의료보건용역으로 면세신고한 소독용역을 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 2000.8.22 전염병예방법에 의하여 소독 업으로 신고한 업체로서 공동주택들을 상대로 위생관리용역계약을 체결하고 제공한 용역에 대하여 아래와 같이 2001년 제2기부터 2003년 제2기까지 공급가액 945,854천원의 세금계산서를 교부한 후 511,526천원은 부가가치세 면세대상인 소독용으로, 나머지 408,971천원은 과세대상인 청소용역으로 하여 부가가치세를 신고하였다. (단위: 천원) 구분 세금계산서발행 청구인신고 면세신고 비고 2001년 제2기 144,404 55,085 89,319 2002년 제1기 234,963 82,000 144,586 8,377 기과세 2002년 제2기 244,488 89,969 137,537 16,982 기과세 2003년 제1기 208,963 116,223 92,742 2003년 제2기 113,036 65,694 47,342 계 945,854 408,971 511,524 25,359 기과세 이에 따라 세금계산서 불부 합 거래 일람표 자료가 발생하였고, 처분청은 이 자료에 의하여 면세 신고한 금액에 대하여 아래와 같이 부가가치세를 과세하였다. (단위: 원) 2001.2 2002.1기 2002.2기 2003.1기 2003.2기 계 17,368,520 26,456,400 23,957,140 13,713,060 6,590,870 88,085,990 청구법인은 이에 불복하여 2006.1.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 전염병예방법 제40조의3의 규정에 의하여 소독 업으로 신고한 업체로서 공동주택과 위생관리용역계약을 체결하고 용역을 제공 하였는바, 처분청이 공동주택에 제공하는 청소용역을 면세인 소독용역에 포함된 것으로 본 것은 오랜 관행인데도 부가가치세법을 개정하지 않고 조세특례제한법에서 면제 제외규정을 신설하면서 부가가치세 과세 대상으로 보아 부가가치세를 과세하는 것은 부당하다. 설사 청소용역이 면세용역이 아니라 하더라도 청구법인이 제공한 용역은 청소용역과 소독용역을 함께 제공한 것이므로 실지조사에 의하여 청소용역과 소독용역을 구분하여 과세하여야 하는데도 단지 세금계산서를 교부하였다고 하여 전체를 과세대상 용역으로 보아 부가가치세를 과세하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 부가가치세법상 일반적인 청소용역은 과세 대상이며,전염병예방법 제40조의 3의 규정에 의하여 소독업의 신고를 한 사업자가 공급하는 소독용역에 대하여 면세로 규정하고 있고, 국립보건원의 질의회신(방역65330-1149, 2001.11.21)에 의하면 소독이란 전염병 예방 상 필요한 청소, 소독과 쥐, 벌레 구제조치를 포괄하는 의미를 갖고 있으며, 일반적으로 행해지는 청소나 쥐, 벌레 구제조치 등 개별행위 모두를 소독이라고 하는 의미는 아니라고 회신하고 있다. 청구법인의 용역계약서 내용을 보면 단지 내의 공용시설 및 폐기물 적하장 등의 청결, 각동 현관 및 현관유리창 청결작업, 각종 금속장식물 청결 및 광택작업이 포함되어 있는 것으로 보아 청소용역과 소독용역이 포함되었다고 볼 수 있으나, 청소용역과 소독용역을 구분할 수 있는 구체적인 근거자료를 제출하지 못하고 있으므로 당사자 간에 적성하여 교부한 세금계산서 내용대로 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 공동주택에 제공한 청소용역의 일부를 부가가치세법시행령 제29조 제10호 의 부가가치세 면세대상 의료보건용역으로 신고한데 대하여, 전체를 과세대상인 청소용역으로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제1조 (과세대상)

④ 주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고, 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

○ 부가가치세법 제12조 (면세)

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

4. 의료보건용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 것과 혈액

○ 부가가치세법시행령 제29조 (의료보건용역의 범위) 법 제12조 제1항 제4호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각 호에 규정하는 것(의료법 또는 수의사법의 규정에 의하여 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

9. 오수 ․ 분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률제35조의 규정에 의하여 분뇨 등 관련영업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 분뇨 등의 수집 ․ 운반 ․ 처리 및 정화조청소용역

10. 전염병예방법 제40조의 3의 규정에 의하여 소독업의 신고를 한 사업자가 공급하는 소독용역

11. 폐기물관리법 제26조 의 규정에 의하여 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 폐기물 처리 업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 수집 ․ 운반 및 처리용역과 동법 제30조의 규정에 의하여 폐기물처리시설의 설치승인을 얻거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역

○ 조세특례제한법 제106 (부가가치세의 면제 등)

① 다음 각 호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 4의2. 주택법 제2조 제12호 의 규정에 의한 관리주체(동호 가목을 제외하며, 이하 이 조에서 󰡒관리주체󰡓라 한다)또는 경비 업 법 제4조 제1항 의 규정에 의하여 경비업의 허가를 받은 법인(이하 이 조에서 󰡒경비업자󰡓라 한다)이 주택법 제2조 제2호 의 규정에 의한 공동주택(이하 이 조에서 󰡒공동주택󰡓이라 한다)에 공급하는 다음 각목의 용역

• 가. 관리주체가 공동주택에 공급하는 경비용역과 일반관리용역으로서 대통령령이 정하는 용역

○ 조세특례제한법시행령(2003.12.30 대통령령 제18176호로 개정되기 전의 것) 제106조 (부가가치세 면제 등) ⑤ 법 제106조 제항 제4호의 2 및 제4호의 3에서 󰡒관리용역 중 대통령령이 정하는 것󰡓이라 함은 주택관리업자 및 사업주체가 다음 각 호의 1에 해당하는 비용을 받고 제공하는 용역을 말한다.

1. 공동주택 관리 령 제15조의 규정을 적용받는 공동주택의 경우: 동령 별표 3 제1호의 규정에 의한 일반관리비(동관리비에 위탁관리수수료와 동령 별표 3 제2호 내지 제8호의 규정에 의한 관리비 및 이와 유사한 비용이 포함되어 있는 경우에는 이를 제외한다)

2. 공동주택 관리 령 제15조의 규정을 적용받지 아니하는 공동주택의 경우: 제1호의 규정에 의한 일반관리비에 상당하는 비용

○ 전염병예방법 제40조 (소독조치)

① 시장․군수․구청장은 보건복지부령이 정하는 바에 의하여 전염병 예방 상 필요한 청소, 소독과 쥐․벌레등의 구제조치(이하 󰡒소독󰡓이라 한다)를 실시하여야 한다.

② 공동주택․숙박업소등 다수인이 거주 또는 이용하는 시설 중 대통령령이 정하는 시설을 관리․운영하는 자는 보건복지부령이 정하는 바에 의하여 전염병예방에 필요한 소독을 실시하여야 한다.

○ (6-2) 전염병예방법 제40조의2 (소독업무의 대행)

① 시장․군수․구청장은 이 법에 규정된 소독업무를 효율적으로 시행하기 위하여 필요한 때에는 제40조의 3제1항의 규정에 의하여 소독업의 신고를 한 자로 하여금 그 업무를 대행하게 할 수 있다.

② 제40조제2항에서 정하는 시설을 관리․운영하는 자는 제40조의3제1항의 규정에 의하여 소독업의 신고를 한 자로 하여금 소독하게 하여야 한다.

○ (6-3) 전염병예방법 제40조의2 (소독업의 신고)

① 소독을 업으로 하고자 하는 자는 보건복지부령이 정하는 시설 ․ 장비 및 인력을 갖추어 시․도지사에게 신고하여야 한다. 신고한 사항을 변경하고자 하는 때에도 또한 같다.

② 주택법에 의한 주택관리업자가 제1항의 규정에 의한 소독장비를 갖춘 것으로 인정되는 경우에는 그가 관리하는 공동주택에 대한 소독의 실시에 한하여 제1항의 규정에 의한 소독업의 신고를 한 것으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 조사종결복명서에 의하면, 청구법인은 공동주택들을 상대로 제공한 용역에 대하여 2001년 제2기부터 2003년 제2기까지 공급가액 945,854천원의 세금계산서를 교부한 후 511,526천원은 부가가치세 면세대상인 소독요역으로, 408,971천원은 과세대상인 청소용역으로 하여 부가가치세를 신고하였는바, 이에 처분청은 부가가치세 과세대상인 청소용역과 면세대상인 소독용역을 구분할 수 있는 구체적인 근거자료를 제출하지 못하고 있으므로 당초 당사자 간에 작성하여 교부한 세금계산서 내용대로 이 건 부가가치세를 과세한 사실이 확인된다.

(2) 위생관리용역계약서 및 청소용역에 대한 시방서에 의하면, 청구법인은 위생관리 용역을 제공하면서 그 내용은 아파트 내부의 계단, 복도, 승강기 등의 위생관리 및 구제조치, 아파트 단지 내의 공용시설 및 폐기물 적하장 등의 청결 ․ 소독작업, 각동 현관 및 현관유리창 청결작업, 각종 금속 장식물 청결 및 광택작업 등임이 확인되고, 청구법인이 제공한 청소용역은 다음과 같은 것으로 확인된다. 구분 청소대상 회수 방법 일일청소 각동계단, 출입구 승강기내 ․외부 쓰레기통 주변 1-2회 비로쓸기 마포걸레 현관유리창, 관리실, 회의실, 공동화장실, 주차장계단, 낙서제거 쓸기, 쓰레기 줍기 (책상,탁자 물걸레질) 주간청소 어린이 놀이터 1-2회 주변내외 청소 철제류(신주),거미줄제거 더러울때 광택작업,먼지제거 낙서제거 즉시 각동 지하 생활공간 1-2회 비로쓸기, 물걸레질 월간청소 계단 논스립(신주)등 지하 및 옥상, 유리창, 맨홀 더러울때 광택작업, 쓸기, 물걸레질 년간청소 기계청소, 복도, 계단 및 지하주차장 2회 기계, 약품이용 물청소, 고압물청소

(3) 청구법인은 소독 업으로 신고한 업체로서 처분청이 공동주택에 제공하는 청소용역을 면세인 소독용역에 포함된 것으로 본 것은 오랜 관행이며, 실지조사에 의하여 청소용역과 소독용역을 구분하여 과세하여야 함에도 이를 행하지 아니한 것은 부당하다고 주장한다.

(4) 살피건대, 부가가치세법 제12조 제1항 에서 의료보건용역으로 대통령령이 정하는 것에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있고 같은 법 시행령 제29조 제10호에서 전염병예방법 제40조의 3에 의하여 소독업의 신고를 한 사업자가 공급하는 소독용역에 한정하여 부가가치세법의 면제대상인 의료보건용역으로 규정하고 있는 반면, 전염병 예방법 제40조 제1항에서 시장 ․ 군수 ․ 구청장은 전염병 예방 상 필요한 청소, 소독과 쥐 ․ 벌레 등 구제조치(이하 󰡒소독󰡓이라 한다)를 실시하여야 한다고 규정하고 있어 소독을 전염병예방법상 필요한 청소까지 포함하는 개념으로 보고 있는바, 부가가치세법 제12조 제1항 과 같은 법 시행령 제29조 제10호에서 규정한 소독용역과 전염병예방법 제40조 제1항의 소독을 반드시 동일한 것으로 해석 ․ 적용할 수 없다할 것이므로, 청구법인이 전염병예방법 소정의 소독 업 신고를 하였다는 사실만으로는 청구법인이 제공하는 용역을 부가가치세 면세대상으로 보기는 어렵다.

(5) 또한, 조세관행존중원칙은 헌법상 법치국가원리에서 파생된 법적 안정성 원칙에 그 근거를 둔 것으로 합법성원칙을 희생하여서라도 납세자 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다 할 것이고, 국세기본법 제18조 제3항 의 󰡒일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세 행정의 관행󰡓이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이르게 된 것을 말하며, 단순히 세법해석기준에 관한 공적견해표명이 있거나 국세청 기본통칙이나 예규가 제정 ․ 공포되었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없고, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 입증책임은 주장자인 납세자에게 있다고 할 것이다(대법원 97누4661, 2000.9.29. 같은 뜻임). 그러나 각 질의회신 공문에 의하면, 과세당국은 2000.7.10 ‘소독업자가 제공하는 청소용역이 전염병예방법상 필요한 청소용역인지 여부는 관련법령 및 사실을 종합하여 판단할 사항임’(부가46015-1643), 2001.7.1 ‘청소용역 중 전염병예방법에 의한 소독용역이 포함되어 있는 경우는 부가가치세가 면제되나, 청소용역은 세금계산서 발행대상임’(부가46015-870), 2002.6.24 ‘2001년 1기 과세 분 까지 청소용역에 대하여는 부가가치세 환급처리 함’(부가46015-456. 이는 청소업체의 국회청원에 의함), 2002.11.26 ‘2001년 2기부터 청소용역 중 전염병예방법에 의한 청소용역이 아닌 경우 과세대상’(부가46015-870)으로 각 질의 회신한 사실이 확인되고, 우리원 결정도 소독용역제공과 관련한 사실이 확인되지 아니하거나 청소용역과 소독용역이 구분되지 아니한다는 이유로 심판청구를 기각한 사례(국심 2005부104 2005.11.26, 국심 2005서2278 2006.2.9)가 나타나고 있는 바, 청소용역이 면세대상인 소독용역에 포함된 것은 오랜 관행이라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

(6) 한편, 사업자가 제공하는 용역 중 전염병예방법상 소독용역인지 여부 및 그 비율은 용역계약서, 견적서 및 인건비 지급명세 등을 감안하여 종합적으로 판단할 사항인데, 위행관리용역계약서에 의하면 청구법인이 제공하는 용역은 위생관리, 청결, 광택, 소독 등이 혼재되어 있고, 청소용역에 관하여는 시방서에 의하여 그 내용이 자세하게 기재되어 있는데 비하여 소독용역은 그 내용 ․ 방법이 확인되지 않는 바, 청구법인이 제공하는 용역은 주로 청소용역으로 보이고, 전염병예방법 소정의 소독이 독자적 의미가 있는 것으로는 보여 지지 아니한다(청구법인은 청소와 소독을 30: 70으로 주장하나, 이를 확인할 구체적인 증빙이 없음).

(7) 따라서, 처분청이 당초 청구법인이 교부한 세금계산서 공급가액 전액을 과세대상 용역으로 보아 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.