양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 보기 때문에, 보유 여부가 객관적으로 확인되지 아니하여 양도한 것으로 보아 소득공제를 배제한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨.
양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 보기 때문에, 보유 여부가 객관적으로 확인되지 아니하여 양도한 것으로 보아 소득공제를 배제한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨.
심판청구를 기각합니다.
청구인은 2000.1.14.(○○시 ○○구 ○○동 ○○○ 소재 주식회사 ○○○○ (이하 “쟁점법인”이라 한다)의 비상장주식 1,500주(1주당 200,000원, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 인수하는 데 300,000천원을 투자하고, 2000년 3월 쟁점법인의 무상증자시 11,700주를 배정받아 2000.7.19. 보유주식 50%를 매각하고 처분하지 않고 보유하고 있는 주식의 취득가액 150,000천원을 2000년 귀속 근로소득세 연말정산시 조세특례제한법 제16조 제1항 제4호 에 규정하는 벤처기업에 투자한 금액으로 하여 이의 30%에 상당하는 45,000천원을 청구인의 2000년 귀속 종합소득금액에서 소득공제 하였다. 처분청은 쟁점법인이 벤처기업으로 확인(2000.3.7.)받기 전인 2000.1.14.에 투자한 금액은 벤처기업 투자에 따른 소득공제 대상이 아니며, 또한 쟁점주식을 5년이내에 양도(2000.7.19.)하였다고 하여 이 건 소득공제를 배제하여 2005.7.6. 청구인에게 2000년 귀속 종합소득세 29,520,000원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005.10.4. 이의신청을 거쳐 2006.3.6. 이 건 심판청구를 제기하였다.
(1) 쟁점법인의 쟁점주식을 300,000천원에 인수한 후 무상주 11,700주를 추가로 배정받아 총 13,200주를 보유하고 있다가 50%에 해당하는 유상주 750주, 무상주 5,850주 합계 6,600주를 양도하고, 나머지(유상주 750주, 무상주 5,850주)는 심판청구일 현재도 보유하고 있음에도 쟁점주식을 양도한 것으로 보아 소득공제를 배제하고 해당 세액을 추징한 이 건 처분은 부당하다.
(2) 벤처기업 확인을 받은 벤처기업에 투자하여야만 소득공제 대상이라는 규정이 조세특례제한법과 벤처기업육성에관한특별 조치법에는 없는데도 불구하고 벤처기업 확인전에 출자하였다고 하여 처분청이 소득공제를 배제한 이 건 처분은 부당하다.
(1) 쟁점주식을 5년내 양도하였다고 보아 소득공제를 배제하고 해당 세액을 추징한 처분의 당부
(2) 청구인이 벤처기업에 투자한 금액을 소득공제한 데 대하여 처분청이 벤처기업 확인전에 투자하였다고 하여 소득공제를 배제한 처분의 당부
○ 조세특례제한법 제16조 【중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제】
① 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 출자 또는 투자를 하는 경우에는 2000년 12월 31일까지 출자 또는 투자한 금액의 100분의 30에 상당하는 금액을 그 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도부터 출자 또는 투자 후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 거주자가 선택하는 1과세연도의 종합소득금액에서 공제한다. 다만, 타인의 출자지분이나 투자지분 또는 수익증권을 양수하는 방법으로 출자하거나 투자하는 경우에는 그러하지 아니하다.
4. 벤처기업육성에관한특별조치법에 의하여 벤처기업에 투자하는 경우
② 제1항 본문의 규정에 의하여 소득공제를 적용받은 거주자가 출자일 또는 투자일부터 5년이 경과되기 전에 다음 각호의 1에 해당하게 되는 경우에는 당해 거주자가 주소지 관할세무서장 또는 원천징수의무자는 대통령령이 정하는 바에 따라 거주자가 이미 공제받은 분에 해당하는 세액을 추징한다. 다만, 출자자 또는 투자자의 사망 기타 대통령령이 정하는 사유로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 제1항 제1호에 규정하는 출자지분을 이전하거나 회수하는 경우
2. 제1항 제2호에 규정하는 벤처기업투자신탁의 수익증권을 양도하거나 증권투자신탁업법 제2조 제3항 의 규정에 의한 위탁 회사가 당해 수익증권을 환매하는 경우
3. 제1항 제3호 및 제4호에 규정하는 출자지분 또는 투자지분을 이전하거나 회수하는 경우
○ 벤처기업육성에관한특별조치법 제1조 【목적】 이 법은 기존기업의 벤처기업으로의 전환과 벤처기업의 창업을 촉진하여 우리 산업의 구조조정을 원할히 하고 경쟁력을 재고하는데 기여함을 목적으로 한다. 제2조 【정의】
① 이 법에서 “벤처기업”이라 함은 중소기업기본법 제2조 의 규정에 의한 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)으로서 다음 각호의 1에 해당하는 기업을 말한다.
1. 당해기업의 자본금중 다음 각목의 1에 해당하는 자의 투자금액의 합계가 차지하는 비율이 대통령령이 정하는 기준이상인기업
- 가. 중소기업창업지원법 제2조 제4호 의 규정에 의한 중소기업 창업투자회사(이하 “중소기업창업투자회사”라 한다)
- 나. 중소기업창업지원법 제2조 제6호 의 규정에 의한 중소기업창업투자조합“이라 한다)
- 다. 여신전문금융업법 제2조 제14호 의 규정에 의한 신기술사업 금융업을 영위하는 자(이하 “신기술사업금융업자”라 한다)
- 라. 여신전문금융업법 제41조 제3항 의 규정에 의한 신기술사업투자조합(이하 “신기술사업투자조합”이라 한다)
- 마. 제4조의2의 규정에 의한 한국벤처투자조합
2. 당해기업의 연간 총수출액에 대한 연구개발비의 비율이 대통령령이 정하는 기준이상인 기업
3. 다음 각목의 권리·신기술 또는 지식을 이용하여 사업화하는 기업으로서 사업화의 정도가 제3조의 규정에 의한 기준에 적합한 기업
- 가. 특허권 또는 실용신안권(특허출원 또는 실용신안등록출원중인 기술로서 특허청장이 인정하는 기술을 포함한다)
- 나. 외국인투자촉진법 제25조 의 규정에 의하여 도입된 기술로서 동법 제26조의 규정에 의한 조세면제 대상인 고도기술
- 다. 다른 법률에 의한 기술개발사업으로서 대통령령이 정하는 사업에 의하여 개발된 신기술 또는 지식
○ 벤처기업육성에 관한 특별조치법시행령 제2조 【벤처기업의 범위】
① 벤처기업육성에관한특별조치법(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항 제1호의 규정에 의한 벤처기업은 동호 각목의 중소기업창업투자회사·중소기업창업투자조합·신기술사업금융업자·신기술사업투자조합 및 한국벤처투자조합(이하 이 항에서 “중소기업창업투자회사등”이라 한다)의 투자총액이 당해 기업 자본금의 100분의 20이상이거나 중소기업창업투자회사등의 주식인수총액이 당해 기업 자본금의 100분의 10이상인 기업으로 한다.
② 법 제2조 제1항 제2호의 규정에 의한 벤처기업의 기준은 당해기업의 직전 사업연도의 총매출액에 대한 연구개발비의 비율이 100분의 5이상인 것으로 한다.
○ 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기 】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.
○ 소득세법시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】
⑤ 제1항 내지 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다.
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점(1)에 대하여 본다. (가) 청구인은 쟁점법인의 주식 1,500주(1주당 200,000원)를 인수하는 데 300,000천원을 투자하고, 위 투자금액중 150,000천원을 벤처기업에 투자한 금액으로 하여 45,000천원을 종합소득금액에서 공제하였고, 처분청은 쟁점법인이 벤처기업으로 확인받기 전에 투자한 금액은 벤처기업 투자에 따른 소득공제 대상이 아니고, 청구인이 인수한 쟁점주식을 5년이내에 양도하였다고 하여 이 건 소득공제를 배제하여 청구인에게 종합소득세를 경정고지한 사실이 심리자료에 나타난다. (나) 청구인은 벤처기업 확인을 받은 벤처기업에 투자하여야만 소득공제 대상이라는 규정이 없고, 쟁점주식을 300,000천원에 인수한 후 750주를 양도하고 나머지는 현재도 보유하고 있음에도 쟁점주식을 양도한 것으로 보아 소득공제를 배제하고 해당 세액을 추징한 이 건 처분은 부당하다고 주장한다. (다) 이 건 관련 주식매매계약서(2000.7.19)에는 청구인이 대표이사인○○○○○벤처투자주식회사가 청구인이 소유하고 있는 쟁점법인의 보통주 6,600주를 매매대금 160,446천원(1주당 24,310원)에 인수하기로 계약을 체결하였고, 위 법인계좌(○○○-○○○○○○-○○-○○○)에서 이 건 관련 매매대금이 출금된 것으로 나타나고 있고, 청구인은 쟁점법인의 주식 686,071주중 청구인이 6,600주를 보유하고 있는 것으로 나타나고 있는 쟁점법인의 주주명부(2004.4.30.자)와 청구인의 기명식 보통주 6,600주를 발행회사인 쟁점법인이 보관하고 있다고 확인하고 있는 주권보관증(2000.7.19자)을 제시하고 있다. 그러나 청구인은 이 건 관련한 주권 등 쟁점주식 보유에 대한 구체적인 증빙자료의 제시가 없어 위 보통주 6,600주에 청구인이 현재까지 처분하지 않고 보유하고 있다고 주장하는 750주가 제외되어 있는지 여부와 청구인이 이를 양도하지 아니하고 심판청구일 현재까지 보유하고 있다고 주장하는 사실이 객관적으로 확인되지 아니한다. (라) 청구인의 이 건 관련 양도소득과세표준 신고 및 자진 납부계산서(2001.5.31.)에는 청구인이 쟁점법인의 주식 1,500주를 양도(양도일자 2000.7.19.자, 1주당 양도가액 24,310원, 양도가액 36,465천원, 1주당 취득가액 200,000원, 취득가액 300,000천원, 필요경비 182천원, 양도소득금액 △263,717천원)하였다고 신고하여 2000.1.14. 인수한 1,500주 전부를 양도한 사실이 나타나고 있다. (마) 살피건대, 소득세법시행령 제162조 제5항 에서 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다라고 규정하고 있고, 청구인이 쟁점법인으로부터 인수한 쟁점주식 전부를 양도한 것으로 양도소득세 신고한 점과 청구인이 주장하는 양도분(750주)을 제외한 나머지 주식을 심판청구일 현재까지 처분하지 아니하고 보유하고 있는지 여부가 객관적으로 확인되지 아니하므로 처분청이 쟁점주식을 양도한 것으로 보아 소득공제를 배제하고 해당 세액을 추징한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(2) 쟁점(2)는 심리의 실익이 없으므로 이의 심리를 생략한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.