근로복지공단 지원금과 관련되는 매입세액의 매출세액 공제 여부

처분청이 2006.7.25. 청구법인의 2004년 1기분 ~ 2005년 2기분 부가가치세 경정청구를 거부한 처분은 청구법인의 2004년 1기분 ~ 2005년 2기분 부가가치세 매출세액에서 청구법인이 동 과세기간중 제출한 매입세금계산서 중 공제대상 매입세액을 공제하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

청구법인은 보험사무대행업을 영위하는 사업자로, 2004년 2기분 ~ 2005년 2기분 부가가치세 신고시 근로복지공단으로부터 수령한 지원금(이하 ‘쟁점지원금’이라 한다)에 해당하는 부분을 면세거래로 보아, 쟁점지원금과 관련되는 매입세액(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 공제하지 아니하였다. 청구법인은 2006.4.25. 처분청에 쟁점지원금이 면세대상이 아니라 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 의 공공보조금으로 과세표준에 포함되지 아니하는 것이므로 위 공제하지 아니한 매입세액을 공제하여 달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2006.7.25. 쟁점지원금 상당액을 부가가치세 과세표준에 산입하여 수정신고하라는 내용의 회신을 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.8.2. 심판청구를 하였다.

• 가. 청구법인 주장 청구법인이 2004년 1기분 ~ 2005년 2기분 부가가치세 신고당시 쟁점지원금을 면세대상으로 오인하여 쟁점매입세액을 공제받지 못할 매입세액으로 신고하였으나 쟁점지원금이 면세대상은 아니라 할 것이므로, 청구법인이 2006.4.25. 처분청에게 한 매출세액에서 쟁점매입세액을 공제하여 달라는 내용의 경정청구에 대하여 처분이 2006.7.25. 회신을 하면서 쟁점매입세액의 공제여부에 관한 처분을 하지 아니함은 부당하다 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 쟁점지원금이 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 의 공공보조금에 해당하는지 여부가 불명확한 상황에서 매입세액을 공제하지 아니하고 수정신고를 안내한 당초 회신은 정당하다.

• 가. 쟁 점 2004년 1기 ~ 2005년 2기중 매출세액에서 쟁점매입세액을 공제 할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

② 다음 각호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

○ 부가가치세법시행령 제48조 【과세표준의 계산】

① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금∙요금∙수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다.

⑩ 법 제13조 제2항 제4호에 규정하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 2004년 2기분 ~ 2005년 2기분 부가가치세 신고시 쟁점지원금에 해당하는 용역의 공급을 면세거래로 보아, 쟁점매입세액을 공제받지 못할 매입세액으로 산입한 사실, 2006.4.25. 처분청에 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하여 달라는 경정청구를 한 사실은 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없는 사실인 바, 처분청은 2006.7.25. 쟁점지원금 상당액을 부가가치세 과세표준에 산입하여 수정신고∙납부하라는 내용의 회신을 하였다.

(2) 이에 대하여 청구법인은 처분청이 수정신고∙납부하라는 내용의 회신만을 하고 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니함은 위 경정청구에 대한 부당한 거부처분이라고 주장한다.

(3) 살피건대, 청구법인은 당초 쟁점지원금을 면세대상으로 보아 쟁점지원금과 관련된 쟁점매입세액을 공제받지 못하는 매입세액으로 신고하였으나, 쟁점지원금을 과세표준제외 금액으로 하여 경정청구를 한 이상, 처분청은 쟁점매입세액이 공제대상인지 여부를 판단하여 이에 대한 법상 처분을 하여야 할 의무가 있다 할 것인 바, 처분청의 주장과 같이 과세대상으로 보거나 청구법인의 주장과 같이 과세표준 제외 금액으로 보더라도 쟁점매입세액은 공제할 수 있는 매입세액이라 할 것이므로, 처분청은 2004년 1기분 ~ 2005년 2기분 부가가치세 매출세액에서 쟁점매입세액 중 실제로 청구법인의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 것이라고 보이는 부분을 공제하여 그 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

• 라. 결 론 이 건 심판청구중 쟁점매입세액 공제에 관한 부분은 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.