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 2003.1.1. 전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.6.30. 이전에 사용승인을 받은 경우에는 제99조의 제1항의 개정규정(“고급주택”을 “고가주택”으로 개정)에 불구하고 종전의 규정을 적용하도록 경과조치를 두고 있으며, 고급(고가)주택의 범위에 대해서는 소득세법시행령 제156조 의 개정(2002.12.30. 대통령령 제17825호) 전에는 “고급주택”의 범위를 공동주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함)이 149㎡ 이상이고, 양도당시의 실지거래가액이 6억원 이상인 경우로 규정하고 있다가, 개정 후에는 “고가주택”으로 명칭을 개정하면서 “고가주택”의 범위를 양도당시의 실지거래가액이 6억원 이상인 경우로 확대하였다.

(4) 이상과 같은 사실관계 및 관련법령을 종합하여 볼 때, 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제1호 및 제2호의 적용에 있어서, 제1호는 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택(조합원이 일반분양자의 자격으로 취득한 신축주택 포함)에 적용하고, 제2호는 조합원이 주택조합 또는 재개발조합을 통하여 취득한 신축주택에 적용하는 규정으로, 청구인의 경우 주택조합의 조합원 자격으로 쟁점아파트를 취득하였으므로 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제1호의 규정은 적용받을 수 없고, 같은 법 제1항 제2호의 규정을 적용받을 수 있는 것으로 보아야 하며(국심 2005서3272, 2006.5.24. 합동회의 같은 뜻임), 고급(고가)주택의 해당여부에 대해서도 쟁점아파트의 사용승인을 2003.6.30. 이전에 받지 아니하고 2005.1.28. 받았으므로 2002.12.30. 개정된 소득세법시행령 제156조 의 고가주택(양도당시의 실지거래가액이 6억원 초과)의 규정이 적용됨에 따라 쟁점아파트는 양도당시의 실지거래가액이 1,688백만원이므로 고가주택에 해당되는 것으로 보아야 한다. 따라서, 처분청이 쟁점아파트의 양도에 대한 양도소득세를 환급하여 달라는 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.