농지의 대토에 의한 양도소득세 비과세규정 적용 요건

심판청구를 기각합니다.

청구인은 2003.5.12. ○○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 외 2필지 2,453㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 대토농지로 취득하여 경작하다가 2005.11.1. ○○○도에 공익사업용으로 양도하고 소득세법 제89조 와 동법시행령 제153조에 의해 농지의 대토로 양도소득세를 비과세로 신청한데 대하여, 처분청은 청구인의 쟁점토지 경작기간이 3년 이내이므로 농지대토에 의한 양도소득세 비과세 적용을 배제하고, 조세특례제한법 제69조 와 동법시행령 제66조에 의해 8년 자경농지로 보아 쟁점토지의 취득 시부터 주거지역으로 편입일인 2004.5.8.까지 양도소득세를 감면하여 2006.4.8. 청구인에게 2004년 귀속 양도소득세 52,583,920원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.6.27. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 1992.3.28. ○○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 외 1필지 3,422㎡(이하 “쟁점1농지”라 한다)를 취득하여 2004.3.17. 양도하고, 2003.5.12. 쟁점1농지의 대토농지로 쟁점토지를 취득하여 자경하던 중 쟁점토지가 2004.5.8. 도시계획법에 의해 주거지역으로 편입된 후, 2005.11.1. ○○○도에 공익사업용으로 협의양도 되었으며, 쟁점토지의 대토농지로 2004.12.1.과 2005.2.7. ○○시 ○○동 ○○번지 외 4필지 4,463㎡와 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 1,324㎡(이하 “쟁점2농지”라 한다)를 취득하여 자경하고 있는 바, 쟁점토지의 경작기간이 3년 이내이지만, 공익사업용으로 수용된 경우에는 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 봄)의 의제규정과 조세특례제한법시행령 제66조 제6항 (농지대토 후 수용시의 경작기간 합산)의 규정으로 의해 쟁점토지 경작기간이 3년 이상으로 간주되므로 쟁점토지에 대하여 농지의 대토로 인정하여 양도소득세를 비과세함이 정당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인 주장의 근거규정인 소득세법시행령 제153조 제5항 은 대체농지로 취득한 농지가 3년 이내에 공공요지로 양도・수용된 경우에는 3년 이상 경작한 것으로 보아 종전농지에 대한 양도소득세 비과세를 배제하지 않는다는 내용이고, 조세특례제한법시행령 제66조 제6항 은 대체농지로 취득한 농지가 공공용지로 수용되어 8년 자경농지 요건을 갖추지 못하였을 경우에 종전 농지의 경작기간을 합산한다는 것으로 청구인의 주장내용과 상이한 바, 이 건과 같은 경우에는 조세특례제한법시행령 제66조 제1항 과 제6항에 의해 쟁점토지의 경작기간과 종전농지인 쟁점1농지의 경작기간을 합산하여 8년 자경농지의 감면대상이고, 쟁점토지가 2004.5.8. 도시계획법에 의해 주거지역으로 편입되었으므로 주거지역으로 편입일까지의 양도소득금액에 대해서만 감면 결정한 이 건 과세는 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지를 대토농지로 취득하여 3년 이내에 공익사업용으로 양도하는 경우에도 농지의 대토에 의한 양도소득세 비과세규정을 적용할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제89조 【비과세양도소득】 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

4. 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득

○ 소득세법시행령 제153조 【농지의 비과세】

② 법 제89조 제4호에서 “대통령령이 정하는 경우”하 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지(제4항 각호의 1에 해당하는 농지를 제외한다)로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 경우를 말한다.

1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우 또는 새로운 농지의 취득일로부터 1년 내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우

2. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적 이상이거나 그 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1이상인 경우

⑤ 제1항 제3호 및 제2항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 새로운 농지의 취득 후 3년 이내에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수․수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우에는 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 본다.

○ 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[ 농지법 제32조 의 규정에 의한 농업진흥지역내의 농지를 농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사9이하 이 조에서 “농업기반공사”라 한다) 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 농업법인에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상]직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세․ 감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거 지역․ 상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등” 이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

○ 조세특례제한법시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년[농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사(이하 이 조에서 “농업기반공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년, 제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시․군․구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시․ 군․ 구안의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양 도할 때까지의 사이에 8년(농업기반공사 EH는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년, 제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

⑥ 소득세법 제89조 제2호 및 제4호의 규정에 의하여 농지를 교환 ․ 분합 및 대토한 경우로서 새로이 취득하는 농지가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수 ․ 수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우에 있어서는 교환 ․ 분합 및 대토전의 농지에서 경작한 기간을 당해 농지에서 경작한 기간으로 보아 제1항 본문의 규정을 적용한다.

⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 소득”이라함은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. (주거지역 등에 편입되거나 환지예 - (취득당시의 정지 지정을 받은 날의 기준시가) 기준시가) 양도소득금액 × --------------------------------------------- (양도당시의 기준시가) - (취득당시의 기준시가)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구인의 쟁점토지 경작기간이 3년에 미달한다 하여 농지의 대토로 의한 양도소득세 비과세 적용을 배제하고, 조세특례제한법 제69조 와 동법시행령 제66조에 의해 8년 자경농지로 보아 이 건을 과세한데 대하여, 청구인은 쟁점토지가 공익사업용으로 양도되었으므로 농지의 대토로 하여 양도소득세 비과세를 적용하여야 한다고 주장한다. (가) 먼저, 쟁점토지가 자경농지이고, 청구인이 쟁점토지의 대토농지로 취득한 쟁점2농지의 취득일이 쟁점토지 양도일로부터 1년 이내이며, 면적도 쟁점토지 면적이상인 것에 대하여는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다. (나) 농지의 대토에 의한 양도소득세 비과세 규정인 소득세법 제89조 제4호 와 동법시행령 제153조 제2항에 의하면, 그 적용대상자를 “3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자”로 정의하고 있으므로 농지의 대토로 비과세를 적용받기 위해서는 종전토지를 최소한 3년 이상 자경하여야 하는 것으로 풀이되나, 청구인의 쟁점토지 경작기간은 약 2년 7개월로 위의 요건을 충족하지 못한 것으로 나타난다. (다) 청구인은 청구주장의 근거규정으로 소득세법시행령 제153조 제5항 과 조세특례제한법시행령 제66조 제6항 을 제시하고 있으나, 소득세법시행령 제153조 제5항 (대토농지가 취득 후 3년 이내에 공익사업용으로 수용된 경우에는 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 봄)은 대토농지로 취득한 농지가 3년 이내에 공익사업용으로 양도・수용된 경우에는 대토농지를 3년 이상 경작한 것으로 보아 종전농지에 대한 양도소득세 비과세를 배제하지 않는 다는 내용으로, 농지의 대토로 양도소득세를 비과세 받은 대토농지에 대한 사후관리 규정이고, 조세특례제한법시행령 제66조 제6항 (농지대토 후 수용시의 경작기간 합산)은 농지의 대토로 취득한대토농지가 공익사업용으로 양도・수용되어 양도소득세 감면요건(8년 자경)을 충족하지 못하였을 경우에는 종전농지의 경작기간을 통산하여 8년 자경농지로 감면할 수 있다는 취지의 규정으로 이 건의 경우에는 적용할 수 없다.

(2) 위의 내용을 종합하여 보면, 소득세법시행령 제153조 제2항 제1호 에 농지의 대토에 의해 양도소득세 비과세를 적용받기 위해서는 종전농지의 경작기간이 최소 3년 이상 이어야 함에도, 청구인의 쟁점토지 경작기간은 약 2년 7월로 법령에서 규정하고 있는 요건을 충족하지 못하였으므로 처분청이 청구인의 주장을 받아들이지 아니하고 과세한 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.