세금계산서상 매입액을 매입원가로 인정하여야 하는지 여부

○○세무서장이 2006. 2. 24. 청구법인에게 한 2003년 귀속분 갑종근로소득세 246,184,110원의 경정청구를 거부한 처분, 동 갑종근로소득세 부과처분의 근거인 2003사업년도 709,346,000원의 상여처분에 대하여 청구법인이 2003.6.25~2003.7.31.

○○기계로부터 교부받은 매입세금계산서상 공급가액 1,200,000,000원의 실제 매입여부를 재조사하여 그 결과에 따라 이를 경정한다.

청구법인은 골판지상자 제조업을 영위하는 사업자로서, ○○기계(000-00-00000, 대표 이○○)로부터 골판지 제조기(이하 “쟁점설비”라한다)를 구입하면서 2003년 1기 과세기간 중 820,000천원, 2003년 2기 과세기간 중 380,000천원 등 공급가액 합계 1,200,000천원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서” 라 한다)를 교부받아 관련 부가가치세 및 법인세를 신고하였다.

○○ 지방국세청장은 ○○기계에 대한 세무조사를 실시하여, ○○기계를 자료상으로 판정하고, ○○기계 명의의 쟁점세금계산서는 가공세금계산서에 해당한다는 과세자료를 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2004년 11월 청구법인에 대한 현지확인조사를 실시하였고 그 결과, 골판지제조기 구입당시 ○○기계의 대표 이○○ 은 제3의 사업자의 지시로 노동력만을 제공하고 그에 대한 대가를 받은 것으로 조사하여 쟁점 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아, 2005.1.4. 청구법인에게 동 매입세액을 불공제한 후 부가가치세 156,000천원을 경정결정하고, 공급대가 1,320,000천원 중 금융자료에 의하여 대금지급이 확인되는 600,654천원을 제외한 719,346천원을 가공원가(자산과대계상)로 손금부인한 후 이를 대표자상여로 소득처분한다는 내용의 과세예고통지를 하였다. 이에 청구법인은 2005.1.14. 처분청에 과세전적부심사를 청구하였고, 처분청은 동 과세전적부심사결정에서 대금지급이 확인되는 600,654천원의 공급가액 해당분에 대하여는 해당 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하고, 금융자료에 의하여 그 지급사실이 추가 확인되는 금액 10,000천원을 위 대표자에 대한 상여처분액에서 차감하는 것으로 하여 2005.3.10. 청구법인에게 2003년 귀속분 대표자상여금액 709,346천원을 소득금액 변동통지하였으며, 청구법인은 이에 따라 2005.4.10. 대표이사인 최○○의 2003년도 원천징수이행상황 및 근로소득세를 추가 수정신고하였으나 해당세액을 납부하지 아니하였고, 이에 처분청은 2005.3.1. 청구법인에게 2003년 귀속 갑종근로소득세 246,184,110원을 고지하였으며, 청구법인은 2006.1.26. 위 상여처분금액(709,346천원)에 대하여 ○○기계로부터 구입한 골판지 제조기 매입가액에 포함된 금액이어서 가공원가에 해당하지 않는다 하여 갑종근로소득세 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2006.2.24. 청구법인에게 가공자산 상당액에 대한 상여처분은 정당하다 하여 청구법인의 경정청구를 거부처분하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.4.19. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 ○○기계와 쟁점설비의 제작 및 설치계약을 체결하고 그 대금을 지급하여 쟁점세금계산서를 교부받았고, 동 쟁점설비는 청구법인에 설치되어 현재까지 존재하고 있으며 이에 대하여 처분청도 다툼이 없는 바, 쟁점설비의 구입과 관련한 제증빙이 존재하고 있음에도 처분청이 매입액 중 금융자료에 의하여 확인되는 부분만을 매입원가로 인정하고 현금으로 결제한 부분에 대하여는 단지 지급증빙서류가 없다는 사유로 매입원가를 부인하는 것은 부당할 뿐 아니라, 처분청이 가공매입액이라는 구체적인 과세근거를 제시하지 못하는 이상은 청구법인이 비치한 장부와 증빙에 따라 실물거래를 인정하여야 할 것이고, 동 기계장치의 감정평가서나 타업체의 견적서에 의하더라도 기계장치의 시가를 확인할 수 있는 것이고, ○○기계와 청구법인이 특수관계자가 아닌 이상 ○○기계가 청구법인에게 쟁점설비를 시가에 미달하게 공급할 이유도 없는 것인 바, 처분청이 대금지급증빙에 의하여 인정하고 있는 매입원가는 시가의 절반에도 미치지 못하는 것이므로 현금결제분을 원가부인하고 자산을 과대계상한 것으로 보아 대표자에 대한 상여로 처분하여 과세함은 부당하며, 처분청은 현금 결제분 등을 가공거래로 보아 원가로 인정하지 않고 당해 금액을 귀속이 불분명하다고 판단하여 대표이사에 대한 상여로 처분하였으나, 만약 처분청의 처분대로 현금 결제분 등을 원가로 인정하지 않고 사외유출된 것으로 보아 대표이사에게 상여로 처분하기 위해서는 처분청이 당해 사외유출된 금액이 대표이사에게 현실적으로 귀속되었다는 것을 입증하여야 하나 처분청은 이를 입증하지 못하고 있으므로 자산과대계상분을 대표자 상여로 보아 소득세를 과세한 것은 부당한 처분이다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점세금계산서상 매입액 중 처분청이 부인한 현금결제 상당액에 대하여 실제 매입한 쟁점설비의 지급액이라고 주아하면서 ○○기계 대표 이○○의 진술서 및 이에 대한 공증서를 제출하였으나 이는 조사종결후인 2004.12.30.자에 작성되어 신뢰하기 어려우며, 기타 실지구입처나 대금결제 등 실거래가 입증되는 객관적이고 구체적인 입증자료를 제시하지 못하므로 대표자에 대한 상여로 처분하여 과세하는 것은 정당하며, 법인세법 제67조 의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여 등으로 처분하는 것으로서 익금에 산입된 금액이 사내에 유보된 사실이 확인되지 아니하여 그 귀속이 불분명한 것으로 보아 대표자에 대한 상여로 처분한 당초처분은 정당하고, 청구법인도 수정신고한 후 관련세액을 납부하지 아니하여 무납부 경정고지한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서상 매입액을 쟁점설비의 실제 매입액으로 보아 이를 매입원가로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

○ 법인세법 제15조 【익금의 범위】

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다. 같은 법 제66조 【결정 및 경정】 ② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

○ 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여 ․ 배당 ․ 기타 사외유출 ․ 사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

○ 법인세법시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조 제12항 의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같)에게 귀속된 것으로 본다.

• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 ○○기계로부터 골판지 기계설비를 구입하면서 교부받은 매입세금계산서는 아래와 같고, 이 건 쟁점세금계산서는 이 중 2003년 1기분 및 2기분 2매, 공급가액 1,200,000천원(공급대가 1,320,000천원)의 매입세금계산서임을 알 수 있다.(표 생략)

(2) 처분청은 청구법인이 수취한 위 2001년 2기분 및 2003년 귀속분의 쟁점세금계산서에 대하여 사실과 다른 세금계산서로 보아 동 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세하였고, 청구법인은 부가가치세 부과처분에 대하여는 다툼이 없다.

(3) 먼저, 처분청의 청구법인에 대한 현지확인 조사보고서(2004.11.22.)에 의하면, 처분청은 ○○기계 대표 이○○ 이 거액의 공사를 수주하거나 자금을 조달할 능력이 되지 아니하여 단순히 제3의 전주의 지시에 의하여 전주가 구입한 중고기계를 수리한 후 설치만 한 것으로 조사하고 있고, 청구법인의 법인소득금액 계산시, 2004년 2기분 매입액(147,000천원)에 대하여 어음지급액으로 확인되는 45,000천원 상당액은 손금(원가)으로 인정하고 나머지 현금지급 주장금액(116,700천원)은 그에 상당하는 매입사실을 인정하지 아니하고 손금불산입 ․ 대표자상여로 소득처분하였음이 확인된다. 한편, 처분청은 위의 2001사업연도분 대표자상여처분에 대하여 2006.6.27. 국민고충처리위원회의 재조사 권고결정에 따라, 이 건 심리기간중인 2006년 7월 재조사를 실시하여, 당초 원가부인한 2001.12.26. ○○기계로부터 교부받은 공급가액 100,000천원에 대하여 실제 매입처가 ○○기계가 아닌 주식회사○○인 것으로 확인하여 이를 손금산입하고 대표자상여 처분금액에서 감액경정하였음이 확인된다.

(4) 다음은, 이 건 쟁점인 2003년 1기 및 2기분 쟁점세금계산서상 매입액 1,200,000천원(공급대가 1,320,000천원)에 대하여 청구법인은 ○○기계로부터 쟁점설비를 구입한 실제 매입액이라고 주장하면서 관련 매매계약서 등을 제출하고 있으므로 이에 대하여 본다. (가) 청구법인이 제출한 청구법인과 ○○기계간에 체결된 매매계약서(2003.4.2)에는 쟁점설비의 매매가액이 공급가액 1,200,000천원인 것으로 약정되어 있고, ○○기계의 견적서(2004.4.2)에도 동 금액을 견적가액으로 제시하고 있다. (나)

○○은행 ○○지점장의 평가의뢰에 의하여 ○○감정원이 작성한 감정평가서(2003.8.26)에 의하면, 쟁점설비는 ○○기계에서 제작한 Corrugator M/C 등으로 최근에 설치하여 현상 및 관리상태가 양호하며, 평가기준일(2003.8.22) 현재 가액을 1,300,000천원으로 평가하고 있다. (다) 한편, 청구법인은 처분청 조사당시 쟁점설비에 대한 대금을 2003.3.5.~2003.8.22. 기간동안 9회에 걸쳐 어음 4매 110,000천원, 예금통장으로 송금 2회 128,654천원, 시설자금대출을 받아 이○○의 통장에 입금 2회 1,080,000천, 현금 1회 1,346천원 등 합계 1,320,000천원을 지급한 것으로 하여 관련 증빙자료를 제출하였고, 이에 대하여 처분청은 어음 4매 합계 110,000천원중 2003.3.5.자 어음 20,000천원(자가13487911)은 자료상인 ○○기계 권○○이 배서하였고, 대출금 송금액 1,080,000천원 중 청구법인의 통장으로 재회수된 금액이 850,000천원으로 확인되고 이 중 대여금으로 사실이 확인되지 않는 688,000천원과 현금 지급분 1,346천원 등은 매입대금으로 지급되었는지 여부가 입증되지 않는다 하여 동 합계액 709,346천원을 원가부인하여 대표자상여 처분하였음이 심리자료에 의하여 확인된다. (라) 청구법인은 처분청이 쟁점설비의 제작 및 설치에 ○○기계가 관여한 것으로 인정하면서도 ○○기계와의 자금거래에 있어 어음결제분만 원가로 인정하고 현금 결제분은 증빙이 없다 하여 원가로 인정하지 아니함은 부당하며, 특히 시설자금대출금 중 일부(850,000천원)가 청구법인에게 재입금된 것은 당초 ○○기계가 쟁점설비를 설치함에 있어서 ○○기계의 하도급업체에 대한 자금집행을 위해 필요한 자금을 청구법인이 ○○기계에 대여한 후 이를 회수한 것이며, 당해 대여금은 시설자금 실행시 회수하도록 약정되어 있어 동 약정에 따른 것이고, 청구법인의 대표이사는 특수관계 법인인 주식회사○○과 지인을 통하여 해당자금을 조달하였으며, ○○기계로부터 회수한 자금 850,000천원 중 630,000천원은 주식회사○○에게 위의 차입금 상당액으로 변제한 것으로 확인(문답서, 2004.11.25)하고 있고, 주식회사○○은 대표이사 가지급금으로 이를 처리하여 자금조달의 원천이 입증된다고 하면서 입증자료로 ○○기계의 차용증(53매), ○○기계의 하청업체별 기계대금 지급명세및 대여자금 사용처별 자료 등을 제출하고 있다. (마) 살피건대, 처분청은 청구법인이 ○○기계로부터 교부받은 쟁점세금계산서상 매입액 1,200,000천원 중 709,346천원에 대하여 쟁점설비의 자산가액을 과대계상한 가공매입액으로 보아 손금불산입하여 대표자상여로 소득처분하였으나, 쟁점세금계산서상 매입품목인 쟁점설비는 청구법인의 기본적인 사업설비로서 사업장내에 설치된 사실에 대하여 당사자간 다툼이 없고, 쟁점설비에 대한 ○○감정원의 감정평가액이 쟁점세금계산서상 매입액과 일지차고 있는 점에 비추어 쟁점설비의 매입사실이 인정된다. 다만, 관련 시설자금 대출액 중 850,000천원을 ○○기계로부터 회수하여 630,000천원을 주식회사○○에게 지급하였고, 청구법인의 2001년 2기분 매입설비(가공기 및 보빈기 등, 공급가액 147,000천원) 중 보빈기 등의 설비(공급가액 100,000천원)는 실제 공급자가 주식회사○○인 것으로 조사된 사실 등에 비추어 볼 때 청구법인이 제출한 자료만으로는 쟁점설비의 실지 매입처가 ○○기계인지 여부와 그 매입가액이 쟁점세금계산서상 매입액 1,200,000천원인지 여부를 확정하기 어려우므로 처분청이 쟁점설비의 실제 매입처 및 매입액 등에 대하여 재조사를 실시하고 그 결과에 따라 이 건 대표자 상여처분에 의한 갑종 근로소득세의 과세표준 및 세액을 경정하여 주는 것이 타당한 것으로 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 ․ 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.