경정이 있을 것을 알고 한 수정 신고인지 여부

○○○세무서장이 2006.7.4 청구법인에게 한 대표이사에 대한 2004년 귀속분 근로소득세 527,093,000원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 1998.9.1부터 한방의약품을 제조하는 업체로 공장용지로 사용 중이던 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○○○-○외 2필지 공장용지 및 구거 3,707㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2004.6.23 주식회사 ○○개발(이하 “청구외법인”이라 한다)에 양도하고 매매대금 45억원을 수령하였고, 이와는 별도로 영업보상금 명목으로 17억원을 수령하였으나 동 영업보상금을 대표이사 김○○의 처 이○○, 동생 김○○ 등에게 분산 입금하는 등 사외로 유출하였다.
• 나. ○○광역시장은 2005.5.13 청구외법인에 대한 지방세 세무조사를 실시하여 청구외법인이 청구법인에게 지급한 영업보상금에 상당하는 부동산취득가액에 대하여 취득세 등을 신고납부하지 아니한 사실을 확인하였고, 2005.6.28 청구법인에 대한 지방세 세무조사를 실시하여 청구법인이 사외유출 한 영업보상금에 대하여는 2004사업연도 분 법인세 수정신고를 준비 중 이라는 답변사실을 확인하였다. (○○광역시장은 지방세 세무조사결과를 처분청에 통보한 사실이 없는 것으로 확인됨) 그 후 청구법인은 2005.7.28 영업보상금을 회수한 후 익금산입하고 사외유출 된 영업보상금 1,700,000,000원 중 가지급금인정이자를 계산하여 대표자상여로 소득처분 한 78,273,641원을 차감한 나머지 1,621,726,359원(이하 “쟁점영업보상금”이라 한다)을 유보로 소득처분 하여 2004사업연도 분 법인세 수정신고를 하였다. 이에 따라 처분청은 청구법인이 2005.7.28 제출한 2004사업연도 분 법인세 수정신고서를 근거로 수시 분 법인세 세무조사를 실시하겠다는 내용의 “세무조사통지서”를 2006.4.25 청구법인에게 발송하였고, 청구법인이 “세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고” 법인세 수정신고를 한 것이므로 쟁점영업보상금을 대표자상여로 소득처분 하겠다는 내용의 “세무조사결과통지서”를 2006.5.22 청구법인에게 발송하였으며, 2006.7.4 쟁점영업보상금을 청구법인의 대표이사 김○○에 대한 상여로 소득처분 하여 청구법인에게 소득금액변동통지서를 발송한 후 이에 대한 2004년 귀속 원천징수 분 근로소득세 527,093,000원을 결정고지 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.9.27 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 세무조사통지일 1년여 전에 쟁점영업보상금을 전액 회수하여 청구법인의 예금계좌로 입금한 후 익금산입 하여 적법한 수정신고기한 내 법인세 수정신고를 하였는바, 처분청으로부터 세무조사통지를 받기 전까지 사외유출된 쟁점영업보상금을 전액 회수하여 청구법인의 예금통장에 입금한 사실이 구체적으로 확인 되므로 이에 대하여는 법인세법시행령 제106조 제4항 의 규정에 따라 “사내유보”로 소득처분 하여야 한다. 국세심판원의 결정사례(국심2005중3713, 2006.4.1 ; 국심2005서3153, 2005.11.14)등에서도 세무조사 통지를 받기 전까지 사외유출 된 금액을 전액 회수하여 익금산입하고 법정 수정신고기한 내 수정신고를 한 경우에는 소득처분을 유보로 하는 것으로 결정한 바 있음에도 처분청이 쟁점영업보상금을 대표자상여로 소득처분 하여 근로소득세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점영업보상금을 현금으로 수령하여 사외로 유출한 사실이 있고, ○○광역시장이 청구외법인에 대한 지방세 세무조사 시 쟁점영업보상금에 상당하는 부동산취득가액에 대한 취득세 신고누락사실을 확인하였고, 그 후 청구외법인에 대한 지방세 세무조사과정에서도 쟁점영업보상금의 신고누락 사실을 재차 확인하였는바, 청구법인은 ○○광역시장이 처분청에 과세자료를 통보할 것을 미리 알고 사외유출 된 쟁점영업보상금을 회수하여 익금산입하고 법인세 수정시고를 한 것이므로 쟁점영업보상금을 대표자상여로 소득처분 하여 소득금액변동통지하고 근로소득세를 고지한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 사외유출 한 쟁점영업보상금을 회수한 후 익금산입하고 유보처분 하여 법인세 수정신고를 한 데 대하여 청구법인이 “세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고” 법인세 수정신고를 한 것으로 보아, 쟁점영업보상금을 대표자에게 상여처분하고 소득금액변동통지한 후 이에 대한 원천징수분 근로소득세를 고지한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 법인세법 제67조 【소득처분】

① 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여 ․ 배당 ․ 기타 사외유출 ․ 사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

○ 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】

① 내국법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출 된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출 된 금액을 익금산입 하는 경우에는 그러하지 아니하다.(2005.2.19 신설 ; 2005.2.19 이후 수정신고 하는 분부터 적용)

○ 국세기본법 제45조 【수정신고】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 때

3. 제1호 및 제2호외에 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 불완전한 신고를 한 때(제45조의 2의 규정에 의하여 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우를 제외한다)(2000.12.29 신설)

○ 국세기본법 제1조 【목적】

① 이 법은 국세에 관한 기본적인 사항 및 공통적인 사항과 위법 또는 부당한 국세처분에 대한 불복절차를 규정함으로써 국세에 관한 법률관계를 확실하게 하고, 과세의 공정을 도모하며, 국민의 납세의무의 원활한 이행에 기여함을 목적으로 한다.

○ 국세기본법 제3조 【세법 등과의 관계】

① 이 법은 세법에 우선하여 적용한다. 다만, 세법이 이 법 제2장 제1절, 제3장 제2절 ․ 제3절 및 제5절, 제4장 제2절(조세특례제한법 제104조 의 7 제4항에 의한 제2차 납세의무에 한한다), 제5장 제1절 ․ 제2절 제45조의 2, 제6장 제51조와 제8장에 대한 특례규정을 두고 있는 경우에는 그 세법이 정하는 바에 의한다. (2003.12.30 단서개정)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2004.6.23 쟁점부동산을 청구외법인에 양도하고 매매대금 이외에 별도로 수령한 영업보상금 1,700,000,000원을 사외로 유출하였다가, ○○광역시장의 청구외법인(2005.5.13) 및 청구법인(2005.6.28)에 대한 지방세 세무조사결과 영업보상금에 대한 신고누락사실이 확인되자, 2005.7.28 사외로 유출된 영업보상금을 전액 회수한 후 익금산입하고 쟁점영업보상금을 유보로 소득처분 하여 2004사업연도(2004.1.1~12.31)분 법인세 수정신고를 한 사실이 처분청의 심리자료에 나타나고 위 사실들에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 처분청이 세무조사를 실시하게 된 경위를 살펴보면, 2005.5.13 청구외법인이 지방세 세무조사를 받았고, 그 후 2005.6.28 청구법인이 지방세 세무조사를 받고 난 후인 2005.7.28 법인세 수정신고서를 제출하자 그로부터 약 9개월여 후인 2006.4.25 수시 분 법인세 세무조사에 착수하게 된 사실이 “세무조사통지서(2006.4.25)” 및 “조사기간연장통지서(2006.5.3)” 등에 나타난다. 처분청은 청구법인이 법인세법시행령 제106조 제4항 의 단서규정에 의한 “세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고” 사외유출 된 쟁점영업보상금을 회수하여 익금산입 한 것이므로 쟁점영업보상금을 대표자 상여로 소득처분 하여야 한다는 입장이다.

(3) 청구법인은 처분청이 청구법인에게 세무조사통지서를 발송한 날은 2006.4.25 이고, 청구법인이 쟁점영업보상금을 전액 회수하여 익금산입하고 법인세 수정신고를 한 날은 약 1년여 전인 2005.7.28로 세무조사통지서를 받기 이전에 정당하게 수정신고서를 하였으므로 법인세법시행령 제106조 제4항 의 본문규정에 의한 “내국법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출 된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우”에 해당되어 쟁점영업보상금을 유보로 소득처분 하여야 한다는 주장이다.

(4) ○○광역시장은 쟁점영업보상금의 신고누락사실을 처분청에 과세자료 또는 행정기관자료로 통보한 사실이 없고, 지방세 조사결과를 국세청에 통보하도록 되어 있는 의무규정도 없는 것으로 확인된다.

(5) 살피건대, 처분청은 청구법인이 “세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고” 사외유출 된 쟁점영업보상금을 회수하여 익금산입 한 것이라 하여 쟁점영업보상금을 대표자 상여로 소득처분하고 이 건 과세하였으나, 조세법률주의 하에서 세법의 해석은 법문에 표현되어 있는 문언에 충실하여야 하고 법문대로 엄격히 해석하여 유추, 확장해석을 금하는 것이 타당하므로 사외유출 된 금액의 회수에 따른 사내유보 처분의 조건은 시행당시 법령의 규정에 따라 해석하여야 할 것이다. 국세기본법 제1조 에는 “이 법은 국세에 관한 기본적인 사항 및 공통적인 사항과 위법 또는 부당한 국세처분에 대한 불복절차를 규정함으로써 국세에 관한 법률관계를 확실하게 하고, 과세의 공정을 도모하며, 국민의 납세의무의 원활한 이행에 기여함을 목적으로 한다.”고 규정하고 있고, 제2조에는 “이 법은 세법에 우선하여 적용한다. 다만, 세법이 특례규정을 두고 있는 경우에는 그 세법이 정하는 바에 의한다.”고 규정하고 있다. 2005.2.19 개정되고 2005.2.19 이후 수정신고 하는 분부터 적용되는 법인세법시행령 제106조 제4항 에는 “내국법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외 유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출 된 금액을 익금산입 하는 경우에는 그러하지 아니하다.”고 규정되어 있다. 전시한 국세기본법의 규정에 의하면, 위 법인세법시행령 제106조 제4항 에서 말하는 세무조사라 함은 “국세”에 관한 세무조사를 의미한다 할 것이고, 청구법인이 2005.7.28 법인세 수정신고를 한 이후 9개월여 간의 기간이 경과한 후에 처분청이 세무조사통지서 및 조사기간연장통지서 등을 청구법인에게 발송하였으며, 청구법인이 비록 지방세 세무조사를 받은 사실이 있다 하더라도 그것으로 종결되고 국세의 세무조사와는 연계되지 아니한 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 “세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고” 사외유출 된 금액을 익금산입 하여 법인세 수정신고를 한 경우에 해당된다고 보기 어려운 것으로 판단된다. 따라서 이 건의 경우 쟁점영업보상금을 상여처분 하여 청구법인에게 근로소득세를 경정고지 한 처분은 잘못이 있으므로 법인세법 시행령 제106조 제4항 의 규정에 따라 쟁점영업보상금은 유보로 소득처분 함이 타당한 것으로 판단된다. (2005서3153, 2005.11.14 ; 국심2004부820, 2004.9.4 외 다수, 같은 뜻)

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.