쟁점매입세액을 불공제하고 신고 및 납부불성실가산세를 부과한 처분의 당부

○○세무서장이 2006.1.10. 청구법인에게 한 2004년 1기 부가가치세 32,231,670원의 부과처분은 이 중 납부불성실가산세 적용을 배제하여 그 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 2004년 1기 부가가치세 신고 시 ○○지역관리소(이하 “○○지점”이라 한다) 명의로 수취한 세금계산서(2004.2.29. 위탁수수료 공급가액 33,991,948원, 부가가치세 3,399,194원 등 8매의 공급가액 255,401,481원, 부가가치세 25,540,144원 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)의 부가가치세를 매입세액으로 공제하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 ○○지점의 매입세액을 부당하게 공제하였다 하여 매입세액을 불공제하고 신고불성실가산세 2,554,014원과 납부불성실가산세 4,137,503원을 납부세액에 가산하여 2005.10.17. 청구법인에게 2004년 1기 부가가치세 32,231,670원을 고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.1.10. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 본점과 지역관리소 6개소를 운영하면서 본사에서 신고서를 일괄 작성하여 각 사업장별로 신고 ․ 납부하고 있으며, 청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○ ○○빌딩 3층을 임차하여 본점이 3층 301호와 303호를 사용하고, ○○지점이 302호를 사용하고 있으므로 사실상 본점과 ○○지점은 동일 사업장이나 사업자등록은 별도로 되어있다. 청구법인이 ○○지점의 매입세액을 공제한 것은 본점이 지점사업장에 대한 부가가치세 신고서를 일괄 작성하다보니 사무착오가 발생한 것으로 청구법인 전체 사업장에 대한 부가가치세 과세표준, 매입세액, 납부세액에는 과소납부가 이루어지지 않았다고 볼 수 있다. 따라서 청구법인이 비록 사무착오로 쟁점세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표를 잘못 기재하여 신고하였다할지라도 본점과 ○○지점이 동일한 세무서장에게 부가가치세를 신고한 점을 감안하여 이 건 신고 및 납부불성실가산세를 취소함이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 부가가치세는 사업장별로 신고 ․ 납부하는 것이 원칙이고, 총괄납부 승인을 얻은 사업자에 대하여만 각 사업장별 납부세액을 총괄하여 납부할 수 있는 예외를 두고 있는 바, 청구법인은 총괄납부승인을 얻은 사업자도 아니므로 본점과 ○○지점은 별개의 사업장으로 신고는 물론, 납부를 사업장별로 이행하여야 한다. 따라서 청구법인이 착오로 ○○지점 명의로 수취한 세금계산서의 매입세액을 공제한 것은 부가가치세 과세원칙에 어긋나므로 이 건 신고 및 납부불성실가산세를 부과한 것은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 ○○지점 명의로 수취한 세금계산서의 매입세액을 부당하게 공제하였다 하여 매입세액을 불공제하고 신고 및 납부불성실가산세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제4조 【납세지】

① 부가가치세는 사업장마다 납부하여야 한다.

② 사업자에게 2 이상의 사업장이 있는 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 주된 사업장 관할세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻은 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 제22조 【가산세】

④ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제 받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다. (이하 각호생략)

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하거나 환급받은 세액이 환급받아야 할 세액을 초과하는 때에는 다음 각목의 금액의 합계액

• 가. 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액)×납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간×금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율
• 나. 초과하여 환급받은 세액×환급받은 날의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간×금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구법인은 본점과 ○○지점에 대해 총괄납부승인신청을 하지 않았으며, 처분청은 청구법인이 ○○지점 명의로 수취한 세금계산서의 매입세액을 공제한 데에 대하여 매입세액 불공제(이는 경정청구를 통해 정당한 매입세액으로 인정받았다)하고, 착오에 의한 매입처벌세금계산서합계표를 작성한 경우로 보아 세금계산서합계표 기재불성실가산세는 적용하지 아니하고, 신고 및 납부불성실가산세는 적용하였음이 확인된다.

(2) 청구법인은 2004.4.26. ○○세무서장에게 청구법인(000-00-000)과 ○○지점(000-00-000)의 2004년 1기 예정기간의 부가가치세를 신고(본점: 환급세액, 지점: 납부세액)하면서 청구법인이 ○○지점 명의로 수취한 세금계산서의 부가가치세를 매입세액으로 공제하였다.

(3) 청구법인이 제출한 임대차계약서(임대인: ○○상사, 임차인: 청구법인)에는 청구법인이 ○○시 ○○구 ○○동 00 ○○빌딩 3층 301호(본점), 302호(○○), 303호(설비팀)를 사용한다고 기재되어 있다.

(4) ○○세무서장이 2004.4.9. 발급한 사업자등록증에는 본점과 ○○지점의 사업장소재지가 ○○시 ○○구 ○○동 ○로 같다고 기재되어 있다.

(5) 이를 바탕으로 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고나 납세 등 각종의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의나 과실은 고려되지 않는 반면, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다 할 것이다(대법원 96누15404, 1997.8.22. 참조). 이 건에 있어서 청구법인은 총괄납부승인을 받지 아니한 사업자이나 청구법인이 지점사업장에 대한 부가가치세 신고서를 일괄하여 작성하다보니 사무착오가 발생하여 ○○지점의 매입세액을 청구법인의 매입세액에 포함시켜 신고함으로써 결과적으로 청구법인 사업장의 부가가치세 납부세액은 과소하게 되었으나 그만큼 ○○지점 사업장의 부가가치세 납부세액은 과다하게 되었으므로 청구법인 전체입장에서는 부가가치세가 과소 납부되었다고 할 수 없을 것이다. 따라서 처분청이 사업장별로 신고하지 아니하였다 하여 신고불성실가산세를 적용한 것은 적법하지만 납부불성실가산세를 부과한 것은 부당하다고 판단된다(국심 2004중4136, 2005.1.27. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.