수취한 세금계산서의 매입세액공제 및 손금산입 여부

○○○세무서장이 2006.6.19. 청구법인에게 한 부가가치세 2001년 2기 부가가치세 21,487,490원과 2001사업연도 법인세 46,921,150원의 부과처분은 청구법인이 △△조경 박○○으로부터 교부받은 세금계산서(공급가액 102,272,730원) 중 공급가액 70,636,727원의 세금계산서는 정당한 세금계산서로 보아 매입세액을 공제하고, 법인소득금액 계산시 손금에 산입하여 그 과세표준과 세액을 각각 경정한다.

청구법인은 1993.11.1.부터 현재까지 ○○광역시 ○구 ○○동 ○○○○-○번지에서 ‘주식회사 ○○○○조경’이라는 상호로 건설업(조경)을 운영하고 있는 법인으로서, △△조경 박○○(이하 ‘박○○’이라 한다)으로부터 2001년 1․2기에 공급가액 193,000,000원(2001년 1기 14,000,000원, 2001년 2기 179,000,000원)의 세금계산서를 수취하여 매입세액으로 공제받고, 매입액을 법인소득금액 계산시 손금으로 산입하였다. 처분청은 쟁점세금계산서의 공급가액 중 박○○ 관할인 □□세무서장이 정상거래로 인정한 57,091,000원과 처분청에서 추가로 인정한 33,636,270원 합계 90,727,270원을 제외한 공급가액 102,272,730원에 상당하는 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 가공세금계산서로 보아 그 매입세액을 불공제하고, 매입액을 손금불산입 하여 2006.6.19. 청구법인에게 2001년 2기 부가가치세 21,487,490원과 2001사업연도 법인세 46,921,150원을 각 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.7.11. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2001년도에 주식회사 ○○으로부터 ○○도 ○○시 ○○택지 ○○○○공사를 하청 받아 공사하면서 사용한 자연석 3,197톤 중 3,164톤을 박○○으로부터 구입하고, 은행송금과 약속어음 등으로 99,800,000원을 지급하였으며, 나머지 112,500,000원 중 공사현장 소장이 톤당 단가를 10,000원씩 허위계상하여 직원 회식비와 비자금 및 잡비로 사용한 34,800,000원을 제외한 잔액 77,700,000원을 박○○에게 현금으로 지급하였음이 현금출납부․작업일보․금융거래 내역 등으로 확인됨에도, 처분청이 박○○의 허위진술만을 근거로 하여 과세한 이 건 처분은 부당하므로 경정되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 박○○으로부터 공급가액 161,364,000원 상당의 자연석을 공급받고 대금을 지급하였다고 주장하나, 금융증빙으로 확인되는 99,830,000원을 제외한 잔액 77,700,000원을 현금으로 지급하였다는 청구법인의 주장은 신빙성이 없고, 당초 조사관서인 □□세무서장이 박○○을 재차 조사하여 청구법인의 매입금액 중 가공거래 금액을 확인하였으므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고, 매입액을 손금불산입하여 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장․사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때.

○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인이 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 것으로 보아 이 건을 과세한데 대하여, 청구법인은 쟁점세금계산서의 공급가액 102,272,730원 중 70,636,727원에 상당하는 세금계산서는 실물거래하고 수취하였다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) □□세무서장이 2005.3.31. 박○○을 조사한 복명서에 의하면, 박○○이 2001년 1기부터 2002년 1기까지 자연석 485톤을 구입하였다고 진술하였고, 이러한 사실은 박○○이 ○○군청에 신고한 자연석 반출증 발급 및 수입대장에 의해 확인되며, 박○○이 청구법인 등에게 발행한 세금계산서 중 금융증빙이 없는 부분을 가공거래라고 진술함에 따라 이에 근거하여 박○○이 2001년 1․2기에 청구법인에게 발행한 공급가액 193,000,000원의 세금계산서 중 금융증빙으로 확인되는 62,800,000원(공급가액 57,090,909원)을 제외한 공급가액 135,909,091원의 세금계산서를 가공세금계산서로 보아 처분청에게 과세자료로 통보하였으나, 처분청은 2005년 12월 청구법인이 제출한 소명자료에 의하여 청구법인이 박○○에게 무통장 입금한 금액과 약속어음 등으로 99,800,000원(공급가액 90,727,272원)을 지급한 것으로 확인하였고, 청구법인이 2006.1.18. 처분청에 신청한 과세전적부심사 청구에 대하여 2006.2.22. 처분청의 재조사 결정됨에 따라 □□세무서 직원과 박○○이 2006.4.28. 재차 작성한 문답서에 의하면, 박○○은 자연석을 1톤당 14,000원~23,000원씩 약 2,000톤을 구입하여 청구법인에게 현장인도조건으로 톤당 32,000원~33,000원씩 공급하면서 물품대금은 대부분 자연석 공급 후에 통장으로 인도받았고, 현금으로 받은 적도 몇 번 있었다고 진술하여 당초 주장내용을 번복하는 등, 박○○의 진술내용은 일관성이 없어 신뢰하기 어렵다. (나) 청구법인이 증빙으로 제시한 하도급 공사계약서를 보면, 청구법인이 주식회사 ○○으로부터 ○○○○지구 하천 정비공사를 2,085,280,000원에 하도급 받아 2001.3.19.부터 2002.12.31.까지 시공하면서 자연석을 구입하여 쌓는데까지 1톤당 90,000원씩으로 하여 총 3,197톤의 공사를 하는 것으로 계약하였고, 청구법인이 공사현장에 투입된 자연석 3,197톤 중 3,164톤을 구입하였음이 작업일보에 구체적으로 확인된다. (다) 박○○은 청구법인에게 자연석을 1톤당 32,000원에 공급하였고, 청구법인은 박○○으로부터 자연석을 1톤당 51,000원에 매입하였다고 서로 다르게 주장하고 있는바, 한국물가협회가 2001년 3월에 발행한 종합물가정보자료에 의하면, 90,000원에 거래된 것으로 나타나고, 청구법인이 자연석 거래 사례가액으로 제출한 공사 내역서 등에서도 자연석은 톤당 대략 52,000~53,000원으로 확인되는 것으로 보아 박○○ 보다는 청구법인의 주장에 신뢰성이 있어 보인다.

(2) 이상에서 살펴본 바를 종합하면, 청구법인은 2001년 3월에 주식회사 ○○으로부터 ○○도 ○○시 ○○택지 ○○○○공사를 하청받아 공사하면서 자연석 3,164톤을 매입하여 시공한 사실이 공사계약서와 작업일보 등으로 확인되고, 이 건 거래당시 자연석 가격은 크기에 따라 톤당 50,000원~90,000원에 거래된 것으로 나타나며, 박○○의 진술내용이 신뢰하기 어려운 정황 등으로 볼 때, 쟁점세금게산서 중 공급가액 70,636,727원에 상당하는 세금계산서는 정상거래하고 수취하였다고 봄이 타당하다. 따라서, 위 70,636,727원에 상당하는 매입세액을 공제하고 매입액을 손금산입하여 이 건 부가가치세 및 법인세를 경정함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.