양도소득 계산시 쟁점건물의 취득가액을 필요경비로 인정할 수 있는지 여부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 경상남도 △△시 △△동 58-5 대지 2,046.6㎡, 같은 동 00-00 대지 44.4㎡, 같은 동 00-00 대지 7.1㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2005.3.22. ○○○○○개발 주식회사(이하 “○○○○○개발”이라 한다)에 양도한 후 양도소득세를 신고하지 아니하였다.
• 나. 이에 처분청은 기준시가로 쟁점토지의 양도가액을 산정하여 2005.11.16. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 167,655,390원을 결정 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2006.2.1. 이의신청을 거쳐 2006.6.8. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 1987년 5월 ~ 2002년 9월 기간 중 쟁점부동산에서 ○○○관광호텔이라는 상호로 호텔업을 영위하여 왔으며 영업부진으로 적자운영이 계속되어 1999년경부터 쟁점부동산을 매도하고자 하였으나, 건물노후화 등으로 매매가 어렵던 중 2005년 3월 ○○○○○개발에서 대형마트의 건설목적으로 쟁점토지를 매수하고자 하여 2005.3.21. 동사와 쟁점토지의 매매계약을 체결하게 되었고, 매매계약 시 쟁점토지상의 호텔건물(지하1층, 지상6층 연면적 3,728.13㎡로, 이하 “쟁점건물”이라 한다)은 청구인이 멸실하기로 하였으나, ○○○○○개발이 인근 토지를 모두 매수하여 그 지상 건축물과 쟁점건물을 일괄 철거한 후 대형마트 건축심의를 받는 것이 유리하다고 하여 쟁점건물은 청구인의 책임 하에 철거하되, 그 공사는 매수 법인이 하고 그에 상응하는 비용을 쟁점토지의 매매대금에서 차감하는 것으로 하여 쟁점토지의 매매대금을 22억 8천만 원으로 약정하였으며, 2005.3.22. 계약금으로 20억 원을 지급받고 쟁점토지의 소유권이전등기를 해 주었고, 2005.9.21. 잔금 2억 8천만 원을 수령하고 쟁점건물에 대한 건축물철거 ․ 멸실 신고서에 청구인이 서명 ․ 날인하여 ○○○○○개발에 인계하였다. 이와 같이 쟁점토지의 거래조건은 청구인이 지상건축물을 철거하고 호텔부지만 양도하기로 한 것으로, 이는 쟁점건물의 등기부상 2005.3.21. ○○○○○개발이 소유권이전청구가등기한 사실에 의하여도 확인되는 바, 재경부 예규(재산 46014-111, 1996.3.7.3)에 의하면, 토지 및 건물을 매수한 자가 매매계약조건에 따라 건물을 멸실하고 토지만 양도한 경우로서 기준시가에 의하여 양도가액을 산정하는 경우 양도가액에서 토지 및 건물 취득 당시의 기준시가와 소득세법시행령 제163조 제6항 제1호 의 개산공제액을 가산한 금액을 공제하도록 하고 있으므로 쟁점건물의 취득당시 기준시가를 필요경비로 공제하는 것으로 하여 이 건 처분을 경정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점 토지의 양도일인 2005.3.22. 현재 쟁점건물이 멸실되지 않고 있음이 쟁점건물의 건축물관리대장에 의하여 확인되고, 매매예약에 따라 쟁점건물을 가등기한 증서내용을 보면, 쟁점토지의 소유권이전시까지의 건물 멸실에 대한 사항이 전혀 없으며, 심판청구 시 제출한 부동산매매계약서에는 이의신청 시 제출한 부동산매매계약서 상에 없던 건물에 대한 사항이 추가로 기재되어 있는 등 청구인이 쟁점건물을 멸실하였다는 주장은 신빙성이 없으므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점 토지의 양도소득을 계산함에 있어 쟁점건물의 취득가액을 필요경비로 인정할 수 있는지 여부.
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조제1항 각 호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.
• 나. 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액
• 다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것

② 양도자산 보유기간 중에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 연도의 부동산임대소득금액·사업소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 것을 그 취득가액으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 양도소득의 필요경비의 계산은 다음 각 호에 의한다.

1. 취득가액을 제1항 제1호 가목 단서 또는 동호 나목의 규정에 의하는 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서 또는 동호 나목의 금액(제2항의 규정에 해당하는 때에는 제2항의 규정에 의한 금액)에 동항 제2호 내지 제4호의 금액을 가산한 금액

2. 제1호외의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 본문, 동호 다목, 제7항 또는 제114조 제5항의 금액에 자산별로 대통령령이 정하는 금액을 가산한 금액

○ 소득세법시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

③ 법 제97조제1항 제2호에서 "자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도 자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도 자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

⑥ 법 제97조제3항 제2호에서 "대통령령이 정하는 금액"이라 함은 다음 각 호의 금액을 말한다.

취득당시의 법 제99조제1항 제1호 가목의 규정에 의한 개별공시지가×3／100(법 제104조 제3항에 규정된 미등기 양도자산의 경우에는 3／1000)

• 가. 법 제99조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 건물(그 부수 토지를 포함한다) 및 동호 라목의 규정에 의한 주택 취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 다목 또는 라목의 가액×3／100(법 제104조제3항에 규정된 미등기양도 자산의 경우에는 3／1000)
• 나. 가목외의 건물 취득당시의 법 제99조제1항 제1호 나목의 가액×3／100(법 제104조제3항에 규정된 미등기양도 자산의 경우에는 3／1000)
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1987.3.25. 쟁점토지를 취득하고 그 지상에 쟁점건물을 신축(1988.3.24. 소유권보존등기)하여 ○○○관광호텔이라는 상호로 관광호텔업을 영위하였으며, 2005.3.22. 쟁점토지를 ○○○○○개발에 양도한 후, 양도소득세를 신고하지 아니하자 처분청이 이 건 과세한 사실이 쟁점토지와 쟁점건물의 등기부등본 및 과세자료 등에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 ○○○○○개발의 사정에 따라 쟁점토지를 양도한 이후 쟁점건물이 철거되었으나, 청구인의 책임 하에 철거하고 토지만 양도한 것으로 이는 토지 및 건물을 매수한 자가 매매계약조건에 따라 건물을 멸실하고 토지만 양도한 경우로서 쟁점건물의 취득당시 기준시가도 필요경비로 인정하여야 함을 주장하면서, 부동산매매계약서, ○○○○○개발의 2005년도 계정별 원장(용지매입), 건축물철거 ․ 멸실 신고서, 쟁점건물의 등기부등본 ․ 건축물관리대장, 쟁점토지의 등기부등본 및 토지대장 등을 증빙자료로 제출하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구인이 증빙자료로 제출한 부동산매매계약서를 보면, 2005.3.21. 매도인 청구인과 매수인 ○○○○○개발 대표이사 김○○이 쟁점토지 및 지상건축물 일체를 매매대금 2,280,000천원, 중도금 20억 원은 계약완료일에 지급, 잔금 280,000천원은 건축인허가 승인완료일부터 90일 이내에 지급하는 것으로 되어 있고, 특약사항으로 중도금 20억 원의 지불과 동시 소유권이전등기를 완료하며 건축물에 대하여 가등기를 함에 상호 동의하고 건축인허가 승인완료일이 6개월을 초과하는 경우 매도인의 잔금지급청구 시 매수인이 이를 지급하는 것으로 되어 있으며, 쟁점건물의 건축물관리대장을 보면, 쟁점토지의 양도일로부터 1년 2월정도 경과된 2006.5.18. 쟁점건물이 철거를 사유로 등재말소된 것으로 되어 있고, 청구인의 책임 하에 쟁점건물을 철거한 입증자료로 제출한 건축물 철거 ․ 멸실 신고서를 보면, 신청인 란에 청구인의 서명 ․ 날인이 있는 외에 모든 부분이 공란으로 되어 있다. 청구인은 쟁점건물에 대하여 양도 자산에 포함하되 멸실 조건부로 하여 철거비용을 차감하고 쟁점토지의 매매대금을 약정하였다고 주장하고 있으나, 청구인이 이 건 이의신청 시 제출한 매매계약서상 매매부동산의 표시 란에 쟁점토지 외에 건축물에 대한 내용이 전혀 없었던 것으로 볼 때, 청구인이 심판청구 시 동 계약서의 매매부동산 표시 란에 “지상건축물 일체”라는 내용을 임의로 추가 기재하여 제출한 것으로 보이고, 쟁점토지에 대하여는 특약으로 잔금지급일전 소유권이전등기하는 것으로 하고 있으나, 쟁점건물에 대하여는 가등기를 함에 상호 동의하는 것으로만 되어 있으며, 건축물멸실 조건부 등의 약정사실도 없는 점 등을 종합하여 보면, 쟁점건물은 위의 부동산매매계약서 상 매매대상 부동산에 포함되지 아니한 것으로 보이고 청구인의 책임 하에 철거된 사실도 입증되지 아니한다. (나) 소득세법 제94조 제1항 제1호 및 같은 법 제97조 제1항은 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비로 당해 양도 자산의 취득가액, 대통령령이 정하는 자본적 지출액, 양도비 등으로 규정하고 있는 바, 동 규정에 의하면, 양도한 자산에 포함되지 아니한 자산의 취득가액은 양도가액에서 공제할 수 있는 필요경비로 인정하지 아니하고 있음을 알 수 있다. (다) 다만, 거주자가 토지 및 건물을 일괄 취득한 후 토지의 이용편의를 위하여 건물을 철거하고 토지만을 양도하는 경우, 취득당시부터 건물을 철거하고 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 것으로 인정될 때에 한하여 철거된 건물의 취득가액 및 철거비용 등을 필요경비에 산입할 수 있는 것(대법원 92누7399, 1992.9.8. 및 소득세법 기본통칙 97-10 같은 뜻임)이나, 청구인의 경우 1987.3.25. 쟁점토지를 취득한 후, 그 지상에 쟁점건물을 신축하여 18여 년간 호텔업에 사용하다가 2005.3.22. 쟁점토지를 양도한 것으로서 위와 같은 경우에도 해당되지 아니한 것으로 보이며, 그렇다면, 쟁점건물의 취득가액 및 그 철거비용은 쟁점토지의 양도가액에서 공제할 수 있는 필요경비에 해당된다고 볼 수 없다.

(3) 따라서, 처분청이 쟁점토지의 양도소득금액 계산 시 쟁점건물의 취득가액 및 그 철거비용 등을 양도소득의 필요경비로 인정하지 아니하고 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.