실물거래없이 수취한 것으로 보아 부과한 처분의 일부인용

〇〇세무서장이 2005.12.12 청구법인에게 한 부가가치세 2001년 1기 781,510원, 2001년 2기 3,636,870원, 2002년 1기 5,757,990원, 2002년 2기 5,536,140원, 2003년 1기 5,198,650원, 2003년 2기 2,257,210원 합계 23,168,370원 및 법인세 2001.1.1~2001.12.31사업연도분 6,485,340원, 2002.1.1~2002.12.31사업연도분 23,144,600원, 2003.1.1~2003.12.31사업연도분 14,691,720원 합계 44,321,660원의 부과처분 및 청구법인 대표이사 유〇〇에 대한 2001년분 24,046,000원, 2002년분 66,462,000원, 2003년분 44,086,500원 합계 134,594,500원의 소득금액변동통지는 법인세 및 소득금액변동통지 부분은 이를 취소하고, 나머지 청구는 기각합니다.

처분청은 청구법인이 운송주선업자인 주식회사 〇〇통운으로부터 운송용역을 제공받고 수취하였다는 세금계산서 공급가액 2001년 1기 3,730,000원, 2001년 2기 18,130,000원, 2002년 1기 30,060,000원, 2002년2기 30,360,000원, 2003년 1기 33,329,000원, 2003년 2기 6,746,000원 합계 122,355,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 실물거래없이 가공매입 세금계산서를 수취한 것으로 판단하여 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하고 청구법인의 각 사업연도 소득금액 계산시 손금에 불산입하는 한편, 대표자에게 상여로 소득처분하여, 2005.12.12 청구법인에게 부가가치세 2001년 1기 781,510원, 2001년 2기 3,636,870원, 2002년 1기 5,757,990원, 2002년2기 5,536,140원 2003년 1기 5,198,650원, 2003년 2기 2,257,210원 합계 23,168,370원 및 법인세 2001.1.1~2001.12.31사업연도분 6,485,340원, 2002.1.1~2002.12.31사업연도분 23,144,600원, 2003.1.1~2003.12.31사업연도분 14,691,720원 합계 44,321,660원을 각 경정 ․ 고지하고, 또한, 청구법인 대표이사 유〇〇에게 2001년분 24,046,000원, 2002년분 66,462,000원, 2003년분 44,086,500원 합계 134,594,500원을 소득금액변동통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.2.6 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 주식회사 〇〇통운을 통해 물품을 운송하였는바, 이는 거래처원장, 차량운행일지, 화물자동차등록원부, 주식회사 〇〇통운 법인통장 및 대표자인 하〇〇 통장 입금내역 등을 통해 실제거래한 사실(화물차량의 운행사실)이 확인됨에도 가공매입한 것으로 보아 과세함은 부당하다. 청구법인이 송금한 대금이 바로 출금되었다고 하여 처분청은 금융증빙조작이라는 의견이나, 대금이 청구법인에 반환된 사실이 확인되지 않는 한 금융증빙조작으로 보는 것은 부당하다. 주식회사 〇〇통운의 부가가치세 신고내역을 보면, 2003년 상반기까지는 정상거래한 것으로 판단되는 바, 선의의 피해자가 발생하지 않도록 할 필요가 있으며, 현대자동차 〇〇연구소 정문 통과시 반출증을 기재하는데, 주식회사 〇〇통운으로부터 용차하여 화물을 운송한 운송차량의 번호가 나타나는 바, 실지거래하였음이 확인된다.
• 나. 처분청 의견 주식회사 〇〇통운은 보유차량이 없어 직접 운송용역을 제공할 수 없는 운송주선업자로 이미 전부 자료상으로 고발조치되었는바, 청구법인에게 발행한 세금계산서도 가공거래로 보아야 한다. 청구법인이 제시한 배차일지와 자동차등록원부에 의하면 운행에 제공된 차량의 소유주가 〇〇주식회사, 주식회사〇〇, 〇〇통운 주식회사로 각 확인되는 바, 차량소유주와 세금계산서 발행 사업자가 다르므로, 사실과 다른 세금계산서로 봄이 타당하다. 청구인은 주식회사 〇〇통운 및 그 대표이사 명의의 통장으로 입금한 금액을 청구법인의 손금으로 인정해야 한다고 하나, 계좌내역 조사결과 실거래 위장을 위해 금융증빙을 조작하였음이 확인되므로, 손금산입을 부인한 이 건 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점금액의 세금계산서를 실물거래없이 수취한 것으로 보아 청구법인에 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련법령 부가가시세법 제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제21조 【결정 및 경정】① 사업장 관할세무서장 ․ 사업장 관할 지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈한 우려가 있는 때 부가가치세법 기본통칙 16 - 58․ ․ ․ 6 화물운송 주선의 경우 세금계산서 교부 운송주선용역을 공급하는 사업자가 불특정다수인의 화주와 운송위탁계약을 체결하여 화주로부터 화물 ․ 운임 및 주선 수수료를 받아 운수업자로 하여금 화물을 운송하게 하고 그 운임을 지불하는 경우 세금계산서의 교부는 다음 각호와 같이 한다.

1. 운송주선사업자는 운송주선용역을 공급받는 자(화주 또는 운송업자)에게 운송주선용역의 대가인 수수료에 대하여 세금계산서를 교부하고 화물운송계약이 확정될 때에 운송업자의 명의로 화주에게 화물운송용역에 대한 세금계산서를 교부한다. 이 경우 화물운송주선업자의 등록번호를 비고란에 부기한다.

2. 화물운송업자는 화물운송주선업자가 화물운송업자의 명의로 세금계산서를 교부하지 아니한 경우에 한하여 화주에게 세금계산서를 교부한다. 법인세법 제19조 【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제66조 【결정 및 경정】② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방 국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여 ․ 배당 ․ 기타 사외유출 ․ 사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. 동법시행령 제106조【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리 내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 자료처리복명서, 전산자료에 의하면, 주식회사 〇〇통운은 2001년 1기부터 2003년 2기까지의 부가가치세 과세기간 중 전부자료상 행위를 하였음(조세범처벌법 위반)을 이유로 검찰에 고발조치되었고, 처분청은 주식회사 〇〇통운과 거래한 청구법인이 쟁점금액의 세금계산서를 실지거래없이 교부받은 것으로 보아 이 건 처분을 한 사실이 확인된다.

(2) 〇〇지방국세청장의 자료상조사종결보고서 및 주식회사 〇〇통운의 금융조회 및 청구법인 통장사본 확인결과에 의하면, 주식회사 〇〇통운은 보유차량이 없는 운송주선업자이며, 거래처로부터 입금된 금액이 바로 출금되거나, 거래처로 재입금되는 등 금융증빙을 조작하여 가공세금계산서를 발행하였으며, 다만, 일부 위장거래가 있는 것으로 판단되므로 주의를 요한다고 조사되어 있고, 청구법인과의 금융거래를 검토한 결과, 청구법인의 입금액은 입금이후 수일 이내에 출금된 사실이 확인되나, 청구법인에게 다시 송금된 사실은 확인되지 아니한다.

(3) 세금계산서, 대금청구서 및 거래명세서에 의하면, 주식회사 〇〇통운이 발행한 세금계산서에 기재된 공급대가와 청구법인에게 운송대금을 청구한 내역 및 거래명세서에 기재된 단가가 일치하는 것으로 확인된다.

(4) 주식회사 〇〇통운의 매출액 추이를 검토한 결과, 자료상 행위로 인하여 주식회사 〇〇통운의 매출이 급증하고 있음에도 청구법인과의 거래는 동일한 수준이거나 오히려 감소하고 있었음이 확인된다.

(5) 운송사실확인서 및 인감증명서에 의하면, 하〇〇과 이〇〇은 각각 〇〇운수 경기〇〇 〇〇운수 경기〇〇 ․ 경기〇〇화물차량을 운전하는 사람으로서 청구법인의 물품운송분을 주식회사 〇〇통운의 대표이사인 하〇〇으로부터 배차받아 실제 운송한 사실이 있다고 확인하고 있다.

(6) 청구법인의 배차업무 일지, 거래명세표와 〇〇자동차〇〇 연구소의 반출증에 의하면, 2003.1.6 주식회사 〇〇통운이 주선한 7732,2507 화물차량은 경기도 〇〇 소재 〇〇자동차 연구소 정문을 통과(출문 책임자 안〇〇가 출입사실을 확인하고 있음)하여 경기도 〇〇소재 〇〇로 운행한 사실이 확인되고, 출하지시서, 배차업무일지, 청구서에 의하면, 〇〇주식회사의 출하지시에 따라 주식회사 〇〇통운이 주선한 차량이 경기도 〇〇시에서 경상남도 〇〇광역시소재 〇〇 운행한 사실이 확인되며, 거래명세표, 배차업무일지, 청구서에 의하면, 청구법인은 2002.10.24 〇〇대학교에서 〇〇대학교로 주식회사 〇〇통운이 주선한 차량을 이용하여 운송한 후 공급가액 323,000원의 거래명세표를 〇〇대학교에 발행하였으며, 주식회사 〇〇통운은 청구법인에 대하여 운송료를 청구한 사실이 각 확인된다.

(7) 처분청은 주식회사 〇〇통운은 보유차량이 없는 운송주선업자로 이미 전부 자료상으로 고발조치되었는바, 청구법인에게 발행한 세금계산서도 가공거래로 보아야 한다는 의견이나, 위에서 확인된 바에 의하면, 청구법인이 송금한 운송대금이 다시 회수된 사실이 확인되지 아니하고, 주식회사〇〇통운의 자료상 행위에도 불구하고 청구법인에 대한 매출액에 변화가 없으며, 배차업무일지와 대금청구서, 반출증 등에서 청구법인의 물품운송을 주식회사 〇〇통운이 주선한 차량들이 실제로 담당한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 쟁점금액의 세금계산서를 가공거래로 수취한 것으로는 보기 어렵다.

(8) 따라서, 처분청이 쟁점금액을 매입세액 불공제하고 청구법인의 손금에 불산입하는 한편, 대표자에게 상여로 소득처분한 이 건 처분은 쟁점금액의 실제 운송사실 여부를 판단함에 있어 잘못이 있는 것으로 판단된다. 다만, 부가가치세법 기본통칙에 의하면, 운송주선사업사는 화주 또는 운송업자에게 운송주선용역의 대가인 수수료에 대하여 세금계산서를 교부하고 화물운송계약이 확정될 때에 운송업자의 명의로 화주에게 화물운송용역에 대한 세금계산서를 교부하여야 하나, 주식회사 〇〇통운은 자신의 명의로 운송료 상당의 세금계산서를 교부한 사실이 확인되고, 청구법인과 주식회사 〇〇통운은 수년간 거래해 왔음이 확인(이러한 사실에 관하여 청구법인에 선의였다고도 보여지지 아니함)되는 바, 쟁점금액의 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 쟁점금액은 매입세액 불공제함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.