쟁점아파트의 양도가액 중 6억원을 초과하는 양도소득 중 쟁점아파트 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득에 대한 양도소득세는 감면하고, 취득일로부터 5년 이후에 발생한 양도소득에 대하여는 양도소득세를 과세하는 것이 타당함.
쟁점아파트의 양도가액 중 6억원을 초과하는 양도소득 중 쟁점아파트 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득에 대한 양도소득세는 감면하고, 취득일로부터 5년 이후에 발생한 양도소득에 대하여는 양도소득세를 과세하는 것이 타당함.
○○세무서장이 2006.1.9 청구인에게 한 2005년 귀속 양도소득세 12,384,750원의 부과처분은 쟁점아파트의 양도가액 6억원까지는 먼저 소득세법 제89조 제3호 비과세 양도소득 규정을 적용하여 비과세하고, 양도가액 6억원을 초과하는 분에 대하여는 조세특례제한법 제99조 의 양도소득세 감면규정을 적용하되 취득일부터 5년간 발생한 양도소득에 대한 양도소득세는 감면하고 취득일부터 5년 이후에 발생한 양도소득에 대하여는 양도소득세를 과세하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.
청구인은 1999.2.23 조○○로부터 ○○구역재개발조합의 조합원자격을 승계받아 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○아파트 ○○동 ○○호(건물 전유부분 114.666㎡ 및 대지 지분 49.919㎡으로 취득당시 고급주택에 해당되지 아니하고, 이하 “쟁점아파트”라 한다)를 1999.10.30 취득 (사용승인일：1999.4.20)하였다가 2005.6.23 이○○외 1인에게 양도하고 조세특례제한법 제99조 의 규정에 의거 양도소득세를 100% 감면하고, 1세대 1주택의 고가주택 중 6억원 초과분에 대한 농어촌특별세 2,476,950원을 신고ㆍ납부하였다. 처분청은 쟁점아파트의 양도에 대하여 조세특례제한법 제99조 의 규정에 의한 신축주택 감면과 소득세법 제95조 제3항 의 규정을 동시 적용할 수 없다는 사유로 청구인에게 유리한 소득세법 제95조 제3항 의 규정을 적용한 후 1세대 1주택의 고가주택 중 6억원 초과분에 대한 양도차익에 대하여 2006.1.9 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 12,384,750원을 경정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.2.27 심판청구를 제기하였다.
○ 소득세법 제89조 【비과세양도소득】 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라한다) 를 과세하지 아니한다.
3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득
○ 소득세법시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】
① 법 제89조 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년이상인 것)을 말한다. (단서생략)
○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】
③ 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택 (이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.
○ 소득세법시행령 제160조 【고가주택에 대한 양도차익 등의 계산】
① 법 제95조 제3항의 규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하는 때에는 6억원에 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 법 제95조 제1항의 규정에 의한 앙도차익×{(양도가액-6억원)÷양도가액}
(2) 구 조세특례제한법 (1999.8.31 개정된 것) 관련규정
○ 조세특례제한법 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】
① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면 하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 자기가 건설한 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비 법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다) 으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일 까지로 한다. 이하 이조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사 (임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택
2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간내에 주택건 설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주 택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택 취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.
○ 조세특례제한법시행령 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】
③ 법 제99조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 주택” 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.
1. 주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조 합(이하 이 조에서 “주택조합 등” 이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택” 이라 한다)으로서 법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이조에서 “신축주택취득기간” 이라 한다)내에 주택태조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택 (2005. 2. 19 개정)
2. 조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경 과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원 외의 자와 신축주택 취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약 (매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실을 있는 경우에 한한다.
(3) 조세특례제한법(2002.12.11 법률 제6762호로 개정된 것) 관련규정
○ 조세특례제한법 부칙 제1조 【시행일】 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.(단서생략)
○ 조세특례제한법 부칙 제2조 【일반적 적용례】
② 이 법 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
○ 조세특례제한법 부칙 제29조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】
① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세 감면 및 양도소득세 감면대상 소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다. (4) 농어촌특별세법 관련규정
○ 농어촌특별세법 제2조 【정의】
① 이 법에서 “감면”이라 함은 조세특례제한법ㆍ 관세법 또는 지방세법에 의하여 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.
1. 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제
○ 농어촌특별세법 제3조 【납세의무자】 다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.
1. 제2조 제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세의 감면을 받은 자
○ 농어촌특별세법 제5조 【과세표준과 세율】
① 농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 해당세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 호별 과세표준 세율 1 조세특례제한법ㆍ 관세법 및 지방세법에 의하여 감면을 받 는 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세의 감면 세액 (제2호의 경우를 제외한다) 100분의 20
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 사실관계 (가) 청구인은 ○○구역재개발조합의 조합원 지위를 승계받아 조세특례제한법 제99조 에 의한 양도소득세의 감면대상기간인 신축주택취득기간 (1998.5.22 ~ 1999.6.30) 중에 쟁점아파트에 대한 사용승인을 받아 3년이상 보유 및 2년 이상 거주하다가 2005.6.23 동 아파트를 774,000천원에 양도하고 양도가액 6억원을 초과하는 양도차익에 대한 양도소득세 12,384,750원은 감면하고, 동 양도소득세의 감면세액에 상당하는 농어촌특별세 2,476,950원을 자진납부한 사실 및 동 아파트가 구 조세특례제한법 제99조 에 의한 감면 대상에 해당하고, 또한 소득세법 제89조 에 의한 1세대 1주택 중 고가주택에 해당되어 양도가액 6억원까지는 양도소득세가 비과세에 해당된다는 사실에 대하여는 다툼이 없다. (나) 처분청은 쟁점아파트의 양도에 대하여 조세특례제한법 제99조 의 규정에 의한 신축주택 감면과 소득세법 제95조 제3항 의 규정을 동시 적용할 수 없다는 사유로 청구인에게 유리한 소득세법 제95조 제3항 의 규정을 적용한 후 1세대 1주택의 고가주택 중 6억원 초과분에 대한 양도차익에 대하여 이 건 양도소득세를 과세한 사실이 결정결의서 등에 의하여 확인된다. (다) 처분청은 조세특례제한법 제99조 를 적용하여 양도소득세를 감면할 경우 청구인이 납부할 농어촌특별세는 26,206천원이고, 소득세법 제95조 제3항 을 적용할 경우 6억원 초과분에 대한 양도소득세는 12,384천원으로 산출되어 청구인에게 유리한 양도소득세 12,384천원을 과세한 것이라는 의견을 제시한 반면, 청구인은 소득세법 제95조 제3항 을 먼저 적용하여 6억초과분에 대한 양도소득세 12,384천원을 계산한 후, 이를 구 조세특례제한법 제99조 의 규정을 적용하여 감면하고, 동 감면세액에 상당하는 농어촌특별세 2,476천원 (양도소득세 감면세액 12,384천원×20%)을 과세하는 것이 타당하다고 주장하고 있다. (라) 처분청이 과세근거자료로 제시하는 국세청 예규 (서면4팀-15717, 2005.8.26)에 의하면, 소득세법 제89조 제3호 의 1세대 1주택 비과세요건을 갖춘 고가주택이면서 조세특례제한법 부칙(2002.12.11. 법률 제6762호) 제29조 제1항에 의하여 같은 법 제99조 또는 제99조의 3의 “신축주택에 대한 양도소득세 과세특례규정”이 적용되는 신축주택을 양도한 경우, 납세자가 조세특례제한법 제99조 또는 제99조의 3, 같은 법 시행령 제99조의 3 제2항 규정에 의하여 양도소득금액을 계산하는 때에는 소득세법 제95조 제3항 규정을 적용할 수 없다고 유권해석한 사실이 확인된다. (마) 청구인이 심리자료로 제시하는 쟁점아파트의 분양계약서 및 취득계약서에 의하면 쟁점아파트는 조○○이 1998.9.3 ○○구역주택개량조합으로부터 조합원자격으로 분양받았고, 청구인이 1999.2.3 조○○으로부터 조합원자격을 승계받아 취득한 사실이 확인되며, 쟁점아파트의 양도계약서에 의하면 청구인이 2005.5.14 이○○에게 쟁점아파트를 매매가액 774,000천원에 양도하는 계약을 체결한 사실이 나타난다. (바) 또한 쟁점아파트에 대한 건축물대장에 의하면 ○○시 ○○구청장이 쟁점아파트에 대하여 조세특례제한법 제99조 의 규정에 의한 신축주택취득기간(1998.5.22~1999.6.30)내인 1994.4.20 사용승인을 한 사실이 확인되고, 쟁점아파트의 등기부등본에 의하면 동 아파트의 건물 전유면적이 114.666㎡, 대지권비율이 49.919㎡인 사실 및 1999.10.30 청구인 명의로 소유권보존 등기되었다가 2005.6.23 이○○외 1인에게 소유권이전 등기된 사실이 확인된다. (2)판단 (가) 조세특례제한법 제99조 제1항 에서는 신축주택취득기간인 1998.5.22부터 1999.6.30까지 주택조합으로부터 조합원이 신축주택을 취득하는 경우 그 취득일로부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있고, 2000.12.29 신설 개정된 조세특례제한법시행령 제99조 의 3 제2항에서는 신축주택을 감면함에 있어 양도소득금액을 같은 영 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산하도록 규정하고 있고, 같은 영 제40조 제1항에서는 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액이라고 규정하고 있으며, 소득세법 제95조 제1항 에서는 양도소득금액은 양도가액에서 필요경비 및 장기보유특별공제를 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있다. (나) 소득세법 제89조 제3호 및 소득세법 시행령 제156조 제1항 에서는 1세대 1주택인 경우에는 양도가액이 6억원을 초과하는 주택을 제외하고 양도소득세를 과세하지 않는다고 규정하고 있고, 소득세법 제95조 제3항 및 소득세법 시행령 제160조 에서는 1세대 1주택인 고가주택에 대하여는 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 불구하고 별도로 양도소득금액 계산방법을 규정하고 있다. (다) 조세특례제한법 및 소득세법에는 양 규정간의 중복적용을 배제하는 명문의 규정이 없다. (라) 농어촌특별세법 제3조 제1항 제1호 에서는 ‘제2조 제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세의 감면을 받은 자’를 농어촌특별세 납세의무자로 규정하고 있고, 같은 법 제2조 제1항 본문에서는 감면이라 함은 조세특례제한법ㆍ 관세법 또는 지방세법에 의하여 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세가 부과되지 않거나 경감되는 경우로서 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 말한다라고, 같은 항 제1호에서는 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제라고 규정하고 있다. (마) 관련 법령을 종합적으로 살피건대, 소득세법 제95조 제3항 에서 ‘양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다’라고 규정하고 있으므로 1세대 1주택 고가주택의 양도소득은 6억원을 초과하는 부분에 상당하는 양도차익에 한정된다 할 것이므로, 1세대 1주택 고가주택의 경우 양도가액 6억원을 초과하지 않는 부분에 상당하는 양도차익은 소득세법에 의하여 비과세된다 할 것이다. 또한, 소득세법상 1세대 1주택에 대한 비과세 규정과 조세특례제한법상 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례는 지원목적이 다른 별개의 제도로서 소득세법과 조세특례제한법에서 양 규정간의 중복적용을 배제하는 명문의 규정이 없고, 설령 양규정이 중복적용 된다고 하더라도 이중으로 공제되거나 비과세되어 중복지원되는 문제는 발생하지 않는 것으로 보인다. (바) 이렇다면, 이 건의 경우 쟁점아파트의 양도가액 중 6억원에 상당하는 양도소득은 우선 비과세를 적용하고, 양도가액 6억원을 초과하는 양도소득중 쟁점아파트 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득에 대한 양도소득세는 감면(동 감면세액에 대한 농어촌특별세를 부과하는 것은 별론 임)하고, 취득일로부터 5년 이후에 발생한 양도소득에 대하여는 양도소득세를 과세하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.