신의성실원칙 위배 여부

심판청구번호 국심 2006서0107(2006. 7. 28.)

심판청구를 기각합니다.

1998년 1월 ○○○주식회사로부터 분사하여 설립된 청구법인은 분사시 인수받은 퇴직급여추계액 13,127,917,372원의 100분의 40을 초과하는 7,876,750,423원을 구법인세법기본통칙 2-6-3…13 제3항에 의해 별도관리하면서 퇴직급여충당금 손금산입한도액 계산시 퇴직급여충당금누적액에 포함시키지 않아 왔으나, 처분청은 법인세법기본통칙이 2001.11.1. 개정되어 청구법인의 계산근거조항인 구법인세법기본통칙 2-6-3…13 제3항이 삭제되었으므로 개정통칙이 적용되는 2001사업연도부터 2004사업연도까지 퇴직급여충당금 손금산입한도액을 재계산하여 2005.8.18. 청구법인에게 2001사업연도 법인세 872,685,180원, 2002사업연도 법인세 676,326,250원, 2003사업연도 법인세 146,486,390원, 2004사업연도 법인세 49,243,010원, 합계 1,744,740,830원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.10.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 구법인세법기본통칙 2-6-3…13 제3항을 삭제하면서 별도의 경과규정을 두지 않았으므로 동 조항은 개정 통칙 시행 전에 분할된 이 건의 경우에는 계속적용되어야 하고 그렇지 않으면 이는 국세기본법 제15조 신의성실원칙에 위배되고 소급과세금지원칙에 저촉된다.
• 나. 처분청 의견 근거규정이 삭제되었으므로 별도관리되던 퇴직급여충당금도 퇴직급여충당금누적액에 포함시켜 퇴직급여충당금 손금산입한도액을 계산하는 것이 타당하며, 이 건 과세처분이 신의성실원칙이나 소급과세금지원칙에 저촉되는 바가 없다.

• 가. 쟁 점 분할법인이 인수받은 퇴직급여충당금 중 손금부인액을 손금산입한도액 계산시 법인세법기본통칙에 의거 충당금 누적액에서 제외해왔는데 처분청이 2001.11.1. 법인세법기본통칙 개정을 이유로 일시에 충당금누적액에 포함시켜 과세한 것이

(1) 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부

(2) 법인세법기본통칙 개정규정은 개정일 이후 퇴직급여충당금 인수액부터 적용해야 하고 이 건에 적용하는 것은 부당한 것인지

(3) 소급과세금지원칙에 위배되는지 여부

• 나. 관련법령

(1) 1997사업연도 적용 법령 구 법인세법 제13조 【퇴직급여충당금의 손금산입】 ① 내국법인이 임원 또는 사용인의 퇴직급여에 충당하기 위하여 퇴직급여충당금을 손금으로 계상한 때에는 대통령령이 정하는 금액의 범위안에서 이를 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입한다. (1993. 12. 31 개정)

③ 제1항의 규정의 적용을 받고자 하는 내국법인은 제26조의 규정에 의한 신고서에 퇴직급여충당금계정에 계상한 금액의 명세서를 첨부하여야 한다. (1979. 12. 28 개정)

④ 퇴직급여충당금계정이 있는 내국법인이 합병으로 인하여 소멸한 경우에 그 소멸한 법인의 합병일에 있어서의 당해 퇴직급여충당금계정의 금액으로서 합병후 존속하는 법인 또는 합병으로 인하여 설립된 법인에 인계한 금액은 그 존속하거나 설립된 법인이 합병일에 가지고 있는 퇴직급여충당금계정의 금액으로 본다. (1979. 12. 28 개정)

⑤ 제4항의 규정은 사업자가 그 사업을 내국법인에 포괄적으로 양도하는 경우에 준용한다. (1978. 12. 5 신설) ※ 참고: 구법인세법기본통칙 2-6-3…13 【사업양도양수 등에 의한 종업원 인수인계시의 퇴직급여충당금 등의 처리】 ① 법인이 다음 각호의 사유로 다른 법인 또는 사업자로부터 종업원을 인수하면서 인수시점에 전 사업자가 지급하여야 할 퇴직급여상당액 전액을 인수(단체퇴직보험계약의 인수를 포함한다)하고 당해 종업원에 대한 퇴직금지급시 전 사업자에 근무한 기간을 통산하여 당해 법인의 퇴직금지급규정에 따라 지급하기로 약정한 경우에는 당해 종업원에 대한 퇴직금과 영 제18조 제3항의 퇴직급여추계액은 전 사업자에 근무한 기간을 통산하여 계산할 수 있다. (1997. 4. 1 개정)

1. 다른 법인 또는 개인사업자로부터 사업을 인수(수개의 사업장 또는 사업 중 하나의 사업장 또는 사업을 인수하는 경우를 포함한다)한 때 (1997. 4. 1 개정)

2. 법인의 합병 (1997. 4. 1 개정)

3. 규칙 제13조 제4항 단서의 직간접출자관계법인간의 전출입 (1997. 4. 1 개정)

② 인수당시에 퇴직급여상당액을 전 사업자로부터 인수하지 아니하거나 부족하게 인수하고 전사업자에 근무한 기간을 통산하여 퇴직금을 지급하기로 한 경우에는 인수하지 아니하였거나 부족하게 인수한 금액은 당해 법인에 지급의무가 없는 부채의 인수액으로 보아 종업원별 퇴직급여상당액명세서를 작성하고 인수일이 속하는 사업연도의 각 사업연도 소득금액 계산상 그 금액을 손금산입 유보처분함과 동시 동액을 손금불산입하고 영 제94조의 2의 규정에 따라 전사업자에게 소득처분한 후, 인수한 종업원에 대한 퇴직금 지급일이 속하는 사업연도에 당해 종업원에 귀속되는 금액을 손금불산입 유보처분한다. 다만, 제1항 제3호의 경우에는 규칙 제13조 제6항의 규정에 의한다. (1997. 4. 1 개정)

③ 종업원을 인수한 법인이 제1항의 퇴직급여 인수금액중 인수당시의 퇴직급여추계액상당액의 100분의 50을 초과하는 금액을 종업원별로 별도관리하고 당해 종업원 퇴직시에 지급할 퇴직금에 충당하는 경우에는 동 금액은 영 제18조 제3항의 퇴직급여충당금누적액에 포함하지 아니한다. (1997. 4. 1 개정)

④ 법인이 종업원을 다른 사업자에게 인계함으로써 당해 종업원과 실질적으로 고용관계가 소멸되는 경우에 인수하는 사업자에게 지급한 종업원 인계시점의 퇴직급여상당액은 법 제13조 및 영 제18조의 규정에 불구하고 퇴직급여충당금과 상계하고 부족액은 각 사업연도소득금액 계산상 손금에 산입한다. (1997. 4. 1 개정)

(2) 1998～1999 사업연도 적용법령 법인세법 제49조 【합병 및 분할시의 자산부채의 승계 등】 내국법인이 합병 또는 분할하는 경우 이 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 피합병법인분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인(이하 ࡒ피합병법인등ࡓ이라 한다)의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액 등의 처리 및 그 금액 기타 자산부채의 합병법인 등에의 승계 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28 신설) 법인세법 부칙 (1998. 12. 28 법률 제5581호) 제1조 【시행일】 이 법은 1999년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제8조, 제16조, 제17조, 제33조, 제34조, 제36조, 제46조 내지 제49조, 제59조, 제63조, 제79조, 제81조, 제84조, 제86조 및 제99조 제11항의 개정규정(분할에 관한 부분에 한한다) 및 제29조 제1항의 개정규정은 공포한 날부터, 제28조 제2항 내지 제4항 및 제76조 제5항의 개정규정은 2000년 1월 1일부터, 제76조 제9항 제1호 및 제121조 제2항의 개정규정은 1999년 7월 1일부터 시행한다. 법인세법시행령 제85조 【합병 및 분할시의 자산부채의 승계 등】 ② 내국법인이 분할하는 경우 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 분할법인(소멸한 분할합병의 상대방법인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액은 다음 각호에 의한다. (1998. 12. 31 개정)

3. 감가상각, 법 제42조의 규정에 의한 평가 기타 세무조정과 관련하여 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 분할신설법인에게 승계되지 아니한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금액을 제외한다. (1998. 12. 31 개정) 법인세법시행규칙 제42조 【합병 및 분할시의 자산부채의 승계】 영 제85조 제1항 제3호 단서 및 동조 제2항 제3호 단서에서 ࡒ재정경제부령이 정하는 금액ࡓ이라 함은 이연자산의 가액중 손금에 산입하지 아니한 금액을 말한다. 다만, 피합병법인분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우에는 그러하지 아니하다. (1999. 5. 24 신설)

(3) 2000사업연도 적용법령 ※ 법인세법 제49조 변화 없음 법인세법시행령 제85조 【합병 및 분할시의 자산부채의 승계 등】 ② 내국법인이 분할하는 경우 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 분할법인(소멸한 분할합병의 상대방법인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액은 다음 각호에 의한다. (1998. 12. 31 개정)

3. 감가상각, 법 제42조의 규정에 의한 평가 기타 세무조정과 관련하여 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 분할신설법인에게 승계되지 아니한다. 다만, 기업회계기준에 의한 퇴직급여충당금의 적립 및 동기준에 의한 유가증권의 평가와 관련하여 익금에 산입하지 아니하거나 손금에 산입하지 아니한 금액 기타 재정경제부령이 정하는 금액을 제외한다. (2000. 12. 29 단서개정) 시행령 부칙 제1조 【시행일】 이 영은 2001년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제29조의 2제53조 제4항제61조 제2항제62조 제1항제63조 제1항 및 제3항 제2호제82조 제3항 제2호제85조 제1항 제3호 및 제2항 제3호제86조 제4항제138조의 2의 개정규정은 공포한 날부터, 제112조 제1항제113조 및 제114조제131조의 2제136조의 2제138조의 3의 개정규정은 2001년 7월 1일부터, 제54조 제3항 및 제4항의 개정규정은 2002년 1월 1일부터, 제162조의 2의 개정규정은 2002년 7월 1일부터 각각 시행한다. (2001. 12. 31 단서개정) 시행령 부칙 제8조 【분할평가차익상당액의 손금산입 등에 관한 적용례】 제82조 제3항 제2호 단서, 제85조 제1항 제3호 단서 및 제2항 제3호 단서의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 사업연도에 합병하거나 분할하는 분부터 적용한다. ※ 참고: 구법인세법기본통칙 2-6-3…13은 2000사업연도까지 지속됨

(4) 2001사업연도 이후 적용법률 ※ 법인세법 제49조 변화 없음 법인세법시행령 제85조 【합병 및 분할시의 자산부채의 승계 등】 ② 내국법인이 분할하는 경우 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 분할법인(소멸한 분할합병의 상대방법인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액은 다음 각호에 의한다. (1998. 12. 31 개정)

3. 감가상각, 법 제42조의 규정에 의한 평가 그밖에 세무조정과 관련하여 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 분할신설법인에게 승계되지 아니한다. 다만, 다음 각목의 규정에 의한 금액은 분할신설법인이 이를 승계할 수 있다. (2001. 12. 31 개정)

• 가. 기업회계기준에 의한 퇴직급여충당금의 적립, 대손충당금의 적립 및 유가증권의 평가와 관련하여 익금에 산입하지 아니하거나 손금에 산입하지 아니한 금액 (2001. 12. 31 개정) ※ 참고: 법인세법기본통칙 33-60…2 【사업양도양수 등에 의한 종업원 인수인계시의 퇴직급여충당금의 처리】 ① 법인이 다음 각호의 사유로 다른 법인 또는 사업자로부터 종업원을 인수하면서 인수시점에 전사업자가 지급하여야 할 퇴직급여상당액 전액을 인수(퇴직보험 등에 관한 계약의 인수를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하고 당해 종업원에 대한 퇴직금 지급시 전사업자에 근무한 기간을 통산하여 당해 법인의 퇴직금지급규정에 따라 지급하기로 약정한 경우에는 당해 종업원에 대한 퇴직금과 영 제60조 제2항의 퇴직급여추계액은 전사업자에 근무한 기간을 통산하여 계산할 수 있다. (2001. 11. 1 개정)

1. 다른 법인 또는 개인사업자로부터 사업을 인수(수개의 사업장 또는 사업 중 하나의 사업장 또는 사업을 인수하는 경우를 포함한다)한 때

3. 규칙 제22조 제1항의 직간접출자관계 법인간의 전출입

② 인수당시에 퇴직급여상당액을 전사업자로부터 인수하지 아니하거나 부족하게 인수하고 전사업자에 근무한 기간을 통산하여 퇴직금을 지급하기로 한 경우에는 인수하지 아니하였거나 부족하게 인수한 금액은 당해 법인에 지급의무가 없는 부채의 인수액으로 보아 종업원별 퇴직급여상당액명세서를 작성하고 인수일이 속하는 사업연도의 각 사업연도 소득금액 계산상 그 금액을 손금산입 유보처분함과 동시 동액을 손금불산입하고 영 제106조의 규정에 따라 전사업자에게 소득처분한 후, 인수한 종업원에 대한 퇴직금지급일이 속하는 사업연도에 당해 종업원에 귀속되는 금액을 손금불산입 유보처분한다. 다만, 제1항 제3호의 경우에는 규칙 제22조 제1항의 규정에 의한다. (2001. 11. 1 개정)

③ 법인이 제1항 제1호에 해당하는 사유로 종업원을 다른 사업자에게 인계함으로써 당해 종업원과 실질적으로 고용관계가 소멸되는 경우에 인수하는 사업자에게 지급한 종업원 인계시점의 퇴직급여상당액은 퇴직급여충당금과 상계하고 부족액은 각 사업연도 소득금액 계산상 손금에 산입한다. (2001. 11. 1 개정) 법인세법기본통칙 부칙 (2001. 11. 1)

1. 【시행일】 이 통칙은 2001 년 11월 1일부터 시행한다.

2. 【적용례】 ① 이 통칙은 시행일 이후 최초로 신고하는 사업연도부터 적용한다. 다만, 이 통칙 시행일 이전에 이 통칙과 관련된 법영규칙이 개정되었거나 새로운 예규가 제정되어 이미 시행되고 있는 규정은 그 법영규칙 또는 예규의 적용례에 의한다.

② 이 통칙 시행일 이전에 신고결정된 법인세 또는 소득세는 이 통칙을 이유로 경정할 수 없다.

3. 【종전의 예규와의 관계】 이 통칙 시행일 이전의 예규가 이 통칙과 상치되는 경우에는 이 통칙에 의한다.

4. 【적용특례】

③ 종전의 2-6-3…13 제3항의 규정에 의하여 종업원 별로 별도 관리하던 퇴직급여추계액 상당액은 종업원을 인수한 법인이 이 통칙 시행일이 속하는 사업연도에 가지고 있는 퇴직급여충당금으로 보아 법 제33조 및 영 제60조의 규정을 적용한다.

(5) 국세기본법 제15조 【신의성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

• 다. 사실관계 및 판단

○○○ 주식회사로부터 분사한 청구법인이 2000사업연도에 퇴직급여추계액 13,127,917,372원을 ○○○ 주식회사로부터 승계받았고, 승계받은 퇴직급여추계액의 100분의 40을 초과하는 7,876,750,423원을 구법인세법기본통칙 2-6-3…13 제3항에 의해 별도관리하면서 퇴직급여충당금 손금산입한도액 계산시 퇴직급여충당금누적액에 포함시키지 않았다는 사실에 대해선 다툼이 없다. 구법인세법과 동 시행령에 의하면 분할시 퇴직급여충당금 손금부인액의 승계가 인정되지 않았는데, 1997.4.1. 개정된 구 법인세법 기본통칙 2-6-3…13 제3항이 부인액 상당액을 퇴직급여충당금 손금산입한도액 계산시 퇴직급여충당금누적액에 포함시키지 않도록 하여 부인액의 승계를 인정하지 않는 법령의 문제점을 보완하고 있었음이 확인된다. 그 후 2000.12.29. 법인세법시행령 제85조 가 개정되어 2000.12.29.이 속하는 사업연도에 분할하는 분부터 퇴직급여충당금 손금부인액을 분할신설법인이 승계하도록 하면서 구법인세법기본통칙 2-6-3…13 제3항을 삭제하였음이 확인된다.

(1) 쟁점1: 이 건 처분이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부 청구법인은 법인세법기본통칙 개정시 적절한 경과규정이나 보완대책 없이 갑자기 시행함에 따라 구법인세법기본통칙을 신뢰하고 적용하던 청구법인에게 불이익을 초래하였으므로 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하나, 국세기본법 제15조 에 규정된 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것인데○○○ 이 건의 경우 처분청은 종전 법인세법기본통칙에 의거 별도관리되던 청구법인의 퇴직급여충당금 손금부인액을 개정된 법인세법기본통칙 및 부칙의 규정에 의거 개정일이 속하는 사업연도의 퇴직급여충당금누적액에 포함시킨 것이므로 과세관청이 공적인 견해표명에 반하는 처분을 한 사실을 찾아볼 수 없다. 따라서 이 건 처분이 신의성실의 원칙에 위배된다는 청구주장은 타당하지 않은 것으로 판단된다.

(2) 쟁점2: 법인세법기본통칙 개정규정은 개정일(2001.11.1) 이후 퇴직급여충당금 인수액부터 적용해야 하고 이 건에 적용하는 것은 부당한 것인지 청구법인은 구 법인세법기본통칙 2-6-3…13 제3항은 법인세법시행령 제85조 제1항 의 개정(2001.12.31)으로 통칙내용이 법령에 반영되면서 삭제된 것이므로 동 기본통칙의 개정부분은 동시행령의 경과규정과 동일하게 2001.11.1이 속하는 사업연도에 사업을 양수도 하면서 발생된 분부터 적용하든지, 아니면 2001.11.1 이후 발생된 분부터 적용하는 것이 법령 개정의 취지를 반영하는 것이고, 개정된 기본통칙에 의하는 경우 2001.11.1일이 속하는 사업연도부터 승계받은 퇴직급여충당금을 청구법인의 퇴직급여충당금에 합산하여 세무조정하도록 하는 경우 2001사업연도에 손금산입금액이 급격히 줄어들거나 전혀 없게 되는 문제가 발생하며, 이러한 문제점을 해소하기 위해서는 종업원퇴직보험에 가입하여 퇴직보험료를 납부하여야 하나 자금사정이 어려운 청구법인과 같은 업체는 일시에 많은 금액을 예치한다는 것은 사실상 불가능하게 되는 문제가 있다고 주장하나, 퇴직급여충당금 부인액의 승계는 법인세법시행령 제85조 가 2000.12.29일 개정되어 2000.12.29일이 속한 사업연도에 합병․분할하는 분부터 승계 가능하므로 청구법인의 주장은 사실과 다르며, 별도관리하던 퇴직급여충당금을 2001.11.1이 속하는 사업연도의 퇴직급여충당금누적액으로 보게 될 경우 퇴직급여충당금 손금산입한도액이 급격히 줄어드는 문제가 발생할 수 있으나, 한도초과분은 종업원퇴직보험에 가입하면 추가로 손금으로 인정받을 수 있으므로 개정된 법인세법기본통칙에 의한 이 건 과세처분에 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 쟁점3: 소급과세금지원칙에 위배되는지 여부 청구법인은 각 사업연도의 퇴직급여충당금 전입액의 손금한도액은 전년도말의 퇴직급여충당금 한도액과 직접적인 관련성을 가지고 있으므로 2001.11.1 통칙을 개정하면서 2001.11.1이 속하는 사업연도부터 적용한다는 적용특례는 결국 전년도말의 세무상퇴직급여충당금보다 기초퇴직급여충당금이 많게 계산되기 때문에 2001년도 퇴직급여충당금 전입한도액이 현저히 감소되므로 개정 통칙의 효과는 소급과세와 동일한 결과가 발생한다고 주장하나, 소급과세금지의 원칙은 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있은 경우, 그 효력발생 전에 종결한 과세요건사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아닌 바○○○ 이 건의 경우 구 법인세법기본통칙 2-6-3…13 제3항에 의거 별도관리되던 청구법인의 퇴직급여충당금 손금부인액을 2001.11.1일 개정된 법인세법 기본통칙 33-60…2의 부칙에 의해 개정통칙 시행일(2001.11.1)이 속하는 사업연도 퇴직급여충당금누적액에 포함시킨 것이므로 소급과세금지의 원칙을 위반한 것은 아니라고 판단된다. 위 내용을 종합하면 2001.11.1. 개정된 법인세법기본통칙에 따라 퇴직급여충당금 손금산입한도액을 재계산하여 과세한 이 건 처분에 잘못이 없다고 판단된다.

이 사건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.