사업 양도?양수 계약금에 대한 매입세액 공제 여부.

○○세무서장이 2006.10.4. 청구법인에게 한 2006년 1기 부가가치세 9,875,000원의 부과처분은 청구법인이 2006.6.26. 주식회사 ○○으로부터 수취한 세금계산서에 기재된 부가가치세 1억원을 매출세액에서 공제하여 이를 경정한다.

• 가. 주택건설업자인 청구법인은 2006.6.26. ○○시 ○○구 ○○동 384-114 외 286 필지에서 아파트 분양사업을 추진하던 주식회사

○○ (주택건설업, 이하 “ (주)○○ ”이라 한다)으로부터 사업권 일체를 55억원(부가가치세 별도)에 매수하기로 약정하고, 같은 날 계약금 10억원을 지급하고 사업권 취득에 대한 세금계산서(공급가액 10억원)를 수취한 후, 2006년 1기 부가가치세 신고시 세금계산서에 기재된 부가가치세 1억원을 매출세액에서 공제하였다.

• 나. 처분청은 청구법인이 (주)○○ 에게 지급하기로 아파트 분양 사업권 대가 55억원 전부가 토지에 대한 자본적 지출에 해당한다 하여 매입세액 1억원을 불공제하고, 신고불성실가산세 1천만원을 납부세액에 가산하여 2006.10.4. 청구법인에게 2006년 1기 부가가치세 9,875,000원을 고지하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 (주)○○으로부터 아파트 분양사업권을 취득하면서 사업권에 대한 계약과 토지매매에 대한 계약을 별도로 체결하였고, (주)○○에게 지급하기로 한 대금 55억원 중 15억원은 (주)○○의 토지매입용역비 및 ○○지사 유지비에 해당하고, 40억원은 사업추진 포기로 인한 기대이익 상실에 대한 보상금(영업권)에 해당한다. 이와 관련 하여 국세심판결정례(2004중2027, 2005.4.2.)에서는 사업시행에 관한 일체의 권리와 의무를 승계받아 사업양수도 조건으로 지급한 대가는 재산권(사업권) 양도에 해당한다 하여 부가가치세를 매출세액에서 공제함이 타당하다고 결정한 바 있
• 다. 따라서 청구법인이 (주)○○에게 계약금으로 지급한 사업권 대가 10억원에 대한 부가가치세 1억원은 매출세액에서 공제하여야 하고, 이를 받아들이지 아니할 경우에도 적어도 토지용역비를 제외한 부분에 대한 부가가치세만큼은 매출세액에서 공제하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 추진하고 있는 아파트 분양사업은 사업부지 매입도 완료되지 아니한 초기 단계이며, (주)○○ 은 사업부지 및 지주동의서 확보 등 토지매입과 관련된 활동을 주로 하였는바, 청구법인이 지급한 사업시행에 관한 영업권은 (주)○○ 이 가진 토지에 대한 자본적 지출에 해당하므로 부가가치세 1억원을 매입세액불공제한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 (주)○○ 으로부터 아파트 분양사업 시행에 관한 권리를 취득하기로 계약을 체결하고 계약금 10억원에 대한 세금계산서를 수취한 경우로, 세금계산서에 기재된 부가가치세 1억원을 매입세액 공제대상으로 볼 것인지 여부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제1조 【과세대상】

① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 과세한다.

② 제1항에서 재화라 함은 재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말한다.

○ 동법시행령 제1조【재화의 범위】

① 부가가치세법(이하 “법”이라 한다) 제1조 제2항에 규정하는 유체물에는 상품・제품・원료・기계・건물과 기타 모든 유형적 물건을 포함한다.

② 법 제1조 제2항에 규정하는 무체물에는 동력・열 기타 관리할 수 있는 자연력 및 권리 등으로서 재산적 가치가 있는 유체물 이외의 모든 것을 포함한다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급 한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다.)을 공제한 금액으로 한다. (단서생략)

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

○ 동법시행령 제60조【매입세액의 범위】

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당 하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

○ 법인세법시행령 제24조 【감가상각자산의 범위】

① 법 제23조 제2항에서 “건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산” 이라 함은 다음 각호의 고정자산(제2항의 자산을 제외하며, 이하 “감가상각자산”이라 한다)을 말한다.

2. 다음 각목의 1에 해당하는 무형고정자산

• 가. 영업권, 디자인권, 실용신안권, 상표권

○ 법인세법시행규칙 제12조 【감가상각자산의 범위】

① 영 제24조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 영업권에는 다음 각호의 금액이 포함되는 것으로 한다.

1. 사업의 양도・양수과정에서 양도・양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가 ・인가 등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용・명성・거래선 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료에는 청구법인이 2006년 1기에 사업권 취득에 대한 매입세액이라 하여 부가가치세 1억원을 매출세액에서 공제한 데에 대하여 처분청은 다음의 같은 사유로 매입세액을 불공제한 사실이 나타난다. (가) 청구법인이 제출한 ‘사업포기 양도・양수약정서’를 검토한 바, 전체 매매대금 55억원은 (주)○○ 의 (아파트)지구단위계획 수립용역과 관련한 토지에 대한 자본적 지출(토지매입용역비 등)의 실비변상액 15억원과 기대이익 상실보상금(영업권) 40억원으로 약정되어 있으나, 위 기대이익 상실보상금은 본 사업이 성공적으로 종료될 경우 (주)○○ 이 배타적 권리를 가지는 부분으로 이는 사실상 토지관련 비용으로 보아야 한다. (나) 또한, 청구법인이 추진하고 있는 아파트 분양사업은 사업부지 매입도 완료 되지 아니한 초기단계이며, (주)○○ 은 사업부지 및 지주동의서 확보 등 토지매입 과 관련된 활동을 주로 하였는바, 청구법인이 지급한 사업시행에 관한 영업 권은 (주)○○ 이 가진 토지에 대한 우선적 권리를 양수한 데에 대한 대가로서 이는 전액 토지관련 매입세액에 해당하므로, 매입세액 불공제대상이다.

(2) 주택건설사업자인 청구법인과 (주)○○ (

○○ 시

○○ 구

○○ 동 826-4, 대표이사 김

○○, 2002.7.26.개업, 계속사업자)이 작성한 ‘(아파트 분양)사업포기 양도・양수 약정서’(2006.6.26.)에는 당사자 간의 권리・의무를 다음과 같이 규정하고 있다. (가) 청구법인은 (주)○○ 이 22개월동안 진행하여 오던

○○ 시

○○ 구

○○ 동 385-114외 286필지의 공동주택(아파트) 건설사업 포기에 대한 대가로 그 동안 (주)○○ 이 지출한 토지매입용역비 등 15억원(부가가치세 별도)을 보전하여 줌과 아울러 (주)○○ 의 사업성과물의 제공 및 사업추진 포기로 인한 기대이익 상실에 대한 보상금으로 40억원(부가가치세 별도)을 지급한다. (나) 대금 55억원은 계약체결시 10억원(부가가치세 별도)을, 청구법인이 브릿지론을 조달함과 동시에 20억원(부가가치세 별도)을, 청구 법인이 사업부지 내의 매매약정된 부동산에 대한 계약금 지급을 위한 자금조달과 동시에 25억원(부가가치세 별도)을 각각 지급한다.

(3) 청구법인이 제출한 금융거래 자료에 의하면, 청구법인은 2006.06.26. 계약금 10억원(부가가치세 별도)에 대해 2006.06.26. (주)○○ 의 예금계좌(

○○ 은행 000000-00-000000)에 9억원을, 2006.07.03. 위 같은 계좌에 2억원을 각각 송금한 사실이 나타난다. (

4. 국세청 전산자료에는 청구법인이 (아파트분양)사업권 대가로 지급한 10억원에 대하여 다음과 같이 세무처리한 사실이 확인된다. (가) (주)○○ 은 2006년 1기에 사업권 매각대금 10억원을 포함하여 부가가치세 과세표 준을 145억원 상당으로 신고하였고, 사업권 매각대금 10억원에 대한 부가가치세 1억원을 매출세액으로 납부하였다. (나) (주)○○ 은 2006사업연도 법인세 신고시 청구법인에게 매각한 사업권 매각대금 10억원에 대하여 이를 사업권처분이익 10억원으로 하여 법인세를 신고・납부하였다. (다) 청구법인은 2006사업연도 법인세 신고시 (주)○○ 으로부터 취득한 사업권 취득 대금 10억원에 대하여 이을 영업권 10억원으로 하여 법인세를 신고하였다.

(5) 청구법인이 제출한 ‘

○○ 동

○○ 아파트신축(지하2층, 지상33층, 533세대) 사업 계획서’의 사업일정표에는 토지보상협의 및 계약, 단독필지 계약, 설계, 교통영향평가, 사업승인, 건축심의, (토지)소유권 이전, 감리자선정, 철거, 착공신고, 분양승인신청 및 공고, 분양, 시공단계 순으로 공사를 진행한다고 되어 있다.

(6) 청구법인은 ‘

○○ 동

○○ 아파트신축사업’의 사업부지의 일부 토지에 대하여 계약금을 지급(토지계약율: 면적대비 88%)하고, 2006사업연도 대차대조표 자산항목에 ‘범어동 용지’ 18억원으로 계상하였음이 확인된다.

(7) 이를 바탕으로 처분청이 사업권 취득대가로 지급한 부가가치세 1억원을 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액을 불공제한 처분이 타당한지를 본다. (가) 현행 부가가치세법은 매출세액에서 공제하는 매입세액에 관하여 ‘자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될’ 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액으로 규정함으로써 매입세액 공제여부를 ‘사업관련성’에 두고 있는 바, 청구법인이 지출한 사업권에 대한 매입세액이 청구법인의 사업과 관련성이 있다면, 이를 매출세액에서 공제함이 타당하다 할 것이다(대법원 94누1449, 1995.12.31. 전원합의체 판결 참조). (나) 법인세법시행규칙 제12조 제1항 제1호 에서는 영업권을 사업의 양수・도 과정 에서 양도・양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가・인가 등 법률상의 지위, 사업 상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용・명성・거래선 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액이라고 규정하고 있다. (다) 이 건의 경우, 청구법인은 2006.6.26. (주)○○ 이 22개월동안 추진하여온 아파트 분양사업 시행에 관한 권리를 55억원에 평가하여 지급하기로 하였는바, 이러한 사업권은 영업권으로서 (주)○○ 의 사업용 자산과 별개인 아파트분양사업의 인・허가 등 법률상의 지위나 사업지역이

○○ 역에 근접하거나

○○ 동 지하철역과

○○ 구청 지하철역에 가깝다는 등 사업의 입지조건이 유리한 점을 인정하여 사업권 대가를 지급한 것으로 보이므로, 청구법인이 (주)○○ 에 지급한 10억원은 아파트분양사업과 관련된 지출로 인정된다 할 것이다(국심 2006서2865, 2006.12.27., 국심 2004중2027, 2005.4.2. 같은 뜻임). (라) 따라서 처분청이 사업권 취득에 대한 부가가치세 1억원을 토지관련 매입세액이라 하여 매입세액을 불공제한 이 건 처분은 잘못이라고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.