멸실건물의 취득가액이 불분명하여 매매사례가액으로 산정한 처분의 당부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 2001.12.9. ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 잡종지 538㎡, 같은 곳 ○○번지 잡종지 3,048㎡, 계 3,636㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 양도하고 2001.12.6. 실지거래가액(양도가액 570,000천원, 취득가액 523,426천원)으로 양도차익을 산정하여 양도소득세 사전신고로 양도소득세 1,879,170원을 납부하였다. 한편, 청구인은 쟁점토지의 취득당시 지상에 존재하던 창고건물 486.64㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 2001.12.14. 멸실한 후에 나대지 상태로 쟁점토지를 양도하였다.
• 나. 처분청은 양도소득세 실지조사결과 쟁점토지의 양도가액을 950,000천원으로 확인하고 2006.3.2. 청구인에게 2001년 귀속 양도소득세 271,070,060원을 결정고지하였다. [○○지방국세청장의 이의신청 결정에 따라 쟁점건물의 취득가액 279,773,229원(㎡당 575천원)과 취득세 및 등록세 6,554,530원을 필요경비로 인정하여 204,317,720원이 경정감 되었음].
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2006.5.12. 이의신청을 거쳐 2006.10.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 물류사업자인 ○○주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)는 ○○공사 소유 유휴토지인 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 외 6필지 10,243㎡ (쟁점토지 3,636㎡ 포함)를 임차하여 창고를 신축 중에 있었고, 청구인은 1998년 교직에서 정년퇴임한 후 퇴직금을 활용한 투자처를 물색하던 중 조카인 오○○와 연결되어 청구외법인에 투자하게 되었으나 청구외법인이 자금난을 겪으면서 투자자금을 회수하기 어려운 상황이 되었다. ○○공사는 토지 점유자에게 토지를 양도하려고 하였으나 청구외법인이 자금난으로 취득할 수 없는 상황이었고 채권자들로부터 소송을 당하게 되자 청구인은 투자를 중단하고 기 투자한 자금을 회수하고자 하였으나 청구외법인이 갚을 능력이 전혀 없어 창고(총 건물면적이 3,095.75㎡로서 이하 “물류창고”라 하고, 그 중 2,609.11㎡를 이하 “쟁점외건물”하며, 나머지는 쟁점건물임)를 준공한 후 동 창고 매각대금으로 이를 상환받기로 하였는 바, 청구외법인은 2000.6.13. 물류창고에 대한 건물사용승인을 받았고, 청구인은 채권확보를 위해 매매예약 가등기(기 투자금을 8억원으로 산정)를 하였다. 청구외법인은 당초 물류창고 전부를 매각하고자 하였으나 ○○대학이 쟁점외건물만 매수하기로 하여 쟁점외건물을 15억원(부가가치세 포함시 16.5억원)에 매각하였고 쟁점건물은 청구인에게 매각한 것으로 청구인은 기 투자금액 8억원을 회수하면서 421,992,058원에 쟁점건물을 취득하였다. 이에 따라 ○○공사가 쟁점토지의 점유 및 관리자인 청구인에게 쟁점토지를 양도하였고, 청구외법인의 채권자가 청구인에 대해 사해행위 취소의 소를 제기하는 등 소송에 휘말리게 되어 소송문제 해결 및 음식점 건물을 신축하기 위해 쟁점건물을 철거하였으나 계속적인 소송에 시달리게 되어 쟁점토지를 매각하였는 바, 처분청은 쟁점토지의 필요경비로 쟁점건물의 취득가액을 인정하면서 청구외법인이 ○○대학에 매각한 매매사례가액(㎡당 575천원)으로 쟁점건물의 취득가액을 279,773,229원으로 인정하였으나, 청구인은 쟁점건물을 421,992,058원(㎡당 867,154원)에 취득하였으므로 동 금액을 쟁점건물의 취득가액으로 보아 쟁점토지의 양도차익 계산시 필요경비로 인정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점건물을 421,992,058원(㎡당 867천원)으로 취득하였다고 주장하나 대금지급과 관련된 구체적인 증빙을 제시하지 못하고 있고, 청구외법인으로부터 같은 날 물류창고를 분할(쟁점외건물 및 쟁점건물)하여 쟁점외건물을 매입한 ○○대학은 2,609.11㎡를 공급가액 1,500,000천원(㎡당 575천원)에 매입하였으며, 쟁점건물 취득당시 기준시가는 88,440천원(㎡당 181천원)이고, 감정평가법인이 2000.12월에 작성한 평가금액은 102,186천원(㎡당 210천원)으로 확인되어 청구인이 주장하는 실지거래가액은 신빙성이 없다. 특히, 청구인은 청구외법인으로부터 전체 물류창고를 9억원에 매매예약한 사실이 있으므로 청구외법인과 쟁점건물에 대한 별도의 매매계약서를 작성할 필요가 없고, 설령 매매계약서를 작성하였다 하더라도 당초 매매계약서의 금액(9억원, ㎡당 291천원)보다 현저히 높은 금액(㎡당 867천원)에 매매계약을 체결한다는 것은 정상적인 매매형태로 볼 수 없는 바, 청구인이 실지거래가액을 주장한다면 그 실지거래가액은 매매예약계약서상의 9억원을 쟁점외건물 및 쟁점건물로 안분하여 재계산한 141,476천원(㎡당 291천원)으로 봄이 타당한 것으로 처분청이 인정한 매매사례가액(278,773천원)보다 훨씬 낮아 청구인에게 불리하게 된다. 또한, 청구인은 청구외법인의 거래사실확인서를 제출하였으나 그 거래금액이 확인되기 위해서는 법인은 그 매도대금이 법인으로 귀속되고 법인의 수입(소득)금액에 계상되어야 하는 것이지 법인에게 귀속되지도 않았는데 그러한 증빙도 없이 단순히 거래사실확인서는 증빙서류가 될 수 없다. 따라서, 쟁점건물과 동일한 날에 쟁점외건물을 매수한 ○○대학의 취득가액(㎡당 575천원)으로 환산한 쟁점매매사례가액과 취득 및 등록세를 쟁점토지의 필요경비에 산입하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지 양도차익 계산시 필요경비로 인정할 철거된 건물의 취득가액을 취득 당일의 매매사례가액(279,773천원)으로 볼 것인지, 아니면 청구인이 주장하는 실지거래가액(421,992천원)으로 볼 것인지 여부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제96조 [양도가액]

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 (2) 소득세법 제97조 [양도소득의 필요경비계산]

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.
• 다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 제114조 제5항의 규정에 의한 가액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것 (3) 소득세법 제100조 [양도차익의 산정]

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액 ․ 감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액 ․ 감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액 ․ 감정가액 ․ 환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액 ․ 감정가액 ․ 환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다. (4) 소득세법 제114조 [양도소득과세표준과 세액의 결정 ․ 경정 및 통지]

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가엑에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액 ․ 매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (5) 소득세법시행령 제176조 의 2 [추계결정 및 경정]

① 법 제114조 제5항에서 “대통령령이 정하는 사유” 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부 ․ 매매계약서 ․ 영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

② 법 제114조 제5항에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액”이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.

③ 법 제114조 제5항의 규정에 의하여 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호의 규정에 의한 매매사례가액 또는 제2호의 규정에 의한 감정가액이 제98조 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는자와의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주권상장법인 또는 협회등록법인의 주식 등을 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주식 등을 제외한다)에 대하여 2 이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련 자료에 의하면 다음의 사실을 알 수 있다. (가) 청구인은 청구외법인이 2000.6.13. 신축(건물사용승인일)한 물류창고에 대해 가등기를 하였는 바, 동 가등기 권리증에 첨부된 2000.7.19.자 매매예약계약서에 의하면 물류창고 전부를 9억원에 매도할 것을 예약(제1조)하고, 매매완결일자는 2000.8.18.로 위 완결일자가 경과하였을 때는 매매가 완결(제2조)된 것으로 하며, 예약증거금으로 예약당일에 8억원을 지급하기로 하되 동 금액은 위 양도대금 9억원에서 공제(제4조)하기로 한다고 약정되어 있다. 한편, 청구인은 위 가등기에 대해 과세표준을 9억원으로 하여 등록세 및 취득세를 납부하였다. (나) 청구외법인은 2000.8.7. 물류창고를 쟁점외건물 및 쟁점건물로 분할한 후, 같은 날 쟁점외건물은 ○○대학에 매도대금 15억원(공급가액, ㎡당 575천원)에 매각하였고 나머지 쟁점건물은 청구인에게 매각하였다. (다) 청구인은 2000.11.2. ○○공사로부터 쟁점토지의 점유(쟁점건물) 및 관리자로서 쟁점토지를 523,426천원에 취득한 후, 2001.2.14. 쟁점건물을 멸실(철거)하였다. (라) 청구인은 2001.12.7. 김○○에게 쟁점토지를 양도하고 실지거래가액(양도가액 570,000천원, 취득가액 523,426천원)으로 양도차익을 산정하여 양도소득세를 신고 ․ 납부한 것에 대하여, 처분청은 쟁점토지의 양도가액을 950,000천원으로 확인하고 취득가액은 청구인이 신고한 취득가액으로 하여 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 이 건 양도소득세를 결정고지하였다. 청구인은 쟁점토지상의 쟁점건물을 421,992천원에 취득하였고 동 건물이 철거(멸실)되었다 하나 건물의 취득가액은 쟁점토지와 관련된 자본적 지출에 해당되므로 쟁점토지의 양도차익 계산시 쟁점건물의 취득가액을 필요경비로 인정하여야 한다는 취지로 이의신청을 제기한 것에 대하여 ○○지방국세청장이 쟁점외건물의 매매사례가액으로 환산한 쟁점건물의 취득가액과 쟁점건물의 등록세 ․ 취득세를 필요경비로 인정하도록 결정함에 따라 처분청은 당초 고지한 양도소득세 271,070,060원에서 204,317,720원을 경정감하였다.

(2) 쟁점토지의 양도차익 계산시 필요경비로 인정한 쟁점건물의 취득가액을 쟁점외건물의 매매사례가액으로 환산한 가액인 278,773,229원(㎡당 575천원)으로 볼 것인지, 아니면 청구인이 주장하는 실지거래가액 421,992,058원으로 인정할 수 있는지 이에 대하여 본다. (가) 청구인은 도급금액이 24.2억원(공급대가)으로 된 청구외법인과 ○○종합건설(주)간에 체결한 1999.11.12.자 물류창고의 도급계약서, 청구외법인과 ○○공사간에 체결한 1998.2.26.자 물류창고시설 사업추진협약서, 2000.8.4.자 쟁점건물의 매매계약서 및 청구인에게 쟁점건물을 421,992,058원에 매각하였다고 확인하는 2007.1.19.자 청구외법인의 대표이사 안○○의 확인서 등을 증빙으로 제시하면서, 청구외법인이 물류창고를 24.2억원에 취득하여 ○○대학에게 쟁점외건물을 16.5억원(부가가치세 포함)에 양도하고 청구인에게 쟁점건물을 421,992,058원에 양도하였으므로 쟁점토지 양도시 인정할 쟁점건물의 취득가액을 421,992,058원으로 인정할 것을 주장한다. (나) 그러나, ○○종합건설(주) 또는 청구외법인이 물류창고 신축관련 부가가치세를 신고하지 않았다고 처분청이 조사하고 있어 물류창고의 실제 신축공사비를 알 수 없는 점, 청구인이 쟁점건물의 취득가액에 대하여 매매계약서 및 사실확인서 외에 실지거래가액을 입증할 수 있는 구체적인 대금지급 증빙을 제시하지 못하는 점, 처분청이 조사한 쟁점건물의 취득시 기준시가가 88,400천원(㎡당 181천원)이고 감정평가법인이 2000.12월에 작성한 평가금액이 102,186천원(㎡당 210천원)인 점 등에 비추어 청구인이 주장하는 421,992,058원을 쟁점건물의 실지 취득가액으로 인정하기는 어렵다고 판단된다. (다) 소득세법 제114조 제5항 및 같은 법 시행령 제176조의 2 제2항 및 제3항의 규정은 실지거래가액을 적용하여 양도소득세를 과세시 취득가액이 불분명한 경우에는 ① 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가액, ② 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 당해 자산에 대한 2개 이상의 감정평가법인이 평가한 감정가액의 평균액, ③ 실거래양도가액을 기준시가비율로 환산한 취득가액(이하 “환산취득가액”이라 한다), ④ 기준시가를 순차로 적용하도록 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 청구외법인이 물류창고를 쟁점건물과 쟁점외건물로 분할하여 같은 날 양도함으로써 쟁점건물과 유사성이 있는 매매사례가액(㎡당 574,909원)이 존재하므로 위 규정에 따라 매매사례가액으로 환산한 쟁점건물의 취득가액을 필요경비로 공제함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.