신고불성실가산세 부과의 당부

심판청구번호 국심 2006광494(2006. 5. 10.) 고불성실가산세를 적용하지 않는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.

청구법인은 2000.7.24 설립된 법인으로 2004.10.6 제조업(채소가공 및 저장처리업)을 영위하는 것으로 하여 처분청에 사업자등록신청을 한 법인으로, 2004년 제2기 부가가치세 예정과세기간중 주식회사 ○○○외 5개 업체로부터 공급가액 78,934,131원 상당의 세금계산서(이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 수취하여 2004.10.25 2004년 제2기 부가가치세 예정신고시 동 세금계산서의 매입세액 7,893,413원을 공제받는 매입세액으로 하여 신고하였다. 처분청은 청구법인이 제공하는 육묘파종서비스업은 조세특례제한법시행령 제106조 제3항 에서 규정하는 영농조합법인이 제공하는 농작업의 대행용역업에 해당하여 면세사업에 해당하는 것으로 보아 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하고 신고불성실가산세를 적용하여, 2006.1.15 청구법인에게 2004년 제2기 부가가치세 789,340원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.2.3 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 농민이 육묘상자, 씨앗 등 일체를 제공하면 단순히 씨앗만 심어주는 파종서비스만 하고 있으므로 청구법인이 영위하는 업은 과세사업에 해당하므로 쟁점세금계산서의 매입세액은 공제하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 제공하는 육묘파종서비스는 조세특례제한법시행령 제106조 제3항 에서 규정하는 영농조합법인이 제공하는 농작업의 대행용역에 해당하므로 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하고 신고불성실가산세를 적용하여 이 건 부과처분한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 영위한 업종을 조세특례제한법 제106조 제1항 제3호 에 해당하는 것으로 보아 매입세액을 불공제하고 신고불성실가산세를 적용한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제1조 【과세대상】 ① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

부가가치세법 제2조 【납세의무자】 ① 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화(제1조에 규정하는 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 규정하는 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 “사업자”라 한다)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

② 제1항의 규정에 의한 납세의무자에는 개인·법인(국가·지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다)과 법인격없는 사단·재단·기타 단체를 포함한다. 부가가치세법 제17조 【납부세액】 ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 부가가치세법 제22조 【가산세】 ⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액 (2) 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】 ① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호 및 제9호의 규정은 2006년 12월 31일까지, 제4호의 2의 규정은 2004년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용한다. (2003.12.30. 후단개정)

3. 농·어업경영 및 농·어작업의 대행용역으로서 대통령령이 정하는 것 조세특례제한법시행령 제106조 【부가가치세 면제 등】 ③ 법 제106조 제1항 제3호에서 “농·어업경영 및 농·어작업의 대행용역으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 농업·농촌기본법 제15조의 규정에 의하여 설립된 영농조합법인과 동법 제16조의 규정에 의하여 설립된 농업회사법인이 공급하는 농업경영 및 농작업의 대행용역과 수산업법 제9조 의 2의 규정에 의하여 설립된 영어조합법인이 공급하는 어업경영 및 어작업의 대행용역을 말한다.

(3) 농업·농촌기본법 제15조【영농조합법인의 육성】 ① 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하·가공·수출등을 공동으로 하고자 하는 농업인은 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인을 설립할 수 있다.

② 영농조합법인은 법인으로 하며, 그 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

③ 영농조합법인은 농업인과 농산물의 생산자단체중 정관이 정하는 자를 그 조합원으로 하되, 조합원이 아닌 자로서 대통령령이 정하는 자는 정관이 정하는 바에 의하여 영농조합법인에 출자하고 의결권이 없는 준조합원으로 가입할 수 있다.

④ 영농조합법인은 대통령령이 정하는 생산자단체의 조합원 또는 준조합원으로 가입할 수 있다.

⑤ 상법 제176조 의 규정은 영농조합법인의 해산명령에 관하여 이를 준용한다. 이 경우 관할 시장·군수 또는 자치구의 구청장은 법원에 영농조합법인의 해산을 청구할 수 있다.

⑥ 영농조합법인의 설립·출자·사업·정관기재사항 및 해산등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑦ 영농조합법인의 등기에 관하여 이 법에서 규정한 사항외에는 비송사건절차법 제192조·제193조 및 제197조 내지 제202조를 준용한다. 농업·농촌기본법 제16조【농업회사법인의 육성】 ① 기업적으로 농업을 경영하거나 농산물의 유통·가공·판매를 하고자 하는 자 또는 농업인의 농작업을 대행하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 농업회사법인을 설립할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 2004년 제2기 부가가치세 예정과세기간중 주식회사 ○○○외 5개 업체로부터 쟁점세금계산서(공급가액 78,934,131원)를 수취하여 2004년 제2기 부가가치세 예정신고시 매출은 없이 매입세액 7,893,413원을 공제받는 매입세액으로 하여 환급세액 7,893,413원을 신고한데 대하여, 처분청은 청구법인이 제공하는 육묘파종서비스업은 조세특례제한법시행령 제106조 제3항 에서 규정하는 영농조합법인이 제공하는 농작업의 대행용역업에 해당하여 면세사업에 해당하는 것으로 보아 매입세액을 불공제하고 신고불성실가산세를 적용하여 이 건 과세한 사실이 결정결의서 등 심리자료에 의하여 확인되고 쟁점세금계산서의 내역은 아래 표와 같다.

○○○

(2) 청구법인 등기부등본 및 정관, 사업자등록신청서류 등에 의하면, 청구법인은 2000.7.24 설립되었으나 2004.10.6 제조업(채소가공 및 저장처리업)을 영위하는 것으로 하여 사업자등록신청을 하였으며, 청구법인은 '농업·농촌기본법에 의하여 설립된 조합법인으로서 농업경영의 합리화를 도모하고 농가소득증대에 기여하며, 조합원 상호간의 친목을 목적(정관 제2조)'으로 하여 설립된 법인이며, 조합원은 5명으로 출자금은 3억원으로 되어 있고, 사업목적은 1. 농축산물의 유통 및 판매사업, 2. 농산물 저온, 저장 창고업, 3. 농축산물의 가공 및 출하, 수출, 4. 농축산업에 관련된 공동시설의 설치 및 운영, 5. 종돈생산 및 분양사업, 6. 농산물 집단재배 및 공동작업에 관한 사업, 7. 관광농업사업, 8. 각호의 사업에 부대하는 업무로 되어있다. (3) 조세특례제한법 제106조 에 의하면 농업경영 및 농작업의 대행용역으로서 농업·농촌기본법 제15조의 규정에 의하여 설립된 영농조합법인이 공급하는 농업경영 및 농작업의 대행용역은 부가가치세를 면제하도록 규정하고 있고, 농업·농촌기본법 제15조에는 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하·가공·수출 등을 공동으로 하고자 하는 농업인은 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인을 설립할 수 있으며, 그 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다고 규정하고 있다.

(4) 위의 내용을 종합하여 보면, 청구법인은 부가가치세가 면제되는 농업경영 및 농작업의 대행용역을 공급하는 영농조합법인임에도 불구하고 2004년 제2기 부가가치세 예정신고시 쟁점세금계산서의 매입세액을 공제하여 환급세액 7,893,413원을 신고하였는 바, 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 에 따라 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것○○○이므로 처분청이 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제한 이 건 부과처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 다만, 이 건 신고불성실가산세 부과처분에 대하여 보면, 처분청은 청구법인이 공제되지 아니하는 부가가치세 매입세액을 공제하여 신고하였다 하여 신고불성실가산세를 적용하였는 바, 청구법인은 부가가치세법 제2조 에서 규정하는 납세의무자의 지위에 있지 아니하여 부가가치세법 제18조 에 규정하는 과세표준 신고·납부의무가 없다 할 것이어서 신고불성실가산세를 적용한 처분은 부당한 것○○○으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.