법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 것으로 보여져 업무무관자산에 해당하지 아니하는 것으로 하여 과세하는 것이 타당함.
법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 것으로 보여져 업무무관자산에 해당하지 아니하는 것으로 하여 과세하는 것이 타당함.
금정세무서장이 2005.7.22. 청구법인에게 한 법인세 445,644,560원(2000사업연도 141,303,040원, 2001사업연도 45,591,430원, 2002사업연도 109,468,380원, 2003사업연도 72,456,920원, 2004사업연도 76,824,790원)의 부과처분은 ＜별지목록＞ 부동산 중 1971.12.29. 이전 취득한 ○○○ 외 60필지(233,580㎡)를 2000사업연도부터 2004사업연도까지 업무무관자산에 해당하지 아니하는 것으로 하여 이와 관련된 비용을 손금산입하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점1부동산은 1971.12.29. 개발제한구역으로 지정이 되었다가 2002.1.4.동 개발제한구역 지정이 해제되면서 해제에 따른 난개발을 방지하기 위하여 [2002.1.7, 부산광역시 고시 제2001-363호]에 의거 향후 3년간개발행위허가 제한구역으로 또다시 지정되어 건축물의 신축, 증축, 개축, 재축, 이전 등 일체의 건축행위가 제한되었다. 특별건축허가는 개발제한구역 지정기간내에서만 의미가 있는 것이지 개발제한구역 지정이 해제되고 새로운 개발행위 허가제한이 이루어진 이상 특별건축허가라는 개념은 더 이상 개입할 여지가 없어진 것이다. 설령 개발제한구역 지정기간 중 특별건축허가를 통하여 증·개축을 할 수 있었다는 처분청의 주장을 인정한다 하더라도, 2002년 1월 이후에는 새로운 법령의 제한이 이루어졌으므로 이 기간 이후에는 법령 및 행정행위에 의해 사용이 제한된 부동산이 명백하므로 업무무관부동산에서 제외하여야 할 것이다. 만일 새로운 법령의 시행으로 개발행위가 새로운 제한을 받고 있는 데도 불구하고 종전 업무무관부동산 규정이 계속 적용된다면 ‘개발행위를 제한하는 법률’과 ‘개발하지 않으면 업무무관부동산으로 보도록 하는 법령’이 상충하는 심각한 모순이 초래될 것이다. 따라서, 쟁점1부동산은 관련 법령에서 규정하고 있는 “법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산”으로 보는 것이 타당하며, 사용이 제한되기 전까지는 두부공장 부산물인 비지 등 폐기물, 부산물 보관창고로 사용하였으므로 청구법인의 업무에 사용되었음이 분명하다.
(2) 청구법인은 1979.3.5. ○○○(주)로 설립되었고, 같은 해 7.1. ○○○(주) [현 ○○○(주)]로부터 제과 및 장유 사업을 인수하였고, 1980.6.30. ○○○(주)와의 합병을 통하여 쟁점2부동산을 취득하였다. 불과 1년 사이에 설립과 1 차례의 사업 인수, 2 차례의 흡수·합병이 일어났는 바, 이 과정에서 업무상 실수로 쟁점2부동산의 건물이 누락된 것이다. 처분청은 쟁점2부동산을 나대지로 판단하여 업무와 관련없는 자산으로 보았으나 건물이 존재하고 임대에 공하고 있으며, 청구법인의 등기부에 ‘부동산 매매 및 임대업’이 목적사업으로 되어 있으므로 업무무관자산으로 본 처분은 부당하다.
(3) 청구법인이 쟁점3부동산을 취득한 시기는 2002.1.7. 개발제한구역이 해제된 후인 2002.1.25.이며 비록 개발행위가 제한되어 있지만 3년 정도 후에는 개발행위가 가능하다는 사실을 고려하여 취득하였기 때문에 취득일로부터 5년의 유예기간내에 있는 부동산으로서 업무무관부동산에 해당되지 아니한다.
(1) 쟁점1부동산에 대하여 쟁점부동산은 1971.12.29. 개발제한구역으로 지정되었다가 2002.1.4. 건설교통부 고시에 의한 개발제한구역 해제를 원인으로 전반부 2년인 2000년~2001년 동안은 개발제한구역의 영향을 받고, 2002.1.7. 부산시에서 다시 3년간 개발행위허가 제한구역으로 지정된 바 후반부 3년인 2002년~2004년 동안도 개발행위 허가제한을 받게 되므로 청구법인은 쟁점부동산이 업무무관자산에서 제외되어야 한다는 주장이나, 쟁점1부동산이 제과 등 식품제조공장과 원거리인 해안가에 위치하고 있어 운반이 용이하지 아니하고, 습기에도 약한 장유 및 제과의 원재료인 곡물을 보관하였다는 것은 일반적인 상식에도 어긋나 인정하기 어려우며, 쟁점1부동산의 건물에 대하여 현지 확인한 바, 천장·벽체·바닥이 해체된 상태로 철골조만 남아 있었고, 쟁점1부동산은 1971.12.23.~1975년 사이에 매입한 부동산이며, 목적사업인 제철 및 철강업을 위한 건물 또한 1976년~1981년에 걸쳐 신축된 것으로 이는 1971.12.29. 개발제한지역으로 지정된 이후 1973년말 대통령, 건설교통부, 경상남도로부터 “특별건축허가”라는 명칭에 의거 공장 증·개축을 허용한 것에 기인한 것이고, 2003.2.14. 제과공장 신축허가를 받아 조사일 현재 신축중에 있는 것 또한 특별건축허가의 연장선에 있다고 보여지므로, 쟁점부동산이 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 경우에 해당하지 아니한다.
(2) 쟁점2부동산에 대하여 처분청이 쟁점2부동산을 당초 나대지로 본 것은 청구법인의 2004사업연도 이전 결산서에 쟁점1부동산에 소재한 제강공장 14,059.9㎡를 제외하고는 다른 건물이 없었음에 따른 것이고, 쟁점2부동산의 건물을 장부에 등재하지 아니하고, 특수관계법인에게 임대차계약에 의한 임대료도 받지 아니하고 무상사용하게 하였으므로 임대사업용부동산으로 볼 수 없고 업무무관자산에 해당한다.
(3) 쟁점3부동산에 대하여 쟁점3부동산은 1971.12.29. 개발제한구역으로 지정된 후 2002.1.7. 해제되었으나, 동시에 부산광역시에서 개발행위제한고시를 하여 청구법인이 취득한 2002.1.25. 당시에는 법령에 의하여 사용이 제한된 토지인 것을 알고 취득한 것이고, 쟁점3부동산은 임상이 양호하여 개발제한구역에 관한 법률 뿐만 아니라도시계획법,산림법등의 규제를 동시에 받고, 임야를 공장용지로 전환하기 위해서는 형질변경이 필수적인데 위 특별건축허가에서도 형질변경은 제외하고 있어, 청구주장과 같이 3년후에 개발이 가능할 것으로 추측하였다는 주장은 근거없는 주장이다.
(1) 법인세법(2004.12.31. 법률 제7317호로 개정되기 전의 것) 제27조【업무와 관련없는 비용의 손금불산입】 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각호의 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령이 정하는 금액 (2) 법인세법시행령 제49조 【업무와 관련이 없는 자산의 범위 등】
① 법 제27조 제1호에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다.
1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.
② 제1항 제1호의 규정에 해당하는 부동산인지 여부의 판정 등에 관하여 필요한 사항은 재정경제부령으로 정한다.
③ 법 제27조 제1호에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 제1항 각호의 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비 및 이와 관련되는 비용을 말한다. (2) 법인세법시행규칙 제26조 【업무와 관련이 없는 부동산 등의 범위 】
① 영 제49조 제1항 제1호 가목 단서에서 “재정경제부령이 정하는 기간”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)을 말한다.
1. 건축물 또는 시설물 신축용 토지: 취득일부터 5년(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제1호 의 규정에 의한 공장용 부지로서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 또는 중소기업 창업지원법에 의하여 승인을 얻은 사업계획서상의 공장건설계획기간이 5년을 초과하는 경우에는 당해 공장건설계획기간)
2. 부동산매매업[한국표준산업분류에 따른 부동산공급업(묘지분양업을 포함한다) 및 건물 건설업(자영건설업에 한한다)을 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 주업으로 하는 법인이 취득한 매매용부동산: 취득일부터 5년
3. 제1호 및 제2호 외의 부동산: 취득일부터 2년
② 영 제49조 제1항 제1호 가목 및 나목에서 “당해 법인의 업무”라 함은 다음 각호의 업무를 말한다.
1. 법령에서 업무를 정한 경우에는 그 법령에 규정된 업무
2. 각 사업연도 종료일 현재의 법인등기부상의 목적사업(행정관청의 인가ㆍ허가 등을 요하는 사업의 경우에는 그 인가ㆍ허가 등을 받은 경우에 한한다)으로 정하여진 업무
③ 영 제49조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 부동산을 업무에 직접 사용한 것으로 본다.
1. 토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다). 다만, 천재지변ㆍ민원의 발생 기타 정당한 사유없이 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간동안 업무에 사용하지 아니한 것으로 본다.
④ 영 제49조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 건축물이 없는 토지를 임대하는 경우(공장ㆍ건축물의 부속토지 등 법인의 업무에 직접 사용하던 토지를 임대하는 경우를 제외한다) 당해 토지는 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 본다. 다만, 당해 토지를 임대하던 중 당해 법인이 건설에 착공하거나 그 임차인이 당해 법인의 동의를 얻어 건설에 착공한 경우 당해 토지는 그 착공일(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 말한다)부터 업무에 직접 사용하는 부동산으로 본다.
⑤ 영 제49조 제1항 제1호 각목외의 부분 단서에서 “재정경제부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.
1. (삭제, 2001. 3. 28.)
2. 당해 부동산의 취득 후 다음 각목의 1에 해당하는 사유가 발생한 부동산(다목 및 라목의 경우 제1항 제2호의 매매용부동산을 제외한다)
16. 건축물이 멸실ㆍ철거되거나 무너진 경우에는 당해 건축물이 멸실ㆍ철거되거나 무너진 날부터 5년이 경과되지 아니한 토지
17. 법인이 사업의 일부 또는 전부를 휴업ㆍ폐업 또는 이전함에 따라 업무에 직접 사용하지 아니하게 된 부동산으로서 그 휴업ㆍ폐업 또는 이전일부터 5년이 경과되지 아니한 부동산
(1) 사실관계 (가) 쟁점1부동산에 대하여
① 청구법인은 쟁점1부동산을 청구법인의 업무에 사용하였다는 주장과 함께 관련 자료들을 제시하므로, 이를 보면 아래와 같다. 첫째, 청구법인 소유의 토지에는 건축허가가 나지 아니하여 부득이 ○○○(주)의 토지에요구르트 공장신축을 계획하였다는 주장과 함께 위 주소지에 대한 토지·건물 등기부 등본을 제시하고 있다. 둘째, 청구법인 소유의 토지에는 개발행위가 불가하여, 특별건축허가의 혜택을 받고 있는 ○○○(주)의 토지에 두부공장 건축허가를 득하였으며, ○○○(주)에게 토지에 대한 임차료를 지불하였다는 주장과 함께 두부공장 건축허가 통보 공문을 제시하고 있다. 셋째, 청구법인이 ○○○(주)에게 공장건물의 소유권을 양도한 후, 임차하여 사용하였다는 주장과 함께 두부공장에 대한 매매계약서 및 임대차계약서를 제시하고 있다. 넷째, 공장으로부터 멀리 떨어진 쟁점1부동산에 폐기물을 보관할 이유가 없다는 처분청의 주장은 청구법인 및 신앙촌의 특성을 도외시한 것이며, 청구법인이 소재한 신앙촌에는 매일 1천명 이상의 방문객들이 내방하여 부산물, 폐기물을 원거리에 보관할 수 밖에 없으며, 실제 쓰레기 소각장도 공장에서 3km이상 떨어진 곳에 소재하고 있다는 주장과 함께, 신앙촌 홈페이지(견학 안내문)를 제시하고 있다. 다섯째, 청구법인이 쟁점1부동산에 보관한 것은 폐기물·부산물이지, 원재료 또는 완제품이 아니므로, 쟁점1부동산의 건물이 다소 부식되고, 누수가 발생하더라도 큰 지장이 없다고 주장하고 있다.
② 위 청구법인의 주장에 대하여, 처분청은 쟁점1부동산이 제과 등 식품제조공장과 원거리인 해안가에 위치하고 있어 운반이 용이하지 않으며, 습기에도 약한 장유 및 제과의 원재료인 곡물을 보관하였다는 것은 일반적인 상식에도 어긋나며, 쟁점1부동산의 건물에 대하여 현지 확인한 바, 천장·벽체·바닥이 해체된 상태로 철골조만 남아 있었던 점으로 볼 때 업무무관자산에 해당된다는 주장과 함께(주) ○○○의 확인서 및 운반기사 조○○○의 확인서를 제시하고 있다.
③ 특정업체의 개발제한구역내 건축물의 증축 승인신청에 따라 1973.11.27 대통령이 재가한개발제한구역내 건축물의 증축 및 토지형질변경서류를 살펴보면 수출증진에 대처하기 위한 기본시설을 확장할 수 있도록 현 ○○○주식회사의 전신인 ○○○주식회사등 9개 수출업체에 수출공장 증축허가를 하였고 시멘트 수요 충족을 위한 석회석 채취가 가능하도록 1개 업체에 대하여 토지형질변경을 허가하여 준 사실이 확인된다.
④ 쟁점1부동산은 1971.12.29 개발제한구역으로 지정이 되었다가 2002.1.4동 개발제한구역 지정이 해제되었다가 해제에 따른 난개발을 방지하기 위하여 [2002.1.7, 부산광역시 고시 제2001-363호]에 의거 개발제한구역 해제 고시일(2002.1.4)로부터 향후 3년간개발행위허가 제한구역으로 또다시 지정되어 건축물의 신축, 증축, 개축, 재축, 이전 등 일체의 건축행위가 연속하여 제한되었음이 확인된다. (나) 쟁점2부동산에 대하여
① 청구법인은 불과 1년 사이에 설립과 1 차례의 사업 인수, 2 차례의 흡수·합병이 일어났었고, 이 과정에서 업무상 실수로 쟁점2부동산의 건물이 누락되었으나, 임대에 공하고 있는 건물이 존재하고 있으므로 쟁점2부동산을 나대지인 업무무관자산으로 보는 것은 부당하다는 주장과 함께 아래와 같은 관련 자료들을 제시하고 있다. 첫째, 청구법인은 쟁점2부동산상에 건물이 있었다는 주장과 함께 건물 등기부 등본을 제시하고 있는 바, 이를 보면 철골연와조 스레트가 단층공장 889평이 1980.6.30. 합병으로 ○○○주식회사 명의로 소유권이전되었다가 1987.10.12. 회사명칭 변경으로 시온식품주식회사로 소유권이 변경되었음이 확인된다. 둘째, 청구법인은 (재)○○○ 유지재단이 쟁점2부동산상의 일부 건물을 사용하고 있으며, 협의를 통하여 임대료를 정산할 것을 확인한다는 (재)○○○ 유지재단의 확인서를 제시하고 있다.
② 위 청구법인의 주장에 대하여, 처분청은 쟁점2부동산을 당초 나대지로 본 것은 청구법인의 2004사업연도 이전 결산서에 쟁점1부동산에 소재한 제강공장 14,059.9㎡를 제외하고는 다른 건물이 없었음에 따른 것이고, 쟁점2부동산의 건물을 장부에 등재하지 아니하고 특수관계법인에게 임대료도 받지 아니하고 무상사용토록 하였으므로, 업무무관자산에 해당한다고 주장하고 있다. (다) 쟁점3부동산에 대하여
① 청구법인은 쟁점3부동산을 취득한 시점은 2002.1.7. 개발제한구역이 해제된 후인 2002.1.25.이며, 당시 개발행위 제한에 묶여 있었지만 3년후에는 개발행위가 가능함을 염두에 두고 취득하였으므로, 관련법령에 정하고 있는 5년의 유예기간이 경과되지 아니한 부동산이며, 쟁점2부동산이 개발제한구역으로 지정된 사실을 알고 모르고는 유예기간 적용 여부에 영향을 미칠 수 없으며, 쟁점3부동산을 포함한 지역 일대에 식품단지 조성을 계획하고 있다는 주장과 함께 식품단지 조성에 관한 계획도및 음료공장 신축현황 및 계획평면도, 장유공장 건축허가 공문 등을 제시하고 있다.
② 위 청구법인의 주장에 대하여, 처분청은 쟁점3부동산의 지목은 임야로서 임야를 공장용지로 전환하기 위해서는 형질변경이 필요한 데 청구법인이 전술한 건축허가 사항에도 형질변경은 제외되어 있어 취득 후 3년 정도후에 개발이 가능하다고 생각한 것은 청구법인의 추측에 불과하며, 청구법인이 개발제한 구역으로 지정된 사실을 알고도 취득하였으므로 유예기간 적용이 되지 아니한다고 주장하고 있다.
(2) 판 단
① 쟁점1부동산이 1971.12.29. 개발제한구역으로 지정된 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간의 다툼은 없다.
② 처분청은 청구법인이 쟁점1부동산을 1971년~1975년 사이에 매입하고 1976년~1981년에 걸쳐 제강공장을 신축한 것은 개발제한지역으로 지정된 이후 특별건축허가라는 명칭에 의거 공장 증·개축을 허용한 것에 기인한 것이고 2003년에 제과공장 신축허가를 받아 조사일 현재 신축중에 있는 것 또한 특별건축허가의 연장선에 있다고 주장하나, 특별건축허가를 받은 업체는 청구법인이 아니라 ○○물산 주식회사이고 청구법인이 특별건축허가를 받은 사실이 확인되지 아니하며, 쟁점1부동산 중 개발제한구역 지정 이전에 취득한 ○○광역시 ○○군 ○○면 학리 52-1 외60필지(233,580㎡)는 청구법인이 1976∼1981년에 걸쳐 제강공장을 신축한 것이 특별건축허가에 의한 것이라 하더라도 제강공장의 정착면적 외에 추가적으로 쟁점1부동산에 특별건축허가가 가능한 것으로 단정할 수 없다 할 것이므로 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 것으로 보여져 2000사업연도부터 2004사업연도까지 업무무관자산에 해당하지 아니 하는 것으로 하여 과세하는 것이 타당하다. 다만, 쟁점1부동산 중 개발제한 구역 지정 이후에 취득한 ○○○ 외 13필지(102,940.4㎡)는 1971년에 개발제한구역으로 지정이 되었다가 2002.1.4. 동 개발제한구역 지정이 해제되면서 해제에 따른 난개발을 방지하기 위하여 2002.1.7.에 개발제한구역 해제고시일(2002.1.4.)부터 향후 3년간 개발행위허가 제한구역으로 또다시 지정되어 건축물의 신축, 증축, 개축, 재축, 이전 등 일체의 건축행위가 계속하여 제한되었던 사실이 ○○광역시고시 제2001-363호에 의하여 확인되는 바, 이는 부동산 취득 후 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 것으로 보기 어려워 업무무관자산에서 제외할 수 없다 할 것이다.
③ 쟁점1부동산 중 1976년∼1981년 기간중에 청구법인이 제강공장을 신축한 토지(7,376.6㎡)에 대하여 살펴보면, 청구법인은 제강공장을 폐쇄한 이후부터 이 부지를 허가 없이 창고로 용도변경하였으며, 공장에서 창고로의 용도변경은 허용되지 않아 어쩔 수 없이 방치하였다고 주장하나, 청구법인이 창고로 용도변경을 신청하거나 신축·개축하기 위하여 관할관청에 허가를 신청한 사실이 없으므로 증·개축의 제약을 받는 창고로 사용하였다고 보여지지 아니하며, 부산물 및 폐기물을 3~4일간 저장한다는 청구법인의 주장에 비추어 볼 때 그 부산물 및 폐기물의 양은 15~16톤 정도로서 불과 트럭 2 ~ 3대분에 불과하므로 극히 미미한 량에 불과하고, 부산물 및 폐기물을 쌓아두었다는 입증자료를 충분히 제출하지 못하고 있는 점 등으로 볼 때, 창고로 사용하였다고 보기 어려우며, 공장 개축 등 업무용으로 사용이 가능하였음에도 청구법인이 업무용으로 사용하지 아니한 사실이 확인되므로 업무무관자산에 해당되는 것으로 판단된다.
④ 쟁점2부동산의 경우, 건축물등기부상으로 철골연와조 스레트가 단층공장으로 등재되어 있으나, 제강공장을 폐쇄한 이후 공가상태로 남아 있음을 청구법인이 대체로 인정하고 있고, 청구법인과 특수관계에 있는 (재)○○○ 유지재단에 일부 건물을 임대하고 있으나 임대료를 받은 사실이 없는 점으로 볼 때, 쟁점2부동산을 청구법인의 업무와 관련된 것으로 보기 어려운 것으로 판단된다.
⑤ 쟁점3부동산의 경우, 청구법인은 쟁점3부동산을 취득한 시기는 개발제한구역이 해제(2002.1.7.)된 이후인 2002.1.25.에 취득하였고, 취득일로부터 5년의 유예기간내에 있었으며, 청구법인으로서는 장래 회사 발전을 위하여 개발이 가능하다는 판단하에 취득한 사실이식품단지 조성에 관한 계획도및 음료공장 신축현황 및 계획평면도, 장유공장 건축허가 공문 등에 의하여 확인되므로 동 부동산은 업무무관자산에 해당되지 아니한다는 주장이나, 쟁점3부동산 취득당시 공부상 지목이 임야이므로 건축물 등 신축에 부적합하다고 보이고 개발행위허가제한지역으로 지정되어 있어 최소 3년간은 공장용지 등 건축물을 신축할 수 있는 지목으로의 용도변경이 어려운 상황이었다고 보이며, 또한 청구법인이 쟁점3부동산의 지상에 건축허가 등을 신청한 사실이 없을 뿐만 아니라 공부상 지목도 임야로 등재되어 있는 점 등에 비추어 볼 때 쟁점3부동산을 청구법인의 업무와 관련된 것으로 보기 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.