조특법의 적용을 받는 농특세의 과세표준은 양도가액 6억원을 초과하는 부분임

○○세무서장이 2005.11.5 청구인에게 한 2005년 귀속 농어촌특별세 35,813,440원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○아파트 ○○동 ○○호를 1980. 5. 8. 취득하여 거주하던중 1997년 설립된 재건축조합으로부터 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○아파트 ○○동 ○○호(122.81㎡, 이하 “쟁점아파트”라 한다)를 분양받아 2005. 7.28. 양도하고, 2005. 8.31. 양도소득세 신고시 1세대1주택 양도소득세 비과세 대상으로 6억원을 초과하는 금액에 대하여 조세특례제한법 제99조 의 3의 규정에 의한 감면세액을 농어촌특별세 과세표준으로 하여 2005년 귀속분 농어촌특별세 25,585,440원을 자진신고․납부하였다. 처분청은 1세대1주택 비과세요건을 갖춘 고가주택이면서 동시에 조세특례제한법 상의 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례 규정이 적용되는 때에는 양도소득금액의 계산에 있어서 6억원 초과금액에 대한 양도차익 계산규정을 적용할 수 없다 하여 이를 배제하고 계산한 감면세액을 농어촌특별세 과세표준으로 하여 농어촌특별세 61,398,880원을 산출하고 기납부세액 25,585,440원을 차감한 후, 2005. 11. 5. 청구인에게 2005년 귀속 농어촌특별세 35,813,440원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006. 1.27. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 과세대상과 세목은 각 개별세법에서 규정하고 있고, 각 개별세법에서 납부의무가 있는 것으로 정한 세목에 대하여 경제 및 사회정책적 목적에 기하여 한시적으로 조세특례를 두고 있는 것이 조세특례제한법이며, 과세대상으로 삼지 아니하는 것까지 조세특례의 대상으로 하는 것은 아님에도 처분청은 소득세법상 비과세규정과 조세특례제한법상 특례규정을 같은 조세특례로 보아 마치 중복 조세특례를 준 것으로 오인하여 중복적용이 불가하다는 취지로 위법부당한 과세처분을 하였으므로 이 건 농어촌특별세는 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 소득세법상 1세대1주택 비과세규정은 당해 주택을 양도하는 때에 과세로 인한 주택의 실질가치 감소를 방지함으로써 거주자의 주거안정을 도모하고 거주이전을 지원하기 위하여 운용되는 조세특례이며, 조세특례제한법 제99조 의 3은 신축주택의 취득자에 대하여 감면을 해줌으로써 주택경기를 활성화시키려는 목적의 조세특례로 각각의 목적이 다른 조세특례를 동일한 물건에 대하여 중복적용하는 것은 조세특례제도의 본래의 입법취지와는 다른 결과를 초래하는 것이고 또한 동일물건에 대한 조세특례의 중복적용은 조세평등주의를 심각하게 침해하는 결과를 초래한다. 따라서, 조세특례제한법 제99조 의 3과 소득세법 제95조 제3항, 동령 제160조의 중복적용은 불가능 하다고 판단되고, 국세청의 예규(서사-1517, 2005. 8.26.)에 의한 이건 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점아파트가 1세대1주택 비과세요건을 갖춘 고가주택이면서 조세특례제한법 제99의3 의 규정에 의한 신축주택에 해당하는 경우 조세특례제한법상 감면규정과 소득세법상 1세대1주택 비과세 규정을 동시에 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법

○ 조세특례제한법 제9 9조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 】

• 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다.

○ 조세특례제한법 제99조의3 조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

• 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된것

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법 부칙 제1조(시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다. 제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】

② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

① 법 제43조제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 소득세법 제95조제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

○ 소득세법시행령 제89조 【비과세양도소득】

• 2002.12.18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(거주용건물의 연면적․가액 및 시설등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

○ 소득세법 제89조 【비과세양도소득 】

• 2002.12.18. 법률 제6781호로 개정된 것 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세” 라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

① 법 제89조 제3호에서 “거주용건물의 연면적․가액 및 시설등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조제15항의 규정에 의하여 단독주택으로서 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원이상일 것

① 법 제89조 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

③ 제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

① 법 제95조제3항의 규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하는 때에는 6억원에 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 법 제95조제1항의 규정에 의한 양도차익 ×((양도가액 - 6억원)/양도가액)

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 법 제95조제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제액 ×((양도가액 - 6억원)/ 양도가액)

① 이 법에서 “감면”이라 함은 조세특례제한법․ 관세법 또는 지방세법에 의하여 소득세․법인세․관세․취득세 또는 등록세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 비과세․세액면제․세액감면․세액공제 또는 소득공제

○ 농어촌특별세법 제3조 【납세의무자】 다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.

1. 제2조제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세․법인세․관세․취득세 또는 등록세의 감면을 받는 자

○ 농어촌특별세법 제5조 【과세표준과 세율】

① 농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 게산한 금액을 그 세액을 한다. 호 별 과세표준 세율 1 조세특례제한법․ 관세법 및 지방세법에 의하여 감면을 받는 소득세․법인세․관세․취득세 또는 등록세의 감면세액(제2호의 경우를 제외한다) 100분의 20

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 2005.7.28. 양도한 쟁점아파트가 소득세법 제89조제3호 의 규정에 의한 1세대 1주택 비과세요건을 갖춘 고가주택이면서 조세특례제한법 제99조의3 제1항 의 규정에 의하여 양도소득세 감면대상이 되는 신축주택에 해당하는 것에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

(2) 청구인은 소득세법상 1세대 1주택 요건을 갖춘 주택이 양도가액이 6억원을 초과하는 경우에 양도가액 6억원까지는 양도소득세 납세의무가 없는 비과세이므로 양도가액 6억원을 초과하는 부분에 상당하는 양도차익에 대한 양도소득세를 계산하고, 동 양도소득세를 감면세액으로 하여 농어촌특별세를 과세하여야 한다는 주장인 반면, 처분청은 소득세법 제89조 제3호 의 1세대1주택 비과세요건을 갖춘 고가주택이면서 조세특례제한법 제99조의3 의 규정에 의하여 양도소득금액을 계산하는 때에는 두 법조를 동시에 적용하지 않는 것이라고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 농어촌특별세법 제3조 제1호 에서는 “제2조 제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세․법인세․관세․취득세 또는 등록세의 감면을 받은 자”를 농어촌특별세 납세의무자로 규정하고 있고, 같은 법 제2조 제1항은 『“감면”이라 함은 조세특례제한법․ 관세법 또는 지방세법에 의하여 소득세․법인세․관세․취득세 또는 등록세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다』라고 규정한데 이어 그 제1호에서는 “비과세․세액면제․세액감면․세액공제 또는 소득공제”를 감면의 하나로 규정하고 있다. (나) 조세특례제한법 제99조의3 제2항 에서는 신축주택을 감면함에 있어 양도소득금액을 같은 법 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산하도록 규정하고 있고, 같은 법 제40조 제1항에서는 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액이라고 규정하고 있고, 소득세법 제95조 제1항 에서는 양도소득금액은 양도가액에서 필요경비및 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있다. (다) 소득세법 제89조 제3호 및 소득세법 시행령 제156조 제1항 에서는 1세대 1주택인 경우에도 양도가액이 6억원을 초과하는 주택을 제외하고는 양도소득세를 과세하지 않는다고 규정하고 있고, 소득세법 제95조 제3항 및 소득세법 시행령 제160조 에서는 1세대 1주택인 고가주택에 대하여는 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 불구하고 별도로 양도소득금액 계산방법을 규정하고 있다. (라) 살피건대, 농어촌특별세는 조세특례제한법상 감면을 받는 소득세 또는 법인세 등을 과세표준으로 하고 있고, 소득세법상 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 이 건의 경우 조세특례제한법 제99조의3 의 규정에 의한 감면대상 양도소득은 소득세법시행령 제95조 제3항 및 소득세법시행령 제160조 의 규정에 의하여 계산된 양도가액 6억원을 초과하는 부분이라 할 것이므로, 양도가액 6억원을 초과하는 부분에 상당하는 양도차익에 대한 양도소득세를 이 건 농어촌특별세의 과세표준으로 하여야 한다는 청구인의 주장이 타당하다고 판단된다. (국심2006서1580, 2006. 8.31. 외 다수 같은 뜻임)

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.