소급하여 작성된 세금계산서의 매입세액 공제 여부

○○세무서장이 2006.8.4. 청구인에게 한 2005년도 1기분 부가가치세 39,703,880원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 52-12 소재 대지 273.7㎡와 근린생활시설 및 주택 962.07㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)의 잔금지급일을 2005.6.30.로 하여 매매계약을 체결(2005.7.1. 소유권이전등기)하고 2005.7.8. 부동산임대업자로 사업자등록을 한 후 양도인으로부터 매입세금계산서(건물분 327,699천원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 2005.7.25. 처분청에 이를 공제하는 매입세액으로 하여 부가가치세를 신고한 후 당해 매입세액을 환급받았다.
• 나. ○○지방국세청장은 처분청에 대한 감사를 실시하여 쟁점세금계산서가 부가가치세법 제17조 제2항 에 규정한 “필요적 기재사항”을 사실과 다르게 기재한 세금계산서에 해당하므로 당해 매입세액을 매출세액에서 불공제하여야 한다고 과세자료를 통보함에 따라 처분청은 2006.8.4. 청구인에게 2005년 1기 부가가치세 39,703,880원을 결정고지 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2006.8.28. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 쟁점세금계산서의 작성일이 2005.6.30.임에도 공급받는 자의 등록번호란에 사업자등록번호가 기재된 사실로 보아 청구인이 쟁점세금계산서를 소급작성(청구인은 2005.7.8. 사업자등록번호를 교부받음)한 사실과 다른 세금계산서라 하여 이 건 부가가치세를 부과하였는 바, 이는 쟁점세금계산서를 작성한 양도인이 등록번호란에 청구인의 주민등록번호를 기재하지 아니하고 사업자등록번호를 기재한 단순한 실수에 불과한 것이고, 청구인은 선의의 거래당사자로서 과실이 없으며 양도자의 비협조로 인하여 부가가치세 수정신고도 불가능한 사정이다. 부가가치세법시행령 제54조 제3호 의 규정에 의하면 당해 월의 말일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 세금계산서를 교부할 수 있다. 이 건의 경우 잔금청산일이 2005.6.30.로서 청구인의 사업자등록신청과 교부가 2005.7.8.이며, 쟁점세금계산서는 2005.7.8. 공급일자를 2004.6.30.로 소급하여 발행되어진 것으로 위 법령에 의하면 2005.7.10.까지 세금계산서가 발행 및 교부된다면 전혀 문제가 없는 것이다. 또한 공급자와 공급받는 자가 신고기한(2005.7.25.)내에 자진신고 ․ 납부를 하는 등 조세포탈의 의도가 없었음에도 처분청이 쟁점세금계산서를 거래 당일자로 작성 ․ 교부받지 아니하고 사후 소급작성하여 교부받은 것이라 하여 매입세액을 불공제함은 과세편의주의적인 발상이며 납세자의 이익을 과도하게 침해한 부당한 처분이다.
• 나. 처분청 의견 쟁점부동산에 대한 재화의 공급시기는 2005.6.30.임에도 쟁점세금계산서는 공급받는 자의 등록번호 기재란에 청구인이 2005.7.8.최초로 부여받은 청구인의 사업자등록번호가 기재한 사실이 확인되므로 쟁점세금계산서는 사업자등록일 이후에 소급작성된 사실과 다른 세금계산서로서, 부가가치세의 특성 및 세금계산서의 기능에 비추어 공급시기가 속하는 과세기간 이후에 소급하여 작성된 세금계산서이므로 그 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 이 건 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서의 공급일자가 과세기간 경과 후 소급하여 작성된 것이라 하여 매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제9조 【거래시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용 가능하게되는 때

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

○ 부가가치세법시행령 제21조 【재화의 공급시기】

① 법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 현금판매 ․ 외상판매 또는 할부판매의 경우에는 재화가 인도되거나 이용가능하게 되는 때

2. 장기할부판매의 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 반환조건부판매 ․ 동의조건부판매 기타 조건부 및 기한부판매의 경우에는 그 조건이 성취되거나 기한이 경과되어 판매가 확정되는 때

4. 완성도기준지급 또는 중간지급조건부로 재화를 공급하거나 전력 기타 공급단위를 구획할 수 없는 재화를 계속적으로 공급하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한때

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항” 이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】

② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우

○ 부가가치세법시행령 제54조 【세금계산서의 교부특례】 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 법 제16조 제1항 단서의 규정에 의하여 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 세금계산서를 교부할 수 있다.

1. 거래처별로 1역월의 공급가액을 합계하여 당해 월의 말일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우

2. 거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합계하여 그 기간의 종료일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우

3. 관계증빙서류 등에 의하여 실제거래사실이 확인되는 경우로서 당해 거래일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단 청구인은 쟁점세금계산서의 작성연월일이 처분청도 인정하는 공급시기인 2005.6.30.로 적정하게 작성되었고 동 세금계산서를 교부 특례기간내인 2005.7.8. 교부받았으므로 사실과 다른 세금계산서가 아니라고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(1) 청구인과 매도인은 2005.5.26. 쟁점부동산의 잔금지급일을 2005.6.30.로 하여 매매계약을 체결하고 2005.6.30. 잔금을 수수한 후 2005.7.1. 소유권이전등기를 하였으며 청구인은 2005.7.8. 부동산임대업자로 사업자등록을 한 사실 등이 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 처분청은 작성연월일이 2005.6.30로 기재된 쟁점세금계산서에 청구인의 사업자등록번호가 기재된 것으로 보아 이는 2005.7.8. 이후에 소급하여 작성된 사실과 다른 세금계산서라 하여 매입세액을 공제 배제한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다. (3) 부가가치세법시행령 제54조 는 세금계산서의 교부특례에 관하여 규정하면서, 그 제3호에서 제증빙서류에 의하여 실제거래사실이 확인되는 경우로서 당해 거래일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음달 10일까지 세금계산서를 교부할 수 있는 특례를 규정하고 있는 바, 위 특례규정은 같은 법시행령 제60조(매입세액의 범위) 제2항 제3호의 규정과는 다르게 과세기간이 경과된 후에도 적용되므로(예컨대 12월의 거래에 대하여 다음해 1.10.까지 세금계산서를 정당한 공급시기로 소급작성 ․ 교부한 경우) 동일과세기간의 경과된 후에 소급작성된 세금계산서라 하여 예외없이 매입세액의 공제를 배제하는 것은 아니라고 할 것이다.

(4) 쟁점부동산의 공급시기가 잔금청산일에 해당하는 2005.6.30.인 점에 대하여는 처분청도 다툼없이 인정하고 있다. 그러나, 청구인은 쟁점세금계산서를 2005.6.30. 작성 ․ 교부하지 아니하고 그 과세기간이 경과한 2005.7.8.에 사업자등록을 한 후 2005.6.30.로 쟁점세금계산서를 소급하여 작성 ․ 교부받았다고 주장하는 바, 청구인이 2005.7.8. 사업자등록한 사실과 쟁점세금계산서에 청구인의 사업자등록번호가 기재된 점, 청구인이 쟁점세금계산서 기재내용대로 2005년 제1기 부가가치세를 2005.7.25. 신고한 사실 등으로 보아 다른 반증이 없는 한 청구인의 주장을 받아들일 수 밖에 없다.

(5) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면, 비록 쟁점세금계산서가 과세기간이 경과한 후 소급하여 작성되었다 하더라도 실제 공급일자를 발행일자로 하여 그 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일이내에 교부받은 세금계산서이므로 부가가치세법 제16조 제1항 단서 및 같은 법시행령 제54조 제3호의 규정에 의하여 정당한 세금계산서에 해당하므로 당해 매입세액은 공제하는 것이 타당하다. 따라서, 청구인에게 부과된 이 건 처분은 취소하여야 한다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.