자진하여 수정신고한 경우에 조세특례제한법 제122조의 2 규정에 의한 성실신고감면 과세특례를 배제하여 감면세액을 추징한 처분의 당부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 2004.8.2부터 ○○○도 ○○시 ○○동 67-4번지에서 지적측량업을 영위하는 법인으로, 2005년 2기 부가가치세를 신고하면서 조세특례제한법 제122조 의 2(성실신고사업자에 대한 소득세 등 과세특례) 규정에 의해 부가가치세 89,028,120원을 감면받았다. 감면신청 후 청구법인은 2005.12.29자 매출세금계산서 1매 공급가액 247,256,000원을 신고하지 않은 사실을 확인하고 2006.4.14. 자진하여 감면세액 7,912,192원을 적용하여 매출누락분을 처분청에 수정신고하였다. 처분청은 성실신고 세액감면 추징사유인 경정과표 20%를 초과한 것으로 보아 청구법인의 당초 감면세액을 포함한 16,840,312원(이하 “쟁점세액”이라 함)을 감면배제하여 2006.8.3 청구법인에게 2005년 2기 부가가치세 17,668,080원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.8.3 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인 직원의 무지로 매출세금계산서 1매를 신고누락한 사실이 발견되어 즉시 수정신고하였고, 청구법인의 주계약자는 주로 국가 등 공공기관으로 고의성이 있다고 볼 수 없는 바, 청구법인 직원의 어려운 사정을 고려하여 쟁점세액을 감면함이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 관련 법령 및 예규(재소비-289, 2006.3.23)에 의하면, 납세자의 수정신고 여부에 불구하고, 과소신고된 과세표준이 경정된 과세표준의 20%이상인 경우 추징사유에 해당하므로, 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 자진하여 수정신고한 경우에 조세특례제한법 제122조 의 2 규정에 의한 성실신고감면 과세특례를 배제하여 감면세액을 추징한 처분의 당부
• 나. 관련법령 조세특례제한법 제122조 의 2 【성실신고 사업자에 대한 소득세 등의 과세특례】

① 다음 각호의 요건을 갖춘 사업자(당해 과세연도에 신규로 사업을 개시한 사업자의 경우에는 제1호 ․ 제4호 가목 및 제5호의 요건을 갖춘 사업자를 말한다)가 2007년 12월 31일이 속하는 과세연도 또는 부가가치세법 제3조 의 규정에 의한 과세기간(이하 이 조에서 “과세연도등”이라 한다)까지 발생한 소득세 ․ 법인세의 과세표준신고 또는 부가가치세의 확정신고를 하는 경우에는 제2항 내지 제8항의 규정에 따라 과세특례를 적용받을 수 있다. 이 경우 부가가치세에 대하여는 제3호 및 제5호를 적용하지 아니한다.

1. 직전 과세연도(신규로 사업을 개시한 사업자의 경우에는 당해 과세연도) 업종별 수입금액(법인세법 제43조 의 규정에 의한 기업회계기준에 의하여 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 대통령령이 정하는 금액 미만일 것

2. 당해 과세연도등의 수입금액 또는 부가가치세법 제13조 및 동법 제26조의 규정에 의한 과세표준(이하 이 조에서 “과세표준” 이라 한다)을 직전 과세연도 등의 수입금액 또는 과세표준보다 100분의 30을 초과하여 신고할 것. 다만, 사업장의 이전 또는 업종의 변경 등 대통령령이 정하는 사유에 의하여 수입금액 또는 과세표준이 증가하는 경우를 제외한다.

4. 수입금액 또는 과세표준을 신고함에 있어서 다음 각목의 1에 해당할 것

• 가. 업종과 규모를 고려하여 대통령령이 정하는 사업자의 경우에는 당해 과세연도등의 신용카드 및 그 밖에 대통령령으로 정한 방식에 의한 수입금액 합계액 또는 과세표준 합계액(이하 이 목에서 “수입금액 등 합계액” 이라 한다)의 직전 과세연도등의 수입금액 등 합계액에 대한 증가율이 업종별 특성을 고려하여 국세청장이 정하여 고시하는 증가율을 초과할 것
• 나. 가목외의 사업자의 경우에는 당해 과세연도등의 수입금액 또는 과세표준중 세금계산서 또는 계산서 교부분이 직전 과세연도등의 교부분보다 증가하고, 당해 과세연도등의 개시일부터 소급하여 1년 이내에 세금계산서 미교부 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세 ․ 소득세 또는 법인세를 결정 또는 경정받은 사실이 없을 것

③ 제1항의 요건을 갖춘 사업자는 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 부가가치세 확정신고시 과세기간의 부가가치세 납부세액에서 공제한다. 이 경우 경감대상과세표준은 직전 과세기간의 과세표준에 국세청장이 정하여 고시하는 업종별 과세표준 신장율을 곱하여 계산한 금액을 당해 과세기간에 신고한 과세표준에서 차감한 금액으로 하되, 신규사업자의 경우에는 당해 과세기간의 과세표준에 국세청장이 정하여 고시하는 일정율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 다만, 각 과세기간의 공제세액이 당해 공제새액을 차감하기 전 각 과세기간의 납부할 세액[이 법 및 부가가치세법에 의하여 공제 또는 가산할 세액(부가가치세법 제22조 의 규정에 의한 가산세를 제외한다)을 공제하거나 가산하여 계산한 세액을 말한다]을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분은 이를 없는 것으로 본다. 세액공제금액 = 당해 과세기간의 경감대상과세표준 × 대통령령이 정하는 업종별 부가가치율 × 1/10 × 과세기간별 경감율(당해 과세기간을 포함하여 최초 2 과세기간의 경우에는 100분의 100, 그 다음 2 과세기간의 경우에는 100분의50)

⑧ 제2항 내지 제4항의 규정을 적용받은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 경감받거나 공제받은 세액을 전액 추징한다.

1. 당해 과세연도등에 대한 과소신고한 수입금액 또는 과세표준이 경정된 수입금액 또는 과세표준의 100분의 20 이상인 경우

2. 당해 과세연도에 대한 소득금액 계산시 과다계상한 손금이 경정된 손금의 100분의 20 이상인 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 매출처별세금계산서합계표 및 2005.12.29자 세금계산서, 부가가치세 수정신고서에 의하면, 청구법인은 2005년 10월부터 2005년 12월까지의 부가가치세 과세표준을 신고하면서 매출처별세금계산서합계표에 2005.12.29자 공급가액 247,256천원, 공급처 ○○○○공사 ○○지역본부에 대한 매출분을 누락하여, 2005년 10월부터 12월분 부가가치세 과세표준을 99,713천원으로 신고하였으나, 이후 청구법인은 매출액누락을 확인하고 2006.4.14 과세표준에 247,256천원을 추가하여 수정신고한 사실이 확인된다.

(2) 처분청의 과세전적부심사결정문에 의하면, 처분청은 과세표준이 경정된 비율이 71.26% [247,256천원 ÷ (99,713천원 + 247,256천원)]에 이르러 조세특례제한법상 감면세액의 추징사유에 해당한다고 판단한 사실이 확인되나, 처분청의 부가가치세 경정결의서 등에 의하면, 청구법인이 당초 신고한 2005년 2기의 과세표준은 위 99,713천원을 포함한 290,659천원임이 확인되는 바, 경정비율을 산정할 때에는 부가가치세 과세기간을 통산하여 산정해야 할 것이므로, 71.26%가 아닌 45.9% [247,256천원 ÷ (290,659천원 + 247,256천원)]로 보아야 할 것이다.

(3) 청구법인은 신고누락한 매출세금계산서 1매를 발견 즉시 수정신고하였음에도 처분청이 과세특례 규정을 적용배제한 것은 부당하다고 주장하므로, 이를 살펴보기로 한다. (가) 조세특례제한법 제122조 의 2 규정에 의하면, 직전 과세연도의 수입금액이 일정금액 이하이고, 직전 과세연도보다 수입금액 또는 과세표준을 30%이상 신고하며, 세금계산서 미교부 등의 사유로 과세당국으로부터 결정 또는 경정받은 사실이 없을 것 등의 요건을 갖춘 성실신고 사업자에 대하여 세액을 감면하는 과세특례를 인정하되, 과소신고한 수입금액 또는 과세표준이 ‘경정된 금액’의 20%를 초과하는 경우 경감받거나 공제받은 세액을 전액 추징하도록 규정되어 있어, 성실신고자 조세특례는 여러 가지 요건을 충족하는 경우에 한하여 예외적 ․ 제한적으로 운용되는 것으로 보여진다. (나) 한편, 부가가치세는 신고납세의무를 채택하고 있어 사업자의 신고납부에 의하여 조세의무가 확정(수정신고와 경정은 이미 신고한 내용을 보충적으로 확정짓는 것임)되는 것이므로, 이를 ‘성실’신고자 과세특례 제도와 종합하면, 조세감면은 최초 신고내용의 정확성 ․ 신뢰성을 근거로 인정되는 것으로 보아야 할 것이고, 그렇다면 감면세액 추징사유 중 ‘경정된 금액’이란, 반드시 처분청에 의하여 과세표준이 경정된 경우만을 지칭하는 것이 아니라, 수정신고로 인하여 과세표준이 증가하게 된 경우도 포함한다고 보아야 할 것이다.

(4) 따라서, 처분청이 청구법인의 과세표준 경정비율이 20%를 초과한다는 이유로 조세특례제한법상 성실신고 사업자에 대한 과세특례를 적용하지 아니한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.