간이과세자에게 양도한 포괄양도양수 인정 여부

○○세무서장이 2006.5.2. 청구인에게 한 2005년도 1기분 부가가치세 47,302,920 원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구인은 2003.5.13. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 대지 376㎡ 건물 899㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대하여 일반과세자로 사업자등록을 하고 ○○빌딩이라는 상호로 부동산 임대업을 영위하다가 2005.6.30. 사업의 포괄적 양 ․ 수도 계약서를 작성하고 쟁점부동산을 양○○(이하 “양수인”이라 한다)에게 860백만원에 양도한 후 사업의 포괄양도에 해당되는 것으로 보아 이에 대한 부가가치세를 신고하지 아니하였다. 처분청은 쟁점부동산을 양수한 양○○이 간이과세자로 사업자등록(등록일: 2005.6.22.)한 사실을 확인하고, 일반사업자가 간이과세자에게 양도한 경우에는 사업의 포괄적인 양도에 해당하지 아니한다 하여 2006.5.2. 양도가액 860백만원을 토지와 건물의 기준시가비율로 안분하여 건물분을 407백만원으로 계산하여 청구인에게 2005년 1기 부가가치세 47,302,920원을 경정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.5.17. 이의신청을 거쳐 2006.9.8. 심판청구를 하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 양수인이 일반사업자로 사업자등록을 하는 조건으로 쟁점사업장에 대한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하였고, 쟁점사업장은 건물면적이 899㎡이고, 2005년도 공시지가가 ㎡당 1,080천원으로서 이는 간이과세 배제기준(건물면적 763㎡이상, ㎡당 공시지가 1,000천원 이상)에 해당함에도 처분청이 간이과세 배제기준에 해당하는 쟁점부동산 임대사업자인 양수인에게 간이과세자로 사업자등록을 발급하여 발생한 것이므로, 양수자가 간이과세자임을 이유로 청구인에게 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 2005년 고시된 공시지가는 2005.7.1.부터 적용하는 것이므로 사업자등록일이 2005.6.22.인 양수인에 대하여는 2004년 공시지가를 적용하여 간이과세배제기준을 결정하여야 하는 것이므로, 2004년 공시지가가 ㎡당 952천원인 쟁점부동산은 간이과세배제기분에 해당하지 아니하는 것이고, 청구인이 쟁점사업장을 양도하기 전에 양수인의 사업자등록 여부를 확인할 수 있었으므로 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 임대용 부동산인 쟁점부동산을 사업의 포괄양도양수계약에 의하여 양도하였으나, 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도양수에 해당한다 하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

⑥ 다음 각호의 1에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것. 다만, 사업자가 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다. (2) 부가가치세법시행령 제17조 【담보제공 ․ 사업양도 및 조세의 물납】

② 법 제6조 제6항 제2호 본문에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 사업장별(상법에 의하여 분할 또는 분할 ․ 합병하는 경우에는 동일한 사업장 안에서 사업부문별로 양도하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법 제46조 제1항 의 요건을 갖춘 분할의 경우를 포함하되, 일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우를 제외한다)을 말한다.(이하 생략) (3) 부가가치세법 제25조 【간이과세】

① 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 대가(부가가치세가 포함된 대가를 말한다. 이하 “공급대가”라 한다)가 4천800만원 이상 동 금액의 100분의 130에 해당하는 금액 이하의 범위내에서 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 “간이과세자”라 한다)에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 사업자의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 간이과세가 적용되지 아니하는 다른 사업장을 보유하고 있는 사업자

2. 업종 ․ 규모 ․ 지역 등을 감안하여 대통령령이 정하는 사업자

③ 신규로 사업을 개시하는 개인사업자는 사업을 개시한 날이 속하는 1역년에 있어서 공급대가의 합계액이 제1항 및 제2항에 규정된 금액에 미달될 것으로 예상되는 때에는 제5조 제1항의 규정에 의한 등록과 함께 대통령령이 정하는 바에 따라 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

④ 제3항의 규정에 의한 신고를 한 개인사업자는 최초의 과세기간에 있어서 간이과세자로 한다. 다만, 제1항 단서의 규정에 해당하는 사업자의 경우에는 그러하지 아니하다. (4) 부가가치세법 시행령 제74조 【간이과세의 범위】

② 법 제25조 제1항 제2호의 규정에 의한 사업자는 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하는 자로 한다.

6. 부동산입대업으로서 재정경제부령이 정하는 것 (5) 부가가치세법 시행규칙 제23조의2 【간이과세의 적용범위】

③ 영 제74조 제2항 제6호에서 “재정경제부령이 정하는 것”이라함은 특별시 및 광역시 지역에 소재하는 부동산임대사업장을 영위하는 사업으로서 국세청장이 정하는 규모 이상의 사업을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 일반사업자로 사업자등록을 하고 쟁점부동산을 임대에 제공하던 중 2005.6.30. 사업의 포괄양도양수계약을 작성하여, 쟁점부동산을 양○○에게 양도하고 사업의 포괄양도양수로 보아 세금계산서를 교부하거나 부가가치세를 신고납부하지 아니하였으며, 양○○은 2005.6.22. 쟁점부동산을 임대용 부동산으로 하여 간이과세자로 부동산 임대업에 대한 사업자등록을 하였다.

(2) 청구인은 쟁점부동산이 간이과세 배제기준에 해당되며, 양수인이 청구인의 쟁점부동산에 대한 임대사업을 포괄양수하기로 약정하고 일반사업자로 사업자등록하기로 약정하였음에도, 처분청에서 양수인에게 간이과세자로 사업자등록증을 잘못 발급하고 간이과세자에게 양도하였다 하여 청구인에게 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(3) 먼저, ○○시 지역에 소재하고 건물면적이 연면적 899㎡이고, 2004년 공시지가가 ㎡당 952천원이고, 2005년 공시지가가 ㎡당 1,080천원인 쟁점부동산이 간이과세배제지역에 해당되는지에 대하여 본다. (가) 부가가치세법 제25조 제1항 은 간이과세 적용요건을 규정하면서, 같은 항 단서에서 “다만, 업종 ․ 규모 ․ 지역 등을 감안하여 대통령령이 정하는 사업자인 경우에는 그러하지 아니하다”고 규정하고, 그 위임을 받은 같은 법 시행령 제74조 제2항 제6호에서 “부동산 임대업으로서 재정경제부령이 정하는 것”을 간이과세가 배제되는 사업의 하나로 들고 있으며, 같은 법 시행규칙 제23조의2 제3항은 “영 제74조 제2항 제6호에서 ‘재정경제부령이 정하는 것’이라 함은 특별시 및 광역시 지역에 소재하는 부동산 임대사업장을 영위하는 사업으로서 국세청장이 정하는 규모 이상의 사업을 말한다.”고 규정하고 있고, 위 관련법령의 위임을 받아 국세청장이 2004.6.3. 국세청 고시 제2004-22호로 개정 ․ 고시한 간이과세 배제기준에 의하면, 부가가치세 과세사업을 영위하고 있거나 신규로 사업을 개시하고자 하는 사업자가 ○○지역에 소재한 임대용 건물의 경우 건물연면적이 763㎡이상이면 간이과세 적용을 배제하고, ㎡당 공시지가가 100만원 미만인 경우에도 건물연면적이 993㎡이상이면 간이과세 적용을 배제하도록 되어 있다. (나) 쟁점부동산에 대한 2004년 공시지가는 고시일이 2004.6.30.이고 ㎡당 952천원이며, 2005년 공시지가는 고시일이 2005.5.31.이고 ㎡당 1,080천원인 사실이 확인되며, 공시지가는 고시된 날부터 적용하는 것인 바, 양수자인 양○○이 사업자등록을 신청한 2005.6.22.현재 쟁점부동산은 연면적이 899㎡이고 공시지가가 ㎡당 1,080천원이므로 간이과세배제기준에 해당된다고 하겠다. 따라서, 쟁점부동산에 대하여 부동산임대업으로 사업자등록을 신청하는 경우에는 “관할세무서장이 간이과세 적용을 배제하는 것이 부적합하다고 판단되어 특별히 간이과세를 적용할 수 있도록 한 경우”가 아니라면 사업자가 간이과세자로 사업자등록을 신청하는 경우에도 과세유형을 일반과세자로 하여 사업자등록증을 교부하는 것이 타당하다고 할 것이다.

(4) 위의 사실관계 등을 종합하여 볼 때, 청구인은 사업의 포괄양도양수계약으로 쟁점부동산을 양○○에게 양도하면서 양수인이 일반과세자로 등록하기로 특약한 점, 쟁점부동산이 간이과세배제기준에 해당되는 사실이 확인되는 바, 양수인이 간이과세자로 사업자등록된 책임이 청구인보다는 처분청에 있는 것으로 인정되는 점으로 보아 양수인의 과세유형이 청구인과 다르다는 사유로 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 포괄양도가 아니라 하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못된 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.