임야에서 공장용지로 형질변경된 면적이 전체면적으로 보아 적정임대료를 계산한 처분의 당부

○○○세무서장이 2005.9.12. 청구인에게 한 종합소득세 2000년 귀속 22,996,750원, 2001년 귀속 15,736,600원, 2002년 귀속 4,813,340원의 부과처분은 2000.1.1.부터 2002.12.31.까지 청구인이 ○○물산주식회사에 임대한 ○○광역시 ○구 ○○동 000-0번지 공장용지의 임대면적을 4,528㎡로 하여 적정임대료를 계산한 후 그 과세표준과 세액을 경정한다.

청구인은 청구인 소유인 ○○광역시 ○구 ○○동 ○○소재 공장용지 7,008㎡(약 2,120평으로 1989.3.28. 임야에서 공장용지로 형질변경, 이하 “쟁점토지”라 한다)중 약 1,000평을 2000.1.1.부터 2002.12.31.까지 청구인이 대표이사로 있는 ○○물산주식회사에게 보증금 3,000만원, 월임대료 230만원에 임대한 것으로 하여 신고하였다. 처분청은 쟁점토지를 청구인이 특수관계있는 자에게 저가로 임대한 것으로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여 2005.9.12. 청구인에게 종합소득세 2000년 귀속 22,996,750원, 2001년 귀속 15,736,600원, 2002년 귀속 4,813,340원을 각각 경정하여 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005.11.29. 이건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점토지에 대한 1989년의 1차 형질변경시 공부상에는 전체면적인 7,008㎡(약 2,120평)를 “임야”에서 “공장용지”로 형질변경하였으나 실질적으로는 2000.8.18. 2차 형질변경 신청시 제출한 현황측량도와 같이 전체면적 7,008㎡(약 2,120평)중 4,528㎡(1,369.7평)만 공장용지로 형질변경하였고, 나머지 2,480㎡(750.2평)는 경사면으로 남아 있어 공장용지로 사용할 수가 없어 1996.1.1. 작성한 임대차계약서와 같이 약 1,000평만 공장용지로 임대하였으므로 실질적으로 공장용지로 형질변경한 4,528㎡(1,369.7평)만 임대한 것으로 보아야 함에도 불구하고 쟁점토지의 전체면적을 임대한 것으로 보아 종합소득세를 과세하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 1989년 1차 형질변경시 전체면적인 7,008㎡(약 2,120평)를 “임야”에서 “공장용지”로 형질변경한 사실이 등기부등본에 의하여 확인되고, 2003년 2차 형질변경시 쟁점토지와 연접한 3필지 임야도 함께 공장용지로 형질변경하여 ○○물산주식회사가 공장을 신축하여 사용한 사실이 확인되므로 2000년부터 2002년까지 쟁점토지의 전체면적을 임대한 것으로 보아 종합소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 공부상에는 전체면적이 “임야”에서 “공장용지”로 형질변경되었으나 현황측량도에는 일부 면적이 실질적으로는 형질변경되지 아니하고 경사면으로 남아있는 경우 경사면에 대해서도 공장용지로 형질변경된 것으로 보아 적정임대료를 계산한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 법인세법(2003.12.30. 법률 제7005호로 개정되기 전의 것)

○ 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율․이자율․임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계자와 거래한 내역이 기재된 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법시행령(2002.12.30. 대통령령 제17826호로 개정되기 전의 것)

○ 제88조 【부당행위계산의 유형 등】

① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. ~ 5. (생략)

6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율․요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제공한다.

7. ~ 9. (생략)

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. (단서생략)

○ 제89조 【시가의 범위 등】

① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계싼한 금액에 의한다.

1. 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만. 증권거래소에 상장되지 아니한 주식 등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조 내지 제39조의 2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액.

③ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 금전의 대여 또는 차용에 있어서는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 당좌대출이자율(이하 “당좌대출이자율”이라 한다)을 시가로 한다. (단서생략)

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

2. (생 략)

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.

⑥ (생 략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지의 면적 및 형질변경 일자, 처분청의 시가(적정임대료)계산 방법, 청구인과 ○○물산주식회사간에 특수관계있는 자에 해당하는 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구인은 쟁점토지의 전체면적에 대하여 “임야”에서 “공장용지”로 형질변경 허가를 받았으나 실질적으로는 일부면적만 공장용지로 형질변경하였고, 나머지 면적은 경사면으로 남아 있었으므로 임대면적 계산에 있어서 경사면 면적은 제외하여야 한다고 주장하면서, 쟁점토지의 현황측량도 및 사면면적 산출도, 개발행위 허가신청서 및 준공검사필증, 건축물대장, 임대차계약서, 쟁점토지의 임차자인 ○○물산주식회사의 2000사업연도부터 2002사업연도까지의 결산서류인 대차대조표 및 계정별원장 등을 증빙서류로 제출하고 있다. 2001년도에 쟁점토지와 연접한 토지인 “임야”를 “공장용지”로 형질변경하기 위하여 주식회사 ○○토목측량설계(○○광역시 ○구 ○○동 ○○, 대표자 ○○○에서 2000.8.18. 측량한 현황측량도 및 사면면적산출도를 살펴보면, 현황측량도에는 쟁점토지의 일부와 연접토지인 ○○광역시 ○구 ○○동 산119-9, 같은 동 산 119-20, 같은 동 산 124-4번지 등이 임야인 상태로 남아 있고, 사면면적 산출동는 쟁점토지의 전체면적 7,008㎡(약 2,120평)중 4,528㎡(1,369.7평)는 공장용지로 되어 있고, 나머지 2,480㎡(750.2평)는 사면부분으로 되어 있으며, 2001년도의 개발행위 허가신청서 및 2003.1.1. ○○광역시 ○구청장이 발급한 개발행위 준공검사필증에는 2001년 3월부터 2002년 12월 6일까지 쟁점토지의 연접토지인 ○○광역시 ○구 산119-9, 같은 동 산 119-20, 같은 동 산 124-4, 같은 동 산 124-7, 원창동 산 78-4번지 임야 108,065㎡중 4,408㎡를 공장용지로 형질변경한 것으로 되어 있다. 또한, 건축물대장을 살펴보면, 쟁점토지의 형질변경 후인 1989.2.27. 단층 스레이트 공장 2,507.58㎡ 신축하였으며, 2003.1.16. 쟁점토지의 연접토지 형질변경 후인 2003.6.18. 2층 철구조물 공장(건물 정착면적 817.7㎡, 연면적 1,662.64㎡) 및 단층 철구조물 공장 660.8㎡를 각각 증축한 것으로 되어 있으며, 임대차계약서의 경우 쟁점과세기간인 2000년부터 2002년까지의 임대차계약서는 없으나 1996.1.1.부터 1997.12.31.까지는 쟁점토지중 약 1,000평을 보증금 3,000만원, 월임대료 230만원에 임대한 것으로 되어 있고, 쟁점토지의 연접토지 형질변경 후인 2003.4.1.부터 2005.3.31.까지의 임대차계약서에는 쟁점토지를 포함하여 추가로 형질변경한 토지면적까지 10,269㎡(약 3,112평)를 보증금 6,000만원, 월임대료 480만원에 임대한 것으로 되어 있으며, 쟁점토지의 임차자인 ○○물산주식회사의 2000사업연도부터 2002사업연도까지의 결산서류인 대차대조표 및 계정별원장을 살펴보면, 대차대조표상의 자산항목중 임차보증금은 3,000만원으로 기재되어 있고, 계정별원장중 임차보증금 및 지급임차료 원장에 임차보증금은 3,000만원, 지급임차료(사무실임차료)는 매월 230만원씩 지급한 것으로 되어 있다.

(3) 이상과 같은 사실관계를 종합하여 볼 때, 청구인은 1989년 쟁점토지 전체면적인 7,008㎡(약 2,120평)에 대하여 “공장용지”로 형질변경허가를 받은 후 실질적인 형질변겅은 4,528㎡(1,369.7평)만 하고, 나머지 사면면적 2,480㎡(750.2평)는 2003.1.16. 연접토지의 형질변경시 함께 “공장용지”로 형질변경한 사실이 개발행위 허가신청서 및 준공검사필증, 개발행위 허가신청서 첨부서류인 현황측량도 및 사면면적 산출도에 의하여 확인되며, 쟁점토지를 비롯한 연접토지 위의 공장건물 신축도 1989.2.27. 실질적인 형질변경 면적 내인 2,507.58㎡만 단층 공장(스레이트)을 신축하였다가 2003.1.16. 쟁점토지의 연접토지 형질변경 준고검사 후인 2003.6.18. 2층 철구조물 공장(건물 정착면적 817.7㎡, 연면적 1,662.64㎡)및 단층 철구조물 공장 660.8㎡를 각각 증축한 사실과 쟁점토지의 임차자인 00물산주식회사의 2000사업연도부터 2002사업연도까지의 대차대조표 및 계정별원장에 1996년도 및 1997년도의 임차료와 같은 금액인 임차보증금 3,000만원 및 월임차료 230만원으로 계상으로 되어 있는 점 등으로 보아 쟁점과세기간인 2000년부터 2002년까지의 임대면적은 쟁점토지의 전체면적중 실질적으로 “공장용지”로 형질변경하여 그 위에 공장을 신축한 면적인 4,528㎡(1,369.7평)만 임대한 것으로 판단된다. 따라서, 처분청이 쟁점토지의 전체면적을 임대한 것으로 보아 종합소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못된 것이라 하겠다.