접안시설공사비는 자산취득가액으로 부가가치세 과세표준에서 제외되는지 여부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 2001.2.13. 개업하여 액체화학화물 저장 ․ 보관업을 영위하는 법인이다. 청구법인은 OO광역시 OO군 OO읍 OO리 일대에 액체화합물 저장시설 부지조성 및 전용부두시설공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 시행하여 2004.12.13. OO해양수산청장으로부터 준공인가를 받은 후 부가가치세법시행령 제48조 제6항 의 규정에 의하여 준공승인서상 총공사비 15,190,487천원을 포함한 15,242,688,992원을 과세표준으로 하여 2004년 2기 부가가치세를 신고 ․ 납부하였다. 청구법인은 2006.4.20. 위 총공사비는 공유수면매립과 접안시설공사비가 포함된 금액으로서 접안시설공사비 9,269,895천원(이하 “쟁점금액”이라 함)은 청구법인의 자산취득 비용으로 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니한다는 이유로 처분청에 경정 청구하였다. 이에 대하여 처분청은 2006.7.13. 매립용역 제공시 부가가치세 과세표준은 관계기관으로부터 확인되는 총공사비로 보아야 한다는 이유로 청구법인의 경정청구에 대하여 거부 통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.8.29. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 부가가치세법시행령 제48조 제6항 에 의하면, 매립공사에 사용된 총사업비를 과세표준으로 한다고 규정하고 있는 바, 토지와는 재산의 종류와 사용가치가 다른 접안시설에 소요된 공사비를 부가가치세 과세표준 산정 시 합산해야 한다는 처분청의 견해는 부당하다. 부가가치세 과세대상은 재화나 용역의 공급을 대상으로 하는바, 접안시설은 청구법인 소유의 자산 취득행위(일반자산 취득행위와 유사)에 불과하므로 과세대상이 아니며, 이를 과세하는 것은 부가가치세법을 확장해석 한 것으로 납세자의 재산권을 침해하는 것이다.
• 나. 처분청 의견 행정청이 청구법인의 개발사업 승인신청을 승인하지 않았다면, 매립공사와 접안시설공사 모두를 수행할 수 없었을 것이므로, 쟁점공사와 접안시설 취득은 경제적 ․ 실질적 대가관계가 성립하므로, 총공사비를 부가가치세 과세대상으로 보아야 한다. 이 건은 접안시설을 청구법인이 취득한 경우인데, 청구법인의 주장과 같이 접안시 설을 과세대상에서 제외할 경우 접안시설을 기부채납하고 접안시설 관리운영권만 을 취득하는 경우에도 과세거래로 보고 있는 사례에 비추어 과세형평상 문제가 발 생하게 되므로, 접안시설공사비를 과세표준에 포함하여야 한다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 시공한 쟁점공사(매립공사 및 접안시설공사)금액 중 접안시설공사비 부분은 청구법인의 자산취득가액이므로 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제7조 【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화 ․ 시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

② 사업자가 자기의 사업을 위하여 직접 용역을 공급하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 자기에게 용역을 공급하는 것으로 본다.

○ 부가가치세법시행령 제19조 【용역의 자가공급】

① 법 제7조 제2항의 규정에 의하여 자가공급으로 과세되는 용역은 당해 용역이 무상으로 자가공급되어 다른 동업자와의 과세형평이 침해되는 경우의 재정경제부령이 정하는 용역에 한한다.

○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액의 합계액(이하 “공급가액” 이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가 3의 2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가

4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가

○ 부가가치세법시행령 제48조 【과세표준의 계산 】

① 법 제13조 제1항 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금 ․ 요금 ․수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다.

② 공유수면매립법에 의하여 매립용역을 제공하는 경우에는 동법에 의하여 산정한 당해 매립공사에 소요된 총사업비를 과세표준으로 한다.

○ 항만법 제17조 【항만시설의 귀속 등】

① 제9조 제2항의 규정에 의한 비관리청의 항만공사로 조성 또는 설치된 토지 및 항만시설은 준공과 동시에 국가 또는 지방자치단체에 귀속된다. 다만, 대통령령이 정하는 토지 및 항만시설은 그러하지 아니하다.

○ 항만법시행령 제17조 【귀속대상외의 항만시설 등】

① 법 제17조 제1항 단서의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속되지 아니하는 토지는 다음 각 호의 요건을 충족하는 토지로 한다.

1. 별표 3의 규정에 의한 토지의 범위에 해당하지 아니할 것

• 다. 사실관계 및 판단

(1) OO해양수산청장의 준공인가필증 및 준공인가 공고, 취득세 납부영수증에 의하면, 청구법인은 2004.11.22. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 OO광역시 OO군 OO읍 OO리 일대에 매립으로 토지를 조성하고, 그 위에 청구법인의 전용부두(사업시행면적 51,135㎡, 접안시설 405m)를 건설하였으며, OO해양수산청장은 2004.12.13. 청구인이 시행한 쟁점공사에 대하여 이 공사로 조성되는 접안시설 및 배후부지는 사업시행자가 취득하고, 배후도로는 해양수산부에 귀속하며, 청구법인이 항만이용자의 편익을 저해하거나 형평성을 결여하고 비효율적인 부두운영을 할 경우 시정조치나 OO해양수산청이 직접 부두를 운영할 수 있다는 조건으로 준공인가를 한 사실, 청구법인은 2005년 1월 OO광역시에 접안시설 취득을 이유로 취득세를 납부한 사실이 확인된다.

(2) 청구법인의 부가가치세 경정청구서, 감정평가서, 접안시설 취득세 납부영수증에 의하면, 청구법인은 쟁점공사의 총공사비 15,190,487천원 중 공사로 조성된 토지에 대한 감정평가액 5,920,591천원을 제외한 쟁점금액 9,269,895천원이 접안시설공사비인 바, 접안시설공사비는 청구법인의 자산취득비용이므로 부가가치세 과세표준에서 제외됨이 타당하다는 이유로 처분청에 경정청구서를 제출하였으나, 처분청은 2006.7.12. 관계기관으로부터 확인된 총공사비를 부가가치세 과세표준으로 보아야 하고, 총공사비는 토지조성분과 건축물분을 구분하지 않는다는 국세청에 대한 질의회신 결과에 따라 청구법인의 경정청구를 거부한 사실이 확인된다.

(3) 청구법인은 쟁점금액은 청구법인의 자산취득비용이므로, 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 함에도 처분청이 이를 거부한 것은 부당하다고 주장하는 바, 이를 살펴보기로 한다. (가) 대법원은 2003.9.5. 2002두4051사건에서 “매립으로 인하여 조성된 토지 중 일부에 대한 소유권을 취득하였다면, 그 사업자는 국가에게 토지매립공사의 용역을 제공하고 그 대가로 매립지 중 일부토지의 소유권을 취득한 것으로서 사업자의 용역제공과 매립토지 일부에 대한 소유권 취득사이에는 경제적․실질적 대가관계가 있다고 봄이 상당하므로, 매립지조성공사는 부가가치세 과세대상이 되는 용역의 공급에 해당한다고 할 것이다.” 라고 판시한 바 있다. (나) 부가가치세법시행령 제48조 의 규정에 의하면, 부가가치세 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금 ․ 요금 ․ 수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다고 규정하여 부가가치세 과세표준에 포함되는 대가관계를 광범위하게 인정하고 있으며, 공유수면매립법에 의하여 매립용역을 제공하는 경우에는 동법에 의하여 산정한 당해 매립공사에 소요된 총사업비를 과세표준으로 한다고 규정되어 있는 점, 항만법 제17조 제1항 의 규정에 의하면, 원칙적으로 비관리청의 항만공사로 조성 또는 설치된 토지 및 항만시설은 준공과 동시에 국가 또는 지방자치단체에 귀속하는 것으로 하되, 단서에서 대통령령이 정하는 토지 및 항만시설에 대하여 그 예외를 인정하고 있는 점, OO해양수산청은 청구법인의 접안시설 취득․이용에 일정한 제한을 할 수 있는 점 등을 종합하면, 청구법인이 항만시설인 접안시설을 건설하게 된 것은 청구법인이 자체적으로 자산을 취득하는 것이 아니라, 국가에게 총공사비에 해당하는 매립․접안시설 공사용역을 제공하고 그 대가로 원칙적으로는 국가에 귀속하는 항만시설을 일정한 조건하에 청구법이 취득하게 된 것으로 보여지는 바, 이 건(접안시설 취득)은 위 대법원 판시사례(매립토지 취득)와 그 실질에 있어서 동일하다고 보여 지므로, 청구법인의 용역제공과 접안시설의 취득사이에는 경제적․실질적 대가관계가 인정된다고 보아야 할 것이다.

(4) 그렇다면, 처분청이 쟁점금액은 청구법인의 자산취득비용이므로 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 한다는 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로, 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.