중소기업특별세액감면 대상 여부

심판청구번호 국심2006구 1133(2006.6.30)

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구법인은 ○○○에서 건설 및 부동산공급업을 영위하고 있으며, 법인세신고시 조세특례제한법 제7조 규정에 의한 중소기업특별세액감면을 신청하여 법인세 2002사업연도분 37,140,495원, 2003사업연도분 74,488,726원, 2004사업연도분 13,504,628원을 감면받았다.
• 나. 이에 대하여 처분청은 ○○○의 감사지적사항으로 청구법인의 주업종은 부동산공급업에 해당되어 조세특례제한법상 감면대상 인 중소기업(건설업)에 해당되지 아니 하여 동 감면규정을 배제하고 2006.1.4. 청구법인에게 법인세 2002사업연도분 48,394,060원, 2003사업연도 88,879,940원, 2004사업연도 14,634,960원을 결정고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.3.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 주업종이 2002사업연도부터 부동산공급업에 해당하므로 중소기업특별세액 감면규정을 적용받을 수 없다는 것은 인정하나, 2000.12.29. 조세특례제한법시행령 부칙 제15조제2항에 의한 유예기간의 적용대상이므로 2002사업연도～2004사업연도는 조세특례제한법 제7조 의 중소기업특별세액 감면을 받을 수 있는 것이다. 또한, 청구법인은 주된 사업을 변경한 사실이 없고 다만 과세당국에서 중소기업에 해당하는 업종구분을 세법규정에서 ○○○를 기준으로 변경한데 기인하므로 중소기업으로 적용받던 기업이 기준이 변경됨으로써 중소기업에서 제외될 경우에는 당연히 유예기간을 적용 받아야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제7조제1항제1호 다목에 의한 중소기업특별세액감면은 동법 시행령 제2조에 의한 중소기업 중 건설업에 해당하는 경우에 적용할 수 있으며, 조세특례제한법 제2조제3항 (2001.12.29. 신설)에 의하면, “이 법에서 사용되는 업종의 분류는 이 법에서 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계법 제17조 의 규정에 의하여 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한다”고 규정하고 있고, 동법 부칙 제2조에서 “이 법 중 소득세법 및 법인세법에 관한 규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다”고 되어 있으며, 청구법인 또한 2002사업연도부터 업종이 부동산공급업에 해당되어 동 감면세액을 적용받을 수 없다는 사실은 인정하였다. 그럼에도 불구하고, 청구법인은 동법 시행령 부칙 제15조제2항을 들어 감면대상이라고 주장하는 바, 동법 시행령 부칙 제15조제2항은 2000.12.29. 신설된 조항으로 그 개정된 시행령으로 인하여 중소기업에서 제외된 경우에 유예기간을 적용하도록 되어 있으며, 개정내용은 “종자 및 묘목생산업 또는 축산업, (중략) 토양정화업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 기업을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상이거나 자기자본 1천억원 이상인 경우 또는 매출액이 1천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다”는 규정을 추가한 것으로서 위 시행령 제2조의 개정에 따라 2000사업연도까지 종전규정에 의하여 중소기업에 해당되던 기업이 2001사업연도부터 중소기업에 해당되지 아니한 경우에 적용할 수 있는 경과조치이므로 청구법인과 같이 2001사업연도까지 중소기업에 해당되던 기업이 업종변경으로 인하여 2002사업연도부터 중소기업에 해당되지 않게 된 경우에는 적용되지 아니한다. 청구법인은 주된 사업을 변경한 사실이 없는데도 업종을 구분하는 기준이 변경되어 중소기업에서 제외되었으므로 당연히 위 시행령 부칙의 유예기간을 적용하여야 한다고 주장하나, 한국표준산업분류상 부동산공급업으로 분류되는 경우에는 중소기업특별세액감면 규정이 적용되지 아니하며, 법인의 주된 사업이 건설업에서 부동산공급업으로 변경된 경우에는 동 유예기간을 적용하지 아니하는 것이다○○○.

• 가. 쟁 점 청구법인이 중소기업특별세액감면에 있어 2002～2004사업연도 법인세를 조세특례제한법시행령 부칙 제15조제2항(2000.12.29. 개정)의 유예기간을 적용 받을 수 있는지의 여부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2001.12.29. 법률 제6538호로 개정된 것) 제2조【정 의】③ 이 법에서 사용되는 업종의 분류는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계법 제17조 의 규정에 의하여 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한다. (2001. 12. 29 신설) 제4조【중소기업투자준비금의 손금산입】 ① 대통령령이 정하는 중소기업(이하ࡒ중소기업ࡓ이라 한다)을 영위하는 내국인이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 다음 각호의 1에 해당하는 자산(이하 이 조에서 ࡒ사업용자산 등ࡓ이라 한다)의 개체 또는 신규취득에 소요되는 자금에 충당하기 위하여 투자준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 과세연도 종료일 현재의 사업용자산 등의 가액에 100분의 20을 곱하여 산출한 금액의 범위안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. 제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다.

• 다. 건설업 조세특례제한법 부칙 (2001.12.29. 법률 제6538호) 제1조【시행일】① 이 법은 2002.1.1.부터 시행한다. 제2조【일반적 적용례】① 이 법 중 소득세법 및 법인세법에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다 (2) 조세특례제한법시행령 (2000.12.29. 대통령령 제17034호로 개정된 것) 제2조【중소기업의 범위】① 조세특례제한법(이하ࡒ법ࡓ이라 한다) 제4조제1항에서ࡒ대통령령이 정하는 중소기업ࡓ이라 함은 제조업, 광업, 건설업, 엔지니어링사업, 물류산업，선박관리업, 운수업중 여객운송업, 어업, 도매업, 소매업, (중략) 토양정화업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하ࡒ중소기업ࡓ이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다. (2001.12.29. 개정)

1. 상시 사용하는 종업원수자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 ࡒ중소기업기준ࡓ이라 한다) 이내일 것

2. 삭 제 (2000. 12. 29)

중소기업기본법시행령 제3조제2호 의 규정에 적합할 것 (2000.12.29. 개정)

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초 1회에 한하여 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 ࡒ유예기간ࡓ이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다. (2000.12.29 개정)

1. 중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간 중에 있는 법인과 합병하는 경우

3. 제1항제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다. (2000. 12. 29 개정) 조세특례제한법시행령 부칙 (2000.12.29. 개정) 제15조【중소기업판정 등에 관한 경과조치】① 이 영 시행전에 개시한 과세연도에 중소기업해당여부를 판정하는 경우에는 종전의 제2조 및 대통령령 제6297호 중소기업기본법시행령 개정령으로 개정되기 전의 중소기업기본법시행령을 적용한다.

② 이 영 시행 당시 종전의 제2조제1항의 규정에 의하여 중소기업에 해당하는 기업이 이 영의 시행으로 인하여 중소기업에 해당되지 아니하게 되는 경우에는 이 영 시행 후 최초로 개시하는 과세연도와 그 다음 3과세연도까지는 이를 중소기업으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 2002사업연도부터 업종이 부동산공급업에 해당한다는 사실은 인정하고 있으나, 2002사업연도～2004사업연도는 2000.12.29. 개정된 조세특례제한법시행령 부칙 제15조제2항의 경과규정을 적용하여 중소기업특별세액을 감면하여야 한다고 주장하므로 이를 살펴본다.

(1) 2001.12.29. 법률 제6538호로 개정・신설된 조세특례제한법 제2조제3항 에서 “이 법에서 사용되는 업종의 분류는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계법 제17조 의 규정에 의하여 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한다”고 규정되어 있고, 그 부칙 제1조제1항에서 “이 법은 2002.1.1.부터 시행한다”로, 제2조제1항에서는 “이 법 중 소득세법 및 법인세법에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다”고 규정되어 있다. 한편, 2000.12.29. 대통령령 제17034호로 개정된 조세특례제한법시행령 제2조제1항 에서 “ 조세특례제한법 제4조제1항 에서 대통령령이 정하는 중소기업ࡓ이라 함은 제조업, 광업, 건설업, 엔지니어링사업, 물류산업，선박관리업, 운수업중 여객운송업, 어업, 도매업, 소매업, (중략) 토양정화업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하ࡒ중소기업ࡓ이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다고 하면서 그 각호를 열거하고 있다. 또한, 동법 시행령 부칙 제1조제2항에서 “이 영 시행 당시 종전의 제2조제1항의 규정에 의하여 중소기업에 해당하는 기업이 이 영의 시행으로 인하여 중소기업에 해당되지 아니하게 되는 경우에는 이 영 시행 후 최초로 개시하는 과세연도와 그 다음 3과세연도까지는 이를 중소기업으로 본다”고 규정되어 있다.

(2) 살피건대, 청구법인은 2001.12.29. 개정된 조세특례제한법 제2조 의 규정에 의하여 업종이 부동산공급업이 되었고, 동법 부칙 제2조제1항에서 법인세법에 관한 개정규정은 2002.1.1. 시행 후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다고 규정되어 있다. 한편, 2000.12.29. 조세특례제한법시행령 제2조 단서가 신설되었고, 동법 시행령 부칙 제15조제2항에서 이 영 시행 당시 종전의 제2조제1항의 규정에 의하여 중소기업에 해당하는 기업이 이 영의 시행으로 인하여 중소기업에 해당되지 아니하게 되는 경우에는 이 영 시행 후 최초로 개시하는 과세연도와 그 다음 3과세연도까지는 이를 중소기업으로 본다고 규정되어 있는 바, 청구법인은 2001.12.29. 신설된 조세특례제한법 제2조제3항 에서 업종분류가 한국표준산업분류에 의하도록 개정되어 조세특별제한법시행령 부칙 제15조제2항의 경과조치를 적용하여야 한다고 주장하나, 업종분류의 변경은 조세특례제한법 제2조제3항 이 신설된 규정이고 이는 동법 부칙 제1조 및 제2조에 따라 2002.1.1. 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용하는 것이다. 반면, 2000.12.29. 개정된 동법 시행령 제2조는 위 개정법률과는 별도로 중소기업의 범위를 조정한 것으로서 그와 관련하여 동법 시행령 부칙 제15조제2항의 경과조치가 마련된 것이며, 청구법인은 이 개정 시행령 부칙 제15조제2항의 “중소기업에 해당하는 기업이 이 영의 시행으로 인하여 중소기업에 해당되지 아니하게 되는 경우”가 아닌데도 2001.12.29. 개정된 법률에 따른 업종분류 변경사항을 2000.12.29. 이미 개정・시행된 시행령 제15조의 경과조치 규정을 적용하여 달라는 주장은 법리에도 맞지 아니하고 적용대상과 그 적용시기도 부합되지 아니하여 받아들일 수 없다. 따라서, 처분청이 청구법인에게 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.