조사유형 전환기간 중 가공매입금액을 회수하고 법인세 등 수정신고를 한 것이 ‘경정이 있을 것을 알고’한 수정신고인지 여부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 거래처인 ○○시 ○○구 ○○동 소재 청구 외 ○○산업(000-11-44343)이○○으로부터 2003년 제2기 중에 생수 말 통의 포장시설기계를 매입하고 공급대가 418,000천원의 매입세금계산서를 수취하여 2003년 제2기 부가가치세 신고 시 매입세액을 공제하고, 2003사업연도 법인세 신고 시 손금에 산입하였다. 처분청은 청구법인에 대하여 2005.9.21~2005.10.5 사이에 “자료상혐의자 거래처 현지 확인 조사” 후 가공 혐의금액이 크고 법인통장 등에 대한 금융조회가 필요하여 2005.11.16~2005.12.6까지 “음성탈루조사”로 전환하여 조사 결과 위 매입금액 중 338,000천원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 가공매입으로 확정하였다. 청구법인은 처분청의 음성탈루조사 이전인 2005.10.24 쟁점금액 중 250,000천원을 회수하여 법인명의의 통장에 입금하고 2005.10.26 부가가치세 및 법인세를 수정신고하면서 익금에 산입한 250,000천원을 유보로 소득처분 하였다. 처분청은 청구법인의 2006.10.26자 수정신고는 현지 확인 조사(2005.9.21~2005.10.5)가 있은 후에 한 수정신고로 이는 세무조사가 있을 것을 미리 알고한 행위로 보아 쟁점금액 중 당초 수정신고 시 인정상여로 신고한 금액을 제외한 336,175,811원을 대표이사에게 상여처분 하여 2006.1.27 소득금액변동통지를 하였으나, 청구법인이 원천징수를 불이행하자 2006.9.8 청구법인에게 2003년도 분 원천세 110,332,720원을 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.10.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2005.11.16 음성탈루 조사가 착수되기 전에 쟁점금액 중 부당사외유출 250,000천원을 2005.10.24 회수하고 사내유보로 소득처분 하는 수정신고를 하였으므로 유보로 처분한 사항이 경정이 있을 것을 미리 알고한 행위로 보아 대표이사에게 상여처분한 후 갑종근로소득세를 고지한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구 외 ○○산업 이○○에 대한 ○○○세무서의 자료상 조사와 관련하여 처분청에서 2005.9.21~2005.10.5 사이에 “자료상 혐의자 거래처 현지 확인”을 한 후 청구법인이 쟁점금액 중 250,000천원을 2005.10.24 회수하고 유보로 소득처분 한 수정신고는 “경정이 있을 것을 미리 알고”에 해당하므로 법인세법시행령 제106조 제4항 단서의 규정에 의거 유보로 소득처분 한 내용을 부인하고 청구법인이 회수한 250,000천원을 포함하여 쟁점금액 전체를 대표자에게 상여처분하고 무 납부에 따라 이건 원천세를 결정고지 한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 처분청이 청구법인을 자료상 혐의자 거래처 현지 확인 조사를 하여 탈루혐의 금액이 커서 “음성탈루 조사”로 전환하는 도중 청구법인이 가공매입금액을 회수하고 부가가치세 및 법인세 수정신고를 한 것에 대하여 ‘경정이 있을 것을 알고’ 한 수정신고로 보아 가공매입액에 대하여 대표이사의 상여로 소득 처분한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제45조 【수정신고】① 과세표준 신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출 할 수 있다.

1. 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때

2. 과세표준 신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 때

3. 제1호 및 제2호외에 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 불완전한 신고를 한 때(제45조의 2의 규정에 의하여 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우를 제외한다) (2) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방 국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 (3) 법인세법 제67조 【소득세법】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여 ․ 배당 ․ 기타 사외유출 ․ 사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. (4) 법인세법시행령 제106조 【소득처분】④ 내국법인이 국세기본법제45조의 수정신고기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출 된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출 된 금액을 익금 산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(5) 법인세법시행령부칙 (2005.2.19, 대통령령 제18706호) 제1조【시행일】이 영은 공포한 날부터 시행한다. 제7조 【소득처분에 관한 적용례】제106조 제4항의 개정규정은 이 영 시행 후 수정신고 하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 처분청의 2005.9.21. 청구법인에 대한 “자료상혐의자 현지 확인 조사”에 착수 후 2005.11.16 “음성탈루조사”가 이루어지기 이전인 2005.10.24 쟁점금액 중 250,000천원을 회수하여 청구법인의 예금계좌(○○은행 광교지점, ○○○○○○-○○-○○○○○○)에 입금한 후 2005.10.26 회수한 금액을 익금 산입하여 유보로 소득처분 하여 수정신고 한 사실이 확인된다. (2) 법인세법시행령 제106조 제4항 에서 국세기본법 제45조 의 수정신고 기한 내에 매출누락 등 부당하게 사외유출 된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우 소득처분은 사내유보로 하는 것이나 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출 된 금액을 익금 산입하는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있음을 알 수 있고, 과세자료 소명안내문을 받고 한 수정신고의 경우에는 경정이 있을 것을 미리 안 경우에 해당하는 것(재정경제부 법인세제과-376, 2005.10.31같은 뜻)인 바, 처분청이 청구법인에 대한 자료상혐의자 현지 확인 조사를 실시한 2005.9.21 이후에 청구법인이 쟁점금액 중 250,000천원을 회수하여 세무조정으로 익금 산입하였으므로 이는 경정이 있을 것을 미리 안 경우에 해당되므로 처분청이 청구법인이 회수한 금액을 포함하여 336,175,811원을 대표이사에게 상여처분 하여 청구법인에게 소득금액변동통지하고 원천징수불이행에 대하여 청구법인에게 이건 원천세를 결정 고지한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.