과학기술부장관에게 기업내의 연구개발 전담부서로 신고한 사실이 확인되지 아니하는 청구법인의 연구전담요원에 대한 인건비를 연구 ・ 인력개발준비금사용액으로 보지 아니하고 과세한 이 건 처분은 정당함
과학기술부장관에게 기업내의 연구개발 전담부서로 신고한 사실이 확인되지 아니하는 청구법인의 연구전담요원에 대한 인건비를 연구 ・ 인력개발준비금사용액으로 보지 아니하고 과세한 이 건 처분은 정당함
심판청구를 기각합니다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
○○○○공업(주)
○○○○공업(주)
○○페인트(주) 자산규모 1,199억원 1,869억원 2,450억원 894억원 매출액 1,553억원 2,249억원 2,071억원 1,023억원 총인원 586명 613명 650명 356명 연구인원 104명 110명 103명 66명 연구인원인건비 3,268백만원 3,652백만원 3,920백만원 2,526백만원 1인당 인건비 31백만원 33백만원 38백만원 38백만원 * 타사자료출처: 금융감독원(http://dart ‧ fss ‧ or ‧ kr/) 감사보고서 및 사업보고서, 2004.12.31. 현재 청구법인은 상기의 사실관계이서 밝힌 바와 같이 처분청으로부터 과세예고통지를 받은 후 과세전 적부심 청구를 한 바가 있으나, 처분청은 이에 대해서 실제조사를 해 보지도 않고 청구법인이 연구개발비계정으로 회계처리하지 않고 제조원가 노무비계정으로 회계처리한 사실과 기술개발촉진법에 의한 연구전담요원 등의 변경신고를 미비하게 하였다 하여 불채택 결정을 한 것은 국세기본법 제14조 실질과세원칙에 어긋난다고 판단한다. 실제 연구전담요원의 인건비 등은 연구개발비계정으로 회계처리 하여야 하나, 회사의 회계시스템 미흡 및 담당자의 업무처리 미숙으로 인해 연구소 설립 이전의 회계처리 방식대로 인건비를 처리한 계정분류상의 단순오류일 뿐이며, 외부회계감사대상법인이라 하더라도 연구개발활동에 사용된 비용을 연구개발비로 분류하는 것은 계정재분류의 문제일 뿐이지 손익에 영향을 미치는 것이 아니므로 회사가 적극적으로 계정을 재분류하여 연구개발비로 분류하지 않는 이상 외부감사인이 그것을 중요성의 관점에서 지적하지 않을 수 있는 것이며, 회사의 회계처리에 따라 과세관계가 결정되는 것이 아니라 경제적 실질에 따라 결정되어야 하며, 회사가 연구개발비로 분류하지 않았다고 하여 연구개발활동에 소요된 비용이 아니라고 주장하는 것은 타당하지 않다. 청구법인은 1997사업연도에 연구 ・ 인력개발준비금 3,144백만원을 설정하고 이 중 793백만원을 2000사업연도 세무조정신고시 미사용에 따라 일시환입하고 이자상당가산액을 자진납부한 적이 있으나, 그러한 사실이 있다고 하여 이를 다는 사업연도에 까지 적용하는 것은 국세기본법 제16조 의 ‘근거과세원칙’ 에 위배되는 추측과세이며, 오히려 청구법인이 과거 연구 ・ 인력개발준비금 미사용액에 대하여 자진 신고납부한 사실은 청구법인이 지금까지 법인세 신고납부를 신의성실하게 이행하였다는 증거이다. 따라서 청구법인은 연구개발전담요원으로 신고되지 않은 인원도 실질적으로 연구개발활동에 종사하고 있으므로 동 인원에 대한 인건비를 준비금 미사용액으로 보아 2002, 2003, 2004사업연도에 부과한 이 건 처분은 위법 ・ 부당하므로 이를 취소하여야 한다.
- 나. 처분청 의견 청구법인은 1991.11.13. ○○○○○장관으로부터 기업부설연구소 및 전담부서의 설치와 운영 및 관리업무를 위임받은 ○○○○협회로부터 ○○시 ○구 ○○동 ○○○-○번지에 ○○○○기술연구소 설립인가를 받았으며, 연구・인력개발비・ 지출액이 연구・인력개발비준비금 설정액을 초과하여 미사용금액은 없다고 주장하며 연구개발부서 연구보고서 및 급여 지급내역명세서 등을 제출하면서 기술진흥협회에 연구전담요원 및 연구실적을 신고한 연구전담요원의 인건비 등은 연구 및 인력개발비 세액공제로 신고하였으며, 기술진흥협회에 연구전담요원 및 연구실적을 신고하지 아니한 연구전담요원의 인건비 등은 세무조정시 연구 및 인력개발준비금 사용분으로 처리하였다고 주장하고 있으나, 기술개발촉진법에 의한 연구소・전담부서 변경신고시 연구전담요원 및 연구실적 등을 신고하지 않아 제출한 연구보고서상의 연구원들이 연구전담부서에게 연구개발업무에 종사하였다고 보기 어려우며, 외부회계감사를 받는 청구법인이 연구용역관련 인건비를 연구개발비계정으로 회계처리하여야 함에도 제조원가 노무비계정으로 처리한 사실을 미루어 보아 연구・인력개발준비금은 생산용역종사자의 인건비에 해당하는 것으로 보여진다. 또한, 2000사업연도에 1997사업연도의 연구・인력개발준비금 설정분 3,144백만원 중 미사용분이 있어 미사용에 따른 이자상당액을 추가 납부한 사례가 있는 것으로 보아 제조원가상의 노무비를 사후에 과세문제가 발생되자 미신고된 연구전담요원의 인건비를 연구・인력개발준비금에 대한 사용액이라고 주장하는 것으로 판단되어 이를 받아 들일 수 없으므로 당초 처분은 정당하다.
① 내국인(대통령령이 정하는 부동산업 및 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 연구 및 인력개발 등에 소요되는 비용에 충당하기 위하여 연구 및 인력개발준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 과세연도의 수입금액에 다은 각호의 율을 곱하여 산출한 금액의 범위안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.
1. 대통령령이 정하는 자본재산업(이하 “자본재산업”이라 한다) 및 기술집약적인 산업에 있어서는 100분의 5
2. 제1호외의 산업에 있어서는 100분의 3
② 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 연구 및 인력개발준비금은 다음 각호에 따라 이를 익금에 산입한다.
1. 당해 준비금을 손금에 산입한 과세연도 종료일 이후 3년이 되는날이 속하는 과세연도 종료일까지 연구 및 인력개발비 등 대통령령이 정하는 비용(중소기업이 아닌 자의 경우에는 제10조 제1항의 규정에 의한 세액공제를 적용받은 경우 당해 비용을 제외한다)에 소요된 금액에 상당하는 준비금은 그3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액계산에 있어서 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 당해 과세연도의 월수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.
2. 손금에 산입한 준비금이 제1호의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액을 초과하는 때에는 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. 다만, 준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 연구 및 인력개발 용도에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 도래하기 전에 이를 익금에 산입할 수 있다.
⑤ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 연구 및 인력개발준비금에 관한 명세서를 제출하여야 한다. 조세특례제한법시행령 제8조 【연구 및 인력개발준비금의 범위등】
③ 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 비용” 이라 함은 재료 ‧ 제품・기계장치 또는 공정을 개선하거나 새로운 생산방법을 탐구하기 위한 연구 및 인력개발비・기술정보비 등의 비용으로서 <별표 5>의 비용을 말한다.
④ 법 제9조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 연구 및 인력개발준비금명세서(연구 및 인력개발준비금을 손금에 산입한 과세연도 종료일 이후 3년이 되는 과세연도의 경우에는 연구 및 인력개발준비금사용명세서를 말한다)를 제출하여야 한다 <별표5> 구분 비용
1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비
① 전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자의 인건비 조세특례제한법시행규칙 제6조 【연구 및 인력개발준비금의 사용기준】
① 영 제8조 제3항의 규정에 의한 영 <별표 5>의 1. 기술개발 및 도입기슬의 소화개량비란 가목 본문 중 “재정경제부령이 정하는 기업의 연구개발전담부서” 라 함은 기술개발촉진법시행규칙 제7조 의 규정에 의하여 인정받은 기업부설연구소와 동규칙 제8조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서” 라 한다)를 말한다.
② 영 제8조 제3항의 규정에 의한 영 <별표 5>의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목①에서 “전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자”라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조 제8항 각호의 1에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다. 기술개발촉진법 제7조 【특정연구개발사업의 추진 등】
① 과학기술부장관은 핵심산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 “특정연구개발사업”이라 한다)에 관한 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다.
2. 연구인력 ‧ 시설 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소(이하 “기업연구소”라 한다) 기술개발촉진법시행령 제15조 【특정연구개발사업 참여기관 등의 기준】
① 법 제7조제1항제2호에서 “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소”라 함은 다음 각호의 구분에 따른 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 과학기술부장관이 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.
1. 중소기업기본법 제2조 의 규정에 의한 중소기업자가 설립한 기업부설 연구소: 5인 이상 ※ 청구법인은 중소기업기본법상으로는 중소기업에 해당됨 기술개발촉진법시행규칙 제8조 【기업내의 연구개발전담부서에 대한 지원】
① 과학기술부장관은 제7조의 규정에 의한 기업부설연구소외에 다음 각호의 요건을 갖추고 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서” 라 한다)에 대하여 기술개발에 필요한 지원을 할 수 있다.
1. 과학기술분야의 연구개발업무를 담당하는 부서임을 알 수 있는 명칭으로 되어 있을 것
2. 과학기술분야의 연구개발업무가 주요업무로 되어 있을 것
3. 자연계분야의 학사 이상의 학위를 가졌거나 국가기술자격법에 의한 기술 ‧ 기능계의 기사 이상의 기술자격을 가진자(중소기업기본법 제2조 의 규정에 의한 중소기업의 경우에는 전문대학에서 자연계분야에 관한 학과의 소정의 과정을 이수하고 졸업한 자 또는 이와 동등 이상의 학력이 있다고 인정되거나 국가기술자격법에 의한 기술・기능계의 산업기사의 기술자격을 가진 자로서 해당연구분야에 2년 이상 근무한 자) 1인 이상이 연구전담요원으로 늘 확보되어 있을 것.(단서생략) ※ 과학기술부 고시 제2005-29호(2005.10.20. 과학기술부장관고시) ｢ 기업부설연구소와 연구개발전담부서 및 과학기술분야의 영리를 목적으로 하는 법인의 신고요령｣ 제2조 【정의】 이 신고요령에서 사용되는 용어의 정의는 다음과 같다.
① “연구소 ・전담부서 및 영리연구법인의 직원” (이하 “연구소 직원”이라 한다)이라 함은 다음 각호의 자를 말한다.
연구소・전담부서 및 영리연구법인의 연구개발활동와 관련된 분야를 전공하고 연구하며 연구업무이외에 다른 업무를 겸하지 않는 자를 말한다. 제8조 【변경신고】 연구소 ․ 전담부서 또는 영리연구법인을 신고한 자가 그 신고사항 중 변경사항이 있는 경우에는 변경된 날로부터 14일 이내에 별지 제6호 서식에 의한 변경신고서에 별지 제7호의 구비서류를 첨부하여 협회장에게 이를 신고하여야 한다. 제14조 【보고】 연구소 ․ 전담부서 또는 영리연구법인을 신고한 자는 당해연구소 ․ 전담부서 또는 영리연구법인에서 수행하는 연구개발활동에 대하여 별지 제8호 서식에 의한 과학기술연구개발활동조사표를 매년 4월말까지 협회장에게 제출하여야 한다.
(1) 청구법인은 제조업을 영위하고 있는 법인으로 조세특레제한법 제9조에 의한 연구 ․ 인력개발준비금을 설정할 수 있는 법인으로 1991.11.13. 기술개발촉진법에 의하여 기업부설연구소 설립인가를 받는 한편, 사업1본부 소속 기술연구소 및 사업2본부 소속 기술연구소를 설치하고 다음 <표>와 같이 1999사업연도에 35억원, 2000사업연도에 20억원, 2001사업연도에 6억원, 총 61억원의 연구 ․ 인력개발준비금을 설정(손금산입)한 후 3년 이내 위 사업본부 소속 기술연구소 직원의 인건비 등으로 전액 사용한 것으로 하여 회계처리하였다. (단위: 천원) 구분 1999년 2000년 2001년 합계 준비금설정액 3,500,000 2,000,000 600,000 6,100,000 사용액 합계 3,500,000 2,000,000 600,000 6,100,000 연구시험설비취득액 598,182 190,796 197,228 986,206 인건비 등 사용액 2,901,818 1,809,204 402,772 5,113,794 환입액 합계 3,500,000 1,333,334 200,000 5,033,333 사용분 소계 3,500,000 1,333,334 200,000 5,033,333 2002년 1,166,666
• - 1,166,666 2003년 1,166,666 666,667
• 1,833,333 2004년 1,166,668 666,667 200,000 2,033,334 미사용분
• -
• - 2005년이후 환입분
• 666,666 400,000 1,066,666
(2) 처분청은 청구법인이 기술개발촉진법에 의한 연구소 ․ 연구전담부서 변경신고시 연구전담요원 등으로 신고하지 않아 조세특례재한법시행령 <별표 5>에 해당하는 인건비인지 여부를 정확히 알 수 없고, 연구용역관련 인건비를 연구개발비계정으로 회계처리하지 않고 제조원가 노무비계정으로 회계처리한 사실과 2000사업연도에 1997사업연도의 연구 ․ 인력개발준비금 설정분 3,144백만원 중 일부 미사용분이 있어 미사용에 따른 이자상당액을 추가납부한 사례를 들어 다음 <표>와 같이 준비금설정 61억원 중 연구시험용 설비취득액 986,206천원을 제외한 5,113,794천원을 준비금 미사용액으로 보고 환입액을 재계산하는 한편, 이자상당액을 추징하였다. (단위: 천원) 구분 1999년 2000년 2001년 합계 준비금설정액 3,500,000 2,000,000 600,000 6,100,000 준비금사용액 (연구시험설비취득액) 598,182 190,796 197,228 986,206 미사용액 2,901,818 1,809,204 402,772 5,113,794 환입분 2002 사용분 199,394
• - 199,394 미사용분 2,901,818
• - 2,901,818 2003 사용분 199,394 63,598
• 262,992 미사용분
• 1,809,204
• 1,809,204 2004 사용분 199394 63,599 65,742 328,735 미사용분
• - 402,772 402,772 2005년이후환입분
• 63,599 131,486 195,085
(3) 청구법인은 기업부설연구소의 연구전담요원 등의 변경이 있는 경우 변경신고하여야 하나 기술개발촉진법 제7조 및 동법시행령 제15조 제1항 제1호에서 규정하는 최소한의 인원만 신고하고 신고된 연구 전담요원 등의 인건비는 조세특례제한법 제10조 규정에 의한 연구 ․ 인력개발비세액공제를 적용받았으며, 연구전담요원 등으로 신고되지 않은 연구전담요원 등의 인건비는 연구 ․ 인력개발비세액공제를 적용받았으며, 연구전담요원 등으로 신고되지 않은 연구전담요원 등의 인건비는 연구 ․ 인력개발준비금 사용분으로 세무조정신고하였다고 주장하면서 연도별 ․ 부서별 연구요원 인건비집계표, 연구전담요원 등의 연도별 ․ 직원별 인건비명세, 기술진흥협회의 기업부설연구소 변경신고에 따른 수리결과 통보 공문서사본(2006.1.12.시행) 및 기업부설연구소 인정서, 연구개발부서별 연구성과물 목록, 회사조직도 및 조직 ․ 업무분장규정, 연구소 ․ 전담부서 변경신고서 등을 제출하고 있는 바, 이들 자료에 의하면 청구법인은 1991.11.13. ○○○○○○○○협회로부터 기술개발촉진법시행령 제18조 및 동법시행규칙 제7조 규정에 의하여 기업부설연구소 설립인가를 받은 사실이 있고, 청구법인의 회사조직도 및 조직 ․ 업무준장규정을 보면 기업부설연구소내에 수지연구팀과 전처리전착연구팀이, 사업1본부내에 자동차 기술 1, 2팀, 자동차 전착기술팀, 실란트기술팀이, 사업2본부내에 APA기술팀, 보수&CE기술팀, COEX기술팀, 전착기술팀, 일반공업기술팀이 있고, 기업부설연구소는 자동차나 일반공업용에 공통적으로 적용되는 기술에 대한 연구개발하며 각 사업본부에 소속된 기술팀의 연구개발업무를 총괄지휘하고, 사업1본부는 주로 자동차관련도료의 판매 및 연구를 담당하며, 사업2본부는 자동차를 제외한 일반 공업용도료의 판매 및 연구를 담당하는 것으로 되어 있다.
(4) 청구법인은 사업1본부 및 사업2본부 소속의 연구전담요원 등도 기업부설연구소 소속이나 변경신고만 하지 않은 것이라고 주장하고 있으나, 청구법인의 직제상 기업부설연구소와 분리되어 있는 독립된 조직으로서 기술개발촉진법시행규칙 제8조 규정에 따른 과학기술부장관에게 신고되지 않은 연구전담부서로 보인다.
(5) 조세특레제한법 제9조 제1항 및 제2항 제1호 규정에 의하면, 제조업 ․ 광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 내국인이 2003년 12월31일 이전에 종료하는 과세연도까지 기술의 개발 또는 혁신에 소요되는 비용에 충당하기 위하여 연구 및 인력개발준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 과세연도의 수입금액에 일정율(자본재산업 및 기술집약적 산업은 5%, 다른 사업은 3%)을 곱하여 산출한 금액의 범위안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하고, 당해 준비금을 손금에 산입한 과세연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지 연구 및 인력개발비 등 대통령령이 정하는 비용에 지출한 금액에 상당하는 준비금은 그3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액계산에 있어서 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 당해 과세연도의 월수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다고 규정하고 있고, 조세특례제한법시행령 제8조 제3하의 규정에 의하면, 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 비용” 이라 함은 재료 ․ 제품 ․ 기계장치 또는 공정을 개선하거나 새로운 생산방법을 탐구하기 위한 연구 및 인력개발비 ․ 기술정보비 등의 비용으로서 <별표 5> 의 비용을 말한다고 규정하고 있다.
(6) 한편, 조세특례제한법시행령 <별표 5>의 1. 가목에서 재정경제부령이 정하는 기업의 연구개발전담부서에서 자체기술개발을 위하여 전담부서에서 근무하는 직원의 인건비, 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품 ․ 부품 ․ 원재료와 시약류구입비 등을 열거하고 있고, 조세특례제한법시행규칙 제6조 제1항 의 규정에 의하면, 영 <별표 5>의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목 본문 중 “재정경제부령이 정하는 전담부서” 라 함은 기술개발촉진법시행규칙 제8조 의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 전담부서를 말한다고 규정하고 있으며, 기술개발촉진법시행규칙 제8조 제1항 의 규정에 의하면, 전담부서의 요건을 갖추고 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 전담부서에 대하여는 기술개발에 필요한 지원을 할 수 있다고 규정하고 있다.
(7) 위의 사실관계 및 관련법령을 종합하면, 조세특례제한법시행규칙 제63조 제1항 에서 연구 및 인력개발준비금의 사용대상인 기업의 연구개발 전담부서에 대하여 ○○○○○부장관(위탁받은 ○○○○○○○○협회장)에게 신고한 전담부서로 한정하고 있으므로 과학기술부장관에게 기업내의 연구개발 전담부서로 신고한 사실이 확인되지 아니하는 청구법인의 사업 1 ․ 2본부 소속의 연구전담요원에 대한 인건비를 조세특례제한법시행령 <별표 5>에 열거된 연구 ․ 인력개발준비금사용액으로 보지 아니하고 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.