쟁점건물을 신축한 것으로 보고 기존건물의 취득 및 철거비용을 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액불공제하여 과세한 처분의 당부

심판청구번호 국심 2005중4409(2006.2.2) ont:18pt;"> 청구법인은 ○○○(이하 "쟁점사업장"이라 한다)에서 ○○○을 영위하는 법인으로 2004.7.7. 기존 건물을 취득하여 전체를 2층으로 증축한 후, 사용할 계획으로 건축허가(증축)신청을 하였으며, 2004.8.7. 건축허가(증축)를 받았으나, 2004년 12월경 공사를 진행하던 중에 청구법인의 매출처인 ○○○로부터 매출물량이 확대될 가능성 등을 감안하여 4층으로 설계를 변경하기로 결정하고 2005년 1월에 건축허가신청서를 제출하여 2005.2.16. 건축허가(증축/설계변경)를 받아 4층 건물과 지하실을 건축(이하 "쟁점공사"라 한다)하였으며, 청구법인은 설계회사의 의견 등을 근거로 쟁점공사를 증축으로 보고 철거비용 등 912,874천원(이하 "쟁점매입액"이라 한다)을 건물에 대한 자본적지출로 보아 매입세액공제하여 2005년 1기 부가가치세 확정신고시 처분청에 환급신청하였다. 처분청은 2005.8.8.∼8.18. 기간동안 청구법인에 대한 부가가치세 현지확인조사를 실시하여 쟁점공사를 증축공사가 아닌, 신축공사로 보고 쟁점매입액을 토지에 대한 자본적지출로 보아 매입세액 불공제하여 2005.8.25. 청구법인에게 2005년 1기분 부가가치세 110,421,000원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.11.23. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 기존건물을 취득하여 전체를 2층으로 증축하여 사용할 계획이었으나, 청구법인의 매출처인 ○○○로부터 매출물량이 확대될 가능성과 신규사업 진입에 대비하여 생산설비를 증대할 필요성이 제기되면서 건축의 경제성을 기하기 위하여 4층으로 설계를 변경하기로 결정하고 이 과정에서 층수가 2개층이 증가하여 4층으로 되고 지하시설 설치를 위하여 일부의 지하실이 건축되었는 바, 건축과 관련한 전문가들의 의견은 신축이 아닌 증축이라는 의견이며, 청구법인은 토지만을 사용할 목적으로 공장 및 부지를 취득한 것이 아니고, 증축을 목적으로 건물을 취득하였으나, 이후 경제상황의 변동으로 설계변경이 이루어지면서 기존 건물의 장부가액을 폐기손실로 처리한 청구법인의 경우에는 법인세법상 전액을 손금으로 인정하기에는 무리가 있어서 세무대리인의 이견에 따라 법인세 세무조정시 손금불산입하는 처분을 하였는 바, 이는 기존 건물의 취득가액을 토지의 취득가액으로 계상하여야 한다는 논리와는 다른 것이다. 따라서 건물의 외관상 층수가 증가하고, 지하시설이 일부 설치된 것만으로 처분청이 실질과세의 원칙을 적용하여 신축이라고 보는 것은 청구법인의 사실적 정황과 경제적 실질을 무시한 것이며, 건축관련 법규와 전문가 및 허가관청이 증축이라는 판단을 내렸음에도 불구하고 처분청이 쟁점공사를 신축으로 보아 이 건 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 새로운 건물의 축조는 신축이 아닌 증축에 해당한다는 주장에 대하여 살펴보면, 청구법인이 주식회사 ○○○과 2004.12.20. 체결한 공사견적서에 철거공사비가 산정되어 있고, 철거공사와 관련하여 발생된 부산물인 고철 191ton을 2005.2.1. ○○○에 매각한 사실이 세금계산서 및 거래명세서에 의해 확인되므로 처분청이 신축으로 보고 쟁점 건축물의 취득가액과 철거비용을 토지의 자본적지출로 보아 매입세액 불공제하여 과세한 처분은 정당하다. 청구법인은 토지만을 사용할 목적으로 공장 및 부지를 취득한 것이 아니라는 주장이나, 매입 건축물이 철거됨에 따라 매입 건축물의 장부가액을 유형자산 폐기손실로 계상한 후, 이를 법인세 세무조정시 손금불산입한 것은 인정하면서도 토지만을 사용하기 위하여 건축물을 취득하지 아니하였다는 주장은 타당하지 않으며, 설령 공장을 그대로 사용하고자 구입하였더라도 구입 후, 바로 철거하고 새로운 공장을 신축한 경우에는 그 실질내용에 따라 세법을 적용하는 것이므로 신축으로 보아야 한다. 또한 구건물의 취득가액을 토지의 취득원가에 가산하는 것은 경제적 실질이나 기업회계의 측면에서도 불합리하다는 주장에 대하여 보면, 기업회계기준에서도 지상 건물이 있는 토지를 구입하여 구건물을 철거한 경우 구건물의 구입가액과 철거비 및 구건물 관련 미지급세금 등은 모두 토지의 원가를 구성하도록 규정하고 있고 처분청은 청구법인이 구건물을 철거한 것을 확인하고 기업회계기준 및 세법의 규정에 따라 토지의 자본적지출로 보아 관련 매입세액을 불공제하였으므로 당초처분은 적법하다.

• 가. 쟁점 기존 건물을 매입한 후, 건축허가서상은 건물 증축허가를 받은 것으로 기재되어 있으나, 실제는 쟁점건물을 신축한 것으로 보고 기존 건물의 취득 및 철거비용을 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액 불공제하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 (2) 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인의 건축으로 인한 고정자산 매입에 따른 환급신청에 대해 현지확인을 실시한 결과 청구법인이 2004.12월 주식회사 ○○○과 공장건설계약을 체결하면서 기존건물 철거공사비로 35,612천원을 책정하였고, 기존건물과 관련된 회계처리를 당초 건설중인 자산으로 계상한 후에 이를 처분하면서 유형자산폐기손실로 기장한 점 등으로 볼 때, 사실상 기존건물을 취득하여 그 건축물을 철거하고 새로운 건축물을 신축하였으므로 당해 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액은 토지관련 매입세액에 해당하는 것으로 보아 매입세액불공제하고 이 건 과세한 사실이 환급 현지확인 조사서 등에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인의 공장건설 일정을 보면, 청구법인은 2004.8.20. 주식회사 ○○○으로부터 지상 1층 3,700.14㎡, 2층 254.36㎡인 공장건물 A동과 지상 1층 360㎡, 지상2층 360㎡인 식당건물 B동, 지상1층 12.61㎡인 경비실 건물 C동으로 이루어진 공장용 토지 및 기존건물을 취득하였으며, 2004.9.7. A동 2층에 대한 공장증축 허가 신청을 하여 2층 3,445.78㎡에 대한 증축허가를 받았고, 2005.2.16. ○○○으로부터 A동 설계 변경허가를 받아 지하 1층 391.09㎡, 2층 3,445,78㎡, 3층 3,700,14㎡, 4층 3,700,14㎡를 증축한 후, 2005.6.27. A동 설계변경에 따른 공사를 진행하여 ○○○으로부터 사용승인을 받고, 2005.7.7. 공장건설이 완료되어 ○○○에 소재하던 사업장을 신공장으로 이전한 사실이 건축허가서 등에 의하여 확인되며, 이에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(3) 청구법인은 건물의 외관상 층수가 증가하고, 지하시설의 일부가 건축된 것만으로 처분청이 실질과세의 원칙을 적용하여 신축으로 보아 과세하는 것은 사실적 정황과 경제적 실질을 무시한 과세처분이며, 건축관련 법규와 전문가 및 허가관청이 증축이라는 판단을 하였음에도 불구하고 실질과세의 원칙을 들어 과세한 처분은 부당하다고 주장하면서 그 증빙으로 건축허가서 등을 제출하고 있는 바, 청구법인이 제출한 증빙 등을 근거로 쟁점건물의 건축을 증축으로 볼 수 있는지 여부에 대해 살펴본다. (가) 청구법인이 2004.9.7. ○○○에게 제출한 건축허가신청서상의 건축구분 난에는 "증축"으로 기재되어 있으며, 건축주는 청구법인이고, 설계자는 주식회사 건축사사무소광장으로 기재되어 있고 각 동별 건축면적은 아래와 같다. <건축허가서상 건축면적 >

○○○ (나) 청구법인과 주식회사 ○○○간에 2004년 12월경 작성한 하도급계약서에 의하면, 도급인은 청구법인, 수급(하청)사업자는 주식회사 ○○○이며, 공사명은 주식회사 ○○○의 "증설공사"로 표기되어 있고, 착공일은 2004.12.27., 준공예정일은 2005.3.30.이며, 도급 계약금액은 770,800,000원으로 약정한 사실이 확인된다. (다) 청구법인의 2004사업연도 법인세 과세표준 신고서상의 세무조정 내역을 보면, 철거된 기존건축물의 취득가액 및 관련 부대비용 1,154,580천원을 동 사업연도의 수익적지출로 보아 유형자산 폐기처분손실로 계상한 후, 건물로 자체조정하였다가 토지의 자본적 지출로 세무조정하였으며, 구건물 철거비용 35,612천원을 건설중인 자산으로 계상하였다가 토지의 자본적 지출로 보아 세무조정한 사실이 확인되며, 이에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다. (4) 국세기본법 제14조 제2항 규정에 의하면 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다고 규정하고 있으므로 쟁점건물의 건축이 증축인지 아니면 신축인지의 여부는 건축허가서 등 공부상 등재내용에 불구하고 그 실질내용이 확인되는 경우에는 그 실질내용에 따라 세법을 적용하여야 할 것이다.

(5) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합해 볼 때, 청구법인은 구건물의 장부가액을 유형자산폐기손실로 계상한 후, 이를 법인세 세무조정시 손금불산입하였으며, 구건물 철거비용 35,612천원을 건설중인 자산으로 계상하였다가 토지의 자본적지출로 보아 세무조정한 점, 청구법인은 기존 공장 2층 건물을 구입한 후, 바로 철거하고 지하1층 및 지상4층 건물을 건축하였는 바, 이는 기존 공장건물 전체를 철거하지 아니하고는 건축이 불가능하므로 쟁점공사는 신축으로 보이는 점, 기업회계기준에서도 지상 건물이 있는 토지를 구입하여 구건물을 철거한 경우 구건물의 구입가액과 철거비 및 구건물 관련 미지급세금 등은 모두 토지의 원가를 구성하도록 규정하고 있는 점 등으로 볼 때, 쟁점공사는 비록 건축허가서상은 증축으로 등재되어 있으나, 그 실제내용은 신축으로 보는 것이 타당하다 하겠다. 따라서 처분청이 쟁점공사를 신축으로 보고 쟁점매입액에 대한 매입세액을 불공제하여 이 건 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.