폐업일 이후 수취한 세금계산서를 매입세액불공제한 처분의 적법 여부

심판청구를 기각합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○빌딩(이하 “쟁점사업장”이라 한다)이라는 상호로 2004.1.1 부동산임대업으로 사업자등록을 한 후 위 번지 지상에 건물(지하 2층, 지상 10층 5,858.08㎡ “쟁점건물”이라 하고 위 번지 대지 894.6㎡와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하여 2004.12.18. 사용승인을 받고 2004.12.296. ○○지방노동청에 쟁점부동산을 양도하고, 2005.2.25. 매출액을 42,000,000원, 매입액을 323,583,636원, 환급세액을 28,158,360원으로 하여 2005년 1월분 부가가치세 월별조기환급신고를 하였다. 처분청은 청구인이 위 부가가치세 월별조기환급신고를 하고 환급신고세액을 환급받은 데 대하여, 쟁점부동산의 양도일(2004.12.29.)을 쟁점사업장의 폐업이로 보아 청구인이 위 월별조기환급신고시 매입액으로 신고한 323,583,636원 상당의 매입세금계산서(이하 쟁점세금계산서“라 한다)를 수취 당시 청구인이 사업자가 아니라 하여 매입세액 32,358,360원을 불공제하여, 2005.11.1. 청구인에게 2005년 제1기 부가가치세 40,757,820원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.1.16. 이의신청을 거쳐 2006.3.14. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 당초 일부는 직영하고 나머지는 임대목적으로 쟁점건물을 신축하였으나, 갑자기 쟁점부동산을 ○○지방노동청에 양도하게 되었으며, ○○지방노동청이 연도말에 예산을 집행해야 하기 때문에 공공기관에 적합하게 쟁점건물의 건축허가를 변경하고 쟁점건물이 완성되지도 아니한 상태에서 서둘러 준공검사를 하고 양도절차를 이행한 관계로 양도절차 이행 후에도 석공사, 창호공사 등 잔여공사를 계속하였는 바, 이러한 경우는 쟁점부동산을 양도하였다 하여 그 양도일을 폐업일로 볼 수는 없으며, 폐업일이 명백하지 아니한 경우는 폐업신고서의 접수일을 폐업일로 보아야 하므로 쟁점세금계산서의 매입세액은 공제되어야 하며, 또한 쟁점부동산은 임대용으로 착공하였으나, 신축과정에서 판매용으로 목적이 변경되어 양도가 이루어졌으므로 양도소득이 아니라 부동산매매업 또는 건물건설업으로서 사업소득에 해당하므로 동 사업과 관련하여 수취한 쟁점세금계산서의 매입세액은 건물의 양도와 관계없이 공제되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점건물은 204.12.18. 준공되었고, 쟁점부동산의 매매계약이 2004.12.29. 이루어졌고, 쟁점부동산의 소유권이전등기가 2004.12.30.이루어졌으므로 2004.12.29.을 쟁점사업장의 폐업일로 보는 것이 타당하며, ○○지방노동청은 2005.1.10. 쟁점건물에서 업무를 개시한 사실이 확인되므로 쟁점건물에 마무리공사를 한 사실을 인정하여야 한다는 청구주장은 이유 없고, 또한 쟁점건물이 당초 임대목적에서 판매목적으로 변경되었다 하나 쟁점건물이 준공된 후 곧바로 양도한 일시적인 비반복적인 거래로서 이는 사업목적의 부동산매매행위로 볼 수도 없으며, 설령, 청구인이 신고한 폐업일을 인정하여 2005.3.30.을 폐업일로 보아 정상사업자로서 쟁점세금계산서의 매입세액을 공제한다 하더라도 쟁점세금계산서를 교부받은 시기 등으로 폐업시 잔존재화에 대한 과세문제가 발생하며, 쟁점부동산에 대한 매매계약, 소유권이전등기, 매수자의 쟁점부동산 점유일 등을 감안할 경우 청구주장은 이유없으므로 쟁점세금계산서 수취 당시 청구인을 비사업자로 보아 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점사업장의 폐업일을 쟁점부동산의 양도일(2004.12.29.)로 보아 폐업일 이후에 청구인이 사업자가 아닌 상태에서 쟁점세금계산서를 수취하였다 하여 동 매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 부가가치세법 제5조 【등 록】

① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다.

④ 제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자가 휴업 또는 폐업하거나 기타 등록사항에 변동이 발생한 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지체 없이 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 자가 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에도 또한 같다.

○ 부가가치세법 제10조 【휴업․폐업의 신고】

① 사업자가 휴업 또는 폐업하거나 법 제5조 제1항의 단서의 규정에 의하여 등록한 자가 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에는 지체 없이 다음 각호의 사항을 기재한 휴업(폐업)신고서에 사업자등록증과 폐업신고확인서(법령에 의하여 허가를 받거나 등록 또는 신고를 하여야 하는 사업에 한하며, 폐업신고를 한 사실을 확인할 수 있는 서류의 사본을 말한다. 이하 같다)를 첨부하여 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 사업자가 제65조의 규정에 의한 부가가치세 확정신고서에 폐업연월일 및 사유를 기재하고 사업자등록증과 폐업신고확인서를 첨부하여 제출하는 경우에는 폐업신고서를 제출한 것으로 본다.

2. 휴업 또는 폐업연월일 및 사유

부가가치세법시행규칙 제6조 【폐업일의 기준】

① 법 제5조 제4항의 규정하는 폐업하는 때는 사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날로 한다.(단서 생략)

② 폐업한 때가 명백하지 아니한 경우에는 제4조 제1항에 규정하는 휴업(폐업)신고서의 접수일을 폐업일로 본다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야할 부가가체세액(이하 “납부세액” 이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액” 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액” 이하 한다)으로 한다. 1.자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2004.1.1.을 개업일로 하여 쟁점사업장에 부동산임대업으로 사업자등록을 한 후 쟁점사업장에 쟁점건물을 신축하여 2004.12.13. 사용승인을 받고 2004.12.29. 쟁점부동산을 ○○지방노동청에 양도(2004.12.30. 청구인 명의로 소유권보존등기 후 소유권이전등기 되었음)하고, 쟁점건물가액 6,581,940천원에 대해 2005.1.25. 2004년 제2기 부가가치세 확정신고를 하고, 2005.2.25.에는 2005년 1월 거래분에 대해 부가가치세 월별조기환급신고(매출액 42,000,000원, 매입액 323,583,636원, 환급세액 28,158,360원)를 하여 처분청으로부터 동 환급신고세액을 환급받고, 2005.2.28.에는 쟁점부동산 양도와 관련하여 양도소득세 예정신고(양도가액 9,083,439천원, 취득가액 8,848,170천원)를 하고, 2005.4.12.에는 처분청에 쟁점사업장에 대하여 폐업신고(폐업일 2005.3020.)를 한 사실이 부가가치세 신고서, 폐업신고서, 국세청 전산자료 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 처분청은 청구인이 2005.2.25. 월별 구가가치세 조기환급신고를 하고 환급시고세액을 환급받은 데 대하여, 쟁점부동산의 양도일(2004.12.29.)을 쟁점사업장의 폐업이로 보아 쟁점세금계산서 수취 당시 청구인은 사업자가 아니라 하여 청구인이 매출액으로 신고한 42백만원에 대하여는 경정하지 아니하고 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하여 이건 부가가치세를 과세한 사실이 결정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(3) 쟁점부동산 매매계약은 매도인 청구인과 매수인 국(노동부 ○○지방노동청)간에 2004.12.29. 체결되었는 바, 그 주요내용을 보면, 제1조(매매 목적물 및 가액) 쟁점부동산, 매매금액 10,308,612천원〔부지가격 3,068,478천원, 건물가액(시설, 비품 포함) 6,581,940천원, 부가가치세 658,194천원〕은 2004.12.30. 지급하기로 한다. 제2조(매도인의 의무) 1. 매도인은 본 계약과 동시에 매수인 명의로 매매에 의한 소유권이전등기절차를 경료하지 않으면 안된다. 2. 매도인은 매매대금수령과 동시에 매수인에게 본 건 부동산을 명도하지 않으면 안된다. 제4조(부동산의 인도 및 소유권이전의 시기) 본 건 부동산의 인도 및 소유권은 제3조의 대금지급시 즉 소유권이전등기절차가 경료한 날에 매소인이 매수인에게 이전한다. 제7조(부속설비의 귄리이전 등) 2. 수도, 전기, 가스 등의 설비로 인한 수도료, 전기료, 가스대금 기타의 채무는 본 건 부동산이 실질적으로 인도된 날을 기점으로 하여 일수에 따라 매도인과 매수인이 분담한다고 되어있고, 기타 특약사항 등은 없는 것으로 나타난다.

(4) 쟁점부동의 양도와 관련하여, 처분청은 쟁점부동산이2004.12.29. 양도되었으므로 쟁점사업장은 양도일인 2004.12.29. 폐업되었으므로 동 폐업일 이후에는 청구인은 사업자가 아니므로 쟁점세금계산의 매입세액을 공제받을 수 없다는 주장이고, 청구인은 불가피하게 쟁점건물이 2004.12.18. 사용승인되고 쟁점부동산이 2004.12.29. ○○지방노동청에 양도되기는 하였으나 실질적으로 쟁점건물은 공사가 완료되지 아니한 상태였고 양도 후에도 잔여공사를 계속하고 동 공사에 대한 쟁점세금계산서를 수취하였으므로 쟁점사업장의 폐업일을 2004.12.29.로 보아 동 매입세액을 불공제하는 것은 부당하다는 주장이므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점세금계산서를 보면. 2005년 1월중에 발행․교부되었으며 그 내역은 내부인테리어공사, 내부인테리어석공사, 창호공사 등이며, 이들 공급자들은 쟁점세금계산서를 2005년 제1기 매출로 신고하였으며, 이들 공급자중 ○○석건(○○○-○○-○○○○○), ○○건구(○○○-○○-○○○○○) 및 주식회사 ○○(○○○-○○-○○○○○)은 2005년 1월중에도 잔여공사를 계속하여 동 공사를 완료하였다고 사실확인(2006.6.)하고 있다. (나) 우리원에서 ○○지방노동청장에게 ① 귀청이 쟁점부동산을 실제로 업무에 사용한 날, ② 2005.1.1. 이후 청구인이 쟁점건물에 대하여 일부 미비된 공사를 하였는지 여부 및 공사를 하였다면 그 공사의 구체적인 내역 등에 대하여 협조요청(조사관실-2355, 2006.6.20)하여 회보 받은 자료(관리과-4341, 20066.6.28)를 보면, ① 우리청은 2005.1.8(토)에 쟁점부동산으로 이전하여 2005.1.10.부터 정상업무를 수행하였으며, ② 우리청은 청구인이 2004.12.18 사용승인을 받은 쟁점부동산을 2004.12.29. 매매계약 후 2004.12.30. 소유권이전등기를 한 것으로 이후 미미한 현장작업은 있었을 것이나 우리청에서 발주하여 이루어진 공사가 아니라 관련자료가 없어 정확한 일정이나 내역 등은 알 수가 없다고 되어있다. (다) 청구인은 쟁점건물을 일부는 임대용, 일부는 음식점용으로 사용하기 위하여 2003.12.21. ○○시 ○○구청장으로부터 건축허가를 받고 신축하던 중 70% 정도의 공정에 이르렀을 무렵 ○○지방노동청이 청사로 사용하기 위하여 매입의사를 밝혀 와 이에 응하다 보니 업무용으로 설계변경이 이루어졌고, 쟁점건물에 사용승인이 났다 하더라도 공사를 끝내지 못하고 이전등기를 한 후에도 잔여공사를 하게된 것은 ○○지방노동청의 연도말 예산집행을 위하여 서둘러 사용승인을 받아 양도절차를 이행해야 하는 과정에서 일어난 일이고 설계변경으로 잉여자재를 2005년 1월중에 42백만원에 판매하고 부가가치세 신고를 하였다고 주자아고 있는 바, ○○시 ○○구청장이 2004.11.1.청구인에게 한 건축허가사항변경통지(건축주택과-13924)중 주요 변경내역을 보면, 연면적 262.91㎡를 증가시키고 1개 층을 감소(지상 11층→10층)시키는 것으로 되어있다.

(5) 위의 내용을 종합하여 보면, 임대용 부동산의 양도․양수거래에 있어서 그 공급시기는 원칙적으로 소유권이전등기일인 바(국심 2005서2197, 2005.9.8. 참조), 청구인은 쟁점사업장에서 부동산 임대업 등을 영위하기 위하여 사업자등록을 한 후, 2004.12.18. ○○시 ○○구청장으로부터 쟁점부동산의 사용승인을 받고 2004.12.29.에는 매매계약을 체결하고 2004.12.30. 매수자인 국(노동부 ○○지방노동청)에게 소유권이전등기를 하였고, ○○지방노동청장은 2005.1.8.업무장소를 쟁점부동산으로 이전하여 2005.1.10.부터 업무를 개시한 것으로 나타나고, 청구인은 쟁점부동산을 소유권이전등기한 후에도 이 건 쟁점이 된 잔여공사 등을 하였다고 주장하나 청구인이 제시한 증빙서류만으로는 잔여공사를 하였는지 여부가 객관적으로 확인되지 아니하는 점 등을 볼 때, 쟁점사업장은 쟁점부동산의 소유권이전등기일인 2004.12.29. 폐업한 것으로 보는 것이 타당하다고 판단된다. 설령, 청구인이 쟁점부동산의 소유권이전등기를 한 후에도 잔여공사를 일부 한 바 있고 ○○지방노동청이 쟁점부동산에서 업무를 개시한 2005.1.10.을 쟁점사업장의 실질적인 폐업일로 본다고 하더라도 쟁점세금계산서는 2005.1.10.이후에 수취된 것이어서 동 세금계산서의 매입세액이 공제되어야 한다는 청구주장 또한 받아들이기 어렵다고 판단된다. 그러하다면, 청구인이 폐업 후 사업자가 아닌 상태에서 쟁점세금계산서를 수취하여 매입세액공제하고 매출신고한 이 건의 경우 청구인이 매출로 신고한 42,000,000 원 상당의 세금계산서에 대하여 경정하는 것은 별론으로 하더라도 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없다 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.