작성일이 사실과 다른 세금계산서의 처분이 적법한 지 여부

○○○세무서장이 2006.3.13. 청구인에게 한 2002년 1기 부가가치세 71,123,790원의 부과처분은 청구인이 2001.12.31.이전에 취득한 건물 또는 구축물에 대한 납부세액을 아래 산식에 의하여 계산한 금액으로 하여 그 세액을 결정하고, 나머지 청구는 이를 기각합니다. (산식): 당해 재화의 매입세액 × (1 - 10/100 × 경과된 과세기간의 수) × 증가된 면세공급가액의 비율

청구인은 2000.2.1. 뱀장어 양식업의 면세사업자로 사업자등록을 한 후 2000.11.13. 수출목적으로 면세 포기신고서를 제출하고 양식장 시설투자관련 매입액(공급가액) 2000년 2기 326,361,325원 및 2001년 1기 540,771,458원에 대한 매입세액을 환급세액으로 하여 부가가치세를 신고하였고, 처분청은 환급현지확인조사를 실시하여 부당매입세액 5,680,000원을 제외하고 환급결정을 하였다. 그 후 처분청은 청구인이 뱀장어를 수출하지 않고 2002.3.23. 국내에 공급한 수입금액(17,800,000)이 발생함에 따라 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율이 증가(100%)하였다 하여 부가가치세 법시행령 제63조 의 규정에 의거 환급세액을 재계산하여 2006.3.13.청구인에게 2002년 1기 부가가치세 71,123,790원을 경정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.4.26 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1)청구인이 개업할 당시 대단위 담수어 양식단지조성사업이 시행중이어서 뱀장어를 수출할 목적으로 12억원을 투자하여 양식장을 설치하고 시설투자관련 매입세액을 환급받았고, 사업개시이후 양식하던 뱀장어가 2000.7.23. 정정사고로 인하여 폐사하여 그 중 신선도가 양호한 것만을 대도시로 반출하였으며 수출할 상황이 아니었고, 2001년까지 양식을 하지 못하여 감가상각자산을 전부 면세사업에 공하였으므로 당시 환급받은 매입세액은 공제되지 않았어야 되고, 2000년 2기분에 대한 국세부과제척기간의 기산일은 2001.1.26.로 이미 국세부과제척기간 5년이 경과되었다. 또한, 2001.12.31.이전에 취득한 감가상각자산 중 건물 및 구축물에 대하여는 10%의 감가율을 적용하여야 하는데도 5%의 감가율을 적용하여 환급세액을 재계산하여 과세한 처분은 부당하다.

(2) 청구인이 2000년 12월 내수면어업신고필증을 교부받기 위해 ○○군청에 제출한 공급가액 449,914,500원의 ○○시스템 및 ○○P&C가 발행한 매입세금계산서 2매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)의 작성일이 2001.1.8.로 되어 있으나 실제로는 2000.10.30.대금지급과 함께 수취한 것으로 동 업체가 신고를 누락하여 세금계산서를 새로 발행해 당초의 세금계산서를 교체한 것인 바, 기본적인 공정이 마지막 단계에서 시공이 된다는 것은 불가능할 뿐만 아니라 동 업체가 2000.10.30.발행한 입금표에 의하여도 당초 세금계산서의 수취사실이 확인되므로 동 세금계산서 2매의 공급가액 449,914,500원에 대한 매입세액을 2000년 2기로 하여 환급세액을 재계산하여야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1)감가상각자산의 면세공급배율이 일정률 이상 증가되는 때에는 환급세액을 재계산하여 당해 과세기간의 확정신고와 함께 이를 신고 납부하여야 하고, 이 건 재계산대상 감가상각자산의 취득일은 2000년 2기이나 면세공급배율이 증가된 과세기간은 2002년1기 이므로 동 과세기간의 확정신고시 신고납부하여야 하는 것이며, 따라서 국세부과제척기간의 기산일은 2002년 1기 확정신고일의 다음 날인 2002.7.26.이어서 이 건 과세처분일(2006.3.13.)현재 국세부과제척기간이 경과되지 아니하였고, 감가상각자산의 경과된 과세기간의 계산은 실제로 사업에 공한 날로 하는 것이므로 준공일(2001.2.27.)이 속하는 2001년 1기부터 경과과세기간을 계산하여 과세한 처분은 잘못이 없다.

(2) 청구인이 2001년 1기에 신고한 매입세금계산서 중 거래처인 ○○P&C가 2001년 1기에 정상 신고를 하였고, ○○시스템은 무신고하였으며, 2000.10.30. 발행된 ○○시스템의 임금표 금액 449,914,546원과 201.1.8. 발행된 세금계산서 공급가액 249,914,500원이 불일치할 뿐만 아니라 2000.10.30.이 거래시기임을 확인할 수 있는 구체적인 입증자료의 제시가 없으므로, 동 세금계산서의 공급가액 449,914,500원에 대한 과세기간을 2001년 1기로 보아 과세한 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점

(1) 수출목적으로 면세 포기신고서를 제출한 과세기간의 시설투자관련 매입세액을 공제받은 후 국내 판매수입금액이 발생함에 따라 환급세액을 재계산하여 과세한 경우 국세부과체척기간의 기산일 및 환급세액 재계산시 경과과세기간에 따른 감가율 적용의 적정여부

(2) 쟁점세금계산서의 작성일이 사실과 다르게 기재된 것으로 보아 거래일이 속하는 과세기간으로 경정할 수 있는지 여부

• 나. 관련법령

(1) 부가가체세법 제6조 【재화의 공급】

② 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용 ․ 소비하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다. 같은법시행령 제15조 【자가공급의 범위】① 법 제6조 제2항의 규정에 의하여 재화의 공급으로 보는 것은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 위하여 사용 또는 소비되는 재화 같은법 제17조 【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 납부세액이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받은 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

⑤ 제1항의 규정에 의하여 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제 되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 당해 사업자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산하여 제19조의 규정에 의한 당해 과세기간의 확정신고와 함께 관할세무서장에게 이를 신고납부하여야 한다. 같은법시행령 제63조 【납부세액 또는 환급세액의 재계산】①법 제17조 제5항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 감가상각자산에 대한 매입세액이 법 제17조 제1항, 이 영 제61조 및 제61조의 2의 규정에 의하여 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 배율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율과 당해 감가 상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때에는 그 재계산한 기간)에 적용하였던 비율간의 차이가 100분의 5이상인 경우에 한하여 적용한다.

② 제1항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산에 의하여 납부세액에 가산 또는 공제하거나 환급세액에 가산 또는 공제하는 세액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 본문 후단의 규정을 준용한다(2001.12.31 개정)

가산 또는 공제되는 세액 = 당해 재화의 매입세액×(1 -5/100×경과된 과세기간의 수)×증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율 또는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율

가산 또는 공제되는 세액 = 당해 재화의 매입세액×(1 -25/100×경과된 과세기간의 수)×증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율 또는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 취득일이 속하는 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분계산한 경우에는 증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율에 의하여 재계산하고, 당해 취득일이 속하는 과세기간의 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율로 안분계산한 경우에는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율에 의하여 재계산한다.

④ 제49조의 규정이 적용되는 경우에는 제1항 및 제2항의 규정을 적용하지 아니한다.

⑤ 제2항의 규정에 의한 경과된 과세기간의 수를 계산함에 있어서 과세기간의 개시일 후에 감가상각자산을 취득하거나 당해 재화가 제1항의 규정에 해당하게 된 경우에는 그 과세기간의 개시일에 당해 재화를 취득하거나 당해 재화가 제1항의 규정에 해당하게 된 것으로 본다. 부 칙(2001.12.31 대통령령 제17460호) 제1조 【시행일】이 영은 2002년 1월 1일부터 시행한다. 제3조 【사업장 등에 관한 적용례】⑥ 제49조 제1항 및 제2항, 제63조 제2항 제1호, 제63조의 3 제1항 제4호 ․ 제3항 제2호 (가) 및 제3호 (가), 제74조의 4 제1항 제4조 ․ 제3항 제2호 (가) 및 제3호 (가)의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 감가상각자산을 취득하는 분부터 적용한다. 같은법시행령(2001.12.31 대통령령 제17460호로 개정되기 전의 것) 제63조 【납부세액 또는 환급세액의 재계산】 ② 제1항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산에 의하여 납부세액에 가산 또는 공제하거나 환급세액에 가산 또는 공제하는 세액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 본문 후단의 규정을 준용한다.

가산 또는 공제되는 세액 = 당해 재화의 매입세액×(1 - 10/100×경과된 과세기간의 수)×증가되거나 감소된 면세공급가액의 배율 또는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율 (2) 국세기본법 제26조 의 2 【국세부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 ｢국제조세조정에 관한 법률｣ 제25조 에서 정하는 바에 따른다. 1.~2.(생략)

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 같은법시행령 제12조의 3 【국세부과 제척기간의 기산일】① 법 제26조의 2 제4항의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각호의 날로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 “과세표준 신고기한”이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납 ․ 예정신고 및 수정신고기한은 과세표준 신고기한에 포함되지 아니한다.

2. 부당이득세 및 인지세에 있어서는 당해 국세의 납세의무가 성립한 날

• 다. 사실관계 및 판단 먼저, 쟁점(1)에 대하여 본다.

(1) 처분청의 조사관련서류 등에 의하면, 청구인은 2000.2.1.뱀장어 양식업의 면세사업자로 등록을 한 후 2000.11.13. 뱀장어를 수출할 목적으로 면세 포기신고서를 제출하고 양식장 시설(감가상각자산)투자와 관련한 매입세액으로 2000년 2기 32,636,130원 및 2001년 1기 54,077,140원을 각각 공제받았고, 처분청은 청구인이 뱀장어를 수출한 실적없이 2002.3.23.국내 판매에 따른 수입금액(17,800,000원)이 발생함에 따라 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율이 100% 증가하였다 하여 부가가치세법시행령 제63조 의 규정에 의한 환급세액을 아래 표와 같이 재계산하여 이 건 과세하였음이 확인 된다. 감가상각자산 당해 재화의 매입세액 경과된 과세 기간의 수 공급가액 증가비율 가산 또는 공제되는 세액 건물 및 구축물 11,491,095 2 100.0% 10,341,986 기타의 감가상각자산 16,761,031 3 4,190,258 기타의 감가상각자산 51,666,273 2 25,833,136 계 79,918,399 40,365,380 (단위: 원)

(2) 청구인은 2000.7.23. 정전사고로 뱀장어가 폐사해 신선도가 양호한 것만 국내시장에 반출하여 면세수입만 발생하였으므로 2000년 2기분 환급세액은 공제되지 않았어야 하고, 따라서 2000년 2기분으로 과세되어야 할 것이나 과세처분일 현재 국세부과제척기간이 경과하여 부당한 과세라고 자장하고 있다. 그러나 청구인이 면세포기신고(2000.11.13.)를 한 것은 정전사고 발생일 (2000.7.23.) 이후로 이 건 시설투자관련 매입세액에 대한 환급 여부와 관련이 없다 할 것이고, 부가가치세법 제17조제5항 에서 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 당해 사업자는 납부세액 또는 환급세액을 재계산하여 당해 과세기간의 확정신고와 함께 관할세무서장에게 이를 신고납부하도록 규정하고 있으므로, 이 건은 면세수입금액비율이 변경된 과세기간(2002년 1기)의 확정신고기한의 다음날인 2002.7.26.을 국세부과 제척기간의 기산일로 보아야 할 것이고, 따라서 이에 대한 청구인의 주장은 이유 없는 것으로 판단된다.

(3) 한편, 2001.12.31. 대통령령 제17460호로 개정되어 2002.1.1.부터 시행된 부가가치세법시행령 제63조제2항제1호 는 납부세액 또는 환급세액의 재계산에 의하여 납부세액에 가산 또는 공제하거나 환급세액에 가산 또는 공제하는 세액으로서 건물 또는 구축물에 대하여는 감가율을 100분의 5로 규정하고 있으나, 같은 영 부칙 제3조제6항은 위 개정규정은 영 시행후 최초로 감가상각자산을 취득하는 분부터 적용하는 것으로 규정하고 있고, 그 개정전 부가가치세법시행령 제63조제2항제1호 는 그 감가율을 100분의 10으로 규정하고 있다. 따라서, 이 건 매입세액은 환급받은 시설투자(감가상각대상)는 2001년 이전에 발생하였으므로 개정전 규정이 적용되어야 함에도 처분청의 결의서를 보면 환급세액을 재계산하면서 2001.12.31.대통령령 제17460호로 개정된 부가가치세법시행령 제63조 제2항 제1호 에서 규정한 100분의 5의 감가율을 적용하여 계산한 금액으로 과세한 것으로 확인되므로 이건 감가율을 100분의 10로 재계산하여 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다. 다음으로, 쟁점(2)에 대하여 본다.

(1) 이 건 부가가체세 신고서 등에 의하면, 청구인은 양식장 시설공사와 관련하여 2001.1.8. ○○시스템(대표자: 김○○) 및 ○○P&C(대표자: 황○○)로부터 공급가액 249,914,500원 및 200,000,000원의 세금계산서 2매를 수취하고 동 매입세액을 환급세액으로 신고하였음이 확인되고, 이에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구인은 쟁점세금계산서의 실거래일이 2000.10.30.이나 발행업체의 신고누락 등으로 인하여 2001.1.8. 새로 발행한 세금계산서로 교체한 것이므로 실거래일이 속하는 2000년 2기로 경정하여야 한다고 주장하면서 2000.10.30. 작성의 입금표, 준공계 및 공사비정산서, 대출통장사본 등의 입증자료를 제시하고 있다.

(3) 청구인이 쟁점세금계산서를 1개의 업체에서 교부하였음을 주장하며 제시한 위 입금표를 보면 작성자는 ○○시스템(대표자: 김○○)으로, 금액은 449,914,546원으로 기재되어 있을 뿐이고 동 금액의 지급사실을 확인할 수 있는 금융자료 등 객관적 증빙은 제시되지 않고 있고, 국세통합전산자료를 보면 쟁점세금계산서를 교부한 2개 업체(○○시스템 및 ○○P&C)의 사업장소재지나 대표자가 각각 상이하고 ○○시스템의 신고사실이 나타나지 않으며, 양식장의 일반건축물대장을 보면 2000.12.10. 착공하여 2001.12.27. 사용승인받은 것으로 되어 있어 쟁점세금계산서의 실거래일이 확인되지 아니하므로, 이 부분 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.