부동산 양도시 과세표준계산의 적정 여부

심판청구번호 국심2006구5(2006. 3. 24.) ZE=5>1. 처분개요 청구인은 2003.8.31. 취득(사업개시일은 1977.1.1)한 ○○○번지 소재 ○○○(토지 2,645㎡, 건물 484.89㎡, 이하 "쟁점사업장"이라 한다)를 2005.6.30. 청구외 ○○○주식회사(이하 "청구외법인"이라 한다)에 2,124,000,000원(토지 1,172,000,000원, 건물 및 구축물 461,000,000원, 기계장치 등 491,000,000원, 건물 및 기계장치 등의 가액은 부가가치세 별도)에 양도하기로 계약(이하 "쟁점계약서"라 한다)하고, 건물 및 구축물, 기계장치 등 과세대상 재화(이하 "쟁점건물등"이라 한다)에 대하여는 쟁점계약서 내용대로 공급가액 952,000,000원의 세금계산서를 교부하여 부가가치세 신고·납부하였다. 처분청은 양수자 청구외법인의 내부서류인 쟁점사업장의 감정평가서상 감정평가액 2,249,977,300원중 토지 669,185,000원, 건물 및 구축물 86,125,300원, 기계장치 등 46,666,000원, 그리고 잔액 1,448,000,000원이 영업권으로 기재되어 있다하여 토지가액을 제외한 1,580,792,300원을 과세대상으로 보고, 건물 및 기계장치 등으로 기 신고한 952,000,000원을 차감한 540,282,982원에 대하여 2005.12.13. 청구인에게 2005년 제1기 부가가치세 66,924,450원을 경정하여 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005.12.22. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구외법인의 쟁점사업장의 감정평가액은 쟁점사업장을 양수하면서 타당성 여부를 검토하고, 외국인 경영층을 설득하기 위한 내부서류에 불과하며, 처분청이 본 영업권 평가액은 청구인의 장부에는 계상되고 있지 않을 뿐만 아니라 쟁점계약서 내용에도 영업권을 평가하여 양도한다는 내용이 없고, 청구외법인의 장부에도 쟁점사업장의 취득가액을 쟁점계약서 내용대로 계상하였음에도 불구하고 합리성이나 객관성이 전혀 없는 청구외법인의 내부서류를 근거로 매출누락으로 보아 부가가치세를 과세하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구외법인이 감정평가한 토지 및 건물가액은 공시지가 및 장부가액과 큰 차이가 없고, 쟁점계약서상의 건물 및 기계장치 등의 가액은 영업권 과세에 대한 조세를 회피하기 위한 것으로 청구외법인의 감정평가액을 기준으로 영업권을 평가하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 부가가치세 과세표준 계산에 있어서 매매계약서상의 토지, 건물 및 기계장치 등의 가액이 아닌 양수인의 내부 감정평가액상의 토지, 건물 및 기계장치 등의 가액을 기준으로 계산할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

1. 부가가치세법(2004.12.31. 법률 제7318호로 개정된 후의 것) 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가 3의 2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가

4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가

② 다음 각호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

3. 공급받는 자에게 도달하기 전에 파손·훼손 또는 멸실된 재화의 가액

5. 공급대가의 지급지연으로 인하여 지급받는 이자로서 대통령령이 정하는 연체이자

③ 재화 또는 용역을 공급한 후의 그 공급가액에 대한 할인액·대손금·장려금과 이와 유사한 금액은 과세표준에서 공제하지 아니한다.

④ (생 략)

⑤ 제1항 내지 제4항 이외에 과세표준의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

2. 부가가치세법시행령(2004.12.31. 대통령령 제18626호로 개정된 후의 것) 제48조 【과세표준의 계산】

① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다.

② 외상판매 및 할부판매의 경우에는 공급한 재화의 총가액을 과세표준으로 한다.

③ 장기할부판매의 경우에는 계약에 따라 받기로 한 대가의 각 부분을 과세표준으로 한다.

④ 완성도기준지급 및 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하거나 계속적으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 계약에 따라 받기로 한 대가의 각 부분을 과세표준으로 한다.

⑤ ∼ ⑫ (생 략)

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구인은 쟁점사업장의 건물 및 기계장치 등 부가가치세 과세대상 양도가액을 매매계약서 내용대로 하지 아니하고 청구외법인의 내부자료인 감정평가액을 기준으로 계산하여 부가가치세를 과세하는 것은 부당하다고 주장하면서, 쟁점사업장의 매매계약서, 청구외법인의 감정평가액 및 영업권 평가액, 청구외법인의 자산이력대장 및 전표 등을 증빙서류로 제출하고 있다. 2005.6.1. 작성된 쟁점계약서 내용을 살펴보면, 쟁점사업장인 ○○○번지 대지 1,643㎡ 및 괴동동 316-6번지 대지 1,002㎡와 그 위 건물 및 구축물 485㎡, 탱크 및 기계장치 등 15기를 2,124,000,000원(쟁점건물 등에 대한 부가가치세 별도)에 양도하면서 토지 1,172,000,000원, 건물 및 구축물 461,000,000원, 탱크 및 기계장치 등 491,000,000원으로 각각 구분하여 양도하는 것으로 되어 있으며, 계약일에 계약금 200,000,000원, 2005.6.15. 중도금 1,000,000,000원, 2005.6.30. 잔금 924,000,000원을 각각 지급하는 것으로 되어 있다. 또한, 청구외법인의 쟁점사업장 감정평가액 및 영업권 평가액, 장부 계상액을 살펴보면, 쟁점사업장의 감정평가액은 2005.5.24. 청구외 주식회사 ○○○감정평가법인(감정평가사 김○○○)이 감정평가한 것으로 토지 669,185,000원, 건물 및 구축물 86,126,300원, 탱크 및 기계장치 등 46,666,000원, 합계 801,977,300원으로 평가되어 있고, 쟁점사업장의 영업권 평가는 허가취득 및 민원처리비용 평가액 150,000,000원, 영업이익 평가액 1,198,000,000원, 투자시설자금 평가액 100,000,000원, 합계 1,448,000,000원으로 평가되어 있다. 그리고, 청구외법인의 자산이력대장 및 전표를 살펴보면, 청구법인이 쟁점사업장을 청구인으로부터 취득한 후 쟁점계약서 내용대로 토지 1,172,000,000원, 건물 및 구축물 461,000,000원, 탱크 및 기계장치 등 491,000,000원으로 각각 구분하여 취득가액으로 계상한 사실이 확인된다.

2. 부가가치세 과세표준 관련규정인 부가가치세법 제13조 및 같은 법 시행령 제48조를 보면, 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 금전으로 대가를 받은 경우에는 그 대가로 하며, 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가를 과세표준으로 하도록 규정하고 있으며, 영업권에 관하여는 부가가치세법에서 규정을 두고 있지 않으나 소득세법 시행령 제62조 관련 통칙 33-4(영업권의 범위)에서는 사업의 양수도과정에서 양수도자산과는 별도로 양도사업에서 소유하고 있는 허가, 인가 등 법률상의 특권, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용, 명성, 거래선 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 가액을 영업권으로 평가하도록 규정하고 있다.

3. 이상과 같은 사실관계 및 관련법령을 살펴보면, 청구외법인이 작성한 감정평가 및 영업권 평가 자료는 쟁점사업장을 취득하면서 사전에 취득여부의 타당성을 검토하기 위한 내부자료로 보여지며, 청구인 역시 쟁점사업장에 대한 영업권을 장부에 계상하지 아니하였을 뿐만 아니라 쟁점계약서에도 토지, 건물 및 구축물, 탱크 및 기계장치 등을 구분하여 양도하면서 영업권을 별도로 평가하여 양도한 사실이 없으며, 청구외법인도 쟁점부동산의 취득가액을 쟁점계약서 내용대로 장부에 계상한 사실이 청구외법인의 자산이력대장 및 전표에서 확인되고 있어 쟁점부동산중 건물 등 부가가치세 과세대상 자산의 과세표준은 쟁점계약서 상의 가액으로 하는 것이 타당한 것으로 보여진다. 따라서, 처분청이 청구외법인의 내부자료인 쟁점사업장에 대한 감정평가 및 영업권 평가액을 기준으로 과세표준을 계산하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못된 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.