건물철거 양도시 건물의 공급가액이 있는 것으로 볼 것인지 여부

○○○세무서장이 2005.10.10. 청구법인에게 한 2002연도 1기분 부가가치세 770,008,060원의 부과처분은 토지와 미완성 건물의 장부가액을 기준으로 미완성 건물의 매출액을 안분계산하여 과세표준과 세액을 경정하고, 2003연도 1기분 부가가치세 13,742,980원의 부과처분은 건물의 공급가액을 없는 것으로 하여 과세표준과 세액을 경정한다.

청구법인은 건설업을 영위하는 법인으로 1996.8.7. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 5필지의 토지 2,564.9㎡를 취득하여 건물명을 ‘○○동 ○○스빌’로 하여 건물을 신축 하던 중 토지와 신축중인 건물(이하 ‘쟁점미완성건물’이라 하고, 토지를 포함하여 이하 ‘쟁점①부동산’ 이라 한다)을 2002.5.3. 청구외 정

○○에게 9,800백만원에 양도하고 쟁점①부동산을 부가가치세 면세 대상인 토지의 공급으로 보아 계산서를 발행하였고, 1990년~1996년 중 사업용 부지로 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 외 26필지 토지와 위 토지 중 ○○번지 등 3필지위에 지어진 건물(이하 ‘쟁점건물’이라 하고 토지와 건물을 포함하여 이하 ‘쟁점②부동산’ 이라 한다)을 2003.1.15. 주식회사 ○○(이하 ‘(주)○○’ 라 한다)에게 7,680백만원에 양도하면서 쟁점건물의 양도가액을 없는 것으로 하고, 명도 및 철거 등은 매수자가 부담하는 조건으로 매매계약서를 작성한 후 쟁점건물의 양도가액을 없는 것으로 하여 계산서를 발행하였다. 처분청은 청구인이 공급한 쟁점①부동산과 쟁점②부동산에는 토지와 건물 등이 함께 공급된 것으로 보아 부가가치세 공급가액을 산출하면서 쟁점미완성건물에 대하여는 쟁점①부동산의 양도금액 9,800백만원을 토지의 기준시가와 쟁점미완성건물의 장부가액으로 안분 계산하여 공급가액을 산출하였고, 쟁점건물에 대하여는 쟁점②부동산의 양도금액을 토지의 기준시가와 건물의 기준시가로 안분 계산하여 공급가액을 산출하여 2005.10.14. 청구법인에게 2002년 1기분 부가가치세 770,008,060원, 2003년 1기분 부가가치세 13,742,980원을 각각 경정 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.12.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점미완성건물에 대한 공급가액은 쟁점①부동산 중 토지는 기준시가와 장부가액이 모두 확인되나 쟁점미완성건물은 장부가액만 확인되므로 부가가치세법시행령 제48조의2 제4항 제2호 에 따라 토지와 쟁점미완성건물 모두 확인되는 장부가액으로 안분 계산하여야 한다.

(2) 청구법인은 쟁점②부동산을 사업용 부지로 취득하였고, 매수인도 아파트 신축을 목적으로 매수하게 되어 쟁점건물의 공급가액을 없는 것으로 하여 매매계약서를 체결하고 계약에 따라 매수인이 쟁점건물을 철거하였으므로 비록 쟁점건물이 양도일 이후에 철거되었으나 쟁점건물의 공급가액을 없는 것으로 보아야 함에도 총 양도가액을 토지와 건물의 기준시가로 안분 계산하여 쟁점건물의 공급가액으로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점①부동산의 경우 토지는 기준시가가 확인되나 미완성된 건물은 장부가액만 확인되므로 국세청고시 제2001-6호(2001.1.29.)에 의거 미완성된 건물 등을 토지와 함께 공급하는 경우 토지는 소득세법에 의한 기준시가를 기준가액으로 하고, 미완성된 건물 등은 장부가액을 기준가액으로 하여 안분 계산하는 것이다.

(2) 청구법인이 쟁점②부동산을 (주)○○에게 양도한 날은 2003.1.5.이나 철거일은 2005.5.24.이므로 쟁점부동산②를 양도하면서 매매계약서에 건물 등의 양도가액은 없는 것으로 한다는 내용을 명시하였다고 하더라도 양도 당시 건물을 철거하지 않은 상태로 양도하는 경우에는 당해 건물 등에 대한 부가가치세 과세표준은 안분 계산하는 것이다. 그 이유는 재산적 가치가 있는 재화를 사업목적에 따라 자산으로 인식하지 아니한 채 장기간 보유하다가 양도하면서 양수자의 사업목적에 따라 계약당사자간의 합의로 매매가액을 없는 것으로 하고 장부상 가액이 없는 것으로 회계 처리하였다 하여 공급된 재화의 경제적 가치가 없다고 인정하는 것은 불합리하여 이를 구분 표시된 토지와 건물의 가액이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우로 보기 어렵다.

• 가. 쟁 점

(1) 기준시가와 장부가액이 확인되는 토지와 장부가액만 확인되는 미완성건물을 구분하지 아니하고 함께 공급하여 미완성건물의 공급가액을 안분 계산하는 경우 토지는 장부가액이 아닌 기준시가를 적용하고 미완성건물은 장부가액을 적용할 수 있는지 여부

(2) 토지와 건물을 함께 양도하면서 건물의 양도가액을 없는 것으로 하고 양수인이 건물을 철거하기로 하여 매매계약서를 작성하고 양도일 이후 양수인이 건물을 철거하였다면 총 거래가액을 토지와 건물의 기준시가로 안분 계산하여 산출한 건물분 가액을 건물의 공급가액으로 보아 과세할 수 있는지 여부

• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받은 경우에는 그 대가

○ 부가가치세법 시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한다.

2. 토지와 건물등중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분 계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점1에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 쟁점①부동산을 양도하면서 거래금액 전부를 토지에 대한 공급대가로 계상하였으나, 처분청은 쟁점미완성건물이 골조공사가 완료된 지상건축물이므로 총 거래금액에는 쟁점미완성건물의 대가가 포함된 것으로 보아 쟁점미완성건물에 대한 공급가액을 산출하여 과세하면서 토지는 기준시가를 적용하고 쟁점미완성건물은 장부가액을 적용하여 안분 계산한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다. (나) 청구법인은 쟁점부동산①의 경우 토지는 기준시가 및 장부가액이 있고 신축중인 건물은 장부가액만 있으므로 그 공급가액은 부가가치세법시행령 제48조의2 제4항 제3호 를 적용하기 보다는 동 항 제2호를 적용하여 토지, 건물 모두 장부가액을 기준으로 안분 계산하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다. (다) 먼저, 쟁점①부동산의 토지와 건물 등에 대하여 거래당시의 기준시가나 감정평가액 또는 장부가액이 존재하는지에 대하여 보면 토지는 매매계약 체결일 약 1개월 전인 2002.3.13. 청구법인이 한국감정원에 의뢰하여 산정한 감정평가액과 2001.5.3. 현재 공시된 2001.1.1. 기준 개별공시지가가 있는 것으로 확인되나 쟁점미완성건물은 감정평가액과 기준시가는 확인되지 아니하고 장부가액만 있는 것으로 확인되고 이에 대하여는 처분청과 청구인 다툼이 없다. (라) 부가가치세법시행령 제48조의2 제4항 에 의하면 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등을 함께 공급하는 경우 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가가 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산하되 감정평가액이 있으면 감정평가액에 비례하여 안분 계산하는 것(제1호)이고, 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우에는 감정평가가액이 있으면 그 가액에 비례하여 안분계산하고 감정평가가액이 없고 장부가액이 있으면 그 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 자산별로 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 개별 기준시가에 의하여 안분 계산하는 것(제2호)이며, 위 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에만 국세청장이 정하는 바에 따라 안분 계산하는 것이다. (마) 위 사실관계 및 법령 등을 종합하여 보면, 쟁점①부동산의 경우 쟁점미완성건물에 대한 기준시가나 감정평가액은 없고 장부가액만 있는 것으로 확인되는 바, 건물등에 해당하는 쟁점미완성건물에 대한 공급가액은 부가가치세법시행령 제48조의2 제4항 제2호 에 의하여 총 거래가액을 토지의 장부가액과 쟁점미완성건물의 장부가액을 기준으로 안분 계산하여 건물 등의 자산가액을 산출하여야 하는 것이다. 따라서, 쟁점①부동산에 대한 자산별 공급가액을 안분 계산하여 쟁점미완성건물에 대한 공급가액을 산출하면서 토지의 기준시가는 확인되나 쟁점미완성건물에 대한 기준시가는 확인되지 아니한다 하여 토지는 기준시가를 적용하고 쟁점미완성건물은 장부가액을 적용하여 안분 계산한 처분청의 당초 처분은 잘못된 것으로 판단된다.

(2) 쟁점2에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 매수인의 사업목적상 철거대상 건물이라 하여도 양도당시 건물이 철거되지 않은 경우에는 토지와 건물을 함께 양도한 것으로 보아 건물 양도분에 대하여는 부가가치세를 과세하는 것이라 하여 총 거래금액을 토지와 건물의 기준 시가로 안분 계산하여 산출한 금액을 건물분 공급가액으로 보아 이 건을 과세하였고, 청구법인은 쟁점부동산②를 양도하면서 그 건물가액은 없는 것으로, 명도 및 철거 등은 매수인이 부담하는 조건으로 하여 매매계약서를 체결하고 양도일 이후 매수인이 쟁점건물을 철거하였으므로 쟁점 건물의 공급가액은 ‘0’원으로 보아야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다. (나) 청구법인과 매수인간에 2002.11.12. 체결된 쟁점②부동산의 매매계약서 등에 의하면 청구법인 소유의 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 2필지 토지와 건물(주택, 창고 등)을 양도하면서 위 토지위의 모든 지장물(건물 포함)은 매매대상에 포함하되 그 가액은 없는 것으로 하고, 지장물에 대한 명도, 철거, 등은 매수인이 책임지며, 매매대상 토지를 포함한 주변일대의 아파트사업(시행자: (주)○○)과 관련하여 법원의 공사도급(가)계약 체결 허가를 득하고, 공사도급(가)계약 체결완료 후 매수인이 잔금지급시 매매토지의 소유권을 이전하기로 약정한 사실이 확인되며, 일반건축물대장에 의하면 매수인이 쟁점②부동산을 양수한 이후 아파트신축을 위하여 그 토지위에 정착된 건물을 철거한 사실이 확인된다. 〈쟁점②부동산의 건물 말소내역〉 대지위치 건축면적 용도 준공일 말소내역

○○동 ○○번지 169.86㎡ 주택, 창고 1984.7.16. 2003.10.17. 철거

○○동 ○○번지 122.36㎡ 주택 1985.5.24.

2005. 5.24. 철거

○○동 ○○번지 239.83㎡ 주택, 사무실 1985.6.28.

2005. 5.24. 철거 (다) 위의 사실관계 등을 종합하여 볼 때, 통상 매매계약서상 거래금액이 실지거래가액이고 토지와 건물의 가액이 구분되어 있으며 그 가액이 정상적인 거래에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 이를 실지거래가액으로 인정하여야 하는 것인 바(대법원 93누18914, 1995.2.24., 국심2003구2193, 2003.9.18. 같은 뜻임), 비록 양도일 이후 매수자가 쟁점건물을 철거하였으나 매수인이 아파트신축을 위하여 쟁점②부동산을 취득한 후 쟁점건물을 철거한 점과 쟁점②부동산을 양도하면서 매매계약서상 건물 값은 없는 것으로 약정한 점 등을 고려하면 청구법인은 쟁점②부동산을 양도하면서 쟁점건물의 공급가액을 없는 것으로 한 것이 통상의 합리성 있는 경제행위에서 일탈한 것이라고 볼 수 없다고 하겠다. (라) 따라서 건물 등의 실지거래가액은 쟁점부동산②의 매매계약서에서 나타난 사실관계와 같이 없는 것으로 보는 것이 타당한 것으로 보이므로 처분청이 쟁점부동산②의 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물의 가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 안분하여 쟁점건물의 과세표준을 산출하고 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.