토지와 건물의 일괄양도 여부

심판청구번호 국심 2005중4143(2006. 8. 11.) TYLE='size-font:15.0pt;letter-spacing:0.3pt;line-height:160%;'>대한 양도소득세 과세표준 및 세액의 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2004.4.16. ○○○ 토지 286.9㎡, 건물 389.52㎡와 같은동 859-40 토지 446㎡, 건물 660.34㎡(토지전체 면적은 732.9㎡로 이하 “쟁점토지” 라 하고, 건물전체 면적은 1,049.86㎡로 이하 “쟁점건물”이라 하며, 토지 및 건물 전체에 대하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 양도하고 2004.5.17. 기준시가로 쟁점부동산의 양도차익을 산정하여 양도소득세를 신고․납부하였다가 2005.3.21. 쟁점건물을 청구인이 멸실하고 거래한 관계로 양도된 것은 쟁점토지만이라는 사유로 쟁점건물분의 양도소득세 14,342,040원에 대하여 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 이에 대하여 경정청구를 이유없는 것으로 보아 2005.4.30. 청구인에게 거부통지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2005.8.26. 이의신청을 거쳐 2005.11.22. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 2004.3.30. 쟁점부동산 중 쟁점토지에 대하여만 상가신축판매업을 영위하는 ○○○ 주식회사에 양도하였으나, 착오로 인하여 양도하지도 아니한 쟁점건물분에 대한 양도소득세를 신고․납부하였는 바, 쟁점건물은 1980.3.15. 신축하여 25년이 경과된 낡은 건물로서 당시 잔존가치가 전혀 없었다. 또한, 매수자는 상가신축분양업자로서 당초부터 토지만을 이용할 목적으로 이를 매수한 것으로 매매즉시 멸실하여야 하는 가치 없는 건물을 매수함으로 인하여 부담할 필요가 없는 취득세, 등록세 등의 추가부대비용이 발생될 것이 예상되는 상황에서 쟁점건물을 매수할 하등의 이유도 없었을 것이며, 다만, 계약서의 내용이 다소 미흡할 수 있으나 이는 계약당사자가 법률전문가가 아니다 보니 발생한 문제이고, 분명한 사실은 매수자는 상가신축목적으로 토지분만 매매하였으므로 매매계약서를 작성하면서 쟁점건물의 철거를 위한 쌍방의 채무 등을 세세히 명기하려 하였고, 계약서를 작성한 이후에도 미흡한 사항이 있으면 추가문구를 삽입하는 등으로 계약서를 작성하였다. 쟁점부동산의 매매계약서를 살펴보면, 부동산의 표시(1조)에 대지면적은 구체적으로 표시하였지만 건물면적란에는 아무런 표기를 하지 아니하였고, 매매대금 지급방법(3조)은 평당 19,000천원으로 하여 매매대금을 42억원으로 정하여 전체 대지면적에 평당가액을 적용하여 산정한 가액(221.7평×19,000천원=4,214,490천원)과 유사한 점에 비추어 보면, 대지면적만을 기준으로 매매된 사실을 확인할 수 있으며, 매매목적(2조)에 상가건물 등을 건립하여 공급하기 위한 것으로 하여 구건물의 멸실을 예정하고 있었고, 매도자(갑)의 책무(5조) 중 잔금지급전까지 쟁점건물과 관련된 제한물건 등을 완전히 해지하며 건축허가 등을 위한 동의서를 매수인에게 제출하도록 하여 상가신축판매를 목적임을 나타내고 있고, 세입자 이주 및 지상물의 철거(7조)에는 매도자가 건축물 등의 사용정지조치 및 멸실신고하되 필요한 비용은 매수자가 부담하도록 정하고 잔금지급일까지 명도가 완료되지 아니할 경우에는 소유권이전등기후 매수인이 멸실신고하는 것으로 정하는 등으로 쟁점건물은 철거를 전제하여 매매가액에 포함되지 아니하였음을 알 수 있다. 위와 같이 본 매매계약서는 토지만을 양도하고 구 건물을 철거하기 위하여 구체적으로 당사자간에 건물 멸실문제 및 철거비용 부담 등을 명기한 계약서이며, 매수인도 토지만을 매매하였다고 확인하고 있으므로 이 건 경정청구처분은 취소하고 쟁점건물분 양도소득세를 환급하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점부동산 중 토지의 등기부상 소유권 이전은 2004.4.16. 접수되었고, 건물멸실등기는 2004.5.28. 접수되었으며, 부동산매매계약서상 목적물에 토지와 건물 그리고 건물의 시설물을 포함한다고 되어 있고 세입자 이주문제처리 및 지장물의 철거 등이 매수인의 책임과 비용하에 이루어졌으므로 비록 쟁점건물의 멸실등기 신고인이 청구인이라 할지라도 총체적으로 볼 때 부동산매매계약서상의 매매대금에는 쟁점건물의 가액이 포함되어 있다고 할 수 있으므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구인이 쟁점부동산 중 토지부분만 양도한 것인지 아니면 토지 및 그 지상건물을 함께 양도한 것인지
• 나. 관련법령 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점부동산 중 토지부분만 양도하고 쟁점건물은 양도하지 아니하였다고 주장하면서 쟁점부동산의 매매계약서, 토지․건물등기부등본․건축물관리대장, 쟁점건물의 멸실등기필증, ○○○ 주식회사 대표이사 김○○○의 거래사실확인서, 건축허가서 및 지적도등본 등을 증빙자료로 제출하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 2003.10.20. 청구인(갑)과 김○○○(을, 주식회사 ○○○ 대표)간에 체결한 쟁점부동산의 매매계약서의 주요내용을 보면, 제1조(부동산의 표시)에 갑이 매도할 부동산(목적물)은 토지와 건물 그리고 건물의 시설물을 포함하며 대지면적란은 전체 732.9㎡(221.71평)으로, 건물면적란은 공란으로 되어 있고, 제2조(매매목적)에 상기 부동산의 매매목적은 상가건물 등을 건립하여 공급하는 데 있다고 되어 있으며, 제3조(매매대금 및 지급방법)에 목적물은 공부상 대지면적을 기준으로 하여 평당 19,000,000원이고 총 매매대금은 4,212,000,000원으로 하며 면적정산시 차액은 잔금에서 정산키로 한다고 되어 있고, 제7조(세입자 이주 및 지상물의 철거 등)에 갑은 매도할 목적물에 대한 유․무허가 건축물 및 지장물 등의 사용정지에 필요한 조치를 취하고 멸실신고는 “갑”이 하고 이에 필요한 비용은 “을”이 부담하되, 잔금지급일까지 명도가 완료되지 아니하였을 경우는 소유권이전등기후 “을”이 멸실신고를 이행한다는 등으로 약정하고 있다. (나) 쟁점건물의 멸실등기필증을 보면, 2004.5.28. ○○○등기소에 접수○○○된 것으로 쟁점건물이 2004.5.6. 멸실된 것으로 하여 청구인이 윤○○○(매수회사의 직원이라 함)을 대리인으로 하여 신청한 것으로 되어 있고, 건축허가서를 보면, 2005.5.17. ○○○시장이 주식회사 ○○○에게 ○○○외 6필지의 대지면적 2,110.1㎡ 연면적 9,306,83㎡에 대하여 제2종 근린생활시설로 건축허가하였고, 첨부된 지적도에 건축허가면적내에 쟁점토지가 포함된 것으로 확인되며, ○○○ 주식회사 대표이사 김○○○의 거래사실확인서(2005.7.22.)를 보면, 당사는 2004.4.16. 등기한 ○○○ 토지와 건물 중 토지만을 매입하고 건물은 매입하지 않았고 그 이유는 토지만 취득하여 근시일내에 상가건물을 건립하여 분양할 목적이었기 때문이라고 확인하고 있다. (다) 위의 사실관계를 종합하여 보면, 쟁점건물의 경우 매매계약서에 약정한 바에 의하면, 매매즉시 멸실하는 것으로 하고 있고 전체매매가액에 건물가액이 포함되어 있지 아니한 것으로 보이고, 등기부등본상 매수인에게 소유권을 이전한 사실이 확인되지 아니하며 청구인이 멸실등기한 것으로 되어 있고, 쟁점건물의 멸실 이후 매수인이 그 지상면적을 포함한 대지위에 건축허가를 득하여 새로운 건물을 신축하고 있으며, 매수자도 쟁점건물을 매수한 사실이 없음을 확인한 사실 등으로 볼 때, 쟁점건물을 양도하지 아니하고 멸실한 것이라는 청구인의 주장은 사실로 보인다.

(3) 따라서, 처분청이 청구인의 신고․납부한 쟁점건물분에 대한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 잘못이므로 이를 취소함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.